公元1861年，咸丰皇帝不幸病死。由6岁的皇子轼淳即位，年号同治。咸丰临死时遗命，怡亲王载垣、郑亲王端华、协办大学士户部尚书肃顺、总摄朝政。当时的慈禧年仅27岁，她不甘心被人摆布，尤其是不能让所谓的八大辅臣总摄朝政。实际上，八大辅臣的权利归于肃顺，而肃顺与慈禧一直是针锋相对，如同仇敌。在承德行宫，慈禧曾向肃顺等人提出“垂帘听政”以佐幼主的意愿，受到肃顺等的坚决反对。此后，慈禧并不示弱，她仍同肃顺等人争执不休。慈禧觉得再争下去恐怕也不会得到肃顺等人的赞同，便灵机一动，计上心来。
慈禧首先策动东太后钮祜禄氏站在自己一边，同八大辅臣对抗。接着，秘密联络留守北京办理洋务的咸丰帝六弟恭亲王奕，计划除掉肃顺大人等人，以实现自己“垂帘听政”的目的。奕与肃顺这帮人向来不和，英、法、俄、美四国联军攻占天津时，奕受命与洋人议和。而肃顺与端华两人由于没捞到半点油水，为此心中闷闷不乐。此后，他们常常在咸丰帝面前指责奕，说些否定议和的话。偏听偏信的咸丰帝于是渐渐冷落奕，而肃顺、端华与恭亲王奕之间也经常发生摩擦，互相攻击。慈禧对此是了如指掌，所以这次特意选了恭亲王奕单独来承德进行密谋活动。
几天以后，奕在各国大使的默许下，以奔丧为名，赶到热河和西太后慈禧密谋。然后，奕返回北京，着手部署。御史董元醇上疏说：“皇上冲龄，未能亲政，暂请皇太后重帘听政。”两宫太后慈安与慈禧见此奏折，便召见以肃顺为首的八位顾命大臣，把董元醇的上疏给他们看。肃顺首先反对，他以受先帝所托，不能辜负皇恩，且本朝未有皇太后垂帘听政为由，拟旨驳回。
1861年9月23日，慈禧命肃顺护送咸丰的灵枢先行回京，自己同东太后慈安、同治小皇帝，以及端华、载垣等人随赶到。由于慈禧等人走小道，且日夜兼程，因此比肃顺还先一步赶回京城。就在慈禧回京的第二天，肃顺也赶到京城，而一切都已经在慈禧的掌握之中了。她将奕拟定的圣旨宣读天下，声称：“先帝驾崩于承德行宫，肃顺等人擅权抗旨，欺负孤儿寡妇。自己辜负了先帝，如果再姑息肃顺等人，何以对得起先帝的在天之灵，何以说明天下的黎民百姓！”于是以迅雷不及掩耳之势，将八位顾命大臣逮捕治罪。
紧接着，慈禧任命奕为议政王，奕立即以“咆哮狂肆，目无君上，抗旨违法，离间宫闱”为罪名，赐令端华、载垣等人自尽，而肃顺则被斩首抄家，其他五人分别革职充军。
11月1日，叶赫那拉氏与纽枯禄氏正式在养心殿垂帘听政。从此，叶赫那拉氏便掌握了清王朝的政权，直到公元1908年慈禧去世，清朝40年的命运全部掌握在慈禧手中。