海瑞，字妆贤，回族人，原籍广东省番禺县，祖上迁居海南岛，他出生于琼山。4岁那年死了父亲，母亲节衣缩食，供他上学，海瑞发愤苦读，于嘉靖二十八年中了举人，被派到南平（今福建省南平市）当教谕（县学校长）。自号刚峰的海瑞在任教谕期间，又得了一个外号叫“笔架博士”。
原来，那时常有上司和御史来县学观察，一些学官为了讨好上司，一见面就全身趴在地上磕头。耿直的海瑞认为学校是教书的地方，不是官府衙门，见面除作揖外，没有跪拜一说。因此，不管谁来，他都是只作揖，不下跪。他是教谕，站在中间，两边的学官趴在地上，看起来像是“山”字，又像个笔架，因此百姓送了他一个“笔架博士”的外号，为他的刚直不阿叫好。那些上司对他这种作法虽心怀不满，但也毫无办法。
四年以后，海瑞升为淳安知县。上任后，海瑞千方百计减轻百姓负担，取消一切不合理的税负，对上司的额外摊派，海瑞坚决抵制，从不屈服。在他的治理下，淳安县吏制清明，百姓安居乐业，人民对他由衷地信赖和爱戴。
在此期间，发生了两件事情，足以证明海瑞不畏强权，一心为民的崇高品质。一次，浙江总督胡宗宪的儿子胡大公子路过淳安。胡宗宪是辅相严嵩的大红人，飞扬跋扈，不可一世。他的儿子依仗父势，为非作歹。途经淳安，他嫌驿站的官吏招待不周，竟命手下将驿吏头朝下倒挂在房梁上拷打，将无辜的驿吏打得死去活来，围观者敢怒而不敢言。有人将此事告知了海瑞。海瑞一听，怒不可遏，立即带着衙役赶到驿站，下令抓了拷打驿吏的几个狗腿子，并严厉斥责了胡大公子，没收了他所带的数千两银子。如此惩治了骄横的胡公子，人们拍手称快，但同时又替海瑞捏一把汗，万一胡宗宪追究起来怎么办？
海瑞成竹在胸，他利用胡宗宪曾说过的一句空话，写信给胡，信中说：大人曾经谆谆教导下属，凡事必须节俭，不许铺张浪费。现在淳安来了个姓胡的人，自称是您的儿子，却嫌招待不周，还毒打了驿吏。这和您大人的明令不符，此人一定是假冒的，因此，我已惩办了他，请您放心。胡宗宪看完信后，又气又恼，又不能声张出去，真是哑巴吃黄连，有苦说不出。
后来，海瑞被调到北京，任户部主事。此时，昏君明世宗只知修道求仙，整日在西苑求神斋醮，妄图长生不老。
有一次，世宗在秘殿中扶乩（音jī），听说服用灵芝可以延年益寿，于是派人四处收集灵芝。地方官吏纷纷进献，宫中灵芝堆积如山。有个叫王金的逃犯，贿赂了宦官，得了一万株灵芝，制成一座“万岁芝山”，又将一只乌龟涂上五彩，冒充祥瑞之物，一并献给世宗，世宗大喜，廷臣纷纷上表称贺，逃犯王金由此摇身一变，成了太医院的御医。
明世宗迷于仙道，不理朝政，致使奸臣专权，朝纳紊乱，百姓的疾苦，无人过问。曾有一些正直之士上疏皇上不要崇信鬼神，要关心国家和民众。结果都被一手遮天的严嵩父子陷害，不是被处死，就是遭贬谪。御史杨爵上疏直言，结果被投入狱中八年，差点送命。此后，几乎无人再敢上疏劝谏皇上了。海瑞目睹国家如此混乱的局面，忧心如焚，满怀着一腔激愤之情，写了一篇历数世宗种种错误，劝他改过自新，重新治理国家的奏折。
朋友们得知了此事，纷纷前来拦阻海瑞，劝他不要呈递，免得招惹杀身之祸。
将生死置之度外的海瑞在下笔之前，已令管家去订好一口棺材，并且遣散了家人随从。他又拿出20两银子，交给在朝中为官的一位姓王的同乡，对他说：“我这次上疏，凶多吉少，看在同乡的情份上，一旦我遭不测，请你拿这笔钱将我埋在老家，我就十分感谢您了。”他的同乡含泪答允了他的请求。一切交待完毕，海瑞就义无反顾地到通政司（专管接收奏章向皇帝呈递的机构）递交了疏稿，然后，便到朝房等待治罪去了。
奏折到了世宗手中，他从头看起，只见上面全是指责自己的文字：陛下以为可以得道成仙，就一意修炼，耗尽了民脂民膏，滥兴土木，20多年不理朝政，法纪全部废驰……致使贪官污吏横行霸道，民不聊生，水旱无时，盗贼遍地。如今百姓都在说：嘉者，家也；靖者，尽也。百姓穷困到了极点。陛下试想想如今的天下，还成个什么样子……陛下的过错太多了，最主要的在于斋醮求仙。斋醮为了长生不老，可是，历代方士哪个存活至今呢？陛下以陶仲文为师，学习他长生不老的法术，可是，陶仲文已经死了，他自己都不能长生，陛下怎会求得呢？至于那些仙桃天药，更是怪诞不经……
世宗看完，气得浑身乱颤，大发雷霆，将奏折掷到地上，大声吼叫着：“快给我把海瑞抓来，别让他跑！”立于一旁的宦官黄锦说：“此人素有痴名。听说他上疏时，料到会触犯圣上，该当死罪，所以先行买了一口棺材，诀别妻子儿女，他自己正在朝房待罪呢！”
世宗闻言，愣了好一会。半晌，又把奏折捡起来，再三诵读，疏中之言，虽很刺耳，但句句在理，海瑞的一片赤诚之心袒露无遗，世宗一时之间也深受感动。但是，不久他又认为海瑞的奏疏是辱骂，到底还是下令将他逮捕，问成死罪，关在狱中。
两个月后，即嘉靖四十五年（公元1566年）12月，一心祈求长生的明世宗，终因服食过多的丹药而病死。他死后，海瑞被释放复职，继续为民操劳，直到万历十五年（公元1587年）去世。海瑞死时，因没有儿子，御史王用级为他经办丧事，只见他家徒四壁，清贫至极。王用级不禁伤感地流下泪来，海瑞没留下一文私产，还是王用级筹了一笔钱将他安葬了。
出殡的那天，京都市民休市一天，以悼念他们深深爱戴的清官。灵柩抵达江边，两岸哭声震天，百姓们一律穿上白衣，戴上白冠，扶老携幼，自发前来送葬。这位被誉为明代第一大清官的海瑞，又被百姓称作“海青天”，冒死上疏怒斥嘉靖帝的故事一直流传至今。