1793年4月，美国政府在英法交战中发布中立宣言。英国无视美国的立场，在6月和11月颁布的对法国进行海上封锁的两项命令中，宣布将扣留和趋恶化。1794年4月，美国国会通过一项报复性法案，禁止美国船只在一个月内出航，后又延长一个月，英国惟恐事态恶化，影响其欧洲战事，宣布撤销了1793年11月的法令。美国抓住时机派遣最高法院院长约翰·杰伊为特使赶赴伦敦，谋求解决英国撤离在美据点，归还所掠美国人财产及海上通商等问题。杰伊于1794年6月抵英后，经数月艰苦谈判，11月16日双方签订条约，史称《杰伊条约》。它规定，英国至迟于1796年6月1日撤出所占的美国西北部各据点，美国对西印度群岛通商的船只总吨位限制在70吨以内。附件规定，英国对非法拘捕的美国船只付131万英镑的赔偿费，美国向英国支付60万英镑，以抵偿独立战争前债务。美国投有完全达到预期目的。它要求的英方归还所掠财物，担保不再扣留美国船只，以及停止强迫美国水手加入英国海军的问题，条约只字未提。条约于1795年3月交华盛顿总统审批。6月，参议院以2/3多数通过条约，但附加了一个保留条款，说明条约中的第12条关于西印度群岛贸易的内容暂缓执行，因为棉花被列为禁运品。8月，华盛顿批准了条约。1796年2月，条约生效。
对杰伊条约的评价历来褒贬不一。在当时，美国公众反对与敌人英国签约，视条约内容为美国的耻辱，掀起一场猛烈攻击条约甚至杰伊本人的浪潮。财政部长汉密尔顿多方为条约的签订进行辩护。总统华盛顿也认为，这是当时能够争取到的最合适的条约。在我国史学界，传统的观点认为《杰伊条约》是一个损害美国主权的条约。新观点则称该条约的签订是美国建国之初外交上的一次成功。华盛顿在国内要求对英开战的强大压力下，选择了和谈道路，虽做出一定让步，但避免了一场美国将无力承受的战争。1796年10月，英国撤出了在美国的最后一个据点，解除了英国在美领土上的直接威胁。《杰伊条约》还对在美洲的其他欧洲殖民国家产生了影响。1795年10月，美国与西班牙签订《平克尼条约》，美国获得了密西西比河的自由航行权。1798年西班牙撤出在美国南部的据点，使美国实现了领土完整。