万历四十八年（公元1620年），明神宗和明光宗在不到两个月内相继病死。以杨涟、左光斗为首的一班东林党人扶立朱由校为帝，是为明熹宗，改年号为天启，自此，东林党人倍受重用。
东林党是明代晚期以江南士大夫为主的政治集团。1604年，官僚顾宪成被革职还乡，他在无锡开办东林书院，进行政治性讲学，形成广泛社会影响，各种政治人物一时聚集于以东林书院为中心的东林派周围，当时被人们称为东林党。在天启初年，国家要职基本都被东林党人所把持。东林权势，盛极一时。
可惜好景不长，朱由校不爱读书，目不识丁。宦官魏忠贤不久赢得熹宗的宠幸，以他为首的“阉党”渐渐形成一股强大的邪恶势力，他们得势以后，操纵朝中一切大权，排挤迫害东林党人，东林党人的处境每况愈下。
魏忠贤，明朝隆庆二年（1568年）生于河北肃宁县，初名进忠。家境贫寒，却好逸恶劳，整日东游西逛，无所事事，唯一的嗜好就是赌博。走投无路，魏忠贤咬牙自己给自己施了宫刑，然后进宫当了一名太监，改换姓氏，叫作李进忠，从此，开始了他的太监生涯。
魏忠贤想得到皇帝的宠幸，但初为太监之时，只被分配做些杂役。但他善于逢迎拍马，很快巴结上了不少太监中的权贵，不久经人引荐，当了后宫王才人的办膳太监。王才人就是后来的熹宗朱由校的生母。由此，他有了接近那位未来皇帝的机会。魏忠贤哄得这位不喜读书的朱由校十分惬意，他成了朱由校最信赖的人。
朱由校从小生活在冷漠孤寂的皇宫深院，朝夕与奶妈客氏相处，感情自然不同寻常。加之不久王才人去世，丧母的朱由校更加依恋客氏。狡猾的魏忠贤将目光对准了熹宗的奶妈客氏。魏忠贤就对客氏大献殷勤，没过多久，两个人终于勾搭上了。熹宗即位以后，封客氏为“奉圣夫人”，当然也提拔了客氏经常夸赞的太监李进忠，升他为司礼监秉笔太监，并且让他恢复魏姓，并赐名忠贤。魏忠贤目不识丁，按理没有资格当秉笔太监，但因有客氏这层关系，所以稳居其位，找了两个识字的太监为他处理事务。他则进一步笼络客氏，尽力讨好皇上。终于在天启三年（公元1623年）兼掌东厂，权势更大。
魏忠贤掌握了东厂之后，与锦衣卫的都督田尔耕相互勾结，利用这两个特务机构钳制百官，镇压异己。田尔耕认魏忠贤为义父，二人狼狈为奸，开始大规模地排斥与陷害阉党的对立面——东林党人。当时，从朝廷内阁、六部到四方总督、巡抚，无不遍置魏忠贤死党，有“五虎”、“五彪”、“十狗”、“十孩儿”、“四十孙”等大小爪牙，这些人专干窥人隐私，陷害忠良的罪恶勾当。
明熹宗年少，不爱过问朝政，偏偏喜欢干木工活。他经常自己动手，劈、锯、刨、或油漆木器，成年累月，乐此不疲。魏忠贤就利用他这一个特性，每逢熹宗正兴致勃勃地做他的木工活计时，魏忠贤就拿出一大堆奏章请他审批，惹得熹宗很不耐烦，头也不抬地就说：“我知道了，你看着办吧。”如此一来，大权渐渐地落到魏忠贤手中，他更加擅权专道，为所欲为了。
魏忠贤独揽朝中大权，经常伪造圣旨，斥逐正直之臣，重用私党，其弟侄亲朋，一个个平步青云，官高禄厚。他自己更是过着穷奢极欲的生活。他每次出门，必坐在装饰华丽的车子中，青蓝色的羽盖、旌旗飘飘扬扬。四匹高头大马驾着车子，疾驰在道中。左右夹护的卫士都身着锦衣玉带，脚蹬锃亮皮靴，腰佩着利刃，加上随从的厨子、戏子、车夫、总共达数万人。所到之处，士大夫跪倒一片，口中还得呼“九千岁”。
他的胡作非为，引起了正直官员的强烈不满。东林党人杨涟为伸张正义对他进行了无情的揭发和斗争。天启四年，东林党人领袖，副都御史杨涟，上疏痛斥魏忠贤24大罪，大胆揭发了魏忠贤的奸恶，句句刺中要害。魏忠贤大为恐慌，忙跑到熹宗面前哭诉辩解，客氏又从旁为他说好话，昏庸的熹宗竟偏听偏信，不但没治魏忠贤的罪，反而下旨痛责杨涟。接着，朝中七十多名官员又冒死联名上疏，弹劾魏忠贤。由于阉党权势遮天，皇帝昏愚糊涂，魏忠贤仍然逍遥法外，毫毛未损，而揭发他的主要人物杨涟、左光斗在这年的10月反倒被罢了官。
自从遭到这次弹劾之后，魏忠贤对东林党人切齿痛恨，下决心将他们赶尽杀绝，以泄心头之恨。阉党首先编造黑名单，将不趋附魏忠贤的官员全部开列在一张单子上，统称之为东林党人，然后罗织罪名，逐一施以残酷的迫害。
天启五年（公元1625年），魏忠贤张开了他的魔掌，令爪牙逮捕东林党著名领袖杨涟、左光斗、袁化中、魏大中、周朝瑞、顾大章等六人，诬陷他们收受贿赂，交给锦衣卫拷打追赃。锦衣卫都督魏忠贤的义子田尔耕对这6个人进行5天一次的拷打逼供，手段之残恶毒辣，闻所未闻。田尔耕设立了许多刑罚的名目，有所谓的全刑，即让犯人备受械、镣、棍、拶、夹棍5种酷刑，还有枷、断脊、堕指、刺心，甚至煮沥青剥人皮。6个人每次拷打时，都是杻、拶镣、夹、杖等刑罚轮番施用。旧伤未愈，新创又添，审讯到后来，一个个都无法跪起，只能戴着桎平卧堂下。6个人中除顾大章自杀外，其余5人全被折磨死于狱中。杨涟死时土囊压身，铁钉贯耳，令人惨不忍睹；左光斗被炮烙，面额焦烂已不可辨……。
第二年，魏忠贤再兴大狱，逮捕东林党领袖高攀龙、周起元、周顺昌等7人。这次的特务侦缉比前次更加严密，从被捕人的家乡到京城内外，都布满了东厂的特务于大街小巷。凡是与被害人有关的都被特务盯梢。周顺昌的好友朱祖文打算进京设法营救，刚从苏州出发，就被特务盯上，一路遭缉查盘问数次。到了北京，亲朋好友都紧闭门户，谁也不敢留他住在家中，投住旅馆，连老板都是阉党的眼线，对他百般查问，弄得朱祖文整日躲躲藏藏，营救之事根本无从谈起。这次被抓的7个人都惨死在狱中。历史上对这两次大狱中受难的东林党人称为“前六君子”、“后七君子”。
魏忠贤对东林党人的打击迫害已到了疯狂的地步。有一个东林党人叫李三才，早已病死，但对一个死人他们也不能放过，宣布消除他的官籍，追夺封诰。
在残酷镇压东林党人的同时，魏忠贤全翻“梃击”、“红丸”、“秽宫”这三大案，修《三朝要典》定所谓三案是非。凡在三案发生时与阉党意见不和、发生争执的官员一概惨遭迫害，无一幸免于难。如首先对“梃击案”中张差疯颠质疑的王之肕被投入监狱，惨死狱中。而“红丸案”中的元凶献红丸，使光宗腹泻而死的李可灼，本被充军，魏忠贤却赦免了他的罪过；当初为光宗开泻药的内医太监崔文升，本被贬放南京，阉党却重用他当了漕运总督。为所欲为的魏忠贤就是如此地混淆是非、颠倒黑白。
魏忠贤对东林党人的残酷迫害，最后发展到凡是不顺从自己的、或与他有过仇隙的人，都被他加上个东林党的头衔，重则砍头，轻则罢官、充军。东林党已成了一个十恶不赦的罪名，谁一旦被冠以东林党人的头衔，就表明他死期不远了。
天启七年（公元1627年）8月，23岁的熹宗因荒淫无度而过早丧命，他做了7年皇帝。魏忠贤如丧考妣，他预感到好日子就要到头了。果然，即位的思宗朱由检早就对魏忠贤深恶痛绝了。他刚即位，就将熹宗的奶妈客氏赶出宫中。不久，数十名官员大胆上疏揭发魏忠贤。思宗见惩处魏忠贤的时机已到，就将他召来，令人宣读了弹劾他的奏疏，魏忠贤听得冷汗直流，浑身乱颤。思宗下令将他发往安徽凤阳看守明祖先陵墓。
魏忠贤还想图个富贵晚年，将他搜括来的财宝尽数带往凤阳，由上好马千匹驭运，七八百精壮之士护送。思宗闻讯，急令逮他回京问罪。魏忠贤闻讯后；畏罪自杀了，这个奸邪之徒终于结束了他罪恶的一生。他的侄儿，侄孙等人也被处死了。
崇祯二年，思宗把依附魏忠贤的阉党定为“逆案”，分别定了罪，同时又给遭受迫害的东林党人恢复了名誊。