公元前213年，秦始皇已经统一中原九年了。有一天，秦始皇在咸阳宫为庆贺大败匈奴而摆宴。文武官员全都出席了。同时参加宴会的还有七十个在学术思想上有名望有地位的博士。宴会当中，博士的领袖周青臣举酒颂扬秦始皇的功德，他说：“陛下英明，凭借不到千里的疆域消灭了六国，统一了中原，赶走了蛮人和夷人。如今凡是太阳月亮照得到的地方，全都服从陛下的统治了。陛下废除了分封，设立了郡县制度，这样防止了战争的发生，使得天下人人都能安心的生活。这样的太平时世，必定能代代相传，直到千秋万世。陛下的威德，远远超过了上古的三皇五帝啊！”
周青臣的一番颂扬，使秦始皇心里甜滋滋的，他连连点头夸奖道：“说得好！说得好！”可是这一番颂扬却触怒了另一些满脑子旧思想的博士们，有个叫淳于越的博士，他听周青臣赞颂郡县制而反对分封制，心里十分难过。他赶快往前走几步，急急忙忙地对秦始皇说：“陛下！我听别人说，殷周两代的国王传了一千多年，他们分封子弟功臣做诸侯，像众星拱月那样拱卫中央朝廷，这本来是个很好的制度。如今陛下统一了中原，子弟却毫无地位和实权。将来万一出个像当年齐国田常那样谋篡王位的乱臣贼子，这种局面又将由谁来挽救呢？我听老一辈的人说过：事情不照老规矩办而想要长久，根本就不可能。现在周青臣又当面奉承陛下，加重陛下的过错，我看他不是忠臣。陛下还是最好考虑一下分封的问题！”
秦始皇对淳于越的话十分厌烦。他叫大家再次讨论，看看究竟是分封制好，还是郡县制好。这时候已经升任丞相的李斯反对淳于越的谬论，他对秦始皇说：“古今时代不同，情况已经随着时代改变了，我们决不能再拿古代的制度到今天来实行。如今天下已经安定，法令已经统一，老百姓应当努力种田做工，读书人应当努力学习现行的法令制度。可是如今总有一些脑子被旧思想充斥的读书人，用古书思想来攻击时政，这非常不利于您的统治，必须予以严厉禁止。我建议：史官所收藏的图书，凡不是秦国的历史，全部拿来烧了；不是政府任命的博士官所收藏的《诗经》《尚书》，而是私家收藏的这一类书籍，一律焚烧掉，这样来断绝其根源。”
秦始皇也认为那些有旧思想的人到处宣扬旧制度，的确妨碍了他的统治。于是他决定接受李斯的建议，下令焚书。焚书的具体办法是：除了那些讲医药、占卜、种树一类的书以外，凡不是秦国史官所记的历史书，不是官家收藏而是民间所藏的《诗经》《尚书》和诸子百家的书籍，全部在三十日内上交官府并烧毁。以后还有偷偷谈论古书内容的，处死刑；借古时候的道理攻击当前政治的，全家都要处死。官吏知情不告发的，判处同样的罪。命令到达后三十天不烧毁书籍的，在脸上刺字后罚去做四年长城的苦工。如果有人要学习法令，必须跟随官吏去学，而不准学习古书。
焚书的命令发布以后，各郡各县的官吏不敢怠慢，都立即严格地遵照命令去执行。老百姓遭到了挨家挨户地搜查。在很短的时间内，到处出现了焚书的熊熊烈火。焚烧那些刻写在竹木简上的古代书籍，使得中国的文化事业遭受了一次浩劫。秦国以外的历史书和记载着诸子百家学术思想的书籍，几乎全部被烧了。秦朝以前的许多历史事实和学术思想从此失传。
秦始皇下令焚书，遭到许多读书人的反对，不仅那些有旧思想的人反对秦始皇的暴行，连一些在朝廷里享受着高官厚禄的博士，也都在暗地里议论，都认为秦始皇如此摧残文化，实在太过分。
焚书的第二年，即公元前212年，有两个替秦始皇求不死药的方士侯生和卢生，偷偷地议论说：“秦始皇为人残暴，自信心太强。灭六国统一中原之后，自以为是从古以来最了不起的一个君主了。他专靠残酷的刑罚来统治天下，大臣们不敢说真话，他也不信任任何人，一切事情都得由他自己亲自来决定。像他这样贪图权势的人，我们还是不要为他求仙药的好。”他们两个人商量好以后，就偷偷地带着从秦始皇那里领来的钱财，逃走了。
秦始皇听说读书人在背后说他的坏话，侯生、卢生还居然逃走了，十分生气，决定对他们施行严惩。
于是秦始皇下令叫御史大夫去查办那些在背后诽谤他的读书人。在残酷的刑罚下，一些被抓的人为了给自己开脱，就一个一个的攀连其他的人，攀来攀去，一下子查出来有四百六十多个方士和儒生犯有嫌疑。秦始皇一怒之下，也不详细审问、查证核实，就将他们全部活埋在咸阳城外。其实四百六十多人当中，只有少数人真正反对秦始皇，大多数人都是含冤死去的。这是秦始皇对读书人的残暴屠杀。
秦始皇进行焚书坑儒，目的是想统一思想，对那些反对中央集权制的思想和言论进行压制，但是他的做法太过分了，太残暴了。焚书，毁灭了秦以前长期积累起来的文化财富；坑儒，杀害了许多精神财富的创造者。从此以后，秦朝宫廷里真正有学问的人大大减少，而那些专会阿谀奉承、欺上瞒下的奸贼如赵高之流，逐渐成了秦始皇身边的重要人物，秦朝开始走下坡路了。秦始皇在完成伟大统一事业的同时，也对人民实行残暴统治，犯下了滔天罪行。