腭扁桃体在新生儿期不发达，一般在1岁后随着淋巴组织的发育而逐渐长大，但也有在6—8个月的婴儿期就开始发育的。4—10岁时发育到最高峰，14—15岁后逐渐退化。这就是扁桃体炎在幼儿园和小学时期的小朋友中比较常见，而在小婴儿中少见的原因。
扁桃体发炎主要是细菌和病毒引起的，而以细菌感染为多，细菌与病毒混合感染也不少。这些细菌病毒包括：乙型溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎双球菌、流感杆菌、腺病毒等，也有厌氧菌感染的。
在正常小儿的咽部及扁桃体隐窝内存在着这些病原体，正常情况下，由于扁桃体表面上皮完整，黏液腺不停分泌，将细菌等病原体和脱落的上皮细胞从扁桃体隐窝排出，不致发生疾病。但当一些因素导致扁桃体上皮细胞防御力下降，腺体分泌减少，使得机体内病原体大量增殖，或者外界病原体乘虚而入时，扁桃体就发炎了。受凉、潮湿、过度劳累、局部受化学或物理因素影响等都可以导致儿童机体抵抗力下降而诱发扁桃体炎。