自己种菜，所有流程都是经过自己的手，这样或多或少地可以避免蔬菜栽培过程中的污染以及蔬菜产品后期流程的污染。
大致来说，造成蔬菜食品污染的来源主要有蔬菜生长环境的污染，栽培过程的污染，蔬菜产品后期流程的污染等。
1.蔬菜生长环境的污染
蔬菜生产环境的污染包括大气污染、水体污染和土壤污染。水体和土壤污染主要来源于工业“三废”和城市“三废”。水体污染种类很多，包括重金属、农药、有毒有机物质以及其他有毒元素、病原菌和有毒合成物质等，另外，土壤中残留的农药、肥料中的有害成分，亦会通过地表径流和地下水造成水体污染。
2.栽培过程的污染
栽培过程中的污染是指在蔬菜栽培的过程中，由于使用农药、化肥等生产资料不当和生产操作规程执行过程中的失误在导致的污染。
3.蔬菜产品后期流程的污染
蔬菜在运输与贮藏保鲜过程中常会引起腐败、发酵和霉变，其原因主要是受细菌、酵母菌和霉菌等微生物污染的结果。在蔬菜食品的加工、生产过程中未严格按照食品添加剂使用卫生标准和卫生管理办法使用食品添加剂，也会造成食品添加剂对蔬菜加工产品的污染。
但是，自己种菜，所有流程都是经过自己的手，这样或多或少地可以避免这些污染。我们施肥会尽量选用天然的肥料，水也会用清洁的自来水灌溉，由于是在我们住所的周围或者承包的农民的地上耕种，选用的地皮会考虑远离工业用地或者受工业污染的用地。因蔬菜的种类不同，对肥料的要求也不同，作为自己种菜的“城市菜农”来说，了解了这些差异，可以更好地指导我们种出可口的蔬菜。
按照蔬菜品种特性施肥。不同的蔬菜品种对不同养分的需求不同，例如叶菜类对氮的需求相对多些，茄果类对钾的需求相对多些。在安排施肥时，含氮比例高、肥效较快的有机肥料应优先安排给叶菜类，而含钾较丰富的有机肥料应优先安排给生长后期仍对钾需求较多的茄果类。作物在不同生长时期的需肥特性也有不同，如苗期为培育壮苗，苗床应施用含磷高的肥料；基肥一般施用养分全面、肥效稳定的肥料，但对生育期短的品种而言，还应加一些速效性的肥料；进入旺盛生长阶段，一般施用速效肥料，但也应有所区别，有的施用含氮高的肥料即可，有的还需要补充一定的钾养分。茬口也有影响，前茬残肥多的，后茬可以适当少施肥料；同时根据前茬残肥中养分的不同，对后茬施用肥料品种适当调整。
不同有机肥以搭配施用较好，如西甜瓜施肥，基肥可以施用混合厩肥、饼肥、禽粪、草木灰，团棵期可以少量使用羊圈粪、兔窝粪或浇施沼液，膨瓜后施肥类同于团棵期，但用量可以多些，并视具体情况可以泼浇人粪尿，也可以再施用些草木灰。菠菜等叶菜类施肥，基肥可以施用混合厩肥、禽粪、人粪尿，中期可以泼浇人粪尿、沼液。茄果、瓜类蔬菜，基肥可以施用混合厩肥、饼肥、禽粪、草木灰，苗期可以适当施用沼液，盛果期用草木灰、人粪尿分别对水施用。蔬菜施用微肥的针对性：萝卜、甘蓝、苜蓿对硼需要量较大；白菜、番茄、花椰菜等对钼需要量较大；莴笋、洋葱、菠菜、胡萝卜等对铁较为敏感，需求量大；马铃薯、山芋等对锰较为敏感。蔬菜施用微肥也有技巧，其技巧主要有以下几方面：
1.种子处理：①浸种。是将种子浸入微量元素溶液中使其吸收。施用方法为：硼肥，05%硼砂溶液浸种4‐6小时；钼肥，0.05～0.1%钼酸铵溶液浸种10～12小时。②拌种。是用少量水将微肥溶解，配制成较高浓度的溶液，喷在种子上，边喷边搅拌，使种子粘有一层微肥溶液，阴干后播种。拌种用量：每公斤种子用钼酸铵2～6克，硫酸锌、硫酸铜为4～6克。
2.土壤基施：严重缺微量元素土壤微肥要作基肥使用。每亩用量是：硼肥1斤，硫酸锌1～2斤，硫酸锰1～3公斤，硫酸铜2公斤。施用方法是：在播种或移栽前，将微肥与有机肥混合均匀，结合耕地翻入土壤中。土壤基施有一定后效，不需年年施用，可2～4年施用一次。
3.叶面喷施：喷施浓度为：硼砂或者硼酸0.2%；钼酸按0.02～0.05%；硫酸锌0.05～0.2%；硫酸锰0.05～0.1%；硫酸铜0.01～0.02%。喷施用量：每亩用肥液40～60公斤，因作物的大小而定，以茎叶沾湿为好。喷施时间应在无风的阴天或晴天下午至黄昏进行，以延长溶液在叶片上的湿润时间，提高肥料利用率。次数：根据蔬菜生育期的长短喷施2～4次，并注意与种子处理或基肥施用相结合。