第三代中央领导集体牢记邓小平的“政治交代”，一刻也没有停止过抓党的建设。1989年8月，中央发出《关于加强党的建设的通知》；12月，江泽民在党建研究班发表了《为把党建设成为更加坚强的工人阶级先锋队而斗争的讲话》；1990年，中央作出《关于加强党同人民群众联系的决定》；1992年，党的十四大提出了用邓小平建设有中国特色的社会主义理论武装全党的战略任务；1994年，党的十四届四中全会作出《关于加强党的建设几个重大问题的决定》；1997年，党的十五大郑重地向全党提出“建设一个什么样的党，怎样建设党”的战略性课题；2001年，十五届六中全会作出《中共中央关于加强和改进党的作风建设的决定》。而“三个代表”重要思想的提出，正是十余年来党的建设实践经验的总结，是在此基础上对“建设一个什么样的党，怎样建设党”这个大课题的破解。
回答的出发点是：“党的领导和党的建设，历来是同党的历史任务，同党为实现这些任务而确立的理论和路线联系在一起的。”回答的首要问题，就是回答什么是“立党之本，执政之基、力量之源”。“三个代表”重要思想对党的性质、宗旨、任务作了一个新的理论概括。这个思想的核心是保持党的先进性，将加强和改进党的建设，保持党的先进性，巩固执政党的地位，统一于党领导人民进行改革开放和社会主义现代化建设的全过程。因此，它是加强党的建设的伟大纲领，也是先锋队保持先进性的纲领。“把‘三个代表’的要求贯彻落实到党的全部工作中去”，执政党地位面临新考验的难点找准了；“执政党应该是一个什么样的党，执政党的党员应该怎样才合格”在这里得到了明确的回答。所以，党只要坚持了“三个代表”，就无愧于先锋队身份，就能保持先进性。在这方面理论上的创新主要有：
（一）从“一个先锋队”到“两个先锋队”的发展
“中国共产党是中国工人阶级的先锋队组织，是中国社会主义的领导核心，是中国各族人民利益的忠实代表。”党章中的这一规定是一个关系到党的性质的重大问题。从十二大到十五大，党章一直是这样规定的。“工人阶级的先锋队”，反映了党的阶级属性，是阶级属性的规定；“中国社会主义的领导核心”，规定了中国工人阶级及其先锋队的执政党地位；“是中国各族人民利益的忠实代表”，是它的归属。生产力是一切社会发展的最终决定力量，而工人阶级的特点和优点的第一个方面，就是与先进的生产力相联系，在现代化建设中，它总是走在科技革命的前列。因此，它当之无愧地成了我们国家的领导阶级。今天，我国工人阶级队伍不断扩大，由建国初期的800万人，发展到3亿5千万人。工人阶级不仅人数在增加，而且整体素质也大大提高了，又有在长期的革命斗争和建设实践中积累起来的丰富的经验，政治上更加成熟，特别能吃苦、特别能战斗，不愧是我们国家的领导阶级。因此，工人阶级是党的阶级基础，它的先进性是党的力量源泉。
十六大修改后的党章改为：中国共产党是中国工人阶级的先锋队，同时是中国人民和中华民族的先锋队。增加了“中国人民和中华民族的先锋队”，即人们通常所说的从“一个先锋队”增加为“两个先锋队”。这一重大的理论发展也是经历了一个过程的，在党内甚至引起过激烈的争论。江泽民《在庆祝中国共产党成立八十周年的大会上的讲话》中曾作过这样的表述：“看一个政党是否先进，是不是工人阶级先锋队，主要应看它的理论和纲领是不是马克思主义的，是不是代表社会发展的正确方向，是不是代表最广大人民的根本利益。”这就明确回答了先进性的首要问题，化解了在此之前人们在这个问题上的重重疑虑，如增加“中国人民和中华民族”为先锋队，党是否会改变阶级性质、是否会失去先进性、是否会成为“全民党”，等等。这个表述实际上是党成立80年来的经验总结。中国共产党成立以后，在目标、纲领中就写进了自己的两大历史任务：民族独立及国家富强。这其实也就是近代以来中国人民前赴后继所追求的目标。其主题是为实现中华民族的伟大复兴，是代表中国最广大人民的根本利益。在这个奋斗过程中，中国共产党在实践中早就成了中华民族和中国人民的先锋队。
从“一个先锋队”增加为“两个先锋队”，是对党成立80多年来的经验总结。中国共产党执政以前，为民族独立的人民利益赴汤蹈火、冲锋陷阵；执政以后为国家富强的人民利益建设中国特色社会主义。所以，我们要实现中华民族的伟大复兴，是全民族的复兴，不仅仅是工人阶级与共产党的复兴，是代表中国最广大人民的根本利益。
从与“三个代表”重要思想的联系来看，要代表最广大人民的根本利益，也必然地提出了如何“代表”的问题。在1935年瓦窑堡会议上，毛泽东就提出了“两个先锋队”的问题，毛泽东说：“为什么要把工农共和国改变为人民共和国呢？我们的政府不但是代表工农的，而且是代表民族的——我们党的第六次全国代表大会所规定的十大政纲，不但代表了工农的利益，也代表了民族的利益……人民共和国去掉帝国主义的压迫，使中国自由独立，去掉地主的压迫，使中国离开半封建制度，这些事情就不但使工农得了利益，也使其他人民得了利益……人民共和国是代表反帝国主义反封建势力的各阶层人民利益的。”所以，党没有任何私利，它始终关注的是工人阶级、中国人民和中华民族的利益。如何代表呢？做先锋队才能代表，二者并不矛盾。邓小平曾经说过：“我们党提出的各项重大任务，没有一项不是依靠广大人民的艰苦努力来完成的。”这说明工人阶级利益和最广大人民的根本利益是完全一致的。从一个先锋队到两个先锋队，在党章中除了工人阶级先锋队又加上了中国人民和中华民族的先锋队，表明了在党的性质问题认识上的发展，同时又是紧密结合当代中国的实际的，是一种与时俱进的结果。
（二）必须最广泛最充分地调动一切积极因素，不断为中华民族伟大复兴增添新力量
党以前依靠的队伍主要有五种力量，即工人、农民、知识分子、干部、解放军。随着改革开放的社会发展，在社会变革中又出现了一些新的社会阶层，党的十六大政治报告将其归结为六种人，分别是：民营科技企业的创业人员和技术人员、受聘于外资企业的管理技术人员、个体户、私营企业主、中介组织的从业人员、自由职业人员等社会阶层。十六大政治报告中提出要“巩固阶级基础，扩大群众基础”；提出“必须最广泛最充分地调动一切积极因素，不断为中华民族伟大复兴增添新力量”。“巩固阶级基础”即原来的五种力量，“扩大群众基础”就是指党的组织要吸收上面所说的六种人。除了“私营企业主”以外，吸收民营科技企业的创业人员和技术人员、受聘于外资企业的管理技术人员、个体户、中介组织的从业人员、自由职业人员等社会阶层的成员加入党组织，是没有争议的。但是，对是否吸收“私营企业主”入党，党内在一段时间内曾有过争论，争论的焦点是“私营企业主”是否有剥削，他们的利润是否是剩余价值。如前所述，社会主义本质论是消灭剥削，如果有剥削，吸收他们参加工人阶级先锋队肯定与本质论相违背。
但是，这里我们应该面对两个基本的事实：一是改革开放以来我国社会财富迅速增长、人民生活总体达到小康水平，这种历史性跨越和伟大成就是怎么得来的？是出现了新的资产阶级靠剥削得来的，还是靠亿万人民群众辛勤劳动创造的？显然是后者。二是在社会主义市场经济竞争中，有些人成功了，说他是剥削者、是坏的，不成功的人却是先进的，那这个社会还有希望吗？市场经济还怎么搞下去？所以十六大政治报告还指出：“一切合法的劳动收入和合法的非劳动收入都应该得到保护。不能简单地把有没有财产、有多少财产当作判断人们政治上先进和落后的标准，而主要看他们的思想状况和现实表现，看他们的财产是怎么得来的，以及对财产怎么支配和使用，看他们以自己的劳动对中国特色社会主义事业所作的贡献。”所以，“有没有财产、有多少财产”不能当作判断人们政治上先进和落后的标准，以自己的劳动对中国特色社会主义事业所作的贡献才是判断标准。这里，需要介绍一个重要的基本理论，叫做民营经济必须服从于“普照的光”。马克思说：“在一切社会形式中都有一种一定的生产决定其他一切生产的地位和影响，因而它的关系也决定其他一切关系的地位和影响。这是一种普照的光，它掩盖了一切其他色彩，改善着它们的特点。”那么，以公有制为主体，多种所有制共同发展的基本经济制度，这个主体地位，就是普照的光，在这种光照耀之下的私营经济也是为发展社会主义生产力服务的经济，是社会主义市场经济的重要组成部分，在发展生产力、繁荣市场经济、满足人民生活、安排就业等方面发挥作用，成为现代化建设中不可缺少的组成部分。
所以，十六大政治报告中指出的这六种人，都是中国特色社会主义事业的建设者，给他们定性为“建设者”的话，就与党在市场经济的问题上将除公有制以外的其他各种经济成分都认定为社会主义市场经济的重要组成部分统一起来了。既然同是中国特色社会主义事业的建设者，“能否自觉地为实现党的路线和纲领而奋斗，是否符合党员条件，是吸收新党员的主要标准”。
值得注意的是，对两个先锋队如何相统一、增强党的阶级基础和扩大党的群众基础如何相统一，十六大政治报告的第十部分在用词上表述得很有分寸：“重点做好在工人、农民、知识分子、军人和干部中发展党员的工作，壮大党的队伍最基本的组成部分和骨干力量。注意在生产、工作第一线和高知识群体、青年中发展党员。要把承认党的纲领和章程、自觉为党的路线和纲领而奋斗、经过长期考验、符合党员条件的其他社会阶层的先进分子吸收到党内来，增强党在全社会的影响力和凝聚力。”首先，五种力量仍然是“重点”，“重点做好在工人、农民、知识分子、军人和干部中发展党员的工作”；其次是“注意”，“注意在生产、工作第一线和高知识群体、青年中发展党员”；再次是“要把”，“要把符合党员条件的其他社会阶层的先进防分子吸收到党内来”。
二、既要坚定共产主义信念又要脚踏实地工作
社会主义初级阶段理论是邓小平理论的基础和基石。但是，邓小平从来就没有放弃过共产党人的最高理想。他说：“我们过去几十年艰苦奋斗，就是靠用坚定的信念把人民团结起来，为人民自己的利益而奋斗。没有这样的信念，就没有凝聚力。没有这样的信念，就没有一切。我们共产党人的最高理想是实现共产主义，在不同历史阶段又有代表那个阶段最广大人民利益的奋斗纲领。因此我们才能够团结和动员广大的人民群众，叫做万众一心。”“在不同历史阶段又有代表那个阶段最广大人民利益的奋斗纲领”，这种认识，将远大目标与阶段性目标有机统一起来，其本身也是建立在社会主义初级阶段基本国情上的。
怎样去面对、实现自己的政治目标？在庆祝建党80周年的“七一”讲话中，江泽民对党的最高纲领要实现的目标作了如下描述：物质财富极大丰富、人民精神境界极大提高、每个人自由而全面的发展。与传统的共产主义蓝图相比较这个描述更加简约，为什么？讲话中说：对遥远的未来不可能也不必要作具体的设想和描绘；未来的事情总应该由未来的实践来回答，人的认识是受时代限制的。讲话还指出：过去，我们对这个问题的认识是肤浅的，因为，在这方面我们是有深刻的经验教训的。例如，在“大跃进”的年代就曾宣布，共产主义在我国的实现已经不是什么遥远、将来的事情了；提出要“跑步进入共产主义”。苏联也犯过这样的错误，他们曾经在1936年宣布建成社会主义，三年后又提出“向共产主义前进”的口号，赫鲁晓夫上台后，提出要用20年时间在苏联建成共产主义，虽然勃列日涅夫从赫鲁晓夫的立场后退了一些，但仍提出苏联进入了“发达社会主义”社会。
正确的态度是，在如何认识资本主义与社会主义的问题上，我们既要充分认识资本主义的新变化，也要看到它的基本矛盾没有变，因而灭亡的趋势就没有变，因此，从社会主义的巨大生命力和伟大成就中更加坚定起共产主义必胜的信念。同时，也要认识到这将是一个长期的历史过程。“七一”讲话中就引用了1859年马克思在《〈政治经济学批判〉序言》中说过的一段话：“无论哪一个社会形态，在它所能容纳的全部生产力发挥出来以前，是决不会灭亡的；而新的更高的生产关系，在它的物质存在条件在旧社会的胎胞里成熟以前，是决不会出现的。”这就是“两个决不会”与“两个必然”的辩证关系。动摇了“两个必然”，就会丧失根本，迷失方向；忽略了“两个决不会”，就会脱离实际，急躁冒进。“七一”讲话在这个问题上保持了高度的清醒，讲话中明确提出：“全党同志既要树立共产主义的远大理想，坚定信念，以高尚的思想道德要求和鞭策自己，更要脚踏实地，为实现党在现阶段的基本纲领而不懈努力，扎扎实实地做好现阶段的每一项工作。”也就是说，只有脚踏实地做好现阶段的每一项工作，才能最终实现共产主义的远大目标；只有胸怀共产主义远大目标，才能在实际工作中保持正确的方向。离开基本纲领，脱离社会主义初级阶段的实际讲共产主义，就容易陷入空谈。
这些思想载入了十六大通过的新党章，新党章在总纲中增加了一个第三段：“马克思列宁主义揭示了人类社会历史发展的规律，他的基本原理是正确的，具有强大的生命力。中国共产党人追求的共产主义最高理想，只有在社会主义社会充分发展和高度发达的基础上才能实现。社会主义制度的发展和完善是一个长期的历史过程。坚持马克思列宁主义的基本原理，走中国人民自愿选择的适合中国国情的道路，中国的社会主义事业必将取得最终的胜利。”这个表述反映在党的政治纲领中，决定了我们是最低纲领与最高纲领的辩证统一论者。2003年7月1日，胡锦涛在学习“三个代表”重要思想理论研讨会上指出：“三个代表”重要思想坚持了这两者的统一，为我们坚持马克思主义的最终奋斗目标、根据实际制定和实施推动我国社会主义发展的科学战略提供了新的理论基础；同时又为在锲而不舍的努力中不断朝着实现共产党人的远大理想和最终目标胜利前进指明了现实途径。