通过给予自由获得纪律在谈到有关在“儿童之家”所使用的方法时，蒙台梭利说：“我的方法重要之处不在它本身的组织，而是在孩子身上所产生的效果。孩子本身自然地表现出这个方法的价值，就好像显示人类内在发展的法则一样。”“自由”是蒙台梭利“科学的教育学”的基本原则。简单地说，蒙台梭利认为，强制的教法，对儿童——特别是学龄前的儿童有害无益，必须把孩子的头脑解放出来，否则这些民族幼苗的发展就不会健全，同时，蒙台梭利认为“自由”是与生俱来的基本人权。
蒙台梭利说，在她的教育体系里，纪律概念与通常所说的纪律完全不同。
如果纪律是建立在自由的基础上，那么纪律就必须是积极主动的。她并不认为当一个人像哑巴似的一声不吭，或像木头人似的一动不动时才是守纪律的。那只不过是一个失去了个性的人，而不是一个守纪律的人。
蒙台梭利强调，当一个人是自己行为的主人，在需要遵从某些行为准则的时候，他能够节制自己的行为，那么他就是一个守纪律的人。这种积极的纪律概念，不易被人理解，也很难养成这种纪律。但是可以肯定的是，这种纪律中蕴含着与旧时代那种绝对的、不容讨论的、高压下的“不许动”截然不同的教育原则。
对一个教师来说，她需要负责引导孩子沿着这条纪律之路前进。因为孩子现在是在学习活动，而不是学习静坐；不是为上学做准备，而是为生活做准备，是为了通过养成习惯和实践活动获得在社会或集体生活中轻松而准确地完成一些简单动作的能力。这里，孩子们所习惯的纪律，不仅仅限于学校环境，而且也包括社会。
教师在引导孩子的过程中，最重要的应该扮演被动的观察者的角色，而不是主动施加影响的观察者。而且，她的被动性包含着她急切的科学好奇心，包含着对她希望观察到的现象的绝对尊重。但是在现实生活中，教师往往会越俎代庖，蒙台梭利记述了她亲眼见到的这样一个实例：
一天，孩子们围成一圈，有说有笑，圈子的中间放着个水盆，盆里漂浮着各种各样玩具。学校里有个刚两岁半的男孩，他独自一人站在圈外，看得出，他也很想看看，我饶有兴趣地在远处观察着他。他开始慢慢走近其他孩子，想挤进去，但他力气太小，挤不进去，于是他仍站着看着周围。在他那张小脸上流露出来的表情是非常有意思的，当时要是有个照相机把他拍下来就好了。
突然他的目光落在一张小椅子上，显然他是想把椅子搬到这群孩子的后面，然后站在这个椅子上。他开始向椅子走去，脸上露出了希望的神情。正在这时，老师走去蛮横地(她可能会说是轻轻地)抓住他，把他举过其他孩子的头顶，让他看水盆，还说：“来，可怜的小家伙，你也看看吧！”尽管这个小孩看到了漂浮着的玩具，但他却没有体验到通过他自己的能力去征服障碍物所获得的快乐。看到那些玩具并不会给他带来任何好处，而通过他自己努力使用智慧才能发展其内在能力。在这种情况下，这位教师阻碍了这个孩子的自我发展，而且没有给孩子任何有益的补偿。这个小家伙在感到自己快要成功的时候，却发现自己不由自主地被一双铁钳一样的手举了起来。原来他脸上那种非常有趣的欢欣、探索和期望的表情，一下子消失得无影无踪，剩下的只是一种“别人会替他做事”的孩子的那种木木的表情。
蒙台梭利强调，我们要形成的是一种积极的纪律，工作的纪律，良好的纪律，而不是静止不动的纪律，被动的纪律，屈从的纪律。一个真正具有良好纪律的教室是这样的：所有的孩子在教室里忙忙碌碌地进行有益的、运用智力的、自觉的活动，而没有粗野的举动。
我们已经建立了个人的纪律，我们若能安排孩子各就各位，同时设法使他们懂得这样安排会使他们看上去更好，懂得教室秩序井然是一件好事，懂得这样的布置是会令人赏心悦目，于是他们就会安安静静乖乖地坐在自己的座位上。这将是一种练习上课的结果，而不是强迫的结果。要使他们懂得这一切不能通过强制练习，而是要让他们理解遵守集体秩序的原则——这一点非常重要。
因此，我们必须采取以自由为基础的教育方法去帮助儿童赢得自由。也就是说，对儿童的训练应帮助儿童把阻碍他活动的社会束缚尽可能地减到最少。随着孩子在这种环境中一天天成长，他们的自发表现就会慢慢变得越来越明显，真实地表现他的本性。因此，教育首先必须以引导孩子向独立自主的方向发展为目标。
自由以独立为基础在蒙台梭利的教育体系中，自由不是放任。根据蒙台梭利的儿童发展学说，儿童的生命潜力是通过自发的冲动表现出来的。这种冲动的外部表现就是儿童的自由活动。蒙台梭利对传统教育压抑儿童自发冲动的做法给了猛烈的抨击，她声称“在这样的学校里，儿童像被钉子固定的蝴蝶标本，每个人被束缚在课桌椅上”。
任何教育活动，只有帮助儿童在独立的道路上前进，才能对儿童的发展产生作用。我们必须帮助他们不用人搀扶而学会走路、上下楼梯、拾起掉落的物品、穿脱衣服、自己洗澡、口齿清楚地说话和明确地表达自己的需要等等。
我们必须给予孩子的帮助是使他们能够自己达到目的满足愿望，这些都是培养独立性教育的一部分。
我们总是为小孩照顾到方方面面，这对他们不仅是一种奴化，而且十分危险，因为这很容易抑制他们自发的活动和独立自主意识，扼杀他们十分有益的主动性和创造性。我们习惯于把孩子当成木偶，喂他们吃，给他们洗，好像他们是布娃娃；我们总是认为孩子太小，还不会做事，不知道怎样做，事实上，他们必须开始自己学着做一些事。父母对他们的责任在任何情况下都是帮助他们去完成他们自己应该完成的有益活动。母亲喂孩子吃饭时，应该教他怎样自己拿匙，怎样把食物送进嘴里，而不是母亲至少吃一口，以示范给孩子看怎样吃东西，这样的母亲不是好母亲，她冒犯了儿子作为人的基本尊严，把他当成了玩偶。
谁都知道，教孩子自己吃饭、自己洗手、自己穿衣，比喂孩子吃、替孩子洗、替孩子穿更乏味，更困难，更需要有耐心！前者是一位教育者的工作，而后者只是一个仆人简单机械的工作。这样做对母亲比较容易，然而对孩子很危险，因为这会妨碍孩子生命发展的道路，为孩子的成长的道路上设下障碍物。
父母持这种教育态度的最终结果是非常严重的，就像雇佣许多仆人的高贵绅士越来越依赖于仆人，他的肌肉由于长期不活动而变得软弱无力，最终会失去天然的活动能力。一个人如果不需要为自己的需要而操心，一味只叫别人来满足自己，他的思想也将变得迟钝。这样的人若是有朝一日发觉自己处于如此低能的状况，想重新获得独立生活的能力，那时，他会觉得自己再也无力做到这一点。
所以，在对孩子的教育中，自由需要以“独立”为基础。