实验目的
掌握从凝胶中回收DNA的方法。
实验原理
从琼脂糖凝胶中回收目的DNA片段有多种方法,较早采用的有纤维素膜电泳回收法和透析袋电洗脱法等。这些方法操作复杂,DNA回收率低。近年采用的玻璃奶(glassmilk)回收法和柱回收法,操作简便,回收率高。柱回收法是将Sephadex或Sephacel等树脂做成层析柱,从琼脂糖中吸附带负电的DNA分子,再用洗脱液将DNA从层析柱上洗脱下来,从而达到回收和纯化DNA的目的。
实验材料
(一)试剂
现在DNA回收试剂盒的品种较多,但操作大同小异,现以实验室常用的小量胶回收试剂盒(带T1溶液,S1液,W1液)为例来说明回收方法。
T1溶液:2mmol/LTris□HCl(pH8.0~8.5)。
S1液:90.8gNaI+1.5gNa2S溶于1000mL蒸馏水中,用0.45μm滤膜过滤,再加0.5gNaI至饱和,避光保存。
W1液:70%乙醇。
(二)仪器及其他用品
电泳仪、电泳槽、微量移液管、离心管、台式离心机。
实验流程
实验步骤
(一)切胶
首先将要回收的DNA进行琼脂糖凝胶电泳。然后在长波紫外灯(360nm)下观察电泳结果,用刀片割下含DNA的凝胶块,使其尽可能地小,放入1.5mL离心管中。尽可能多地去掉不含DNA的凝胶,这样对提高质量,简化操作均有好处。
(二)溶胶
(1)按每100mg凝胶加入300μLS1液的比例加入S1液,置50℃水浴10min,使琼脂糖块完全溶化,每2min颠倒混匀一次。如果琼脂糖质量小于100mg,用双蒸水补充至100mg,以确保体系总体积不至太小。对于高浓度的琼脂糖凝胶(>2%)及一些特殊的胶,按100mg凝胶加入600μLS1液的比例加入S1.
(2)当目的片段<500bp时,加入1/3S1液体体积的异丙醇混匀,50℃温浴1min,混匀。当目的片段>500bp时,可省略此步骤,直接进行步骤(三)。
(三)回收
(1)将溶化后的琼脂糖液移入吸附柱,12000r/min离心30s,倒掉收集管中的液体,再将吸附柱放入同一个收集管中。
(2)在吸附柱中加入500μLW1液,12000r/min离心15s,倒掉收集管中的液体,再将吸附柱放入同一个收集管中。
如果室温低于20℃,离心前先静置1min。
(3)在吸附柱中加入500μLW1液,静置1min后,12000r/min离心15s,倒掉收集管中的液体,将吸附柱放入同一个收集管中。
(4)12000r/min离心1min。
(5)将吸附柱放入一个干净的1.5mL的离心管中,在吸附膜中央加入30μLT1液,静置1min,12000r/min离心1min,用1.5mL离心管装DNA储存于-20℃,电泳检查回收是否成功。如果室温低于20℃,室温静置时间延长到5min,或者在50℃水浴静置2min,这样能确保DNA溶解并洗脱下来。
实验结果与报告
利用紫外凝胶成像系统观察回收产物的纯度及浓度,并作记录。
注意事项
(1)回收时,DNA的用量要比检查是否有DNA的存在的上样量大得多。
(2)T1液也可以用1mmol/LTE(pH8.0),或超纯水(pH>7)替代。如果回收后的产物直接用于测序的话,最好用超纯水溶解。
(3)最终使用的洗脱体积不要小于20μL。
思考题
(1)从琼脂糖凝胶中回收DNA的原理是什么?
(2)如果要回收的DNA片段小于500bp,该怎么操作?