背负着其子普拉达玛贪污的丑闻，梅加瓦蒂开始了寻求连任的竞选工作，与其竞争总统地位的是军伍出身的苏西洛·尤多约诺。苏西洛·班邦·尤多约诺本次选举是印尼历史上的首次总统直选。因此，能否拉拢选票、赢得选民的心，是能否入主雅加达的关键性问题。出身名门，并且获得几大政党支持的现任总统梅加瓦蒂自然有她的得天独厚的优势。与之相反，苏西洛没有任何政党联姻，他依靠的只是普普通通的劳苦大众，并宣称自己是人民之子。在一系列宣传活动中，他或在群众集会上演唱民族歌曲，或与民众一起散步，以增强亲民形象。在这种情况下，梅加瓦蒂显然棋输一着。在直选中，依靠的应是拥有绝大多数选票的选民，而不能仅依靠政党。苏西洛显然更胜一筹。三年来，梅加瓦蒂政府实施是“棒”与“胡萝卜”政策，可以看出她更注重于经济的发展。在竞选中，她大打经济牌。梅加瓦蒂不断在公开场合表示，如果她的政党获得大选胜利，她要重整印尼经济。她个人主张实行开放的市场经济，但是一定要有公正的司法制度相配套。而出身行伍的苏西洛则显得手腕更为强硬，除了主张要振兴印尼经济外，还把焦点集中在打击恐怖主义上。他在反恐问题上的立场十分坚决，在打击“伊斯兰祈祷团”（印尼境内恐怖组织）恐怖组织上不遗余力。针对当前国际上日趋激烈的反恐环境，苏西洛的态度更能得到民众及国际的支持，从而也直接或间接的影响了选举的结果。无疑，本身就在执政期间没有彻底解决印尼恐怖活动的梅加瓦蒂又丧失了“先手”。 前文说过，梅加瓦蒂是依靠其父亲苏加诺的声望及其政党的支持才得以入主雅加达的，因此她投鼠忌器，在反腐问题上一直无法给人民一个满意的交待，甚至连她自身也卷入了腐败的旋涡，这无疑又给竞争对手以把柄。而苏西洛在普遍选民的眼中，是一个清廉且没有大政党支持的人，相信他能够肃清行贿之风，加之他态度强硬，更认为他可以解决已经让数届政府头疼的问题。7月5日，印尼举行了建国以来的首次总统直接选举，全国1.5亿多登记选民中有大约80%的选民参加了投票。在5位总统候选人中，印尼民主党推举的候选人苏西洛以得票率33.57%排名第一；印尼民主斗争党推举的候选人即现任总统梅加瓦蒂以26.6%的得票率位居第二。两人相差了近7个百分点，这对于梅加瓦蒂来说，不是个好消息。2004年10月5日，第二轮投票结果宣布，苏西洛以58.92%的得票率压倒了梅加瓦蒂，成为印尼历史上的第6任总统，10月20日宣布就职。梅加瓦蒂承认竞选失败，于当地时间10月19日中午离开了总统府。在竞选连任失败后，她向苏西洛表示祝贺，并明确要求她的支持者接受民众的选择。 看来，她还在期待着东山再起，“梅”开二度。客观地说，执政三年的梅加瓦蒂在一定程度上整顿了瓦希德留下来的烂摊子，也使得印尼的经济得到一定程度上的恢复和发展，给继任政府奠定了基础；她的频繁出行，也使得印尼在国际上的地位有所提高，影响力也有所增强。2004年12月24日，印尼遭遇了灾难性海啸和地震，事后世界各国纷纷援手相助，尤其中国，在无偿提供大量的物力和财力援助之后，又派出医疗组及相关人员专程赶赴受灾地，给印尼灾后重建带来了不可小视的作用。中国愿意如此竭力援助印尼，不能说没有梅加瓦蒂的功劳。梅加瓦蒂继承老父——印尼开国总统苏加诺的精神遗产，曾赢得民众带着怀旧色彩的支持。但执政3年以来，她领导的印尼政府在推动经济改革、打击恐怖主义以及反腐倡廉方面政绩平平。施政方式被指责为过于“怀柔”与“超然”，更有媒体将其评价为“懒散且犹豫”。腐败没有清除，地区冲突也未能彻底平息，物价依然高涨，占人口多数的印尼下层民众生活也没有明显改善。这就是导致梅加瓦蒂下台的根本原因。梅加瓦蒂三年的总统生涯不可谓成功，也不可谓失败，她作为印尼的第一位女总统，在印尼历史上开辟了先河，乃至在世界历史上也书写了重重的一笔。平心而论，她确实具备一定的政治能力，并非完全依靠其父的威名。只是在这种特定的背景下，印尼更需要铁腕式的人物来领导他们走出低谷。现在，只能对这位印尼前总统说一句：梅加瓦蒂，一路走好。
