武器干粮都准备好了。潘克洛夫和赫伯特去气球港看乘风破浪号，发现它被人动过了。
潘克洛夫猜想是海盗们想用它偷渡，不知怎么又放弃了。
“得把船置于我们的看管之下。”潘克洛夫对船极不放心。
当晚，他们打了一个电报给艾尔通，但是却没有回电。又打了一个电报，同样没有回音。
“艾尔通肯定出事了！”史佩莱担心地说。
“到那边去看看！”史密斯说。
除了纳布留下，其余的人都全副武装地走了。
他们在路上看到电线杆倒在地上，电线也断了。
四个人担心艾尔通的安危，急忙向畜栏跑去。托普在前面狂叫着，林间的畜栏露了出来。
托普突然大叫起来。
“砰！”赫伯特被打倒在地上。
“可怜的孩子！”潘克洛夫扑向赫伯特。这时，一颗子弹打掉了史密斯的帽子。罪犯来不及开第二枪，就已经被史密斯的尖刀刺倒了。
子弹从赫伯特第三根肋骨和第四根肋骨之间穿过，情况相当严重，大家把他抬到床上。赫伯特因失血过多而昏迷不醒。
史佩莱是通讯记者，见过战地救护人员抢救伤员，懂得一点医术。他当即给赫伯特进行治疗和护理。但是赫伯特的伤势实在太重了。
史佩莱首先擦洗伤口。由于没有药，只好用冷水来控制发炎。
10天之后，赫伯特终于睁开了眼睛。他太虚弱了，连话都不能说，只是微微一笑，以便让大家不要担心。
11月29日晚上，只见托普脖子上挂着个小口袋，里面装着张纸条。打开看时，上面写的是：
高地遭到海盗侵袭。纳布情况紧急，大家只好把赫伯特抬起来，准备赶回花岗石宫。
大家要到达花岗石宫时，纳布从浓烟中跑出来，喊道：“先生！”
但他看到的是没有血色的昏迷的赫伯特。
大家感到非常痛楚。高烧把不省人事的赫伯特折磨得几乎没有气了。史佩莱有些慌乱。
“要是有奎宁就好了。”史密斯喃喃地说。
少年的生命已危在旦夕。史密斯焦急不安地走来走去。
“上帝，救救我们的孩子！”潘克洛夫只是一个劲地祈祷。
12月8日，大家都认为赫伯特就要离开他们了，不忍心看他临死前挣扎，便走出了他的房间。
半夜里大家被赫伯特的尖叫声惊动了。大家跑到少年的床边，准备和他告别。
但是天亮时，潘克洛夫却发现桌上放着一个匣子。标着：硫酸奎宁。又是他，来得这样及时！
少年得救了。当新年来到的时候，赫伯特已能走动了。
2月15日，大家又决定远征。艾尔通毫无音讯，大家时刻都在想念着他。这次远征的目标便是针对5名罪犯的。
4天的远征结束了，毫无所获。
大家又担心那些海盗占住畜栏，就到那里去看。这次他们小心翼翼地向畜栏逼近。
但是他们却没有遇到海盗。
当潘克洛夫推开虚掩的畜栏门时，一个海盗都不见。
他们又翻过栅栏，里面同样没有声音。于是他们轻轻靠近木屋，从窗户望进去，见到艾尔通衣衫破烂地躺在床上。
他似乎睡着了。他的脸色显示他经受了长时间的折磨。他的踝部和腕部有很多伤。
“艾尔通！”工程师抓住他的胳膊叫道。
艾尔通睁开眼睛。“是你们？”他叫道。
“艾尔通！是我们！”工程师说道。
“这是哪里？”
“在木房子里。”
“他们会回来的！你们快做好准备！”艾尔通又晕了过去。
史密斯叫大家把车拉到畜栏里然后把门闩上。
当记者、潘克洛夫和纳布来到栅栏门口时，只见托普正在狂叫。三个人握着枪，跟着托普向右奔去。到了小溪边，只见月光下河边躺着五具尸体。
天亮后，大家带艾尔通到河边来。艾尔通立刻就认出这五具尸体正是那五个海盗。
“感谢你们救了我！”艾尔通说。
大家弄得莫名其妙。当史密斯把情况告诉艾尔通时，他也弄糊涂了。
他们再次观察五具尸体，发现除了额头、胸部各有一个红点外，并没有其它伤痕。
“他们是被一种闪电武器击中的。”工程师说。
“那是谁打的呢？”水手问。
“岛上的正义复仇者！”工程师说。
“这个人不但救了艾尔通，而且把我们做不到的事都替我们做了。我们一定要找到他！“不用说，这个“他”就是那个神秘的人。
寻找神秘人
林肯岛上的居民们又过上了和谐安宁的生活，只是那个有着神奇力量的人一直牵扯着他们的神经。
移民们继续辛勤而愉快地劳动着，岁月不知不觉地过去。他们逃离出来整整三年了，他们非常想知道祖国和家人的情况。
想起南北战争这场可怕的灾难，他们心中充满了忧虑。他们认为北方的正义事业肯定会获得胜利，内战应该结束了。他们渴望回到祖国去，回到文明的世界去，渴望见到自己的亲人。
小岛远离大陆，要回去就必须有很大的船，对造这样大的船工程师没有那么大的把握。他所关心的一件事就是到达抱岛上去留下关于艾尔通的信件。
乘风破浪号已经无法用了。他们准备在开春之前把造船的一切准备做好，并且把船造得大一点。他们推测苏格兰邮船有可能已经到过达抱岛，由于找不到艾尔通就回去了。这样就只有靠自己回到大陆去了。
潘克洛夫算了一下，造一艘250吨到300吨的船至少要七八个月，考虑到由于冬天到来给造船带来的不便，新船最早也要到明年11月才能下水。
“11月正是航海的好季节。”史密斯说。
“那么你就快点去设计船的图样，史密斯先生。”潘克洛夫说。“到时艾尔通肯定是个得力的帮手。”
工程师的计划得到大家的一致赞同。移民们因为以前造过船，尽管现在要造一只二三百吨的大船，但他们还是有信心的。
造船工作马上付诸行动。所有的人都参加了。严冬就要到了，大家争分抢秒地抓紧室外工作。
6月份，一场寒风夹着大雹子席卷了整个海岛，大家把飞快号上拾起的索具和风帆收回石宫里。天冷了，工作转到了室内。
9月7日这天，史密斯发现有一缕蒸气从火山口升向天空，火山又活动了。
“火山会不会爆发？”大家非常担心。
“很难说。”工程师说，“火山爆发、地震都有可能发生。我们的造船速度得加快。”
山顶上的蒸气成了浓烟，移民们在加紧造船。到9月底，船骨和肋材都完成得差不多了。
尽管造船很累，但大家觉得很开心。
一天晚上，电报铃突然大作，这就有点奇怪了。因为忙于造船，已经有好几天没人去过畜栏了。怎么回事？
“难道是他？”潘克洛夫眉头一挑。
“有什么事？”史密斯立刻发报。
“立刻到畜栏来。”回答的字码这样写着。
“终于找到他了。”工程师高兴地说。
大家兴奋得忘记了疲劳，立刻动身到了畜栏。木屋里是漆黑的，推门进去，里面一个人也没有。大家点上灯。赫伯特立刻指着桌子说：“一张纸条！”
纸条是用英文写的：沿着新电线一直往前走。
这时雷雨交加，大家冒雨而行，在一根电线杆旁发现了一根新线，这根新线包着绝缘体，放在地上。他们顺着电线来到西边大洋上的峭壁。电线从峭壁伸入了海里。大家惊呆了。
工程师让大家等待。午夜之后，潮水退去，露出了一个大洞口。电线拐进开阔的洞内。
洞内水很深，泊着一只小船，不用说这是为他们准备的。他们跳上船，进入漆黑的洞里。
突然，一个洞窟在光芒中现了出来。头顶上100英尺高的地方是一个圆形的拱顶，用无数的玄武岩石柱支撑，其豪华程度不亚于任何一个歌剧院大厅。光芒从远处的水面照射过来。划到前面，这里相当宽阔，海水变成了平静的湖。一个长约250英尺的像支雪茄烟的东西浮出水面来，亮光就是从它那儿发出来的。
“就是他！”史密斯激动地说。
称民们来到一间富丽堂皇的大厅里，里面的装饰典雅华贵，雕花的大橱里摆放着稀有的工业品、珍贵的矿物标本以及华美的艺术品。柔软的天鹅绒纱发上躺着一个人，他似乎没有注意到史密斯他们进来。
史密斯上前一步说道：“尼摩船长，是你要我们来的吗？我们来了。”
沙发里的人微微一怔，站了起来。这是一个胡子花白的老人，高高的前额，长发拖到肩上。
他面貌端正，目光炯炯。
“先生，我没有名字。”老人说。
“但是我知道你。”史密斯说，“还有这只潜水艇。”
“诺第留斯号。”老人微微一笑。
“就是它。十多年前，从诺第留斯号上逃走的法国人写了一本叫《海底两万里》的书，披露了你的秘密。”
“我在这里已独自呆了30年了。”船长叹息道。
“大家都不理解你为什么要选择这样的生活方式。但是我们每次遇到困难，都是你帮助了我们。”
“是我。”船长摆摆手，示意他们用不着说什么感激的话。
“我老了。”船长接着说下去，“我想告诉你们一个故事。”
大家都倾听船长要说什么。
“我小的时候曾经是印度国王的儿子——达卡王子。10岁那年，为了祖国和我的未来，父亲把我送往欧洲接受全面的教育。
“我痛恨一个国家——英国。我热爱祖国，然而英国殖民者却奴役着我们的人民。1857年，我组织的那次抗英运动失败了……虽然我逃了出来，但我的家人却被殖民者杀害了。因此我痛恨这个世界！后来我就和20多个好朋友带着一些财产从大陆失踪了。我们来到了太平洋一个荒岛上，造成了诺第留斯号。水底下有无穷无尽的宝藏，没有世间的是非丑恶。我们自由自在地生活着。岁月流逝，我的朋友们相继死去，现在轮到我了。”
尼摩船长叹息一声，又说：“6年前我们开进了这个山洞。由于火山的作用，潜水船被上升的玄武岩阻在了洞里。在我生命的最后岁月里，天意让我认识了你们这些好人。”
船长已经老了，就在他静静地等待着回到他的伙伴们那里去的时候，却无意中遇到了从南军俘虏营里乘气球逃生的史密斯这些人。
他本来想避开这五个人的，但同情心使他去关注这几个一无所有的人。他不打算暴露自己。
他后来发现这些人诚实勇敢，互相关爱，就情不自禁地去关心他们的疾苦。由于他有潜水衣，可以很容易地进入石宫内的井底，倾听他们的谈话，了解他们的情况。
这些正直的人改变了尼摩船长对人类的看法。他救活了史密斯，救出了托普，还有，把箱子放在遗物角、把水雷放在海峡炸掉飞快号、给移民们送药以及打死五个罪犯等等这些大家感到神秘的事情都是尼摩船长干的。移民们心中的疑团现在全部解开了，但尼摩船长却不在乎这些。
“好了，现在你们一切都明白了。”尼摩船长说，“我快不行了，对你们有一个请求。明天我留在诺第留斯号上，请求你们一定把船上的进水阀打开，让它沉入水底。我将和我的同胞们长眠在一起……还有……那边有个保险箱，里面有我的纪念品，大部分是钻石和珍珠，送给你们。”船长说完这些，已是气喘吁吁。
第二天早晨，居民们和船长告别，十分不忍地打开了潜水船上的进水阀。
回归陆地
为了纪念尼摩船长，他们把这里叫做达卡洞，移民们出到洞口，又怕小船受到海水的冲击，就把它拉回洞里的沙滩上。
暴风雨停了。史密斯一行人离开了洞窟，往畜栏而来。一路上，移民们几乎保持着沉默。他们在洞中的所见所闻——那个尼摩船长给他们留下了深刻的印象。这个曾经给过他们许多帮助的人现在已经离开了人间。他们感到有一种说不出的孤单。
一八七八年一月一日，荒岛遭到了一场大暴雨的袭击。火山又要复发了。艾尔通趴在地上倾听，远外传来隐隐的隆隆声。
“朋友们，”艾尔通站起来说，“赶快造船吧，火山在响了。”大家拼命地干活，锯的锯，装的装。
“山口起火了！”赫伯特从眺望岗上跑回来告诉大家。
火山口像一个巨大的火把，照亮了整个荒岛。无数的火舌和火星四溅开来，如同放焰火一样。
天空中下了一阵带有火药味的“黑雪”，说明火山的底部正发生着激变。史密斯知道情况变得十分严重了。
史密斯决定去一趟达卡洞。
小船依然在那里，他们乘船到了洞穴深处，只见石壁上一小股一小股的蒸气从石壁的缝中钻出来，散发出难闻的气味。石壁上还有几处大裂缝。
史密斯回来召集大家说：“朋友们，危险就要来到。我把尼摩船长临终前的话告诉大家。他告诉我，林肯岛不久就要崩溃。达卡洞一直延伸到火山底下。火山的中央管道和洞窟只隔着一层石壁，现在石壁已经开裂，到时海水就会灌进去。”
“太好了！”赫伯特说，“让海水把火山浇灭吧！”
“不，正好相反。”工程师说，“如果那样，林肯岛就要彻底炸飞。”
事实就是这样。如果水灌进热度高达几千度的火山内部，立刻就变成蒸气。这种膨胀的蒸气是无法控制的。
处境非常危急，只有把船造好才是惟一的生路。
2月23日凌晨，随着一声天崩地裂的巨响，火山爆发了。亿万斤重的火山堆被抛散到火山附近的平原上。一股滚烫的岩浆涌过来，吞没了畜栏。森林着火了，浓烟滚滚。
岩浆流进了格兰特湖，激起一片片蒸气。没多久，冷却的岩浆成了一座礁石。
情况万分危急，岩浆的洪流侵到了眺望岗！移民们恨不得新船马上就造好。
“提前下水！”史密斯果断地做出决定。本来定于3月9日下水的新船，8日晚上在惊天动地的爆炸声中下水了。几分钟后，林肯岛已经变成了一片汪洋大海。
在海岛爆炸的一刹那，6个人连人带狗被抛进海里，值得庆幸的是他们都没有受伤。他们先后爬上海中一堆礁石上，用一点可怜的粮食就在岩石洼处的积雨水里度过了9天。
3月24日，就在他们被饥饿逼向死亡的时候，艾尔通抬头看见水平线上出现了一个黑点。他勉强站起来，举起骨瘦如柴的手向黑点挥动。那个黑点向礁石而来。
“邓肯号！”艾尔通叫了一声就昏倒在地。
当史密斯他们醒来时，发现自己躺在舒适的船舱里。
“我们在哪里？”水手问。
“在邓肯号上。”艾尔通告诉大家。
这正是邓肯号，只是指挥船的是格兰特船长的儿子——罗伯特。
几十年过去了，艾尔通罪孽已满，罗伯特是奉命来接他回去的。
罗伯特说他们看到了达抱岛上留下的信，这才把船开住林肯岛的。
“什么，信？”史密斯接过罗伯特递来的信一看，知道是尼摩船长写的。“原来是他冒着危险驾着乘风破浪号去给我们送信！”潘克洛夫恍然大悟。
大家摘下帽子，默默地感谢这位已故的救命恩人。
艾尔通把一只保险箱递给工程师。原来艾尔通冒着生命危险保住了尼摩船长珍贵的纪念品，他们都为他的行为而骄傲。
邓肯号日夜不停地驶向大陆。
半个月后，三年多前乘气球逃难的人回到了祖国的怀抱。经过艰苦卓绝的斗争，正义战胜了邪恶，北军胜利了，人民又可以过上和平的生活了。
回来的移民们用尼摩船长的财宝在衣阿华州购买了一片土地，他们在这片土地上辛勤地劳动，建立幸福的家园。为了纪念荒岛上那段难忘的日子，他们把这片土地上的一座山命名为富兰克林山，把一个小湖命名为格兰特湖。
曾经流落在荒岛上的几个伙伴，发誓永远生活在一起。大家对生活比以往任何时候都更充满希望和信心。
自从史密斯他们居住在这片土地上以后，经常有客人来访问，而最常来的有格里那凡爵士和他的夫人，约翰·孟格尔船长和他的夫人玛丽·格兰特，罗伯特·格兰特和麦克那布斯少校。史密斯总是和客人谈及尼摩船长如何援救他们，他们对安息在林肯岛——如今只是一堆被海浪冲击的花岗石——的尊敬的船长充满了感激和怀念。