入关后的顺治，在母亲的教导下，随着年龄的增长、做君王的才华也逐渐显露出来。
顺治继承皇位之初，全国的形势并不十分有利于清王朝的统治。以李自成为首的农民军仍在陕西、山西、云南、四川等地抗击清军；江南又不断地涌现出一些朱明王朝的宗室子弟各自为政，称孤道寡，举起反清复明的大旗；而北方各省又因清军入关后的圈地，使大批农民失去土地，不断爆发小股的农民起义；一些正统思想浓厚的文人不肯出任清朝官职，隐居山村、古庙讲学立说，宣传民族意识，唤起汉人的反满情绪，威胁着清朝的统治。
对于这些问题，顺治帝及时地作出相应的决断。首先集中优势兵力围剿农民起义军。命令吴三桂、英亲王阿济格、禄亲王多铎继续向西北进攻，尽快消灭强大的农民军。农民军由于连续作战，军队得不到休息与补充，人员伤亡很大，除战死外，还有一些降清者，力量越来越弱，起义军内部又充满了矛盾，相互猜忌、残杀，几经损耗，无论是人力、物力还是战斗力上都远远不再能与清军抗衡，杀到最后李自成只剩下28骑，被围在湖北九宫山，全部壮烈牺牲。
顺治消灭农民起义军后，封吴三桂为平西王，坐镇云、贵一带继续扫平残余的农民军。命多铎挥师东下，配合南下的清军，围剿南明各小王朝、采取分化瓦解、招降纳叛、以降军为前导、各个击破的策略。经十余年的围剿，清军先后灭掉弘光、隆武、绍武、永历等南明小王朝，逼迫抗清力量较强的郑成功退守台湾。
对于北方小股反清力量，顺治帝采取软硬兼施的手段，一方面是武力镇压；另一方面又禁止圈地，保证耕者有田种，北方的反清斗争很快就被平息。
顺治帝遵照太后的意见，加强了思想文化阵地的占领和统治。顺治九年（公元1652年）八月二十七日孔子诞辰那天，秋高气爽，阳光灿烂，祭孔大典在北京国子监隆重举行。祭前派人将孔子第六十五世孙孔允植，接到北京参加祭典仪式，清军入关后已封孔允植为衍圣公。祭祀仪式完全按明制进行。顺治帝首先用香汤淋浴，换上祭孔衣服，然后带领文武大臣毕恭毕敬驾临国子监，走在最前面的16名太监抬着精制的祭品。
顺治帝在中午时分，到达国子监。祭祀大典在悠扬的乐曲声中开始。顺治帝面向国子监广场，躬迎孔夫子圣灵前来享受祭品，然后转过身来，恭恭敬敬地向孔夫子的神位献上一幅杏黄色的绢，披盖在神位上，再恭恭敬敬向孔夫子神位敬酒三次，行礼三次，祭酒高喊“礼成”，这祭孔大典就圆满结束了。
典礼结束后，顺治帝接见了衍圣公孔允植及孔、孟、颜、曾四姓子孙及五经博士，勉励并赏赐一番，同时诏告天下：“圣人之道，如日中天，上之赖以政治，下之资以事君，学官诸生共勉之。”
顺治帝祭孔的消息不胫而走，众多儒生对此佩服得五体投地，盛赞顺治帝是真龙天子。儒生头脑中“天子重英豪，文章教尔曹”的意识，使他们感到既有为天子效劳之时，何不一显身手呢！于是，一些有识之才不再隐居，也出来展示才华了。
祭孔后，顺治帝又开始认真学习汉族文化，从历史文献、著名经典，到稗官小说传奇、野史无所不读，从中吸取不少治国安邦的道理。有一次顺治读《资治通鉴》，当读到唐太宗政绩时，当即产生一个新观念，便派人召集大臣前来议事。顺治帝向诸臣提出：“汉高祖、汉文帝、光武帝、唐太宗、宋太祖、明太祖等前朝众多皇帝之中，卿等认为哪一位最英明，最值得尊敬？”大学士吏部尚书陈名夏（原明朝官吏）一眼瞧见顺治帝手拿的是一本《资治通鉴》唐记，马上回答：“臣以为唐太宗在位期间号称贞观之治，他应比其他几位皇帝略高一筹。”诸大臣听后，一致点头称是。但顺治帝却说：“陈爱卿之见未必正确，朕以为明太祖制定的法令无不合情合理，值得后世永远效法，像明太祖这样的英明之主，历代皇帝都是很难与之伦比的。”这一席话使众大臣十分佩服，尤其是明朝遗臣更是佩服得五体投地，觉得这位从关外来的皇帝继承大明江山是合情合理的，堪称当之无愧的英明之主。
顺治帝还继承明朝的科举制度，开科取士仍每三年一科，均在秋季举行，汉、满、蒙等各族文人一律平等入考，皇帝择优而取。清朝实行科举制度给汉族文人开辟了做官入仕、报效朝廷之路，这样做不仅笼络了广大汉族文人，同时也为清廷和地方选拔了一些治国安邦的人才。
顺治帝福临采取的这些明智之举，弥补了清军入关后满汉之间的一些裂痕，缓和了民族矛盾，使神州大地自清军入关以来的升平景象初露端倪。正当顺治帝为创造一个太平盛世大展宏图时，却不幸身染重病，不治而死，年仅23岁。
关于顺治帝之死，野史上说他因恋慕董小宛而远游为僧，这是没有根据的。福临是一位当之无愧有作为的皇帝。