这是全城百姓第一次见到大体不杀不掳的部队。于是，太平路享有盛名的儒士李习、陶安等率领父老迎接元璋。陶安也很会讨人喜欢的，他见元璋相貌奇特，便迎上说道：“龙姿凤质，非寻常人也。我辈总算有主了。”六月初三，元璋将陶安、李习召去讨论时局，征询对平定天下的意见。陶安说道：“方今四海鼎沸，豪杰并争，攻城夺邑，互相雄长。多数人的志向都在子女玉帛，图一时的痛快，没有拨乱救民安天下之心。明公率众渡江，神武不杀，人心悦服。如此顺天应人而兴吊民伐罪之师，平定天下不会是很困难的。”元璋说道：“足下的话说得很有道理。下一步，我想攻取金陵，你看怎么样？”陶安回答：“金陵自古来就是帝王之都，龙盘虎踞，形胜之地。长江天堑，进可攻退可守。若由此出兵以临四方，则何往而不胜？”听了这些议论，元璋很喜欢，又见他思路敏捷、谈吐高雅，便留他做了幕宾。陶安这年四十六岁，李习已八十多岁。
太平是过江后攻下的第一个大的城池，是元璋作为最高统帅占领的第一个重要据点。这在朱元璋的事业上是一个转折点。如果在江北三年是它的序幕，那么下江南、占太平，则是它的开篇，是元璋以雄健之姿迈出的坚实的第一步。元璋也十分重视他的入局第一着。他改太平路为太平府，任命李习为知府，设置了太平兴国翼元帅府，自任大元帅。元朝兵制，中央设枢密院，地方设临时性的行枢密院，又设万户、千户、百户。一个万户府也称一翼。翼元帅府的设置，是承袭元朝地方兵制。元璋任命李善长为帅府都事，汪广洋为帅府令史，陶安、宋思颜、王恺参幕府事，梁贞、潘庭坚为府学教授，共同处理帅府日常政务。李习、陶安、汪广洋、宋思颜、王恺、梁贞、潘庭坚都是太平府知名儒士。陶安、李习做过书院山长，潘庭坚做过富阳县教谕，王恺时任太平路掾史。梁贞是浙江新昌人，时任太平路儒学教授。汪广洋是高邮人，名学者余阙的学生，这时流寓在太平。
元璋注意延揽士人，不自今日始。从江北跟随而来的，除李善长、冯国用、范常之外，还有濠州郭景祥、李梦庚，定远毛骐，滁州杨元杲、阮弘道，全椒侯元善、樊景昭，舒城汪河，以及王习右、杨欤干、范子权等。这些人或管理文案，或出谋划策，或咨询顾问，帮助元璋添了知识，增了智慧，长了才干，深沉练达，逐渐成熟。所谓练达和成熟，就是从中国传统文化土壤中更多地吸取了养分。这件事对任何一个有志于“拨乱救民安天下”的绿林好汉、英雄豪杰，都是一个成败的关键。不管元璋有没有明白地认识到这一点，他总是直观地感觉到读书人对他的用处及读书人的深邃、透辟和预见，感到从读书人那里得到的教益。元璋同读书人交往，一方面在补各种知识文化课，结合军事政治斗争的实践了解先辈们积累的各种经验；另一方面也是在缓和与各地士大夫的矛盾，消融他们的敌意。因为读书士人往往是一个宗族一个地域的团聚核心。一个著名儒士，就是一面旗帜、一种凝聚力和号召力。它的影响之大，随着战事的展开表现得越来越明显。元璋对士人的争取也越来越重视。
元璋能够争取到读书人即地主知识层的支持以及元末不少读书入拥入农民造反的行列，还有一个特殊原因，就是元王朝执行了一种错误的鄙薄知识、鄙薄文化、鄙薄知识分子的政策。蒙古贵族统治中国广袤大地，却不大接受汉族农业地区先进的文化。它的国字国语是蒙古字和蒙古语。皇帝、大臣多不通汉语，不识汉字。这自然就使汉族儒生受到冷落。他们处理政务宁可用粗识文字的吏，而不大喜欢用高傲寡合的儒。余阙曾说：“自至元以下始浸用吏，虽执政大臣亦以吏为之。由是中州小民粗识字能治文书者，得入台阁供笔札，累日积月皆可以致通显。”而“士大夫有欲进取立功名者，皆强颜色，昏旦往候于门，媚说以妾婢，始得尺寸”。因而当时儒者的地位甚低。有记载说：“滑稽之雄以儒为西戋者曰：我大元制典，人有十等，一官二吏，先之者，贵之也，贵之者，谓有益于国也。七匠八娼九儒十丐，后之者，贱之也，贱之者，谓无益于国也。嗟乎卑哉，介乎娼之下丐之上者，今儒也。”这十等之民还有一种排法，叫做一官二吏三僧四道五医六工七猎八民九儒十丐。总之，都是略胜叫化子一等的臭老九。再休说什么“万般皆下品，唯有读书高”，只落得“小夫贱隶皆以儒为嗤呧”。仕途的狭窄和社会心理上的压力，无疑造成知识分子对元政权的感情淡漠和离心倾向。历史上还没有一个王朝有那么多读书人像元末这样主动投寇附贼，拥进农民造反队伍。朱元璋恰恰是比其他各股农民军更准确地把握了这个时代脉搏，尽可能地收罗了这股反元势力为我所用。太平元帅府建制之后，他对知识分子的争取利用变得更自觉、更积极、更主动。
六月初七，元军集合重兵争夺采石、太平。右丞阿鲁灰、枢密副使绊住马、中丞蛮子海牙等用大船截断采石，封锁了姑孰溪口，使元璋不仅不能东渡，而且切断了回和州的通道。而后方山寨民兵元帅陈野先率数万地方水陆劲旅攻打太平。元璋亲自登城指挥抵抗。有几次敌兵临近城下，情势危急。正当考虑如何破敌，他新纳的一房夫人孙伯英之妹孙氏进言道：“俗话说，重赏之下必有勇夫。现在城内府库中还有若干金银，何不拿来全部分给将士，使他们奋勇杀敌。如果此城不保，再多金银又有什么用处？”元璋恍然醒悟。第二天，元兵再次拥上来，元璋将库中金银全部抬出来，一部分即刻分散，一部分悬为赏格，待战后兑现，士气为之大振。他分遣徐达、邓愈、汤和引兵出东门迎战，又派出一支抄小路绕到敌人背后埋伏。徐达等转战到城北，正好与埋伏部队相呼应，将陈野先的队伍夹在中间。便见前后夹击，敌兵慌乱。汤和率队攻击他的水军，一支箭射来，中了汤和左臂，汤和拔箭再战，怒气张扬，砍杀更为奋力，部众一呼百应，徐达、邓愈率众猛扑野先步兵，个个奋勇争先。元兵一败涂地，陈野先也在拥挤践踏中落马被擒。
陈野先所纠集的团保地方武装，勇悍敢战，声势强大，他所据守的方山寨，扼守秦淮河，逼近金陵，地位十分重要，听说陈野先被活捉，元璋高兴异常。当野先捆绑着解到面前，元璋立即起身，亲自为他松绑，并让他坐下叙话。野先也不客气，侧身便坐，一边问道：“为什么不杀我？”元璋说：“眼下天下大乱，豪杰并起，遍地元帅满地王，据山寨，攻城邑的，不知几多。大半是斗胜的人附，斗败的附人。将军既然以豪杰自负，必然了解这个形势，明白这个道理，难道还不知道不杀你的原因？”野先慨然说道：“元帅的意思，是不是要我招降手下部队？”元璋说：“正是这个意思。将军声震东南，朱某久有交结之意，今天也是天作之合。如果我俩携手，这些草莽鼠辈，怕不够我们拨弄的。”野先说：“久闻元帅的部队不杀不掳，就知道元帅志不在小处。如果蒙元帅不杀之恩，我愿意追随鞍前马后。我手下部队的将校都是我的故旧，只需一封书信，定能招之即来。”元璋闻言大喜，说道：“真是英雄本色，快人快语。现在还有一事商量，不知将军意下如何？”野先说：“但请吩咐。”元璋说：“我有意与将军结为兄弟，如何？”野先起身说道：“如此，高攀了。”元璋即命宰乌牛白马，祭告天地，二人喝了血酒，对天盟誓，共约攻取集庆，闯荡大业。野先果然修书几封，部下闻召赶到太平。元璋兵不血刃，平添了几万劲卒，心下好不快活。
阿鲁灰、蛮子海牙等见陈野先攻城失败，也从采石、姑孰口撤兵，改屯于江北峪溪口。六月初十，徐达奉命东击，攻占秦淮河上游的溧水县。
再说巢湖水师在渡江以来的战斗中屡立战功，便有些居功自傲。但见朱元璋对水师的犒赏并不特殊优厚，不免心存怨望。李扒头即李普胜乘势煽动，企图叛乱。他在船上摆酒庆功，邀请朱元璋前往祝贺。桑世杰向元璋告密，元璋暗暗吃惊，托病推辞。过了几天，元璋回请水师将领，李扒头不加提防，随同前往，席前被酒灌醉，当即拿下，宣布谋反罪状，投入大江中。他的部下一个个吓得胆战心惊，元璋宣布其他人概不追究。巢湖水师才算彻底归顺。
向集庆路进发，万事俱备。这一仗关系重大，更应该稳扎稳打。陈野先的几万部队得来太容易，反倒让元璋心里没底。他采取投石问路的策略，先做试探性进攻。
七月初九，命张天祜率部东进，其中包括陈野先的部曲，而陈野先本人却留在了太平，这一仗自然没有什么结果。
八月初七，议定再攻集庆，陈野先果然有所动作。原来，陈野先当初招降他的部曲不过是虚晃一枪，他写信给他们，是想激起他们的忠义之气和哀兵苦斗精神，谁想到这帮人比他还不争气，听说一个降字，便整军列队而来，使野先暗呼失计，因而常常郁郁不乐。这一切都未能逃过元璋的耳目。第一次打集庆，不让他出征，他就有些坐卧不安。此次再举，野先急急告诉部曲：“尔等此次不要真打，待我设法从这里逃走，自会与你们取得联络。那时当与元兵会合，共谋振兴。”这些动作很快有人报到元璋那里，元璋在考虑怎样处理此事。这个情报是否准确？会不会冤枉人家？就是准确又怎样？都知道我们是结拜兄弟，就凭这句话就把他抓起来？人们会怎么看我，怎么再接近我？最重要的，是怎样处理野先的将领和部众，弄不好会惹起大乱子。那么，不抓他又怎么办？让这样一只老虎长久住在我的园子里？真是左思右想，不得其解。忽然，他似乎抓到了此事的纲领，越想越觉得奇妙，遂莞尔一笑，暗自骂道：“重八啊重八，你小子还真有些聪明。只是，是不是损了点——唉，那也就看他们各自的运气和造化了。”
元璋把野先召了来，郑重地告诉他：“你我虽为结拜兄弟，但是人各有志，识见不一，恋主之心，无可指责。从我从元，任你挑选，我绝不相强。”野先听到这话，先是一惊，随即又镇静下来。他赌咒发誓道：“我若背叛元帅再生之恩，神人不容，让我不得好死。”元璋连忙止住，说道：“何必发那么重的誓言。既然如此，我还有什么不放心。我今派你率一部分将士到方山一带去，搜罗你原来的部众，扫清集庆南部外围，配合大部队俟机攻打集庆。”野先领命而去。
元璋留下野先的妻子儿女做人质，放走了陈野先，却没有派出后续部队，只是分遣一股游兵攻陷了集庆以南的溧阳县和句容县。他要观察野先的举动。
陈野先回到方山寨，收集余众，军威重新振作。他果然与集庆守将南台御史大夫福寿取得了联系，表示“愿擒贼首以自效”，福寿对他深信不疑，他们决定先对元璋施以缓兵之计。八月十四号，野先率师进抵板桥，遂写一封书信，向元璋报告军情，谎称，十二日在八里冈与元兵相遇，杀获不可胜计。接下去说道：“集庆城池，右环大江，左枕崇冈，三面据水，以山为郭，以江为池，地势险阻，不利步战。今元师与新召入城的苗兵联络其中，连寨三十余里。攻城则虑其继后，立寨则运粮不继。竭力前进，倘有不虞，反为后患。莫若进兵南据溧阳，东捣镇江，据险阻，绝粮道，示以持久，可不攻而自下。”元璋见到书信不免窃笑。暗骂道：“野先小儿，你是在糊弄三岁娃娃吗？从来以弱攻强，只利速决，哪有持久围困的道理。”遂口授回书一封，信中写道：“历代之克江南者，晋之灭吴，隋之平陈，曹彬之取南唐，皆以长江天堑限隔南北，故须会集舟师，始能成功。今我大军既已渡江，据其上游，彼之天险，我已越之，彼之咽喉，我已扼之。舟师多寡，不足深虑，舍舟步进，足以克捷，自与晋、隋势殊事异。足下正宜乘时进取，建勋立业，奈何舍全胜之策，而为此迂回之计耶？”这既堵上了野先的嘴，也等于给他下了一道乘胜前进的命令。九月初一，野先得到回书，便将计就计。说得到书信的指令后，率师攻击，大败元兵，俘获甚众，并且活捉了元将左答纳识里，请元璋亲自前来主持受俘仪式，以鼓舞士气，振扬军威。他还真把左答纳识里邀到营中，配合行动。元璋吩咐说：“写信给陈野先，告诉他，近日起程前往。”野先得信暗喜，急忙筹备，但他又是徒劳一场。元璋哪有那种闲工夫到他跟前去捉迷藏，他要把心思放在第二步计划上。
九月十六日，朱元璋派元帅张天祜、郭天叙率领他们的部下前往，配合陈野先攻打集庆。十七日，兵抵方山，与陈野先会师。双方约定，郭天叙和张天祜督兵由官塘经同山进攻集庆东门，陈野先自板桥直攻南门。从早晨六点打到正午十二点，几次攻击，都被元兵打退。只好暂停进攻，蓄养锐气。陈野先预先准备了丰盛的饭食犒军，同时邀张天祜、郭天叙饮宴。待张、郭酒醉，即刻被陈野先拿下了。张天祜当场被杀，郭天叙解给了福寿，而后处死。张、郭部队猝不及防，遭到陈野先和城内元军联合夹击，大败而逃。总管赵继祖率军跃马而遁，陈野先_路追击，到了溧阳县，方才罢手。陈野先的反复无常，遭到其他地方武装的痛恨。九月二十七日，他途经溧阳县葛仙乡，乡寨民兵百户卢德茂派出五十个壮士出寨迎接。野先率十余骑兵前行，一个壮士趁其不备，身后一杵，将他打翻下马，其他人连刺数枪，野先一命呜呼。他的部众公推他的侄子陈兆先为统军，驻扎方山。
前方的败讯传到太平，元璋感到特别的悲痛与内疚。他心里明白，这些无辜的将士，是为他的一己私利而丧生的，是他的权力与计谋的牺牲品。距头三尺有神明，他在自责中夹杂着恐惧。这有生以来第一次的阴谋与狠毒，虽然玩得如此漂亮、如此天衣无缝，元璋还是背上了沉重包袱。但转念间仍有理由自解：我与小明王有君臣名分，郭天叙的都元帅、张天祜的右副元帅从未撤销。这样一国三公，大家早晚终有一决。今日养痈，明日遗患，还不如早下决心。目下这样做各方面毫无察觉毫无震动，又有何不可？几天后，听到陈野先被杀，更觉得理直气壮。这岂不是上天对他背盟负恩的惩罚？又岂不是对自己的举措的赞同？元璋越想越觉得有理，心下一时轻松得多了。
但他还是要做一些实际的事情作为补偿，才能使失衡的心理得到平衡和安慰。眼下不是还关着一个纳哈出吗？这个纳哈出是成吉思汗时候大将木华黎的嫡孙后裔。元璋想利用他的身世和名望为我所用，便让降将万户黄俦陪伴，做些说服工作。纳哈出对黄俦说：“荷蒙主公不杀之恩，实在难以为报。但我是北人，终难忘北边的故土和亲人。”元璋就把此事搁置起来。而今想到，留他在这里，终没有多大意义。放了他，说不定会产生更大影响。况且，就算放虎归山，我也认了。他对徐达等人说：“纳哈出是元朝名臣子孙，心在北归，今天强留他，有些不合人情，不如放了他。”徐达有些摸不着头脑，怎么大元帅忽然冒出这么个念头？便说道：“虏心难测，轻易地放了他，会留下祸根。他若实在无用，还不如杀了。”徐达当然不了解元璋心底的赎罪隐秘，见元璋决心已定，也只得罢了。十二月初一，元璋将纳哈出和降臣张御史召到帅府，说道：“做臣子的，各为其主，你们既然不愿意留，也无法勉强，况且你们还有父母妻子，今天就放你们回去，手令和路上的盘费都已准备了。收拾一下，你们就可以动身了。”纳哈出拜谢而别。元璋做这一桩大布施，像打了一场大胜仗，心中少有的痛快。在明朝建国后仍然盘踞东北，为边防大患的，就是这个纳哈出。
集庆城下之捷，鼓起蛮子海牙的勇气。他的水师又从江北峪溪口探出头来，建栅寨于采石矶，截断了通往和州的通路，伺机攻击太平。这时将士们的家属仍住在和州，太平、和州的联络被掐断，也使军心不稳。元璋命令造巨舰、石炮，派精兵严密防守。趁年关休战的时机，整队练兵，准备明春的更大战事。
元顺帝至正十六年、小明王龙凤二年（1356）二月二十五日。元璋率部同蛮子海牙展开采石争夺战。蛮子海牙的舰队连阵十几里，声势很大。元璋命常遇春派出一支部队作为疑兵，吸引对方兵力，而后大兵正面交战，正在短兵相接之际，又使猛将王铭率一部分敢死队作为奇兵，插向敌阵后方，鼓噪冲杀。这时常遇春正面部队已将敌舰中分为二，左纵右击，使敌舰互失声援，陷进包围圈里。元璋命令用襄阳大石炮轰击敌人水寨和船队。到正午时分，元舰队已不能支撑，蛮子海牙率领残兵败逃集庆，其余船队和万余水军全部投降。蛮子海牙采石水师的彻底崩溃，为东下集庆解除了后顾之忧。
乘胜前进，一鼓作气。三月初一，元璋亲自统帅大军，从太平水陆并发。三月初三，抵达集庆路治所江宁镇。一方面要清扫外围，一方面顺应将士报仇雪恨之心，兵锋首指陈兆先营阵。这一仗打得真是干净利索，手起刀落之间，便拔栅而人，擒获了陈兆先，使他全军三万六干人无一漏网。这些被俘将士十分恐瞑，害怕元璋报复。对此，元璋必须谨慎妥善处理。关键的问题，是如何消除他们的疑虑。他命令亲军统帅冯国用在降军中挑选了五百勇猛的壮士作为亲兵，当晚担任自己的宿卫。星光灿烂之夜，元璋处理完公文便宽衣安寝。原来的宿卫悄悄退出，只有冯国用一人全身披挂，像一尊神立在元璋的卧榻旁，新选的五百壮士怯生生地按规定位置持枪排列在帐中，在灯光摇曳中，可以看见他们紧张的神色。屋内静得能听到每一个人的喘息、每个人怦怦的心跳声。这五百零二个人，个个都心怀鬼胎，似乎每一个细琐脚步的移动，每一下枪戈的无意碰击，都会是一星引爆的火花。是故意地坦然，或是过于疲劳，元璋的睡榻上透出轻轻的鼾声，使人们紧缩的神经逐渐松弛下来。到这时，大家才恍然觉得，刚才那一番紧张似乎本来就是多余的。五百壮士感戴和钦佩元璋的宽宏和坦荡。第二天，这五百亲兵夜宿帅帐的故事在几万降卒中不胫而走，部队的情绪立刻稳定下来。他们中许多人像这五百亲兵一样，成为攻打集庆的勇士。
三月初十，向集庆发动总攻。在五里地之外，鼓声杀声就随着人潮汹涌而来，使元兵夺气丧胆。元行台御史大夫福寿督兵死守，无奈将士怯懦，不听约束。不到几个时辰，城就被攻破。御史大夫福寿、平章阿鲁灰等战死。蛮子海牙等弃城逃走。水寨元帅康茂才等率众投降，共得军民五十余万。元璋入城，召集官吏父老士绅百姓，告谕道：“元政无道，兵戈四起，各地一片混乱。尔等处在危城当中，每天提心吊胆地过日子。我率部队到这里，正是为民除乱。今后，尔等各安职业，不必心怀疑惧。有贤人君子愿意跟从的，我以礼相待。各级官吏都照旧任职，但要勤慎职守，不要殃害我的百姓。旧政有不便于民的，我为尔等更除。”随即，善长等人根据元璋的这个告谕，发布安民告示，城内秩序很快恢复。
进城第二天，三月十一，元璋带领徐达等巡视全城，看到它的雄伟、它的富庶和繁华，恍惚如在梦中，那种激动与兴奋简直无法按捺，遂对徐达等人说：“金陵枕山带江，真是天造地设的一块宝地，难怪古人称为长江天堑。况且仓廪实，人民足，今天终为我有。再加上诸位同心协力相助，还有什么样的功业不能建立！”徐达附和道：“元帅建功立业绝非偶然，今天能够得到它，实在是上天所授！”听到这话，元璋更是喜欢。
于是改集庆路为应天府，设置大元帅府，元璋自任大元帅。又设天兴建康翼统军元帅府，以廖永安为元帅。
元璋此时已占据长江沿线的芜湖、太平、和州、溧水、句容、溧阳等地。要拱卫屏障应天府，必须尽快拿下下游的镇江路。元璋不担心攻城的成败战绩，更怕的是兵无纪律。他觉得，在江南的复杂形势下，谁能安定民心、安定社会，谁才可能有长足的发展。占领应天后，他不可能像以前那样每一仗都亲临指挥，这就尤其要求在外的兵将严肃军纪。应天之后，镇江是第一仗，必须马上立出个样子。他决定与李善长共演一出戏。
三月十二日，召集全军将士训话。在讲了严明军纪的道理和历次军令之后，元璋历数一些将领杀戮抢劫的罪过，随即把脸一沉，说，全部拉出去砍了。将领们一个个面无人色，一齐跪地磕头。这时，善长才出面求情。元璋便顺水推舟，说道：“看在诸将和李都事的面上，罪过权且记下。你们知道，我自起兵以来，从未枉杀过一人。你们往后行军打仗，也断不可滥杀滥抢，糟践百姓。马上徐达等人要带兵攻打镇江。你们一定要很好地体谅我的用意，严格戒戢士卒。城下之日，不得烧，不得掠，不得随意杀人，有违反的，处以军令。倘使你们约束不严，我绝不宽恕！”将士们哪个还敢做声，连大将徐达都战战兢兢，连忙说：“一定听从命令。”三月十六，徐达、汤和、廖永安等率队浩浩荡荡地出发了，真是人衔枚，马上勒，严整威武，第二天就拿下了镇江。徐达等自仁和门开进，“号令严肃，城中晏然，民不知有兵”三月十九日，设置淮兴镇江翼元帅府，以徐达、汤和为统军元帅。又设秦淮翼元帅府，以俞通海为元帅。
这时，元璋进一步笼络读书士人。攻克应天，即有夏煜、孙炎、杨宪等十几个人应召人大元帅幕府。徐达攻打镇江，元璋特别叮嘱：“镇江有一个叫秦从龙的，要设法询访，转达我想见到他的殷勤之意。”徐达访到之后，元璋特别派遣他的侄子朱文正和外甥李文忠奉白金、丝绸相聘。元璋亲自到龙江迎接。这时元璋居住在应天富户王彩帛家，便也邀秦从龙同住。这位秦先生是洛阳人，官做到和林行省左丞、江南行台御史，声望很高，为避兵乱，隐居于镇江，这时已经六十多岁。他陪伴元璋十几年，至正二十五年（1365）死于镇江。十几年间，元璋与他朝夕相处，事无大小，都要征求他的意见。他们常用笔把问答语书写在漆板上，观后便涂抹掉。元璋从他这里受到很多教益。秦从龙还向元璋推荐了博通经史、精于占卜象数之学的应天人陈遇。元璋亲自写信礼聘，信中写道：“历思自古英雄创业，诚难独理。辕门虽有将士，帷幄惜无军师。恒侧席以求贤，定太平以开国。比闻老先生世居江左，学贯三史六经，博览兵书百技，才兼文武，超越等伦，贤哲天生，实我良辅。崇儒重道，自古皆然，汤、文曾征伊、吕，先主犹聘孔明，予不敢以前代明王自期，先生当以伊、吕、孔明奋起。”这封信写于四月初八。可以看得出，占领应天以后，元璋已经明确树起了推翻元朝扫平群雄做新王朝开创之君的目标。他在努力寻找一个像伊尹、吕尚（姜太公）和诸葛亮那样上知天文下知地理能谋善断的军师。陈遇应召而至，受到朱元璋的信赖，但他并没有承担起军师的重任。
六月初六，邓愈率部攻下广德路。改广德路为广兴府，设置广兴～，/5-军元帅府，以邓愈为元帅。
七月初一，小明王置江南行中书省，命朱元璋为中书省平章政事、右丞相、吴国公。以元朝的御史台为公府。元璋正式建立了政权机构。以李善长、宋思颜为行中书省参议，李梦庚、郭景祥为左右司郎中，侯原善、杨原杲、陶安、阮弘道为员外郎，孔克仁、陈养吾、王恺为都事，王踌为照磨，乐凤为管勾，夏煜、韩子鲁、孙炎为博士，又置江南行枢密院，以徐达、汤和为行枢密院同佥。置帐前总制亲兵都指挥使司，以冯国用为都指挥使。置前、后、左、右中五翼元帅府，以华云龙、唐胜宗，陆仲亨、邓愈、陈兆先、张彪、王玉、陈本等为元帅。又置镇抚司、提刑按察司、兵马指挥司、理问所，负责稽查、监察、司法，设置营田司，负责屯田、农事等。这样，行政、军政、司法等机构就大体完备了。
朱元璋以应天府为根据地，拥有集庆路、太平路、镇江路、广德路等江南地面，十几万军队，成为江南很有实力的割据政权。此时，在朱元璋的上游有徐寿辉，下游有张士诚，今天浙江的宁波、临海沿海一带有方国珍，其他江南地区仍为元朝所占有。江北则有韩林儿、刘福通的大部队牵制着元朝主力，做了南方农民军的屏障，使他们得以放肆地蚕食元属领地，并在彼此之间展开厮杀与拼搏。
在长江以南，方国珍、徐寿辉、张士诚、朱元璋各霸一方。
方国珍，浙江黄岩人，以贩盐走海为业。史传说他身长七尺，状貌魁梧，面部黢黑，而身子细白，像一条瓠子。他善于奔跑，据说能追上快马。至正八年（1348）蔡乱头作乱，官府悬赏捕捉，方国珍纠集数干盐徒应赏，蔡乱头向官府自首，诬告方国珍通寇。国珍遂率众逃往海上，真的做了海盗。当时台州、温州等处的地方官员酷刑横敛，百姓怨恨，在许多村头树起这样的旗帜：“天高皇帝远，民少相公多，一天三遍打，不反待如何？”这就使方国珍的势力很快膨胀起来。官府对他剿抚兼施，方国珍拥有台州、庆元、温州地面，也屡降屡叛。至正十六年（1356），元朝授国珍运粮万户之职，利用他为元政府漕运江南粮饷，后来升为江浙行省参政，兄弟、子侄、宾客都做了元朝大官。同县术士张子善劝他溯江而上，截断南北，站稳脚跟，而后舟师四出，北掠青、徐、辽海，南定闽、广、瓯越，而后渐成霸业。国珍却甘愿做个地方军阀，说道：“这些我连想都不去想。”
张士诚，原名九四，泰州白驹场盐丁，以操舟贩盐为业。江浙泰州有盐场三十六处，盐丁生活十分困苦。张士诚贩私盐，受到富家的要挟，经常买盐不给钱。巡盐弓兵丘义也屡屡欺侮他。至正十三年（1353）正月，士诚与他的弟弟士义（九五）、士德（九六）、士信（九七）联络李伯升等十八个壮士，杀死欺凌他们的富家及弓兵丘义，召集旁近盐丁造反。攻破泰州、兴化，结寨于德胜湖，五月，占领高邮，称周王，声势大振。至正十四年（1354），丞相脱脱受诏总制诸王诸省军，又调集西域、西番军，号称百万之众，四面围攻高邮。前面说到的至正十四年（1354）十一月赵君用、孙德崖六合被困和朱元璋援六合救滁州之战，就是丞相脱脱派出的一支别动部队，可见脱脱此次征剿规模之大，声威之壮。张士诚坚持了三个月，几乎是弹尽粮绝，正在谋议投降，突然脱脱在朝廷的政争撕咬中失势，元顺帝下诏将脱脱罢职流放。十二月诏书传到前线，部队立即大哗，迅速溃散，而张士诚的部队则是一片欢腾。张士诚绝处逢生，却久久无法恢复元气。元朝的兵力和士气损伤同样惨重，使江浙一线布防单弱。张士诚在至正十六年（1356）正月率三四千人渡江，一路攻下常熟、平江（今苏州）、昆山、嘉定、崇明、松江、常州、湖州，东南富庶之区就这样不到两个月的时间，成了张士诚的囊中之物。至正十六年（1356）三月，张士诚从高邮迁都平江，改平江路为隆平府，建国号日大周，改至正十六年为天祜三年，历法日明时历，以承天寺为王宫。建立省、院、六部、百司。以阴阳术士李行素为丞相；二弟士德为平章，提调军马；蒋辉为右丞，管理庶务；潘元明为左丞，镇湖州；史炳文为枢密院同知，镇松江；周仁为隆平郡太守；徐义、徐志坚典亲军；幕官韩谦、钱辅、黄参军等任谋略。士诚渡江取苏、松，比元璋攻取集庆早了一个多月，也就先下手为强，折断元璋东下三吴的路径，而元璋骑踞应天，也构成士诚极大的威胁。双方的争斗自不可避免。
前面我们曾经说到徐寿辉、邹普胜于至正十一年（1351）八月起兵，建立天完政权，第二年三月兵锋达到湖广、江西的广大地面。至正十二年（1352）夏，天完军向东南挺进，七月，徐寿辉部将远征福建，占领了沿海福安、宁德等县，彭莹玉及其部将项普略则自徽州、饶州东进，渡昱岭关，攻破杭州。元将董抟霄组织反攻，彭莹玉、项普略撤出杭州，退守昱岭关，而后据守徽州，彭莹玉、项普略先后战死。从至正十三年（1353）五月开始，元朝组织江浙行省、江西行省、河南行省、四川行省、湖广行省五路大军围剿天完红巾，十二月，天完国都蕲水陷落，徐寿辉走败黄梅山，几乎陷于绝境，前面说的赵普胜、李普胜、廖永安兄弟也就是在这时退保巢湖的。至正十四年（1354），元军集中兵力对付张士诚，天完军得以喘息休整。年底，百万元军溃散于高邮。至正十五年（1355）春，徐寿辉将领倪文俊趁势攻破沔阳，连下武昌、汉阳。至正十六年（1356）正月，倪文俊迎徐寿辉到汉阳，以此为国都，重建天完政权，倪文俊自任为丞相，随即南下攻略湖南诸路。
徐寿辉、张士诚起势都很猛，中间都经受过元军沉重打击，可以说是置之死地而后生。干锤百炼，九死一生，一旦勃然再起，其势锐不可当。朱元璋、张士诚、徐寿辉、方国珍的振兴几乎同是在至正十六年（1356），可以算得上磨牙吮血江南四虎。虎豹依山凭谷，因他们经常出江入海，也可看做血盆大口江南四蛟。方国珍安于割地自保，实在少些蛟性虎气，权作滨海一狼，水中一怪。因此，最有实力的，就是这三虎或三蛟。他们在共同捕食元王朝这个病残之躯的同时，又在互相厮咬。
三虎或三蛟能够肆无忌惮地宰割元朝、彼此咬斗，还在于处于元朝腹心地带的韩林儿、刘福通的大宋政权，从至正十六年（1356）以后向元王朝发起的全面攻击，使元王朝面临着土崩瓦解。
至正十五年（1355）韩林儿毫州称帝时，杜遵道大权独揽。后来刘福通派甲士锤杀遵道，自己做丞相，掌握了韩宋的实际权力。十二月，宋军败退于河南太康，平章罗文素战死，刘福通挟韩林儿自毫州退保安丰，一时受挫。至正十六年（1356）十月，濠州赵君用攻陷淮安，接受大宋号令，遂派部将毛贵由海道攻打山东，第二年连破胶州、莱州、益都，席卷了几乎整个山东地面。盛文郁渡过黄河，占领了曹州。崔德、李武一部则过武关，趋长安。韩宋蹶而复振。至正十七年（1357）六月，大军三路北进。刘福通自率主力攻汴梁；白不信、大刀敖、李喜喜率西路军攻关中，与崔德、李武会师。毛贵率东路军由山东北上；盛文郁的部下关先生、破头潘、冯长舅、沙刘二等率中路军出怀庆，逼山西、河北。四路大军摆开了一个包抄大都（今北京）的阵势。至正十八年（1358）初，西路军围攻凤翔受挫，李喜喜转四川。二月，东路军攻克济南，一路北进，前锋到达蓟州、通州，距京城只有一百二十里。同月，中路军攻陷太原，攻大同，前锋到达保定。其后，关先生一支攻破元朝上都，转战于辽阳、高丽。刘福通统率的主力部队在至正十八年（1358）五月拿下了汴梁。随即，这个北宋的首都就成了韩林儿大宋朝的都城，使远近震动，把这支农民军的声势推向了最高潮。在这种形势下，元朝政府不得不把它的精锐和主力集中于北部战场，以救燃眉之急，解心腹之痛。长江以南的大好河山即使再不忍心割舍，也只好由它虎狼吞噬，因为实在是无暇南顾，比较起京师首脑的危亡，这里只能看做是肢体之患，癣疥之疾了。
这种情况，给南方新近勃兴的反元武装的发展提供了很好的机遇，除非他们不想发展。因为没有外部的强大压力，他们彼此间的斗杀也就越来越剧烈，越来越残酷。
朱元璋同徐寿辉之间夹杂着元朝的领地，正好做了彼此的缓冲，双方的矛盾暂时并不尖锐。在东边同张士诚则已经壤地相接，相互之间的攻伐便不可避免。尽管他们都知道应该更多地向元朝要土地，但利害攸关，一个小小的事件、小小摩擦都可能引起一场战事。为了保存自己，制约对方，甚至不惜同元朝政府取得妥协。
至正十六年（1356）六月二十三日，镇江降将陈保二被张士诚所诱降，背叛元璋而去。元璋不想开启边衅，六月二十六日，派儒士杨宪带着元璋书信出使隆平（今苏州），企图与士诚结好。信中写道：“昔隗嚣据天水以称雄，今足下据姑苏以自王，吾深为足下喜。吾与足下，东西境也。睦邻守国，保境息民，古人所贵，吾甚慕焉。自今以后，通使往来，毋惑于交构之言，以生边衅。”士诚为元璋把他比作隗嚣，大为不快。谋士们告诉他，这位隗嚣是东汉末年割据陇西的一个将军，起初依附于农民军更始帝刘玄，不久属光武帝刘秀，随之叛降于割据四川的蜀王公孙述，最后被东汉光武帝所逐杀。士诚心想，这显然是把我看成没主见没骨气的小人。因而非但没有与元璋通好，反而将使节杨宪扣留了，双方关系进一步紧张。
七月初三，张士诚首先发兵镇江，向朱元璋挑战，被徐达击败。消息传到应天，元璋驰谕徐达：“张九四是贩私盐起家，狡诈多端，今天他来打我镇江，表明他没有通好之意。你们不要在镇江被动挨打，而要挺进常州，先机进发。”随发去三万兵马，协助攻取。徐达兼程前往，驻军于常州城西，汤和扎于城北，张彪扎于城东南，形成四面包围之势。张士诚急派他的二弟提调各路兵马中书平章张士德即张九六率数万大军增援。张九六是一员猛将，攻州打县，战功卓著。此次受命前来，志在必得，根本没把元璋的军队放在眼里。徐达用兵却一向谨慎，他看准了九六的骄横，便决定智取。他在距城十八里处埋下伏兵，而后亲率骑兵向九六发动佯攻。铁骑在敌阵中横冲直撞，把烈性子张九六惹得火冒三丈，命令大队追击。徐达等掉头便逃，张九六紧追不舍。纵驰之间，伏兵四起。慌乱中，坐骑足踏陷阱，张九六一头栽下，可怜一条好汉因骄致败，只好束手就擒，几万援兵纷纷溃散。
士德被俘，士诚十分沮丧。一方面命令常州将士严密防守，一方面遵照母亲的命令，派使者孙君寿应天下书，愿意每年输粮二十万石、黄金五百两、白银三百斤，罢战弭兵，各守封疆。元璋要乘胜拿下常州，回书说“馈粮五十万石，即当班师”。士诚不愿意接受这个苛刻条件，谈判中止。
然而，常州城也像一个钉子牢牢钉在那里，徐达久攻不下。元璋也有些急躁了。他着令自徐达以下，一律官降一级。八月二十二日写信给徐达，指斥他师老无功，并且追究他和他的部下在陈保二叛变事件中的责任（他的部下虐取陈保二赀财，导致叛逃于张士诚），信中写道：“虐降致叛，师老无功，此吾所以责将军。其勉思以补前过。否则，必罚无赦。”九月，元璋亲至镇江督师，十一月，以两万精兵增援。这时，城下新归附的长兴州义兵元帅郑金院率七干兵勇叛归张士诚，并配合士诚大部队向徐达、汤和营垒主动发起攻击。徐达、汤和迎战，常遇春、廖永安、胡大海从各自营垒前来增援。内外夹击，大破士诚军。士诚又派大将吕珍人城，协助防守。由于叛军人城和士诚不断增援，城内的粮饷越来越紧缺。徐达等乘机发动猛攻，吕珍首先乘夜弃城南逃。到至正十七年（1357）三月初八，围困八个月之久的常州城终于被攻陷。
在围困常州的同时，至正十七年（1357）二月初一元璋派耿炳文从广德攻长兴州。张士诚大将赵打虎以三干精兵迎战失利，从城西逃往湖州。二月初三，攻陷长兴，获战船三百多艘。长兴儒士温祥卿投向耿炳文幕府，策划长兴布防，为多次打败士诚反攻、长期固守长兴立了大功。长兴为太湖西部出口，陆路通广德，接宣城、徽州；由此东渡太湖，直连苏、松。它是江浙门户，地理位置十分重要。能这么迅速拿下来，元璋喜出望外。遂立永兴翼元帅府，任命耿炳文为总兵都元帅，镇守长兴。耿炳文也是濠州人，与他的父亲耿君用一起随元璋渡江。后来君用战死，炳文袭了他父亲管军总管的职务。这时升任元帅，年方二十三岁。
长兴是士诚必争之地，他与元璋在这里进行了长时间反复争夺。炳文得元璋信用，驻守长兴整整十年，以寡敌众，大小仗几十次，战无不胜，使士诚终不能越雷池一步。
新春伊始，元璋连得二城，实在是个吉兆利市。东边士诚受挫，暂时没有大举可能，便想乘机向南推进。这时寿辉、士诚、国珍中间有宁国路、徽州路、建德路、衢州路、婺州路、处州路等地面掌握在元政府手里。攻占这些地方，一方面可以完成对士诚、国珍的包围，另一方面也避免陷在狭小区域，局促于寿辉、士诚的肘腋之下。况且，在几种势力中间，经验表明，元兵是最不经打的。于是，在至正十七年（1357）四月，命徐达、常遇春自常州回师，南下宁国。宁国守将长枪元帅谢国玺望风弃城而逃，而别不华和杨仲实等将领却誓师据守。徐达他们攻了好多天没有攻下，常遇春中流矢，拔箭再战，兵士鼓勇登城，仍被击败。元璋从应天驰往宁国前线，亲自督师。他登高一望，小小宁国城尽收眼底，说道：“就这样一个如斗之城，你们就攻不下来吗？”遂命令造飞车，前面编上若干层竹竿作为屏蔽，数道排列，在兵士喊杀声中一齐向前推进。别不华、杨仲实开门投降，守城元帅朱亮祖也被捉获。这个朱亮祖原是庐州府六安人，元末聚众自保，元朝授以义兵元帅，曾为元军守太平。城破，投降了元璋。不久，又叛归元朝，驻守宁国，拼死与徐达、常遇春接战的，正是他的部队。当把他捆到军帐，元璋问道：“今天你说应该怎么样？”朱亮祖说：“不要多说了。要我生，就为你尽力，要我死就死罢了。”元璋看他仍不失英雄本色，便释放了他，命他立功自赎。朱亮祖后来屡立战功，成为元璋手下一员大将。
张士诚经过休整，决心与元璋再战，夺回长兴。五月初一，他派出左丞潘原明，元帅严再兴屯扎上新桥，俟机攻城。永兴翼都元帅耿炳文先发制人，主动出击。潘原明、严再兴不能挡其锋，边战边退，死伤惨重，还有几百人被生擒。
五月初五，元璋乘长兴得手，命镇守镇江的江淮分枢密院副使张鉴、佥院何文政渡江攻克泰兴。又在江北张士诚领地安下一个钉子。
五月二十二日，枢密院判俞通海率舟师入太湖，攻占北部要塞马迹山，士诚守将钮津等投降。俞通海扯帆急进，直达太湖东部的东洞庭山。张士诚将领吕珍的大部舟师突然而至。俞通海身先士卒，沉着应战。他的右眼被一箭射中，仍坚持指挥，直到别人换上他的盔甲立在船头督战，才去裹扎伤口。吕珍在自己家门口，拥有优势兵力，竟至害怕俞通海有伏兵袭击，不敢深入，让俞通海逃脱而去。
这使元璋更受鼓舞。六月十六日，派常州枢密分院院判赵继祖、元帅郭天禄、镇抚吴良攻取江阴。张士诚的部队占据了县城西南秦望山的有利地形。待赵继祖拥兵攻击，正赶上大风暴雨，张士诚的兵士弃寨奔回城里，赵继祖部便顺利占领了秦望山。十七日，自西门攻击，一举成功。张士诚的领土，北有淮海，南有苏、松。长兴、江阴是两个战略要地。长兴扼守太湖西口，江阴枕大江、蔽苏州，是联系江南北两片土地的通道。长兴一失，切断西出通道；江阴一失，则南北梗阻，且舟师不敢沿江西上。两把锁钥，把士诚西进的道路给堵塞了。下一步元璋打算继续挥师南下，对士诚这边自然要谨守门户。他继续任用耿炳文驻守长兴，而提拔镇抚吴良为常州枢密分院院判，镇守江阴。他诫谕吴良说：“江阴是我东南屏障，你一定要约束士卒，谨守城池。要切记，不要同外界结交，不要接纳逋逃，不要贪小利，不要与敌争锋。保境安民，城池坚固，就是你唯一的职守。”吴良把元璋的话牢牢刻在心中。他不贪财，不好色。每夜睡在城楼上，枕戈达旦。训将练兵，没有一时懈怠，经常保持着寇兵将至的警觉。闲暇时间，便延请儒生讲论经史，并兴学校，开屯田，均徭省赋。十年镇守，封疆宴然。元璋曾把吴良比作战国时候为魏国固守西河防地的大将吴起，又说：“吴院判保障一方，使我无东顾之忧。功劳甚大，车马珠玉不足以奖赏他的勋劳。”吴良的弟弟吴桢也曾协助防守江阴。吴良、吴桢都是早年随元璋从濠州南略定远的二十八个亲随中的一员。
元璋打算乘江阴之捷的顺风扩大战果。七月初四，命徐达分道攻略常熟州和宜兴州。常熟当日拿下，宜兴则无论如何攻不动，便只得作罢。
至正十七年（1357）七月初五，命邓愈移镇宁国路，准备南取徽州路。先由胡大海拔取绩溪，而后围宣城（徽州路治所），攻黟县、休宁、婺源，一路奏凯，仍由邓愈兼镇徽州。
在占领了宁国、徽州之后，与西部徐寿辉的隔墙已经很薄了。元璋原准备继续向东南发展，不与寿辉直接冲突。可是在至正十七年（1357）五月初五攻克泰兴的战斗期间，西部池州路元朝铜陵县尹和万户主动前来宁国向徐达、常遇春投降，常遇春便率部进驻了铜陵。接着，池州路总管又投奔而来，告以池州城中布防空虚的情况，遇春便心动了。他派手下将领太平兴国分枢密院判赵忠和元帅王敬祖分兵攻取青阳县。这就惊动了远在西方的徐寿辉，他派自巢湖投奔而去的赵普胜即双刀赵前来增援元军。这是徐寿辉部与朱元璋部第一次冲突。这次小接触很快结束。五月二十二日，常遇春拿下了青阳，待到邓愈、胡大海平定了徽州路，常遇春就向池州路发动了总攻。十月初二，他统率廖永安等自铜陵逆江西进，从早晨八时许分两路包围池州，至十时左右就破城而入。朱元璋部占领池州，摆开了一个沿江而上的架势，上游的徐寿辉自然不甘坐视。后来，双方在这里展开了反复的争夺。
至正十七年（1357）对张士诚来说真是背时晦气的一年。他二月失长兴，三月失常州，五月失泰兴，六月失江阴，七月失常熟，他的谋主二弟士德还做了人家的俘虏。应天方面的压力刚刚减轻一点，元朝政府方面又乘其疲惫，自身后给了他重重一击。八月，朝廷下诏让方国珍出兵讨张士诚。方国珍率五万舟师进攻昆山，张士诚命史文炳、吕珍率水路七万迎战，惨败于吞子桥。方国珍七战七捷，直抵昆山城下。士诚一年来失城折将，眼下又兵败于国门之内。计出无奈，便派使者向元朝请降。元朝授士诚为太尉，其弟士信为淮南行省平章政事。国珍也以征讨功，加官晋爵，授太尉，江浙行省左丞相，赐衢国公印，以庆元（今宁波）为治所，兼领庆元、温州、台州三郡之地。
至正十七年（1357）对元璋来说则春风得意，东向奏凯，南指风靡，西部也有拓展。江北除据守泰兴外，十月又攻克重镇扬州。占据扬州的原是青军元帅张明鉴。这个张明鉴于至正十五年（1355）在淮西聚众起兵，以青布裹头，故自号青军，人们又称之为一片瓦。因为张明鉴善使长枪，又号长枪军。这支部队凶悍敢斗，纪律又特别坏，烧杀抢劫，所过一片残破。江北含山、全椒、六合、天长、扬州一带，无不谈虎色变。后来，为镇守扬州的元朝镇南王孛罗普花招降，授张明鉴为濠泗义兵元帅，分屯守御扬州。至正十六年（1356）三月，扬州饥馑，张明鉴等要挟孛罗普花脱离元王朝，出兵南攻，以便通粮道，救饥荒。孛罗普花不从，张明鉴哗变，驱逐孛罗普花，自据扬州。孛罗普花逃往淮安，被赵君用所杀。张明鉴也未敢出兵南下，而只在扬州称王称霸。粮食越来越紧缺，他的士兵就每天捕捉城中百姓宰杀来吃。元帅缪大亨打探到这个消息，向元璋建言：“此贼饥疲，正是容易安抚的时候，一旦强大，则难以控制。况且张明鉴这个人骁勇可用，不要让他落在别人手里。”元璋觉得有理。十月十四日，元璋在长江举行盛大阅兵式，而后派缪大亨统率舟师向扬州鼓勇前进。兵临城下，张明鉴不敢鏖战，举城投降。共得战马两干，部众数万。元璋命令把将校的妻儿全部送到应天，以便控制，同时发去大批粮饷赈济兵士，使部队十分感戴。在这里设置江南分枢密院，升缪大亨同金枢密院事，总制扬州、镇江。缪大亨命新任扬州知府查勘扬州户籍，发现只剩了十八户人家。攻占扬州，不但拓了疆土，添了兵马，更重要的是为镇江和长江一线的根据地遮了风雨，添了屏蔽。这恰为这一年的喜庆作了一个很好的收尾。
至正十七年（1357）对于西部的徐寿辉也是一个小小转折。徐寿辉的重新崛起，完全靠了倪文俊的功劳。至正十六年（1356）正月，徐寿辉被迎立于汉阳，大权也就落在了倪文俊的手中。九月，倪文俊企图加害徐寿辉，被发觉，逃往黄州，他的部将陈友谅又将倪文俊杀死，自称宣慰使，又称中书平章。这个陈友谅是沔阳府玉沙县一个渔民的儿子，读过书，略通文义，做过县吏。徐寿辉起兵，他投在大将倪文俊手下做了文案，以军功升领兵元帅。他杀死倪文俊走上前台以后，表现出非凡的驾驭政局的能力。军权很快统一，混乱的局面很快结束，天完的权力牢牢地掌握在了他的手中。这次政变不但没有影响天完的实力，而且开阔了它迅猛发展之路。陈友谅后来成了朱元璋最主要的对手。
陈友谅杀倪文俊，还促成了远在四川的明玉珍割据自立。明玉珍是随州玉沙村入，据说身长八尺，目有重瞳，生得相貌奇特。至正十一年（1351）起兵聚保青山。十三年（1353）归附徐寿辉，为征虏大元帅，镇守沔阳。从十四年到十六年（1354～1356），驾船来往于川楚间运载粮食。十六年（1356）冬四川行省右丞相完者都在重庆与义兵元帅杨汉发生火并，十七年（1357）三月，明玉珍乘势攻占重庆。九月，听说倪文俊被杀，遂闭关自守，在四川割据。此后，四川便置身于群雄厮杀之外，直到明朝洪武四年（1371）被平定。
元璋的策略依然是避强打弱，着眼点仍在东部和南部。东部是以防为主，防中有攻，对南部则是稳扎稳打，步步推进。
至正十八年（1358）一开春，就与张士诚在江阴、常州展开拉锯战。张士诚没得到什么便宜，双方暂时休兵。三月十八日，命行枢密院判邓愈、亲军左副都指挥李文忠、元帅胡大海自徽州率部东进，向建德路进发。下遂安，扫淳安，兵围建德，守将纷纷逃窜。几乎没有什么大仗就把建德攻克了。遂改建德路为严州府，命胡大海做镇守。六月初六，朱文忠率部东进婺州，首先攻克浦江县，稍事整顿。到八月份，有苗兵元帅杨完者遗留的三万苗兵主动请降。杨完者是湖广苗兵统帅，在徐寿辉起义后，被元政府调往内地镇压农民军。这支部队凶狠勇猛，先与徐寿辉部在湖广诸州县和江浙行省的饶州、池州周旋，后来为江浙行省丞相达识帖睦迩召去镇守杭州，对抗张士诚和朱元璋，授给他江浙左丞的职衔。他曾在嘉兴、杭州大败张士诚，并在建德、徽州同李文忠、胡大海进行过反复争夺。这部苗兵纪律很坏，所到之处，烧杀淫掠，江浙有民谣说：“死不怨泰州张，生不谢宝庆杨。”达识帖睦迩感到他桀骜难驯，并且有被他吃掉的危险，便与张士诚相谋，共同除掉杨完者。张士诚痛恨杨完者，遂赴约向完者部队发动突然袭击。杨完者猝不及防，兵败自杀，部队随之溃散。这时，杨完者部将员成、刘震、蒋英等向李文忠请降，文忠请示元璋，九月，赶到桐庐接收了他们的三万部队。而后，士诚的势力伸向嘉兴、杭州，达识帖睦迩这个江浙丞相便徒有虚名。读者请记住这几个苗兵降将。后来他们又发生叛乱，使元璋受到很大损失。
回头来说一说西部战场和东部战场。至正十八年（1358）初，陈友谅率部从汉阳顺江直下，攻取安庆路。安庆与池州路隔江相对，上扼汉阳，下锁应天，为长江要塞。元朝派淮南行省左丞余阙驻守。余阙是蒙古唐兀氏，世代居住在甘肃武威。他的父亲在庐州做官，遂为庐州人。余阙中元顺帝元统元年（1333）进士，是元代著名理学家、文学家吴澄的学生。做过翰林修撰，参加辽史、金史、宋史的编写。元末群雄并起，余阙成为一员带兵将领，以淮东都元帅府佥都元帅镇守安庆。至正十七年（1357）秋天，升任淮南行省左丞，与陈友谅展开反复争夺。至正十八年（1358）正月，陈友谅与赵普胜、祝寇四面包围安庆，余阙率部进行了拼死抵抗。正月初七，这座坚守了七年的城池终被攻破。余阙自刎而死，他的妻子和一子一女都跳了井，城中千余兵民自焚而死。这是元朝末年守城部队为元王朝殉难最壮烈的一幕。破城之后，陈友谅对余阙的死难也很为敬重，称：“余元帅为天下第一人。”将他隆重安葬。陈友谅控制安庆的目的之一，就为争夺池州。四月初一，他派赵普胜自安庆路江边的枞县出发，扬帆东进，其势锐不可当。元璋的池州守将枢密分院院判赵忠兵败被擒，池州落入陈友谅手中。现在是安庆、池州骑踞元璋的上游。而且江西诸郡县多为友谅所有，元璋已开始承受友谅的压力。
在东部战场，元璋仍然占据着优势。八月，张士诚力攻江阴，徒劳无功。十月，徐达、邵荣久久围困的宜兴州却终于攻陷。宜兴州在长兴州以北，濒临太湖西岸，是太湖通集庆的咽喉要道。从至正十七年（1357）七月围困一年有余，总不能攻下来。元璋经过反复琢磨，派使者传达命令给徐达、邵荣说：“宜兴城池较小，防守不易有空隙漏洞，且后方补给源源不绝，所以能长期坚守。太湖西通宜兴之间，是张士诚的饷道。应该集中兵力截断他的粮道。只要城内粮饷紧张，破城就指日可待。”徐达等依计而行，果然在十月初九奏捷。太湖西面宜兴、长兴两个出口都给卡住了。廖永安乘胜与张土诚将领吕珍大战太湖，因为孤军深入而失利，廖永安兵败被俘。张士诚爱他的才干和勇猛，设法招降，廖永安不从，被长期囚禁。元璋为表彰他的忠诚，遥授他为行省平章，封楚国公。廖永安于至正二十六年（1366）死于平江（苏州）监狱。
这时，在应天城内镇压了一桩小小的叛乱。我们前面说到过郭子兴大张夫人有三个儿子。大儿郭大舍战死，二儿郭天叙由小明王给授都元帅，惹下杀身之祸。三儿郭天爵在天叙死后一直屈服于元璋之下。打下应天之后，元璋接受小明王江南行省丞相的任命，而小明王同时委任郭天爵为行中书省右丞。郭天爵不明白，他的这个职务，完全是得自老子的庇荫，并不是自己在战场上挣来的。因为少了这点自知，就对元璋的冷落心存不满。于是联络子兴旧部，图谋造反。结果没等酿成祸患，就被元璋扑灭了。郭天爵被处死，有记载说，郭子兴由此绝嗣。不过，据明人郑晓搜集到的材料，说郭子兴还纳过一个姓李的三姨太，生一子名郭老舍。明洪武四年（1371），元璋有一道谕旨：“说与郭老舍，再三留你不住，实要回乡守祖。你旧有二所庄田，我就赐予你耕种，教户部官开除粮草。”这是很确实的证据。郭老舍在洪武十一年（1378）因一件案子的牵连出逃，所以洪武十七年（1384）元璋命文臣张来仪撰《滁阳王庙碑》时，便说郭子兴没有后人了。洪武二十八年（1395）郭老舍回到滁州，元璋继续命他守祖茔。由此可见，郭家三兄弟死后，郭子兴虽有后人，但在军队中、战场上已是无足轻重。郭子兴元老旧部的势力，至此才算彻底解决。
元璋的南进策略一直未变。至正十八年（1358）十月初，他命枢密院判胡大海打下兰溪，急速向婺州城（金华）挺进，但近两个月却一直未能攻克。元璋决定集中优势兵力于浙西，尽快拓展领土，完成对士诚的北西南三面钳制，同时堵住友谅东向径进之路，打破他的紧缩包围。十一月三十日，元璋命徐达做应天留守，亲率十万大军向浙西进发。十二月十六日从宁国路的宣城到达徽州，召见儒士唐仲实、姚琏，访问民情。元璋说：“我知道百姓厌恶荒乱，渴望安定的心情。”仲实说：“自大军到来以后，百姓们觉得踏实多了。”元璋问：“邓愈元帅现在正修筑城池，百姓们有怨言吗？”仲实答：“很有怨言。”元璋说：“筑城是为了保护百姓，安定百姓，是不该有怨言的，看起来做好事也须得法。必定是邓愈太操切，太急躁了，所以失了人心，那就暂时停下来。”元璋又问：“你们博古通今，必然了解古今成败的经验教训。比如，像汉高祖、光武帝、唐太宗、宋太祖、元世祖这几位君主，是靠什么平定天下的？”仲实回答：“这几位君主都不滥杀人，故能一统天下。主公英明神武，驱除祸乱，从不妄杀，开创之功，超越前代。然而，从徽州的情况看，百姓们虽然有了归宿，但还不能做到休养生息。”元璋说：“你的话说得是。我积蓄少而开销多，增加百姓的负担是出于不得已。不过这些都用在了军需，没有一点是用在自己的享乐。对于百姓的劳苦，我没有一刻不在想着能有一个解决的办法。”元璋这些话，并非全是虚情假意。他知道，安定民生，对于他巩固原阵地、开拓新领域是何等重要。他最近已在发展生产、稳定秩序方面采取了一些措施。本年二月，他派康茂才为督水营田使，负责巡视督责各地的水利建设。他告诉康茂才说：“营田司的职责就在于修堤防，兴水利。方今军务忙，用度繁。理财之道，莫先于抓紧农事这一环。江南农事，首重水利，故而命你担起这个重任。”
他要求茂才督责各地把废弃的水利设施修复起来，做到蓄泄得宜。同时告诫茂才：“大抵设官在于便民，而不是为病民。如果你这个营田使只是让地方官员增设驿站馆舍、迎送招待，搞得各处鸡犬不宁，于民无益反而有害，那就失去了我托付你的本意了。”十一月，他又在一些郡县设立民兵万户府，负责民兵丁壮的组织训练。要求农时耕种，农闲训练。以达到民无坐食之弊，国无不练之兵，既减轻军赋又增强防御的目的。在紧张的战争环境，能兼顾到农田水利、百姓负担，这在当时的农民军中是少见的。
徽州镇守邓愈还告诉元璋，休宁县有一个大学问家名叫朱升，做过池州学正，现在隐居在乡间，问是否要召来。元璋表示要亲自造访。这天，朱升在家里接待了元璋，彼此谈得很投机。朱升提出三句话，叫做“高筑墙，广积粮，缓称王”，这使元璋牢固根基、逐步推进的思路变得更清晰、更自觉，对他整个战略策略思想的形成影响很大。
至正十八年（1358）十二月十八日，大军抵达婺州城下。这时元江浙行枢密院同佥石抹宜孙开府于处州（今浙江丽水），以他弟弟石抹厚孙守婺州。宜孙帐下有章溢、胡深为谋士。元璋大兵压境，使婺州人心惶惶。有一个避乱严州的和州儒士王宗显受到元璋接见，将刺探到的婺州城内将士各怀异志的情况作了汇报，元璋心里愈发洞彻。石抹宜孙造狮子战车数百辆，载兵万人由胡深统帅自处州北上，经缙云增援。车队走到松溪地方，与元璋部队相遇，胡深逡巡不敢前进。元璋观察了敌阵说道：“石抹宜孙自恃能战，所以坚城固守。可是此次以车载兵，则是不知兵法变化了。松溪山多路狭，车行不便。我若派出一支精兵，必能制胜。他的援兵一破，婺州城绝望，内部涣散，可以不劳而下。”第二天，果然兵出捷至，胡深逃回处州，当日婺州陷落。十二月二十日，元璋率大军浩浩荡荡开进婺州城。
婺州就是现在的金华，一向富庶，又是人文萃聚的地方。它东临台州（今浙江临海），与方国珍接壤，北临绍兴，成了张士诚南方的邻居。婺州的夺取，使元璋已经或接近完成了对张士诚和方国珍的战略包围。婺州，再加上严州，是他南向夺取元朝控制的处州和衢州、北向围攻张士诚的绍兴和杭州、东向震慑方国珍的庆元和台州及温州的出发点和根据地。所以元璋必须亲自出征，尽快拿下，还要很好巩固，牢牢控制。他决定在这里建一个模范区，树一个榜样，以便耸动四方，扩大影响。
进城之初，他发布严厉军令，禁止将士抢掠，有一个黄知印官自恃为帐前亲随，不听约束，夺取了民财，当即被砍了脑袋，传首示众。为稳定秩序，元璋命令在城内加强日夜巡逻。一天晚上，元璋带领贴身护卫小先锋张焕夜间巡视，被巡逻哨军阻拦盘问，张焕忙上前解释，说：“这是大人。”要他赶快放行。巡军说：“我不认识你们是什么大人，只知道犯夜的人一律捉拿。”张焕好说歹说，才算放行。元璋见晚间秩序良好，巡哨认真，很是高兴。第二天派人给这个巡军二石米的奖赏。在饱经战乱和洗劫之后，婺州士绅百姓能见到这样纪律严明的军队，自是庆幸。随后元璋又开仓赈济，下令禁酒，更是远近传颂。
能不能争得婺州文人的支持与合作对这块新辟根据地的巩固至关重要。元璋改婺州路为金华府，在这里设立中书分省，健全各种政权衙门。任命王宗显为金华知府，协助元璋积极地大规模地礼聘读书士人。儒生们多年来第一次感觉到如此受到当局的礼重，便也纷纷投效。像许元、叶瓒玉、胡翰、汪仲山、李公常、金信、徐孽、童冀、戴良、吴履、孙履、张起敬、吴沉等名流，都成了元璋的座上客。他们每天在中书分省会餐，由两人轮流为元璋讲解经书和历史。范祖干和叶仪二位大儒还主动捧了朱熹注释的《四书》前来，指着其中的《大学》篇说“治理天下之道不出此书”。元璋表示赞同，说：“武定祸乱，文致太平，都离不开里面所讲的道理。”不久，元璋又礼聘得三个大名士，一个叫许瑗，一个叫王冕，一个叫宋濂。许瑷是江西乐平人，在元朝末年两次考中第一名举人。他劝元璋“非广揽英雄，难以成功”，受到元璋器重，让他做了参军，后升任太平知府，死于太平保卫战。王冕是绍兴路诸暨人，幼年家境贫穷，父亲无力供他上学，让他去放牛。王冕一边放牛，一边读书，还学习画画。一天，他走到州学门口，实在是羡慕得不行，便拴了牛，偷偷走了进去。他听老师讲解，又同秀才们请教讨论，简直兴奋极了。别人都轮流着吃罢了饭，他却忘了日升日落。待到傍晚离去，牛却不见了。父亲狠狠地揍他，几天后，他又跑到州学里，父母只好任他而去。王冕便到佛寺栖身。他白天干活，夜间坐到佛腿上就着佛前长明灯读书。儒学大师绍兴人韩性被感动，收他为弟子，王冕便成为闻名遐迩的通儒，韩性死后，他的弟子便举王冕为老师。他曾北游大都，一路饥馑荒凉、盗贼纵横，使他断定天下大乱迫在眉睫，便偕妻子儿女隐居于九里山。他善于画梅，屋前种梅树若干株，自号梅花屋主，求他作画的人很多，他以画幅长短论价换米。又仿照《周礼》做了一本书，对人说：“我很快就要死了，你们拿着这卷书去见明主，伊尹相商汤、姜太公辅武王的事业不难成就。”元璋钦佩他的自强不息，又发现他确有独到见地，就任命他为咨议参军。王冕也想大展所学，不幸不久