崇祯朝处于明末朝，社会弊端积重难返，民族矛盾和阶级矛盾已到了无法缓和的地步。内有农民起义不断，外有后金的威胁。面对大厦将倾的严重局面，崇祯帝想做一个“中兴”皇帝的梦想也随之破灭，形势已发展到无法挽回的地步。明后期自然灾害不断，又由于人口增长太快，全国发生饥荒，特别是陕西、河南两省最为厉害。即便在这样的年头，各级官府也没有停止征收租赋，并且由于明末军事斗争的增加，临时征派多如牛毛，人民负担反而更加沉重。
崇祯帝忽视民心，认识不到蕴藏在广大人民中的巨大力量。对生活在水深火热中的百姓的死活不闻不问，还照旧征收赋税，并且时不时临时加派，这无异于涸泽而渔，使本来就不平和的阶级矛盾更加尖锐。
崇祯帝刚坐上皇帝宝座，屁股还没坐稳，陕西白水人王二就举起义旗，揭开了明末农民战争的序幕。以后又有高迎祥、张献忠、李自成等人也纷纷起义。崇祯帝一开始认为这些都是些饥民，只要给他们些钱粮，什么都解决了，没有认识到人民生活的悲惨。他不但没有吸取教训，反而变本加厉，增加赋税，百姓怨声载道，饿殍遍地，更多的农民奋而起义。其中影响最大、给明王朝打击最大的是张献忠和李自成起义。
李自成，陕西米脂人。因生活无法维持，投奔了起义军。从1631年起，李自成所率军队渐露锋芒，他被称为“闯将”。李自成所率军队纪律严明、作战勇敢，对百姓秋毫无犯，虽经受过几次挫折，但最终发展成为农民义军中力量最强大的。
面对各地农民纷纷揭竿而起的局面，明政府改变了招抚的政策，转而采用剿杀的政策。但是义军实行游击战，且基础深厚，官兵虽连连取胜，但怎么也剿除不净。1633年底，高迎祥、李自成等率义军突破黄河天险，杀入明朝的心脏地带——河南。他们乘势前进，转而向安徽方面挺进。1635年，义军政下明皇室凤阳老巢，那儿有朱元璋的祖坟。义军进城后，焚毁皇陵，刨了皇家祖坟。崇祯帝闻知祖坟被挖大为吃惊，下罪己诏请求祖先在天之灵宽恕自己。崇祯帝悲伤过后，命兵部尚书杨嗣昌专力剿杀，在政府军的围追堵截下，李自成处境艰难，暂时处于低潮。1641年，李自成进入河南，转而又攻克洛阳，杀死福王朱常洵。崇祯帝知道后，非常生气，骂各地官吏围剿不力，但自己也拿不出好办法来。李自成义军纵横驰骋，来回奔袭，官军只能跟在义军屁股后团团转。1642年，李自成率军三围开封，经过一番战斗，围剿义军的官军不但没有把义军剿灭，反而被义军歼灭大部，义军开始转入战略进攻。1643年，李自成在襄阳建立革命政权。
正当农民起义日趋高涨之时，满族建立的后金政权在东北日渐强大起来，这对动荡的明王朝又是一重大威胁。1636年，皇太极称帝，改后金为清，其目的非常明确，就是推翻明朝，取而代之。清政权在京东地区集结了八路大军，然后扑向太行山和运河之间的广大平原地区。在清军结集大军，准备就绪之时，崇祯帝还在战与和之间犹疑不决，最终还是下决心与清军决一死战，但由于朋党之争严重，他们彼此互相斗争，挖对方的墙角，还没有作好同清军作战的充分准备。而崇祯帝又用人不当，结果明朝在同清军的作战中处于越来越不利的地位。在清兵每次发动进攻时，崇祯帝在不懂得军事战略和军事指挥的情况下瞎指挥，只知命将士出战迎敌。他不懂得在敌我力量强弱非常明显的情况下应先加强防守，稳住阵脚。1642年，清兵向宁远、锦州发动进攻，守将洪承畴主张采用车营法，稳扎稳打，步步进兵，不给清兵留下破绽，再乘机将清军赶到塞外去。但看到局势紧张的崇祯帝正急于想尽快将清军赶出去，因此他采纳了兵部尚书陈新甲分路合击的策略，而没有采纳洪承畴沉稳的方法。结果，明军全军覆没，洪承畴也被清军俘虏。明军惨败，使明朝在辽东边防的主力部队损失殆尽，从此明王朝再也没有能力与清军抗衡了，两军强弱之势已非常明显了。