朱元璋65岁的时候，太子朱标病死，其子朱允炆以长孙的地位，被立为皇太孙。各地的藩王大多是朱允炆的叔父，眼看皇位继承人落在了侄儿手里，个个心里很不舒服。众藩王中，实力最强的是燕王朱棣，他智勇过人，经常出寨巡边，筑城屯田，用兵八万，还管制着守卫边境的各支部队。听到这一消息，朱棣心里很不是滋味。
朱允炆对此也有所察觉，心中总想着有什么好办法来对付这些兵权在握、虎视眈眈的叔叔们。有一天，他独自坐在东宫的东角门口，双眉紧锁，忧虑重重，不时长吁短叹。他的伴读老师，太常寺卿黄子澄刚巧从这儿走过，连忙走上前去，问：“殿下，您有何事发愁？”朱允炆回答道：“现在我的几位王叔都重兵在握，将来我当了皇帝，怎么能管得了他们呢？”
黄子澄没有正面回答，而是先举了个例子，说：“想当初吴、楚七国，虽然势力非常强大，但是当他们发动叛乱时，汉景帝一出兵，他们纷纷垮了。诸位王叔虽然用有护卫兵，但只能自守，难以进攻。如果万一闹事，只要兴师征讨，完全可以歼灭。您是皇上嫡孙，顺应天理，将来不必怕他们造反。”朱允炆听后，心总算放宽了一些。
公元1398年，明太祖朱元璋驾崩，皇太孙朱允炆即位，这就是明惠帝，历史上又叫建文帝。
朱允炆虽然当了皇帝，但是几位王叔的事总让他有些心神不宁，从此添了心病，总怕自己的皇位不牢固，而且，京城中一直在传说几位藩王正在互相串联，准备谋反。听到这些，他更加害起来。一天，他把黄子澄找来和大臣齐泰一起商议此事。齐泰认为诸王之中，数燕王兵力最强，野心最大，应该以迅雷不及掩耳之势，首先削夺燕王的兵权，达到杀一儆百的目的。
黄子澄不同意这个做法。他认为燕王信居北平，握有重兵，而且早有准备，如果先从他下手，容易打草惊蛇，反而会逼得燕王联手其他几个藩王共同谋反。这样一来，成功的机会太小，风险太大。他认为，不如先把实力稍弱的几位藩王搞掉，然后再收拾燕王。到那时，燕王孤掌难鸣，事情就好办多了。他还建议，先从周王身上下手。因为周王朱是燕王朱朱棣的同母弟弟，与燕王最为亲近，实力很有限，如果拿他开刀，他决不敢反抗，一定会旗开得胜！朱允炆听了他们的意见，感到很满意，马上就派人到河南把周王朱抓起来，押到南京，削去王位，充军到云南。接着，他又派人去逮捕湘王朱柏，朱柏见大势不妙，自焚而死。他又设计把齐王朱诓骗到应天，软禁起来。随后，又把代王朱桂削职为民，幽禁在大同。
这样一来，没用多长时间就把这四个亲王的兵权削掉了，朱允炆暗暗高兴。下一步，准备削夺燕王朱棣的权力。其实，燕王早有觉察。他看到几个兄弟一个个被削去王位，看来自己也不能幸免。于是，便以朝贺朱允炆改元为名，带上儿子朱高炽等人，昼夜兼程，亲自前往应天探听虚实，以寻求对策。为使朱允炆放心，朱棣回北平时，故意把朱高炽留在应天。
朱棣回到北平后，假装得了疯病，成天胡言乱语，有时候几天都卧床不起，甚至躺在地上睡觉。朱允炆起初不相信，几次三番地派使臣前去探病。
一次，使臣刚进燕王府，就见燕王一个人拄着拐杖在院里慢步闲走，见了他们就像没看见人一样。下人扶燕王走进房子。当时正是盛夏，燕王却直喊“好冷，好冷！”给他搬来一个炉子，他紧围着炉子，仍然缩着身子，浑身打着哆嗦，不住地喊冷。使臣们都相信，燕王是真的疯了，回去后向朱允炆如实禀告，朱允炆信以为真，还允许朱高炽回到父亲身边。其实，燕王一直在暗中加紧练兵，作好了夺取中央政权的准备。
狡猾的齐泰、黄子澄对燕王的病情有点怀疑多次劝朱允炆要有所警惕，朱允炆也加紧调兵遣将，加强了对朱棣的防备。
1399年6月，燕王府护卫百户倪谅到应天告发燕王图谋反叛。朱允炆马上下令逮捕燕王府的官员和燕王的家属，还特令北平驻军谢贵、张率军围攻燕王府，约定燕王府的一些官员作内应，秘密命令北平都指挥使张信带兵逮捕朱棣。
张信早已站在燕王一边，他给燕王通风报信。燕王一得到消息，马上就密谋布置。首先把谢贵和张两人诱入府中，杀掉。然后把燕王府里充当内应的官员都抓了起来。他来了个先发制人，宣布起兵。
燕王是个十分精明的人，他深知朱允炆是个名正言顺的法定皇帝，如果自己公开打出反叛的旗号，对自己不利。于是，他搬出了明太祖朱元璋在《祖训》中所说的话：“朝无正臣内有奸逆，必举兵诛讨”。他以“清君侧”为理由起兵，说要帮助建文帝朱允炆除掉奸臣黄子澄、齐泰。
燕王领军南下，直指京都应天。朱棣本是一位具有丰富带兵经验的宿将，手下又有一支经过长期严格训练的精兵。再加上他驻扎北平已经很久，多年苦心经营，附近的各郡县卫所都受他的统辖节制，所以他一起兵，就得到各方响应，纷纷前来投奔，士气十分旺盛。他率兵很快就攻取了蓟州、怀来、永平、通州等地。
朱允炆虽然处于正统的有利地位，但他是个迂阔懦弱、优柔寡断的人，远远不是燕王的对手。而且，明朝的许多开国元老们都被猜忌多疑的朱元璋诛杀殆尽，他手下缺少精兵强将。手下的许多官员，皇宫里的许多太监，见大势不妙，纷纷投靠了燕王。朱允炆害怕了起来，连忙撤了黄子澄、齐泰的职，并派人求燕王退兵。
燕王哪里肯就此罢休，他率兵一路冲杀，势如破竹，意欲直捣黄龙。燕军节节胜利，士气越来越高。1401年，燕王率军大举南下，直向应天而来。翌年4月，燕军攻打庆壁，遇到了南军的顽强抵抗，双方打得难解难分，十分激烈。这时，燕军有些踌躇不前，有些将领提出暂时撤兵。燕王坚决不同意。斩钉截铁地说：“这次进军，只能前进，不能后退！”没多久，燕军发起突然袭击，打得南军一败涂地。
朱允炆无计可施，只好再派人和燕王议和，愿意割让土地，请求燕王退兵。燕王眼看京城唾手可得，自然不愿就此罢休，一口回绝，同时加紧了进攻。
这年六月初三，燕军誓师渡江，直指应天。朱允炆看兵临城下，形势危急，命令手下将士死守。但没过几天，应天守将王景隆打开京师金川门投降，城被攻破。
燕王率领军士进城，威武壮观，文武百官纷纷在道路两旁跪着迎接。燕军进城后，只见皇宫大火熊熊，正在燃烧。燕王马上派人把大火扑灭，已经烧死了不少人。接着，他查问朱允炆的下落。有人报告说，燕军进城之前，建文帝朱允炆下令放火烧宫，他和皇后都跳到火里自焚而死。也有人报告说，他已经从地道逃出了京师。究竟他是死是活，很难确定，为后人留下了一个解不开的谜团。
历史上把明朝的这次内战叫做“靖难之变”，靖难是指平定内乱的意思。至此，经过三年作战，燕王朱棣终于在1402年6月夺得了梦寐以求的皇位。这就是明成祖。到公元1421年，明成祖迁都北京，自那时候起，北京一直成为明朝的京城。