金融会计内部控制是金融内部控制的重要内容和基础。为此，要健全和完善金融内部控制，首先必须进一步加强金融会计管理，建立健全有效的金融会计内部控制。
一、金融会计内部控制的原则
建立金融会计内部控制系统，应当遵循以下基本原则：
（一）规范化原则
金融会计账务处理必须按照会计制度以及《会计基础工作规范》等有关要求，建立并执行规范化的操作程序。
（二）授权分责原则
对会计账务处理实行分级授权。会计人员不得超越权限范围处理会计账务和增删会计账务事项或参数；上级授权处理的事项必须履行必要的手续；建立并严格执行财务收支审批制度。会计账务处理必须实行岗位分工，明确岗位职责，严禁一人兼岗或独自操作业务全过程。会计岗位还要实行定期或不定期的轮换。
（三）监督制约原则
对会计账务处理的有效依据如业务公章、密押、空白凭证等实行专人分管；资金与实物分别核算与管理；会计部门对重要空白凭证和有价单证要进行表外登记，应有独立于会计部门之外的部门如出纳部门管理现金、有价证券及其他实物形态的资产。对会计账务处理的全过程要实行监督，即全面实行对会计业务的事前监督、事中监督和事后监督。所谓事前监督，即受理业务时，临柜人员对业务的合法性、真实性，手续的完整性及数据的准确性进行审核；所谓事中监督，即对会计处理的凭证、账表内容和数据等均须审核，重大事项须由会计主管复核；所谓事后监督，即对已经处理的会计账务实行再核对，重点监督重要业务的处理。对此，会计部门必须设置相应岗位，配备必需人员，落实监督事项。
（四）账务核对原则
对会计账务，必须坚持“六个核对相符”，即账账、账据、账款、账实、账表和内外账务核对相符；根据制度要求对不同账务采取每日核对和定期核对的办法。要建立和完善外部对账制度，定期（如按季）按户对账。
（五）安全谨慎原则
会计部门必须妥善保管密押、重要空白凭证和业务公章等，防止遗失或被盗；妥善保管会计档案，严格会计资料的调阅手续，防止会计数据的散失和流弊。会计人员调离必须按有关规定办理交接手续。
二、金融会计内部控制的内容
金融会计内部控制的重点是：实行会计工作的统一管理，严格执行会计制度和会计操作规程，运用计算机技术实施会计内部控制，确保会计信息的真实、完整和合法，严禁设置账外账，严禁乱用会计科目，严禁编制和报送虚假会计信息。
为进一步严格金融会计内部控制，加强金融会计管理，保障资金安全，防范金融风险，必须从以下几个方面着手建立金融会计内部控制：
（1）应当依据企业会计准则和国家统一的会计制度，制定并实施本单位的会计规范和管理制度。下级机构应当严格执行上级机构制定的会计规范和管理制度，确保统一的会计规范和管理制度在本行得到实施。
（2）应当确保会计工作的独立性，确保会计部门、会计人员能够依据国家统一的会计制度和本单位的会计规范独立地办理会计业务，任何人不得授意、暗示、指示、强令会计部门、会计人员违法或违规办理会计业务。对违法或违规的会计业务，会计部门、会计人员有权拒绝办理，并向上级机构报告，或者按照职权予以纠正。
（3）会计岗位设置应当实行责任分离、相互制约的原则，严禁一人兼任非相容的岗位或独自完成会计全过程的业务操作。
（4）应当明确会计部门、会计人员的权限，各级会计部门、会计人员应当在各自的权限内行事，凡超越权限的，须经授权后，方可办理。
（5）应当对会计账务处理的全过程实行监督，会计账务应当做到账账、账据、账款、账实、账表和内外账的“六相符”。凡账务核对不一致的，应当按照权限进行纠正或报上级机构处理。
（6）应当对会计主管、会计负责人实行从业资格管理，建立会计人员档案。会计主管、会计负责人和会计人员应当具有与其岗位、职位相适应的专业资格或技能。
（7）下级机构会计主管的变动应当经上级机构会计部门同意。会计人员调动工作或离职，应当与接管人员办清交接手续，严格执行交接程序。
（8）应当对会计人员实行强制休假制度，联行、同城票据交换、出纳等重要会计岗位人员和会计主管还应当定期轮换，逐步推行离岗（任）审计制度。
（9）应当实行会计差错责任人追究制度，发生重大会计差错、舞弊或案件，除对直接责任人员追究责任外，机构负责人和分管会计的负责人也应当承担相应的责任。
（10）应当做到会计记录、账务处理的合法、真实、完整和准确，严禁伪造、变造会计凭证、会计账簿和其他会计资料，严禁提供虚假财务会计报告。
（11）应当建立规范的信息披露制度，按照规定及时、真实、完整地披露会计、财务信息，满足股东、监管当局和社会公众对其信息的需求。
（12）应当完善会计档案管理，严格执行会计档案查阅手续，防止会计档案被替换、更改、毁损、散失和泄密。
三、金融会计内部控制的评价
金融会计内部控制评价的要点主要有：
（一）评价金融会计内部控制的健全性
主要是评价金融会计内部控制在设计上是否完善，需要控制的环节是否都采取了相应的控制措施。换句话说，被审计单位是否全面地制定了金融会计的各项规章制度，是否进行了全方位的控制。
（二）评价金融会计内部控制的遵循性
对金融会计内部控制的评价，不仅要重视制度的制定，更要重视制度的执行。因此，对遵循性的评价主要是评价金融会计内部控制在实际中是否得到了认真的贯彻执行及其执行程度，有无对其执行情况进行考核、评价，并对其进行不断的改进和完善等。
（三）评价金融会计内部控制的合理性
主要是评价金融会计内部控制是否切实可行，是否符合被审计单位的实际情况；是否设置了过多或不必要的控制点；人员分工和牵制是否恰当（既不能分工过细，又能起到牵制作用）等等。概而言之，主要评价控制成本与控制效果是否成正比。
（四）评价金融会计内部控制的有效性
主要评价金融会计内部控制中的关键控制点，以及业务处理程序和各项控制措施是否真正发挥了应有的控制作用，控制目标是否实现等等。