由于我国社会还没有进入后工业时代，企业的技术和管理条件都不具备，企业组织的再造不能完全按照哈默的主张用项目组彻底取代职能部门。企业组织的再造要在精简、高效与扁平化的原则下对组织结构进行重新设计、重新组合，使之成为精简、高效的常设机构，处理企业日常事务，而采用灵活机动的项目小组、矩阵组织和流程、层级—组织等组织结构形式负责产品创新等非例行性任务。
一、项目组织
项目组织（projectorganization）又称为项目小组（project team），是指在一定的时间内，为了完成某一特定的、复杂的产品开发任务，集中为解决本问题所需的各方面的人才所形成的一种组织。项目组织与一般的直线职能组织以及其他常规组织的一个最大不同之处在于，一旦（新产品开发的）项目任务完成，项目组织就解散而不会长时间存在下去。
项目小组的组织结构富有弹性，适应变化的能力强；能够集中组织内各方面的力量迅速解决某些特殊复杂的问题；由于任务一完成，项目组就随之解散，不会造成组织结构臃肿；项目组成员是根据个人的专业技能水平组合起来的，可以从完成任务的需要不断优化项目组成员的构成，保持小组成员的精干与高效。
项目小组的组织结构不同于传统的组织结构，内部存在水平、垂直以及对角线等各个方向的沟通路线，并且内部成员之间要时刻保持互动。根据产品开发任务的要求，项目小组的人数可能由几人至几十人甚至上百人所组成。人数较少的项目小组其结构与形态比较简单，但随着人数的增多，项目小组的结构也会变得相当复杂，甚至在一个大的项目小组内，还会划分为几个项目小组分支，共同完成一个大型的产品开发项目。
产品创新中的项目组织结构主要有两种形式：
1.顾问式项目组织结构
顾问式项目组织内部由一位项目经理作为总经理的顾问，而由总经理本人在原有的直线职能式组织中亲自协调各职能部门及直线部门，全面领导整个项目小组的活动。这种项目结构的优点是由于总经理的参与而有很大的权威，但由于总经理本身繁重的工作使其无法对项目组进行有效的指挥和控制，有时会显得项目小组似乎无人负责。
2.纯粹式项目组织结构
这种纯粹式项目结构又称为“整体项目结构”，设有专职的项目经理，全面负责项目任务的完成。在总经理直接控制的正常组织结构之外又设立了专门的项目组织，项目经理拥有全面的指挥协调控制权，项目经理有权支配、运用完成项目任务所需要的各种资源，并设有相应的职能机构。
二、矩阵组织
矩阵式组织最初正是为了应对新产品开发对组织变革的要求而于20世纪在美国出现的。矩阵式组织又称为规划—目标结构组织，矩阵式组织除了处理特殊的非常规性工作之外，还可以处理一些重要的例行性工作。因而，矩阵式组织不同于项目组织，它可以是一种长期的、稳定的组织结构形态，在许多教科书中都把矩阵组织作为重要的一类企业组织结构形式。
矩阵式组织把按职能划分的部门和按产品（或工程项目、或服务项目等）划分的小组结合起来形成一个矩阵，使同一名管理（或者技术）人员既同原职能部门保持组织与业务上的联系，又参加产品开发项目小组的工作。为了保证完成一定的管理目标，每个项目小组都设有负责人，在总经理（或其他高层管理者）的直接领导下进行工作。参加项目小组的每个成员都接受双重领导，一方面是接受项目小组的领导；另一方面是接受原属职能部门的领导。
矩阵式组织实质上是一种以任务为中心的组织结构模式，在任务的指引之下，有助于协调和结合各个部门的力量，共同推动目标的达成。通过打破职能部门界限配置人员，矩阵式组织加强了各职能部门之间的配合，使企业管理中的纵向联系与横向联系得到了很好的结合，纵向与横向互通信息、共同决策；把不同职能部门的专业人员集合在一起，综合了组织内部不同的知识技能和经验，丰富了个人的工作内容，强化了组织的吸收能力；矩阵式组织把完成新产品开发任务所需要的各种专业知识和经验集中起来，有利于企业迅速开发新产品；由于建立了有效的沟通渠道，并且是集中决策，矩阵式组织结构具有较好的适应性和稳定性，企业可以根据环境的变化随时调整每个小组所承担的新产品开发任务，更好地适应市场需求的变化。
从人力资源管理的角度看，矩阵式组织对人力资源的运用富有弹性，同一职能部门的知识和经验能够运用于不同的产品开发项目中，充分发挥各类专家的作用。同时矩阵式组织也有利于培养综合型、具有较强组织协调能力的高级管理人才。
在现实中，矩阵式组织由于实行的是双重领导，一旦处理不当，极易引发项目经理与职能经理之间的权力争夺，容易造成互相推卸责任，互相扯皮；矩阵式组织中的各种关系比较复杂，项目的推进牵涉到方方面面的工作，协调工作的难度加大，相应的对项目经理提出了更高的要求。采用矩阵式组织就意味着更高的成本，由于矩阵式组织中有双重指挥链，这有可能使管理成本倍增，如果不注意成本的控制，企业就会付出高昂的代价；矩阵组织中的人员由于是临时组合而成的，容易导致责任心下降、人心不稳。
总的来看，在企业中组成过多的矩阵组织，在增加了灵活性的同时，又破坏了组织的整体性，反而会降低整个组织的效率。
三、流程—层级组织
从项目组织和矩阵组织的特点及其优劣可以看出，它们比传统的直线职能部门向企业流程再造迈进了一步，更有利于产品创新，但这两种组织结构形式仍然是把职能部门作为组织基础或背景，只是为流程再造的任务导向提供了机会。项目组织一旦任务完成就宣告解体，组织又重新成为职能组织。矩阵组织中项目经理的正式权力不完善，无法保证项目流程的顺利进行。
可以借鉴层级—网络组织的思想，在组织中构建流程—层级组织。在这种组织结构中，工作是按照流程来组织的，权力归于负责流程的经理。对企业具有重大作用的财务、人事及某些职能部门仍有设立的必要，起辅助性的作用，由总经理直接控制可以防止资源的过度分散并保持高层对全局的控制和决策。流程之内由若干子流程和层级构成，因此称之为流程—层级组织。