1372年（明洪武五年）
征西将军冯胜平定甘肃，归属陕西行都司。
六月，追元兵于瓜、沙州后返回肃州。在肃州西七十里嘉峪山麓筑城。筹建嘉峪关。始营关西七卫。（曲先卫、安定卫、罕东卫、赤斤蒙古卫、沙州卫、哈密卫、罕东左卫，次第设置）（《明史·沙州卫》）
1374年（洪武七年）
六月，卜烟帖木儿遣其府尉麻答儿来朝，贡铠甲刀剑诸物。分其地为阿端、阿真、若羌、帖里四部，各赐印。（《明史·安定卫传》）
1375年（洪武八年）
正月，卜烟帖木儿遣其傅卜颜不花来贡，上元所授金银字牌。置安定、阿端二卫，封卜烟帖木儿为安定王。
1391年（洪武二十四年）
沙州首领阿鲁哈锡遣使朝贡。（《明史·西域传》）
1392年（洪武二十五年）
九月，凉国公蓝玉率部征罕东。（《明史·太祖记》）
1396年（洪武二十九年）
命行人陈诚至撒里畏吾地复立安定卫。（《明史·安定卫传》）
1404年（永乐二年）
酋长困即来、买住率众来归。置沙州卫，授二人指挥使，赐印诰、冠带、袭衣。（《明史·西域传》）
1406年（永乐四年）
安定卫徙于昔尔丁（即色尔滕，今阿克塞县苏干湖地区）。（《明史·安定卫传》）
1414年（永乐十二年）
吏部验封清吏司员外郎陈诚及苑骑清河监副李暹等奉命西使，正月十三日由肃州起程。经嘉峪关、回回墓、骟马城、赤斤、魁里（苦峪）、王子庄、芦沟儿（柳沟）、布隆吉、折西北经斡鲁海牙、可敦卜拉、哈密大烟墩，二月九日，抵哈密。复西行，闰九月十四日抵合烈。（明·陈诚《西域行程记》）
1426年（宣德元年）
困即来以岁荒人困，遣使贷谷种百石，秋成还官。帝日：“番人即吾人，何贷为。”命即与之。（《明史·西域传》）
1432年（宣德七年）
罕东左卫奄章子班麻思结自陈于朝，即命为罕东卫指挥使，赐敕奖赍。（《明史·西域传》）
1444年（正统九年）
四月，赈沙州、蒙古赤斤饥。困即来卒，长子喃哥率其弟克俄罗领占来朝，授喃哥都督佥事，其弟都指挥使。即还（沙州），兄弟乖争，部落离心。（《明史·西域传》）
1446年（正统十一年）
秋，甘肃镇将任礼强徙沙州二百余户、千二百三十余人，居之甘州，沙州遂空。（《明史·西域传》）
1477年（成化十三年）
苦峪、赤斤、罕东屡相仇杀，故安抚之。（《明宪宗实录》）指挥师英钦奉敕命统领官军二千员名到沙州巡防安抚。
六月初三日，在莫高窟题壁。（《敦煌莫高窟供养人题记》第98窟）
1479年（成化十五年）
班麻思结卒，明于沙州故城置罕东左卫，令思结孙只克以都指挥使统治，扞御西陲。（《明史·西域传》）
1485年（成化二十一年）
甘肃守臣言：北寇屡犯沙州，杀人掠畜。又值岁饥，人思流窜。已发粟五百石，令布种，仍乞人给月粮赈之。（《明史·西域传》）
1486年（成化二十二年）
沙州岁饥，朝廷发粟百余石令播种，并按人月发口粮赈济。（《明史·西域传》）
1504年（弘治十七年）
瓦剌及安定部人大掠沙州人畜，只克不能自存，叩嘉峪关求济。（《明史·西域传》）
1516年（正德十一年）
只克卒，子乞台嗣，吐鲁番复据哈密，以兵胁治降附，遂犯肃州。罕东左卫不克自立，相率徙肃州塞内。（《明史·西域传》）
1528年（嘉靖七年）
乞台内徙时，其部帖木哥、土巴仍居沙州，服属吐鲁番，岁输妇女、牛马。以征求苛急，是年率部族五千四百人来归，沙州即为吐鲁番所据。（《明史·西域传》）
1716年（清·康熙五十五年）
十一月，清朝派兵驻防沙州及色尔滕。（《敦煌莫高窟供养人题记》第176窟）
1718年（康熙五十七年）
番族内附，置靖逆、赤斤二卫。（《清史稿·志》第三九）
1723年（雍正元年）
复置沙州所，筑布隆吉城，设安西同知治焉。（《清史稿·志》第三九）
1725年（雍正三年）
升沙州所为卫，并迁甘肃五十六州县穷民二千四百余户开垦屯种。（《大清一统志》）
1726年（雍正四年）
七月，川陕总督岳钟琪上“建设沙州协镇议”。
1727年（雍正五年）
光禄少卿汪隆到敦，督修沙州卫城。建官府，修兵房及三堡，越一年城工告竣。（《重修敦煌县志》）
1729年（雍正七年）
沙州移民共2405户，每户分地50亩，共开田地120250亩。（《重修肃州新志·沙州卫志》）
1730年（雍正八年）
敦煌始行采买粮。（《重修敦煌县志·编年志》）
1731年（雍正九年）
沙州卫守备赵在熊督率户民续修沙州新城廓。
次年九月竣工，城廓周围五里五分，开东、西、南、北四门，东名通安，西名望瑶，南名瑞映，北名归极。（《重修敦煌县志》）
1732年（雍正十年）
安置吐鲁番回民于瓜州。（《大清一统志》）
1737年（乾隆二年）
《重修肃州新志》成书，内有《沙州卫志》二册。
1751年（乾隆十六年）
沙州副将五灵阿、瓜州参将哈甬纳，在黄墩营北要隘青墩峡立石碑，以示安不忘危。
1760年（乾隆二十五年）
改沙州卫为敦煌县，属安西直隶州。首任县知事曾希孔。曾知县于县城北关创建鸣沙书院。（《重修敦煌县志》）
1778年（乾隆四十三年）
在南关东南城角建南仓一处，计二百六十间。（《重修敦煌县志·建置志》）
1779年（乾隆五十一年）
敦煌人赵学诗中举。乾隆年间35年内敦煌有17人中武举。
1819年（嘉庆二十四年）
史地学者徐松调查西北水道，至敦煌游览莫高窟，记录碑文，探讨创建年代。（徐松《西域水道记》）
1821年（道光元年）
徐松《西域水道记》成书，内有敦煌水利与莫高窟的记述。（徐松《西域水道记》）
1830年（道光十年）
敦煌知县苏履吉委曾诚等纂成《敦煌县志》。（《重修敦煌县志》）
1832年（道光十二年）
知县许乃谷创修党河大桥，名日“柳桥”。（《重修敦煌县志·交通志》）
张守正中举。
1833年（道光十三年）
敦煌知县许乃毂着《千佛岩歌》并序。（许乃谷《瑞芍轩诗钞》）
1839年（道光十九年）
雷起瀛中举。嘉庆年间，有5人中武举。道光年间有4人中举。
1859年（咸丰九年）
雷起鸿中举。咸丰年间有2人中武举。
1873年（同治十二年）
总督左宗棠准备出关西征，遣员至敦煌筑仓厥。（《重修敦煌县志》）
1875年（光绪元年）
祁士麟（字冠英）中举。
1876年（光绪二年）
王化通（字享卿）中举。
1879年（光绪五年）
匈牙利地质学家洛克齐来敦，游莫高窟，对壁画艺术极其称赞。（《重修敦煌县志》）
1896年（光绪二十二年）
西宁回民刘四福率万余人至敦，在截山子与官兵接战，大败，至安南坝连败。发遣至新疆罗布淖尔安置。（《重修敦煌县志》）
1897年（光绪二十三年）
郭磷（字璞丛）中举。光绪年间有5人中武举。
清代敦煌共有8人中文举，33人中武举。有贡生81名。
1900年（光绪二十六年）
道士王圆篆在清除积沙时，掘出藏经洞（即今莫高窟第17窟），洞中数万件写本和其他文物经过近千年的封存后重现于世。
1901年（光绪二十七年）
法国邦宁发表《从北京到俄属突厥斯坦行记》，介绍其1899年的中亚之行，他曾到莫高窟并拓制四份碑铭。
1902年（光绪二十八年）
甘肃学政叶昌炽从敦煌知县汪宗翰处得到几件敦煌写卷和绢画，建议甘肃省藩台将敦煌经卷上调兰州保管，未果。
1904年（光绪三十年）
三月，知县汪宗翰奉省府令“就地封存”藏经洞文物。
武举张壶铭等率民众求免采买粮。
1907年（光绪三十三年）
三月，英国人斯坦因到敦煌，从王圆篆处骗取大量藏经洞写本和佛画等。又在敦煌北面长城一线和南湖盗掘多处，获得不少汉简、文书。
1908年（光绪三十四年）
二月至五月，法国人伯希和在敦煌莫高窟考察，从王圆箓处骗取藏经洞数千卷写本和其他文物。
1909年（宣统元年）
五月至八月，伯希和在北京饭店举办敦煌写本展览，引起罗振玉等人注意。
八月二十二日，清政府学部致电陕甘总督，请饬查检齐千佛洞书籍并造像古碑，勿令外人购买。
1910年（宣统二年）
清政府学部委托新疆巡抚何秋辇（彦舁）速将藏经洞所余写本运往北京。抵京后，余8000多件，何氏之子伙同李盛铎、刘廷琛等窃取不少精品，余交京师图书馆收藏。