1873年2月，日本公使、秘鲁公使和荷兰临时代办原本商定在春季冰融后尽快来天津商讨开通中国海上贸易的事宜，李鸿章认为在这一事件上很有必要接受他们的提议。但是他们一再推迟商讨日期，直至7月，李鸿章才抵达北京，与日本特派员的会面令人记忆深刻，当时日本特派员副岛种臣面色平静地嘲弄和藐视了这位中国最有权势的总督。
这位日本特派员无疑清楚与他交涉的这个人的品性，也可能早已耳闻李鸿章在很多场合中宣称不允许日本特派员进驻北京，所以他彬彬有礼地声明他是日本政府任命的驻守北京的官员，热情的表明他对这座城市的兴趣。但是对于核心的台湾问题他只字未提。当时一艘琉球船只在台湾失事，船员被杀。清政府毫无远见急于声明他们对台湾人民的野蛮行为无能为力，于是日本政府迅速的派遣军队驻扎台湾，所以现在他赶来北京以解释和解决这件事情。李鸿章立即着手解决这件棘手的难题，据说当时李鸿章传递给副岛种臣一张纸条，上面写着孔子的一句话，意思是一国侵占另一国的领土是非法的，但是这个事件的真实性无从考证。
副岛种臣在接到这句话时毫无反应，在这里就不详谈这件事了。总之，李鸿章据理力争后筋疲力尽，副岛种臣表示他只是来表达他对李鸿章的敬意，并不是来谈论国家事务的。
我们可以想象到那个令人讨厌的日本特派员带着他自以为是的微笑，装模作样鞠躬的样子，李鸿章的天朝大国思想此刻估计已经被抛到九霄云外——毫无疑问他已经怒火中烧。这次的经历是惨痛的，也许李鸿章再也不能毫无顾忌地施展他的机智和判断力了。李鸿章的目标是阻止日本公使进驻北京，但是他无能为力，所以他感到极度屈辱，他甚至没有回复日本公使的来电，只是派遣一位副使去告知他忽感不适。
李鸿章在与日本的第一轮机智较量中，日方大获全胜。谈判进入僵局后，双方请求英国公使托马斯·威妥玛爵士进行调停，威妥玛也不知到底该怎么做。最终中方同意支付日本侵占台湾的费用。支付费用从三百万两白银削减到五十万两白银，中方不同意马上支付这笔费用，日方也不同意给中方贷款，最终托马斯·威妥玛爵士本着和谈的原则，提出由英国预付这笔款项，所以1874年中日之间没有引起战争，但是当时的人们认为李鸿章太不称职，对他怨声载道。事实上，如果当时中日之间爆发战争，中国人民也许会更早些觉醒。
福州海关和天津海关的关税收入用于支付这次的赔款，但是在这次赔款支付前李鸿章还有另外一件亟待解决的事情。1874年9月，日本大使大久保利通、海军上将伊藤博文和李仙得将军及其他陪同人员在天津停留了六日，但并没有去拜访当时的天津总督李鸿章。一般情况下驻北京的外国公使或是大使在途径天津时，都会对总督进行简单的访问仪式或是礼节性的问候，这是第一次发生这种不去会面的事情。
这并不是一件独立的事件，自1860年外国军队占领天津后，随着日本大使及其随从人员的到来，一种深刻的、普遍的民族情绪在中国各省的官员中漫延开来。日本大使馆的一行人员共乘坐16艘游艇列队缓缓向蜿蜒流淌的白河上游驶去，每一艘游艇上都标着日本的国旗。日本大使轰轰烈烈的到来给中国民众带来了很大的冲击，据中方称其中的一艘巨型装甲舰上有三千人，还有一艘装备精良的炮舰驶向天津，同时日本大使还带着众多秘书、佣人和其他用品。
从日本的种种行径来看他们从一开始便不看重和李鸿章的关系。以下是我们从上海的报纸上找到的内容：1874年10月27日下午，直隶总督李鸿章前去参观俄国停留在此处的一艘炮舰。李鸿章总督在俄国炮舰上逗留了大约一小时后，炮舰上的指挥官指挥远离船体的鱼雷在水中爆炸，鱼雷爆炸溅起的水花高达四十米，附近的河岸都有明显的震感，炮舰停泊区附近的英国领事馆都能感受到那种排山倒海般的震动。李鸿章抵达这里时，十五支枪同时鸣响以示对他的尊敬。
有一天等到世界有足够的发展，人们不禁会惊叹于十九世纪愉悦外国君主和贵族的方式——鼓吹他和他的国家万寿无疆，就如同我们现在做的一样，所以我们也没必要责怪俄国人。
那个时期李鸿章除了在外交上遇到各种难题外，他的淮军也产生了很多问题，当时李鸿章调集六万淮军两天内抵达天津，他指责这些士兵不够团结，他们之间好像陌生人一样冷淡。此时在这些淮军之间正在形成一个阴谋，在总督府新军官的带领下，大批的南方士兵已经准备好起义，只等起义信号的发起，其中很大一批退役士兵被认为已经准备好加入这次起义。李鸿章的大军驻守在距离大沽16英里的白河南岸上的新城，军营中有很多怨声，其中数百名士兵已经逃离军营，这使得大沽炮台的指挥官们惊慌失措，所以他们提前做好了应对叛乱的准备，并时刻准备战斗。
这次叛乱的目标是向天津进发，占领天津，并杀死所有外国人。关于叛乱行动目标的信息被清政府拦截，李鸿章获得这些信息后，迅速发布涉嫌叛乱者的名单。这场叛乱的主要领导人被抓后被吊在天津的城墙上，同时判定叛徒的衡量标准也贴在城墙上。李鸿章的南方军队全程参与了这次的镇压活动，尽管众所周知他们对外国人充满敌意。总督府的侦探们充分发挥他们的侦查能力，叛乱的七个主要头目在天津西郊的一家昏暗的中国旅馆被抓获。次日，从军营中抓到六七个叛乱者，由总督府实力极强的安保人员押送，但叛乱的领袖逃脱了。
这些叛乱分子的标志物是一块白色的头巾，他们的白色旗帜上写着“兴安”的两字。在搜捕的过程中查获了很多这样的旗帜，当地官员宣称对整起叛乱毫无察觉，这简直太奇怪了。我搜集到一些具体的内容，借此机会来展示李鸿章同时代的人对他的评价，据一位天津记者的描述：在这次镇压叛乱运动中，每个人都可以察觉到李鸿章总督对外国人尽职尽责的态度。无论其程度亦或是结果，李鸿章的立场都毫无疑问。在处理这件棘手难题时李鸿章展示了他对清王朝的忠诚，表现出了极大的勇气和极高的能力。
这样看来外国人似乎已经忘记了望海楼的残杀，重新信任起李鸿章来。
不久后发生了翻译马嘉理被杀事件，整件事件看起来就是一起发生在云南的犯罪事实，和直隶总督、北方贸易的负责人李鸿章没有什么关系。此时英国公使托马斯·威妥玛爵士恰逢刚收到恭亲王和他的同僚们的感谢信，信中感激他在调停中日关系方面做出的努力。尽管如此，威妥玛爵士还是决定派遣英国公使馆的格罗夫纳先生前往云南查明凶手，同时他们要求李鸿章派一名官员随同赶赴云南。
由于李鸿章下令有些迟缓，而他选出的这名官员的品级也不高，所以英方向李鸿章施加压力，最终李鸿章派出了他的哥哥李翰章。但是李翰章的行程一拖再拖，此时托马斯·威妥玛爵士已经离开北京前往上海，所以经常往家中发电报确认最新状况，后李翰章无功而返。
托马斯·威妥玛爵士抵达天津后发现李鸿章已经做好谈判的准备了，如同他当时同日本理事谈判时一样准备充分。托马斯·威妥玛爵士只好快速进入谈判状态并评判起整件事情，首先从对李鸿章的哥哥的行为极度不满意开始，最后提出五项要求，同时他强调，中国政府必须首先同意这五项要求。
李鸿章慷慨激昂的保证他一定督促他的哥哥日夜兼程的赶赴云南，他也会建议总理各国事务衙门对于接受这五项要求无异议。但是总理各国事务衙门首先试图维护他们的权威和尊严，宣称这与中国政界的一贯行为相悖，表示不负责外国事务的处理，他们还表示反对李鸿章与驻北京的外国公使之间的会谈，同时他们反对派遣公使前往英国道歉，最后如托马斯·威妥玛爵士希望的一样，他们表示：“整件事情有待商榷，只是现在没有合适的人选，所以没有办法立即执行。”
然后托马斯·威妥玛爵士准备返回北京，李鸿章劝他多停留数日，并称他将会收到一份命令，政府要求他与另一名官员与英国公使协商会谈。
数日后这份公文抵达，但并不是像平常《京报》中严谨的措辞，只是简单明了的说到“由李鸿章和丁日昌全权负责处理马嘉理事件，与现在天津的英国公使威登先生友好协商，应使威登先生满意”。同时托马斯·威妥玛爵士收到恭亲王的急件，恭亲王在信中写到“威妥玛先生可以毫不迟疑的与我方杰出的代表李鸿章和丁日昌商讨并签订协议”。
李鸿章对于英国公使提出的大部分要求看起来都比较认同，但是无论他给英国公使承诺什么，总理各国事务衙门都会以各种理由拒绝签字。英国秘书团的其中一个助理说道：“看起来李鸿章阁下的名声与他的能力并不相符，他在天津没答应的事情到北京一定会答应。”
马嘉理事件中最难解决的部分便是云贵总督岑毓英，自然而然他也是被指控的人员之一，后岑毓英被任命协助李鸿章调查这件事，他的儿子曾担任两广总督。岑毓英是清王朝中极少适合处理马嘉理事件的官员之一，他是广西的土著民族之一，这里也许是汉族的发源地。
岑毓英曾参加镇压云南的回民反清起义，在镇压过程中他多谋善断，获得了很多人的称赞。“为了省去埋葬麻烦，他下令把数万名老人和小孩的尸体都埋葬在大理湖”，云南提督在后来曾说那次埋葬了约有三千人，而不是一万人，同样血淋漓的事实发生在1900年阿穆尔河沿岸，在格瑞巴斯基将军的领导下大量的平民被埋葬在阿穆尔河。
当时的提督抗议这种残酷的方式，说这与大理一贯坚持的准则不符，岑毓英总督回答他：“你跟大理没有丝毫关系，只需遵从《律例》便可。”现在就是这样一个把国家和民族大义放在首位的人被任命调查在自己管辖区发生的复杂犯罪事件，按照中国的准则，他自己同样应该被追究责任，上至总督、将军下至普通官员每一个个体都应该对可能发生在他们管辖区范围的事情共同承担责任。
托马斯·威妥玛爵士认为是这位总督主使了这起案件，要求把他押到北京受审。北京政府没有听从威妥玛的建议，最终岑毓英上书了一份报告，按照中国官场的一贯做法，他表明了自己的清白，同时放弃了他的一位下属，认为这位下属才是真正的罪魁祸首。托马斯·威妥玛爵士威胁清政府说如果把这份误导性的报告刊登出去，那么清政府的国威将不保。托马斯爵士认为李鸿章一直在敷衍他，不然李鸿章做出的承诺总被总理各国事务衙门立即拒绝的原因，便没有其他解释。同时李鸿章还建议，任命薛焕帮助他的哥哥李翰章解决此事。在前几年李鸿章和白齐文的矛盾白热化时，薛焕就曾代表李鸿章前往北京，弗雷德里克·布鲁斯爵士曾评论薛焕是位挑拨离间者和外国人的公敌。中国的政府官员显然知道英国人对薛焕的态度，他们甚至没有发布薛焕的任职公文，直到六个月后才在《京报》上刊登出来。中国人尤其擅长进行复杂的谈判，密吉博士写道“英国公使已经卷入这场纷繁复杂的《天津条约》的修订协商中，与之相同发生在云南的暴行也变得更加复杂，这些不同的问题在一定程度上从未分开过。”