美国核武器的研制成功，除了政府的巨大努力外，还与全世界爱好和平的科学家密不可分。“曼哈顿工程”中的一些卓有成效的科学家起初都曾经为纳粹德国服务，尤其是丹麦的著名核物理学家玻尔教授，他当时并没有外逃，而是潜心地做自己的科学研究工作。后来在英国情报人员的努力下，幡然悔悟，并逃到了美国。
在“曼哈顿工程”中，玻尔教授带过许多学生，其中有些还是世界级的领军人物，他们的科学成就也是被人们所敬仰和尊重的，德国的核物理学家海森堡就是其中之一。
他是一个颇具争议的人物，起初人们认可的一个说法是：希特勒之所以没有研制出原子弹，是海森堡阻碍了希特勒开发核武器的进程。然而最近，随着玻尔一封尘封多年的信，关于海森堡在纳粹德国核武器研究中起到的作用问题，又一次在世人中掀起了波澜。1941年9月海森堡与玻尔在哥本哈根的会面，出现了一个令人无法解释的谜。
海森堡在科学上的贡献是巨大的，他天才般的见地以及在物理学史上的地位，世人虽有不同程度的评价，但无疑都是相当正面的。
然而，对于海森堡与纳粹德国的关系，他的为人处世，尤其是他充满争议的哥本哈根之行，却存在着许多针锋相对的评价：肯定他的人，把他描绘成道德上完美的化身，他是一个身处逆境却迎难而上的人，为了保护德国的科学研究，不惜忍辱负重，战后为恢复德国科学所作的种种努力，使他在德国科学界享有很高的声誉；而否定他的人，则把他看成是纳粹的帮凶，认为他有着严重的人格缺陷，战后的种种说辞完全是文过饰非。
多年来，人们对海森堡的看法随着新证据的出现，也在不断地左右摇摆，对立的阵营始终泾渭分明，他们之间无法找到一个令双方都能接受的解释。
1992年出版的《海森堡传》则试图在这两极之间寻找一种平衡，该书用充满同情的口吻详细叙述了海森堡的科学研究与个人生活。无论对与错、伟大与渺小都不放过，使得对海森堡的评价更趋客观。
1998年，米歇尔·弗赖恩出版了剧作《哥本哈根》，在剧中，海森堡被描写成阻碍纳粹开发核武器的英雄。后来该剧被搬上舞台，在英国连演18个月，之后还在百老汇上演，并获成功。
《哥本哈根》出版后，海森堡再次成为世人关注的焦点，它不只是引起了史学家的关注，更是扩展到了社会各个阶层。2002年2月18日，弗赖恩在《法兰克福汇报》上又发表了一篇题为“我给海森堡一个自我辩护的机会”的文章，充分阐明了自己的“同情”观。弗赖恩本人并没有想到自己的作品会如此成功。
就在这种同情观占据上风的时候，英国《星期日泰晤士报》刊出了最新消息，玻尔研究所新公布了资料——包括玻尔写给海森堡但一直没有寄出的一封信。在这封信里，玻尔回忆了他和海森堡1941年的那次会面，当时，海森堡曾警告他的导师说，希特勒已经成立了一个“铀俱乐部”专门研究原子弹。战争可能会由核武器的出现而结束，而希特勒正是在从事核武器的研究。
这与以往的一些说法大相径庭。据以往的说法，海森堡虽然迫于形势不得不为纳粹工作，但却是“身在曹营心在汉”。尽管当时海森堡已经掌握了制造原子弹的关键技术，却避开原子弹的研究，集中力量研究反应堆和回旋器，显然是有意拖延研制进程。
两种不同的观点发生了激烈的碰撞。那么，当年海森堡和玻尔在一起到底都谈了些什么？
1940年春，德军占领丹麦的第二天，海森堡曾写过一封信给他的汉堡同行——德国原子弹计划参与者、德国核试验计划关键人物之一的德国物理化学家保尔哈特克。在信中，海森堡请保尔哈特克和卡尔弗里特里希·冯·魏茨泽克一道前往哥本哈根，因为他要在那里同某研究机构的负责人玻尔商谈要事。
1941年9月，海森堡前往哥本哈根，找到他的老师玻尔并与之进行了一次谈话，但是谈话不欢而散。2002年2月，玻尔研究所公布的文献似乎仍对海森堡当时的动机持有疑虑：海森堡是否想从玻尔那里打探为德国制造原子弹的技术？但是，从海森堡写给保尔哈特克的信中看，这次哥本哈根之行一年半以前就已开始策划了。海森堡的学生魏茨泽克在接受德国媒体采访时说，海森堡此行的目的主要是为了玻尔的安全，他只想知道，他的老师是否需要在他帮助下离开哥本哈根，或者说，他至少能让德国驻丹麦机构为玻尔提供方便。
直到1941年春天，魏茨泽克才找到机会去哥本哈根作报告。他利用这次机会为海森堡和玻尔会见积极准备。开始，魏茨泽克通过关系找到了德国驻哥本哈根公使冯克，请他给玻尔以保护。但魏茨泽克得到的回答是玻尔根本不愿意与冯克接触。后来，魏茨泽克在哥本哈根向德国驻丹麦代表处建议举办一次天体物理会议，这样，他就能邀请海森堡到哥本哈根来。德国公使采纳了魏茨泽克的建议，在哥本哈根举办了一次天体物理会议。
应当时所谓“德国科学研究所”的邀请，海森堡与魏茨泽克于1941年9月一道前往哥本哈根参加会议。但玻尔拒绝出席德国科学研究所的活动，并对海森堡产生怀疑。
玻尔的儿子阿格·玻尔后来回忆说，海森堡与他父亲和其他同事谈到当时的军事局势时说，德国会打赢这场战争。其实这一点不奇怪，因为当时德军已占领了差不多半个欧洲，并正向莫斯科推进。对海森堡来说，他没法在公开场合怀疑德军会打败仗。最后，海森堡终于找到一个与玻尔单独在一起的机会。两人进行了私下谈话。现在看来，海森堡多半是接受了魏茨泽克的建议，劝诫玻尔不要跟德国公使过不去。
这次谈话导致了玻尔对海森堡的疑虑，他认为海森堡从一开始就有目的地要将自己引向德方，两人之间的误解可能就此深深埋下了。
可以肯定的是，海森堡当时确实谈到了原子弹的话题。这个话题之所以如此敏感，是因为海森堡参与了纳粹的原子弹制造计划。因此，海森堡在与玻尔交谈时十分谨慎，很多话不能直说，这也因此给玻尔留下这一印象，海森堡全力以赴地为德国制造原子弹。
事实上，德国当时的情况是，1939年9月，在陆军装备局领导下成立了“铀协会”，研究如何将铀裂变并用于军事，但许多技术问题根本没弄清，如制造一枚原子弹需要几千克或几吨裂变物。此外，德国手里当时除了有铀-235外，一无所有。
1939年12月，海森堡建立了铀反应堆基础理论，后来试验成功。魏茨泽克的理论也证明，反应堆在运行时可以产生用于原子弹的裂变物质钚。
但是，1939年玻尔得出的结论却恰恰相反，他认为，自然铀在获取核能时不会产生别的主要物质，也就是说，德国除了仅在进行核研究外，并没有一个关于制造原子弹的具体计划。
那么，海森堡是否真想请教他视同慈父的导师，或者真想与玻尔密谋共同研制原子弹，迄今仍是一桩疑案。但是，玻尔当时肯定是中断了他们之间的谈话，而且气氛很僵，就像海森堡在结束谈话几分钟后对魏茨泽克说的那样：“全弄拧了！”
玻尔在谈话20年后写给海森堡的信中仍能让人们感觉到，玻尔没有将海森堡在公开场合与私下谈话区别开来，也许，他没有意识到海森堡对待他的真实想法。直至战后，魏茨泽克在美国见到玻尔，并问起那次的谈话情况时，玻尔仍说：“唉，随它去吧！我知道，在战争期间，人人都是为了自己的祖国。”
围绕这个像谜一样的问题，海森堡的辩护者和谴责者有过激烈的交锋。
辩护者称，海森堡从未主动要求去国外访问。他出使丹麦、匈牙利和瑞士等国，完全是官方刻意安排的。在海森堡被称为“白色犹太人”之后，纳粹官方安排他出访，是对海森堡的承认和平反。如果拒绝，将会导致严重的后果。海森堡进退两难，没有自主权。
对于一些德国人，尤其是像海森堡这样的非纳粹人士，存在一个道德的两难选择——一方面，他们并不希望希特勒主导战争；另一方面，他们又都是强烈的爱国者，并不希望德国战败。对于他们来说，最佳的解决办法是德国能避免战败，军队最终摆脱希特勒的控制。虽然现在看来这不过是一个不切实际的幻想，但当时这种想法却是非常普遍的。由于纳粹的片面宣传和有意隐瞒，德国民众只知道苏联的斯大林搞过大清洗，对纳粹德国的奥斯维辛集中营却一无所知。
一些高级将领甚至想通过刺杀希特勒来避免失败。通过与反对派接近的“星期三聚会”，海森堡本人知道这些情况。毋庸置疑，他内心是讨厌纳粹政权的。在无法推翻它之前，最好是利用它。
反对者则称，海森堡当时相信德国能在很短的时间内取得胜利，他根本没有掩饰过自己的态度。海森堡的目的至少是劝说玻尔冷静地对待德国即将获得的胜利。
对于这一点，辩护者称，海森堡其实并不希望纳粹德国掌握原子弹。经过初步计算后，他就不想再进行下去了。海森堡已经得到了正确的结果，但他并没有向纳粹当局讲明真相，而是夸大了制造原子弹的难度，因而也拖延了研究进程。
反对者称，海森堡并不是不想制造原子弹，他竭尽全力为纳粹服务，只是由于他的错误而导致德国的计划没有成功。海森堡没有仔细计算“临界质量”。按他的计算，制造原子弹需要成吨的纯“U-235”，而他估计盟国一年只能生产30千克“U-235”。
辩护者认为，这种说法已遭到海森堡本人的有力驳斥。在《部分与整体》中，海森堡对他当时的心态作了很好的描述。
反对者称，玻尔档案馆公布的材料表明，玻尔在信中明确指出，海森堡曾说过，他曾竭尽全力地花了两年时间研究原子武器。
辩护者的观点是，这只是玻尔自己的理解，玻尔当时并不清楚反应堆与原子弹之间的区别。海森堡所言是说，经过两年的研究后，他得出结论：原子弹在理论上是可行的，但很难制造，无论从技术上，还是经济上都是这样；而反应堆除了理论上，实际当中也是可行的，也比较容易制造，以后他将只研究反应堆。在海森堡还没有完全解释清楚之前，玻尔就中止了谈话。很显然，这是一种误解。
反对者坚持，如果是这样，为什么海森堡不阻止纳粹的计划？他去哥本哈根的真实目的是想从玻尔口中了解盟国在原子弹方面的研究进展。
辩护者感到好笑，海森堡用不着阻止纳粹的计划，因为早在1942年，纳粹就放弃了这个计划。他们从海森堡处得知，研制原子武器需要许多年，并且投入非常大。纳粹没有耐心等待，他们需要更直接有效的武器。海森堡去哥本哈根的真实目的并不邪恶。
反对者认为，海森堡，还有他的那个“谋士”魏茨泽克，通过新闻记者容克的《比一千个太阳还明亮》，为自己洗清罪名，把自己打扮成是因道德考虑而主动放弃原子弹研究，这是一种十足的虚伪，他在战后反对核武器，是一种不自然的表现。
辩护者认为，容克在他的书中作了许多不必要的夸张和推广，有许多失真之处。无论海森堡本人，还是魏茨泽克都给他写过信，指出书中的不实之处，但容克在该书1957年的丹麦版本中，只摘出了海森堡出于礼貌而对他的工作表示感谢的话。
可见，持不同见解的人的观点是何等的对立。从已有的材料来看，发生在玻尔和海森堡之间的误解构成了一出悲剧。也许海森堡当时还想以一种相互信任的方式与玻尔交谈，但是他忘了当时的情形——丹麦是一个被德国占领的国家。
自战争爆发以来，他与玻尔已有两年多没有联系，玻尔把他看成是德国占领军的代表，怀疑他是代表德国政府来游说的。海森堡一点也没有察觉到这其中的心理差异。
在海森堡60岁生日时，玻尔给海森堡寄去了热情洋溢的祝寿信，高度赞扬了海森堡的成就。也许有人认为这纯粹是出于一种礼貌，但是，另一些事情却很难将这种关系界定为仅仅是出于礼貌。当海森堡被关在英国的“农舍”时，玻尔也与海森堡保持着通信联系。
第二次世界大战结束后，玻尔还访问过海森堡在哥廷根的家，后来他们两家还一同去希腊游玩。可见，仅仅出于礼貌是很难维持这种关系的。
海森堡与玻尔在1947年又一次见面，他当时已获知玻尔对1941年的访问有着与自己完全不同的理解，但他并没有为自己辩护。按他的说法，如果这样做的话，一定会勾起双方痛苦的回忆，因而作罢。
不过，海森堡的言行确有前后不一，文过饰非之处，加上有些“谋士”的辩解，使本来就异常复杂和不确定的海森堡形象变得更加无从定位。他虽不热衷政治，但不幸被深深卷入其中，进退两难，尽管在恐怖的纳粹德国没有人能保住尊严，但他的所作所为仍有需要检讨之处。正是由于他在德国科学界享有崇高的地位，他才更应该谨慎对待自己的一言一行。
海森堡在纳粹德国统治期间的种种表现，是一出真正的历史悲剧。而这种悲剧的结局是他自己也不曾预料到的。