总理大臣伊藤：“如果那样，我们的意见不同，我只能上交修改条约的变动条款。时间紧迫，很多事都无法施行。如果接受这个协议更好；如果不接受，协约只能被拒绝了。”
总督：“我不是无权拒绝吗？”总理大臣伊藤：“拒绝很好，但是我的意见丝毫不能改变。总秘书自然希望迅速完成和解，我也是。但是超过六十只，共计二十万吨吨位的船只都在广岛，有几艘今天已经离港。战争物资已经备好，仅仅因为停火规定才没有派遣出去。”
总督：“停火结束的时候，我们可能要请求延期。”总理大臣伊藤：“如果签订协约，延期可能获批，否则就不能。”李鸿章再恳求宽限些时间也没有用了，因为他收到了来自北京皇上的书面答复。总理大臣伊藤只愿给出三天时间，停火延期将通知日本战场上的将军。李鸿章在五天之内或许会收到北京来的答复和另一场会议；与此同时李鸿章进一步恳求从战争赔款里减去五千万，而且他不能放弃台湾岛。
“如果那样我必须取走台湾岛，”总理大臣说。“法国人觉得台湾是根硬骨头，”总督说；“而且我们还依靠它睦邻友好。”
“赔款和割地就像欠债，”总理大臣说；“债一还清，我们自然就是朋友了。”
“你们把债务人逼得太狠了，”总督说。他接着指出台湾岛疟疾蔓延，当地人不得不使用鸦片作为预防的药品。
“我们打算禁止使用鸦片，”总理大臣立刻说。“我要为之向你表达敬意，”李鸿章说。然后他尽情开始老一套的歪曲事实，说英国不顾政府意愿，强制向中国输入鸦片。“找出禁止中国人民购买鸦片的法子很有必要，”总理大臣伊藤说，“鸦片进口很快就停下了。”然后李鸿章起身向日本总理大臣伊藤告辞。他们握手的时候，李鸿章又一次请求减少赔款。伊藤微笑着摇摇头说：“不可能”，会议就此结束。
6月24日总理大臣伊藤读了英文版的协议草案，由他的秘书用日语解释给他听，然后我们被告知，他抽了一支雪茄以赢得时间。最终他亲自发言：“在总秘书离开中国之前，他和他的政府对我们两国间事务现状相当清楚，而且我认为，在其为和平和重建友好关系的谈判中日本是真心诚意的。”
李鸿章肯定为对伊藤的话感到不快，他回答到：“我是一个之前从未出过国的老人。我的政府对事务现状很清楚，也知道我是公使（总理大臣伊藤）的老朋友，因此派我来执行这一使命。这在我看来这已经足以证明中方的真诚。”
总理大臣伊藤很快醒悟过来，他应答说：“当前的和谈只关乎中国和日本，其他国家与这个问题无任何关系。”“我们实际上只能靠自己了，”李鸿章说，虽然几乎确定无疑他有更好的法子。
总理大臣伊藤立刻把谈话引回了自己职责的重心，以及他继续在马关停留将遭遇的困难。
李鸿章回答说如果条约草案的条款不是太繁琐，很快就能制定好。总理大臣伊藤：“两国人民都急切盼望着这项协约，尽快解决此事最好不过。和谈不可像大多和谈一样拖延时日，尤其是当下两军还在战场对峙，每一天都将有更多人丧命。”然后，李鸿章说了一句祝福天皇健康的礼貌性问题，会议结束了。
就是在3月24日这次会议后回下榻处的路上，李鸿章遭到刺杀被枪击中面部，结果日本天皇立刻准许无条件的暂时停火。
在4月10日第四次也是最后一次会议上，日本总理大臣伊藤开始说：
“如我先前说过的，妥协已经达到了限度。我很抱歉，但是不可能再做出让步了。”
李鸿章说：“我从陛下那里接到亲函令我斟酌决定，但是此事事关重大，我完全不知所措，我希望公使能替我做出决定。”总理大臣伊藤说自己应当为出让这么多受到责备，而李鸿章觉得自己应当为没有争取到更有利的条款而受责。
总理大臣伊藤：“我一开始就讲得很明白了。我们是不可能做出丝毫让步的。昨天我告知理亲王说我们已经到了妥协的极限。若非如此，为什么非要进行三四次会议达成现在的协议？我已经慎重考虑了中国的境况，削减已经达到了尽头。和谈不像在集市上讨价还价，每一方都尽力压过对方，那样有失尊严。”
到这里李鸿章开始讨价还价。《朝日新闻》称，战争只花了日本八千万。总理大臣伊藤看了看报纸说：“这份报纸的言论总是与政府作对，不值得信任。”
“就稍稍削减一些吧，”李鸿章说，“我将致电我的政府满怀感激地接受削减后的协议。”然后他抱怨日本索要的领土太多，而且那些地区都有很大发展潜力。但是总理大臣伊藤说，不论那些新领土有着什么资源，都得费力开发，不能被视作抵消赔款。再说了，任何可能获得的利益都将花费在该领地，不会有什么盈余。
“让我们回到台湾岛上，”李鸿章说，“中国没有把它开发好。岛上有煤矿，金矿和煤油井。如果我任巡抚，我应该会开发这些资源。”
“再者，发展会需要经费，”总理大臣说。“花费越多，”李鸿章说：“回报越大。既然在将来必将得到回报，又为何不可稍稍削减一些呢？这样一来，中国也更容易筹借到索赔的款项。我在北京的时候，已有一些外国人愿意借出两千万两来保住台湾岛。我到了日本以后，人人都听说日本决意取走台湾岛，所以不可再提此事。为这座岛典当了这么多数额，它理应本可以值更高价钱。”
然而，总理大臣伊藤拒绝再谈此事，虽然总督一再恳请在赔款或割地上做出一点让步。如果做出一点削减，这份送别礼物将成为总督愉快难忘的记忆。
总理大臣伊藤：“已经削减的数额就是一份送别礼。如我昨天说过的，我起初不愿意在协约初稿中做任何变动，但是看在这么多年始终不变的交情上，我已经削减了一亿的赔款。”
李鸿章说：“我永远都不会忘记如此顽固的残忍。”总理大臣伊藤回答说他已经做出了很大让步，并且会为这么做受到无尽辱骂。他希望总督在停火到期几天作出决定，否则情况很可能会更加严峻。
“那么好吧，既然总理大臣伊藤无法削减赔款，可以免除利息吗？”总理大臣伊藤已经许诺，如果赔款在两年内付清，就不再收取利息。“总理大臣伊藤能否接收利息，延长本金支付时长？”“不行，那就等于日本借钱了，日本绝不会这么做的。”“好吧，那么如果本金在三年内付清，日本可以免除利息吗？”“可以，”总理大臣说。“也许这点最好加进条约，”总督说，“要不然从赔款中减去两千万以抵消利息，剩下的一亿八千万照协议中偿付可以吗？”“不了，谢谢。”总理大臣伊藤说。总督：“如果减去两千万，中国就不必借那么多款了。”总理大臣伊藤：“这是绝对不可能的。”
然后关于如何把这一条件——如果中国在三年内付清本金，利息就被免除——插入协约；总督又提到，中国向英法赔款时，明确规定只有过期未付的款项才需要付利息。思忖良久后，总理大臣伊藤同意，根据原方案，应付三年利息。然后，如果三年内悉数付清，已付的利息将被视作本金。
李鸿章又说：“在你们接管台湾岛之前，把它先从协约中略去，”接着，经过进一步商谈，“一个月之内对我们来说太紧迫了。陛下和我离台湾岛太远，没法考察所有包括的条件。最好的办法就是中国政府命台湾省政府与日本派往台湾的高级专员们就转接的条例和细节达成共识。当交换了正式批准，两国都已开始建立友好关系时，那时什么事都可以讨论。”
总理大臣伊藤：“一个月足够了。”
总督：“如今一切都杂乱无章。两个月可以使情况相对安定有序下来。台湾已在汝国之口，着什么急呢？”
总理大臣伊藤：“我们还没吞下它，而且我们已是饥肠辘辘。”总督：“两亿已经足以在一段时间里满足你们的胃口了。”
条约签署于4月18日。随后李鸿章返回天津，在20日以良好的健康状况抵达天津港。朝廷收到李鸿章报告自己从日本返回天津的电报后，皇上与军机处议臣开了一次长会。他们讨论了和约的主要条款，但是没有达成什么具体内容。北京的百姓当时似乎对和谈中发生的一切一无所知，他们不相信满洲国的任何地区要被割让给日本，对台湾也很漠然。这表明中国不同地区人民感受的巨大差异。因为沿着整个长江流域，尤其是在四川的偏远地区，到处对割让台湾这一国家大事表示出的强烈情感令我难以相信。那里的百姓先是含泪的咒骂和怀疑，接着是比泪水更让人难受的沉默，这就是普遍接受这一讯息的方式。在这之后来访者只是按惯常的礼节草草道别。再也没有一句话，只有一种被击垮的氛围，完全被皇上放弃中国王冠上耀眼的珍珠——台湾岛这一重击击垮。
李鸿章在4月30日启程赴往北京，虽然他的病假尚未结束。部分是由于皇上的急令，他想在决定是否签署和约之前先亲自咨询一下恭亲王，原因是由于恭亲王告知李鸿章，只有他尽快让京城看到自己在日本经受的所有难题和危险，才不会惹很多麻烦。几位尚书和亲王建议支付双倍或三倍的赔款，代替割让的满洲领土，而北京那些来自台湾所属省份福建的官员全体抗议把台湾岛割让给日本，如果必要的话，他们愿意提供足够的捐款把它买下来。
在过去的两周里，各省奏折潮水般涌至皇上；没有一位总督，巡抚，鞑靼总领，或省总司令能克制住自己不去奏请圣上，建议拒绝同意割让领土的李——伊藤条约。这场表决简直是战争的延续，如果日本坚持执行整个条约，这些官员也就毫无异议了；不仅如此，他们还保障有进行战争的资金，刘坤一总督和宋清将军称他们决心战斗到死也不愿把满洲土地割给日本。刘坤一和另一位长江流域总督张之洞，总是李鸿章最难缠的对手。有些高级官员甚至敢呈上密封的奏折建议灭绝李党让“这一帮当朝和国家的叛徒，一个都不留。”
李鸿章在4月18日签署的和约条款简述如下：1.永久割让台湾岛。
2.永久割让以鸭绿江为东界，阿瑟港为西界上至北纬40度的领土。
3.赔款三千万英镑，在十五年内付清。
4.开放五个新的通商港口或地区，包括北京和南京。毋庸置疑，要不是慈禧太后在这个节骨眼上保护着李鸿章，他会为签署了这样一个条约性命难保。慈禧似乎至少还有一条优秀品质，而且这一品质很了不起：她总是站在朋友一边。在这些年间，她也许会忽然想起李鸿章的午夜行军。（指前面提到的李鸿章率军支持慈禧剿灭宫中叛乱一事。）她的一颗心与那个自那之后节节高升，成为中国权倾一时的人相会，他始终对她忠心耿耿，而她也救了他。（此处是暗指李鸿章和慈禧太后的关系）