经络的理论用以说明人体的生理、病理以及指导临床诊断和治疗，具有重要意义。
一、生理方面由于十二经脉及其分支纵横交错，入里出表，通上达下，联系着脏腑器官。奇经八脉，沟通于十二经脉之间；经筋、皮部，连接了肢体、筋骨、皮肉。从而，把人体的各脏腑组织器官，有机的联系起来，使机体的内外、上下保持着协调统一，构成一个有机的整体。这种相互联系，有机配合，主要是赖于经络系统的沟通、联络作用实现的。
人体的各脏腑组织器官，均需气血的温养濡润，才能发挥其正常作用。气血，是人体生命活动的物质基础，必须依赖经络的传注，才能输布周身，以温养濡润全身各脏腑组织器官，维持机体的正常功能。如营气和调于五脏，洒出于六腑，这就为五脏藏精，六腑传化的功能活动，提供了物质条件。所以，《灵枢》本藏篇说：“经脉者，所以行血气，而营阴阳，濡筋骨，利关节者也。”说明了经络具有运行气血，调节阴阳和濡养全身的作用。由于经络能“行血气，而营阴阳。”营气运行于脉中，卫气行于脉外，使营卫之气密布于周身。显然，经气通畅，气血调和，则人体各部可维持正常的协调和相对的平衡。从而，加强了机体的防御能力，起到了抗御外邪，保卫机体的作用。故《灵枢》本藏篇说：“卫气和，则分肉解利，皮肤调柔，腠理致密矣”。说明经络的功能正常，人体则健康无病。反之，经气不利，则易遭受邪气侵袭，所谓“邪之所凑，其气必虚”，即为此意。
二、病理方面经络，在病理方面，主要表现在疾病的发生与传变上。《素问》皮部论篇说：“邪客于皮则腠理开，开则邪入客于络脉，络脉满则注入经脉，经脉满则入舍于腑脏也，……”说明经气不利，则易遭受外邪侵袭而发病。当体表受到病邪侵袭时，可通过经络，由表及里，由浅入深的传变。如外邪侵袭肌表，初见发热、恶寒、头痛、身痛等症。由于肺合皮毛，外邪循经内舍于肺。继而，可见咳嗽、喘促、胸闷、胸痛等肺的病症。《素问》缪刺论篇说：“夫邪之客于形也，必先舍于皮毛，留而不去入舍于孙脉，留而不去入舍于络脉，留而不去入舍于经脉，内连五脏，散于肠胃，……”说明在正虚邪实的情况下，经络是外邪从皮毛腠理内传于脏腑的传注途径。同时，经络也是脏腑与脏腑之间，或脏腑与体表、组织器官之间，病变相互影响的通道。如心移热于小肠，肝病影响到胃，胃病影响到脾等。这是脏腑病变，通过经络传注相互影响的结果。《素问》调经论篇说：“五脏之道，皆出于经隧，以行血气，血气不和，百病乃变化而生，是故守经隧焉。”因为经络内属于脏腑。反之，脏腑有病，也可通过经络而反映于体表部位。如肝病胁痛、肾病腰痛。心火上炎，可致舌部生疮。
大肠、胃腑有热，可致牙龈肿痛等。都说明经络是病邪传注的途径。
此外，经络本身也可因寒、热、虚、实，而在循行分布的组织器官发生病变。如寒、热、肿、痛、酸、麻、拘挛以及痿软不能运动等。
三、诊断方面《灵枢》官能篇说：“审其所痛，左右上下，知其寒温，何经所在。”又说：“审皮肤寒温滑，知其所苦。”因经络有一定的循行部位和与脏腑的络属关系，并可反映脏腑的病证。故在临床上，可根据疾病所出现的症状，结合经络的循行部位和所联系的脏腑，便可知道病在何经。因此，在诊断上，首先必须辨证分经。如胸痛，而伴有咳嗽等症状，多属于手太阴经病变。心前区痛，伴有心悸等症状，多属于手少阴经和手厥阴经病变。又如头痛一症，可根据经脉在头部循行分布而辨别。其痛在前额，多与阳明经有关；痛在两侧，多与少阳经有关；痛在颈项，多与太阳经有关；痛在巅顶，多与厥阴经和督脉有关。又如胁肋和少腹为肝经所过，故两胁痛，或少腹痛，多与肝经有关。《灵枢》刺节真邪篇说：“用针者，必先察其经络之虚实，切而循之，按而弹之，视其动应者，乃后取之而下之。”《千金要方》也有“以手按之病者快然”的记载。说明在辨证分经的基础上，还可用“经络诊察”。如用手指按压，或目测“背俞”“募”“郄”“合”等穴位，检查其有无阳性反应——压痛，皮下结节，皮肤形态变化，皮肤温度，电阻改变等，也有助于疾病的诊断。
四、治疗方面经络学说，广泛运用于临床治疗，尤其在针灸、按摩方面，更具有重要的指导意义。但在临床各科的运用中，又各有不同。
针灸、按摩的配穴处方，是在明确辨证分经的基础上，除先用局部俞穴外，通常以循经取穴为主。以“经络所通，主治所及”为依据的。具体地说，病在何经，就选用何经和与之有关的表里经、同名经的远部俞穴进行治疗。《四总穴歌》说：“肚腹三里留，腰背委中求，头项寻列缺，口面合谷收。”就是循经取穴的佐证。如胃痛循经选取足三里、梁丘穴；胁痛循经选取阳陵泉、太冲穴等。又如前头痛与阳明经有关，可循经选取上肢的合谷穴，下肢的内庭穴治疗，等等。
根据“十二经脉者，皮之部也”“欲知皮部以经脉为纪”，按经络循行所及部位为取穴原则，如肝病取肝经的期门穴。
十二经脉、十二脏腑，都有阴阳表里关系。因此，可作为异经取穴的理论根据。如手太阴肺经有病，可取与之相表里的手阳明大肠经穴位等。
十二经脉，纵贯上下。在治疗上，就作为病在上取之下，病在下取之上的理论根据。如足厥阴肝经发生头痛，病虽在上，治疗时可取肝经的太冲穴；脱肛，病虽在下，治疗时可取督脉的百会穴。
此外，通过皮部与脏腑经络的密切联系，临床上，用皮肤针叩刺皮肤。皮内针，埋藏于皮下，或用轻重不同的手法刺激皮肤，以治疗脏腑经脉的病症。经筋的病候，多表现为拘挛、强直和抽搐，治疗多以局部取穴，所谓“以痛为俞”。这些都是经络学说，在针灸、按摩治疗等方面的具体运用。