中平六年（189年），汉灵帝崩，刘协为陈留王。刘协随刘辩在袁绍等人诛杀宦官时，被宦官张让和段圭绑架，遇到了董卓。
刘辩是灵帝长子，何皇后生；刘协是灵帝次子，王美人生。王美人与何皇后均有宠于灵帝，何皇后妒忌王美人，王美人生下刘协后，即被何皇后鸩杀。刘协便由灵帝生母董太后抚养长大。灵帝死，何皇后与董太后争权，何皇后逼死董太后。灵帝在世时已看出刘辩懦弱，欲立刘协为太子，但碍于何皇后及何进，犹豫未决。灵帝死后，何进辅政，帝位自然是刘辩的了。董卓进京后，曾同少帝刘辩谈话，那时刘辩已十四岁，对朝中事说不清楚。陈留王刘协虽只有九岁，讲话却有条理，董卓认为刘协比少帝刘辩聪明，认为刘协贤能，且为董太后所养，又自以为与董太后同族，遂有废立之意。
其后，董卓掌握实际政权，但董卓完全就是一个强盗坯子，他虽然掌握朝政，却实在没有安定天下的大志。他西归长安前，就自封为太师，位居诸王之上。到了长安，公卿迎拜，董卓也不还礼，俨然自己就是皇帝。而他所乘的车子则与天子御驾一样华丽。
许多公卿大臣也想除掉董卓。卫尉张温曾谋划诛杀董卓，但事情败露，张温被杀。越骑校尉伍孚非常憎恨董卓，决心去刺杀他，为天下除害。他暗藏佩刀去见董卓，谈话结束后董卓起身送他时，伍孚突然拔出刀刺向董卓，没能刺中，董卓拼命抵抗，左右亲信围上来将伍孚砍倒在地。伍孚忍着剧痛，大声喊道：“我恨不得将你这奸贼斩成数段，以谢天下！”说完气绝身亡。
之后，司徒王允、司隶校尉黄琬、尚书仆射士孙瑞、尚书杨瓒等人又密谋诛杀董卓。
王允，字子师，太原祁（今山西祁县）人，出身官宦世家。他年轻时有为国立功的志向，时常诵读经传，早晚学骑马射箭。三公都征召他，让他做了侍御史。中平元年（184年），黄巾军起义，王允被特选任豫州刺史。他任命荀爽、孔融等人为从事，上书解除党禁，镇压黄巾军，大获全胜，与左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱儁等受降黄巾军几十万人。期间，王允曾告发中常侍张让。张让怀恨在心，后借故中伤诬陷王允，将其逮捕入狱。
后遇大赦，王允官复原职，但仅仅十天，王允又因他罪被捕。王允的品行很受司徒杨赐赏识，杨赐不想让他经受痛苦侮辱，于是派宾客告诉他说：“皇上因张让的事，一月再次征召，凶祸难测，你当深思熟虑。”从事流着眼泪给王允送去毒药，让他自杀免受其辱。王允厉声说：“我为臣子冒犯了皇上，本应服极刑以谢天下，怎么可以饮药求死呢？”朝中大臣没有不为其惋惜的。大将军何进、太尉袁隗、司徒杨赐联合上书说：“人君内视反听，有自知之明，忠臣就竭力侍奉皇上；对贤者不计较其小的失误，奖励他的才能，义士就会更加严格要求自己。所以孝文皇帝采纳冯唐的意见，晋悼公原谅了魏绛的罪过。王允是被破格任用的，杀戮叛逆，抚尉归顺，不及一个月，州境扫清。正想列举他的功勋，上奏朝廷加爵赏赐，却因稍有过错，就要处以极刑。责斥轻，处罚重，有失众望。我们的确认为王允应蒙三槐之听讼，以明忠贞之心。”奏上皇帝，王允得以减死论罪。这年冬天大赦，王允却不在赦免之列，三公又再次为他求情。到第二年，王允才得以获释。这时宦官横暴，官员因为一些无关紧要的小事也要遭到他们的加害。王允为了免遭宦官陷害，于是改名换姓，流浪河内、陈留间。
汉献帝继承皇位后，王允任太仆，再调署理尚书令。初平元年（190年），王允代杨彪为司徒，同时任署理尚书令。董卓迁都关中，王允将全部兰台、石室图书秘纬中重要的东西收集起来带到关中，到了长安根据其内容分类保存，又收集汉朝旧事应当施用的，都一一奏上。经籍得以保全，王允功不可没。董卓当时还留在洛阳，无论大小朝政，都托王允一人处理。王允假情屈意，唯命是从，董卓对王允很放心，所以王允能够勉力扶持危乱之中的王室。
其实，王允也对董卓的倒行逆施极为不满，但他知道自己是一介文官，势单力孤，假如明里和董卓对着干，无疑是自寻死路，所以他是在韬光养晦，等待机会。果然，通过对董卓的阿谀奉承，王允渐渐得到了董卓的信任，而他诛董的准备也越来越充分。但是王允清楚，董卓不是无能之辈，身边随从众多，防卫严密，他自己更是武艺高强，如果不谨慎从事，一不小心便有家破人亡之祸。所以，王允打算在董卓集团的内部找一名内应，里应外合，如此才能使董卓猝不及防。这个人就是吕布。
吕布善骑射，膂力过人，号称“飞将”，初为并州刺史丁原手下。董卓初进京后想要掌握朝政，于是用计诱吕布杀死了丁原，将丁原的军队也全部收编。董卓十分宠信吕布，两人誓为父子。董卓知道很多人痛恨他，出行之时总让吕布紧随左右担任护卫。但是董卓脾气暴躁，有一次，吕布因一件小事不合董卓心意，董卓拿起手戟就向吕布投去，吕布幸亏躲闪及时，才未被刺中。吕布又连忙给董卓道歉，才平息此事。从此，吕布对董卓怀恨在心。吕布还同董卓的一名侍女貂蝉私通，所以总是担心被董卓发觉，日夜不安。有一天，吕布把董卓向他掷手戟的事向同乡王允说了，恰好此时王允正在谋诛董卓，于是离间吕布与董卓之间的关系，要吕布除董卓，为汉朝建立奇功。吕布听了王允的话也动了心思，可还是摇头说：“但我们毕竟是父子啊！”王允认真地说：“你姓吕，与他本不是骨肉，现在担心被杀都顾不上，还谈什么父子？他掷戟的时候，可有想过父子之情吗？”吕布听后，于是下了诛杀董卓的决心。
初平三年（192年），夏四月，时献帝有疾初愈，群臣都去未央殿朝贺。董卓也乘车入朝。一路上步骑夹道，戒备森严，但董卓却不知道危机已经隐藏在了他的周围。此时，吕布早已让他的亲信李肃率勇士十余人，伪装成卫士，埋伏在了董卓入宫的必经之路——北掖门内。董卓乘车行入北掖门后，李肃立即挺戟刺向董卓，董卓在朝服内穿有重甲，结果李肃只是刺伤了董卓的一只手臂。董卓受惊后从车上掉了下去，他抱住被刺伤的手臂高喊：“吕布在哪里？”吕布听到董卓的呼喊后立即冲上前说：“有诏命我讨杀贼臣！”
董卓一见此情形，立刻就明白是发生了什么事。他气得大骂说：“你这狗崽子，竟然敢做这种大逆不道的事！”话音刚落，吕布已用长矛制住了董卓，随后令士兵砍下了董卓的头。一世枭雄也好，一世暴徒也罢，总之董卓就这么被他的养子吕布杀死了。
董卓被杀的当天，满朝文武和所有士兵都高呼万岁！长安老百姓高兴得在大街小巷载歌载舞，共同庆祝奸贼被诛。据说董卓死后，被暴尸东市，守尸吏把点燃的捻子插入董卓的肚脐眼中，点起天灯。因为董卓肥胖脂厚，“光明达曙，如是积日”。
董卓一生粗暴，满怀私欲和野心，从陇西发迹到率军进京操纵中央政权，他不择手段玩弄权术，践踏法律，破坏经济，残害人民。他的种种倒行逆施，造成了东汉末年政局的极度混乱，给国家和社会的稳定带来了巨大的破坏。董卓最终被诛杀，暴尸东市，是应有的报应。正如宋人苏轼所说：“衣中甲厚行何惧，坞里金多退足凭。毕竟英雄谁得似，脐脂自照不须灯。”董卓擅权之时，废少帝立献帝。虽然汉献帝刘协并不昏庸，但却先后成为董卓等权臣的傀儡。特别是曹操挟天子以令诸侯的局面出现后，汉献帝更失去人身和政治自由，最后只能亲手把政权交给了曹魏，成为汉朝政权的葬送者。