林肯岛上的居民们又过上了和谐安宁的生活，只是那个有着神奇力量的人一直牵扯着他们的神经。
移民们继续辛勤而愉快地劳动着，岁月不知不觉地过去了。他们逃离出来已有整整三年了，他们非常想知道祖国和家人的情况。
想起南北战争这场可怕的灾难，他们心中充满了忧虑。他们认为北方的正义事业肯定会获得胜利，内战应该结束了。他们渴望回到祖国去，回到文明的世界去，渴望见到自己的亲人。
小岛远离大陆，要回去就必须有很大的船，对造这样大的船工程师没有那么大的把握。他所关心的一件事就是到达抱岛上去留下关于艾尔通的信件。
“乘风破浪号”，已经没法用了。他们准备在开春之前把造船的一切准备做好，并且把船造得大一点。他们推测苏格兰邮船有可能已经到过达抱岛，由于找不到艾尔通就回去了。这样就只有靠自己回到大陆去了。
潘克洛夫算了一下，造一艘250吨到300吨的船至少要七八个月，考虑到由于冬天到来给造船带来的不便，新船最早也要到明年11月才能下水。
“11月正是航海的好季节。”史密斯说。
“那么你就快点去设计船的图样，史密斯先生。”潘克洛夫说，“到时艾尔通肯定是个得力的好帮手。”
工程师的计划得到大家的一致赞同。移民们因为以前造过船，尽管现在要造一艘二三百吨的大船，但他们还是很有信心的。
造船工作马上付诸行动。所有的人都参加了。严冬就要到了，大家争分夺秒地抓紧室外工作。
6月份，一场寒风夹着大雹子席卷了整个海岛，大家把“飞快号”上拾起的索具和风帆收到石宫里。天冷了，工作转到了室内。
9月7日这天，史密斯发现有一缕蒸气从火山口升向天空，火山又活动了。
“火山会不会爆发？”大家非常担心。
“很难说。”工程师说，“火山爆发、地震都有可能发生。我们的造船速度得加快。”
山顶上的蒸气变成了浓烟，移民们在加紧造船。到9月底，船骨和肋材都完成得差不多了。
尽管造船很累，但大家觉得很开心。
一天晚上，电报铃声突然大作，这就有点儿奇怪了。因为忙于造船，已经有好几天没人去过畜栏了。这是怎么回事？
“难道是他？”潘克洛夫眉头一挑。
“有什么事？”史密斯立刻发报。
“立刻到畜栏来。”回答的字码这样写着。
“终于找到他了。”工程师高兴地说。
大家兴奋得忘记了疲劳，立刻动身到了畜栏。木屋里是漆黑的，推门进去，里面一个人也没有。大家点上灯。赫伯特立刻指着桌子说：“一张纸条！”
纸条是用英文写的：沿着新电线一直往前走。
这时雷雨交加，大家冒雨而行，在一根电线杆旁发现了一根新线，这根新线包着绝缘体，放在地上。他们顺着电线来到西边大洋上的峭壁。电线从峭壁伸入了海里。大家惊呆了。
工程师让大家等待。午夜之后，潮水退去，露出了一个大洞口。电线拐进了开阔的洞内。
洞内水很深，泊着一只小船，不用说这是为他们准备的。他们跳上船，进入漆黑的洞里。
突然，一个洞窟在光芒中出现了。头顶上100英尺高的地方是一个圆形的拱顶，用无数的玄武岩石柱支撑着，其豪华程度不亚于任何一个歌剧院大厅。光芒从远处的水面照射过来。划到前面，这里相当宽阔，海水变成了平静的湖。一个长约250英尺的像支雪茄烟的东西浮出水面来，亮光就是从它那儿发出来的。
“就是他！”史密斯激动地说。
移民们来到一间富丽堂皇的大厅里，里面的装饰典雅华贵，雕花的大橱里摆放着稀有的工业品、珍贵的矿物标本以及华美的艺术品。柔软的天鹅绒纱发上躺着一个人，他似乎没有注意到史密斯他们进来。
史密斯上前一步说道：“尼摩船长，是你要我们来的吗？我们来了。”
沙发里的人微微一怔，站了起来。这是一个胡子花白的老人，高高的前额，长发拖到肩上。他面貌端正，目光炯炯。
“先生，我没有名字。”老人说。
“但是我知道你。”史密斯说，“还有这艘潜水艇。”
“诺第留斯号。”老人微微一笑。
“就是它。十多年前，从‘诺第留斯号’上逃走的法国人写了一本叫《海底两万里》的书，披露了你的秘密。”
“我在这里已独自呆了30年了。”船长叹息道。
“大家都不理解你为什么要选择这样的生活方式。但是我们每次遇到困难，都是你帮助了我们。”
“是我。”船长摆摆手，示意他们用不着说什么感激的话。
“我老了。”船长接着说下去，“我想告诉你们一个故事。”
大家都倾听船长要说什么。
“我小的时候曾经是印度国王的儿子——达卡王子。10岁那年，为了祖国和我的未来，父亲把我送往欧洲接受全面的教育。”
“我痛恨一个国家——英国。我热爱祖国，然而英国殖民者却奴役着我们的人民。1857年，我组织的那次抗英运动失败了……虽然我逃了出来，但我的家人却被殖民者杀害了。因此我痛恨这个世界！后来我就和20多个好朋友带着一些财产从大陆失踪了。我们来到了太平洋一个荒岛上，造了‘诺第留斯号’。水底下有无穷无尽的宝藏，没有世间的是非丑恶。我们自由自在地生活着。岁月流逝，我的朋友们相继死去，现在轮到我了。”
尼摩船长叹息一声，又说：“6年前我们开进了这个山洞。由于火山的作用，潜水船被上升的玄武岩堵在了洞里。在我生命的最后岁月里，天意让我认识了你们这些好人。”
船长已经老了，就在他静静地等待着回到他的伙伴们那里去的时候，却无意中遇到了从南军俘虏营里乘气球逃生的史密斯这些人。
他本来想避开这五个人，但同情心使他去关注这几个一无所有的人。但他不打算暴露自己。后来他发现这些人诚实勇敢，互相关爱，就情不自禁地去关心他们的疾苦。由于他有潜水衣，可以很容易地进入石宫内的井底，倾听他们的谈话，了解他们的情况。
这些正直的人改变了尼摩船长对人类的看法。他救活了史密斯，救出了托普，还有，把箱子放在遗物角，把水雷放在海峡炸掉“飞快号”，给移民们送药以及打死五个罪犯等等这些大家感到神秘的事情都是尼摩船长干的。移民们心中的疑团现在全部解开了，但尼摩船长却不在乎这些。
“好了，现在你们一切都明白了。”尼摩船长说，“我快不行了，对你们有一个请求。明天我留在‘诺第留斯号’上，请求你们一定把船上的进水阀打开，让它沉入水底。我将和我的同胞们长眠在一起……还有……那边有个保险箱，里面有我的纪念品，大部分是钻石和珍珠，送给你们。”船长说完这些，已是气喘吁吁。
第二天早晨，居民们和船长告别，十分不忍地打开了潜水艇上的进水阀。