继承父兄基业
献帝建安五年（200年），孙策临死时，令长弟孙权作为自己的继承人，嘱托张昭等曰：“中国方乱，夫以吴、越之众，三江之固，足以观成败，公等善相吾弟。”呼权，佩以印绶，谓曰：“举江东之众，决机于两阵之间，与天下争衡，卿不如我；举贤任能，各尽其心，以保江东，我不如卿。”
孙策去世后，年仅十九岁的孙权统领了他的旧部，执掌了大权。长史张昭对孙权说：“孝廉此宁哭时邪？且周公立法而伯禽不师，非欲违父，时不得行也。况今奸宄竞逐，豺狼满道，乃欲哀亲戚，顾礼制，是犹开门而揖盗，未可以为仁也。”然后，令人将孙权的丧服脱去，换上官服，扶上马，让他巡视各军。曹操则根据张绣的劝告，集中力量去征服河北，对孙权采取怀柔政策，维持原有的同盟，表孙权为讨虏将军、会稽太守。当然，孙权所统治的不止会稽一郡，所以他以江南三角洲的中心吴郡之吴县（今江苏省苏州市）为大本营，常年屯驻在那里。
孙策死亡的噩耗传出，周瑜立即率兵奔丧，留在吴中镇守，以中护军的身份与长史张昭共掌众事。吕范、程普也率军奔丧，留在吴中，与吴郡太守朱治一道助张昭辅佐孙权。由会稽功曹出为富春长的虞翻得知孙策去世，对诸长吏说：“恐邻县山民或有奸变，远委城郭，必致不虞。”遂留在原地制服行丧，诸县皆效仿之，咸以安宁。孙策的堂兄、孙静的长子定武中郎将孙禺，原屯驻于乌程。
孙权率军来到会稽郡城外，虞翻组织民众登城而守，并派人告谕孙禺：“讨逆明府，不竞天年。今摄事统业，宜在孝廉，翻已与一郡吏士婴城固守，必欲出一旦之命，为孝廉除害，惟执事图之。”孙禺遂退回原防。这表明，父兄余烈尚存，危难之际忠心保江东大有人在。
当然，孙权所面临的困难是非常明显的。他虽拥有扬州绝大多数郡国，但深险之地犹未尽从，外边又到处都是跨州连郡的枭雄，时刻觊觎江东，就连属下的宾旅寄寓之士，亦以安危去就为意，未有君臣之固。曹操在官渡表天子征华歆、王朗到许都，孙权不打算放人。华歆对孙权说：“将军奉王命，始交好曹公，分义未固，使仆得为将军效心，岂不有益乎？今空留仆，是为养无用之物，非将军之良计也。”孙权不得已，放华歆赴许。王朗则从曲阿辗转江海，积年乃至许都。
建安七年（202年），曹操打败袁绍后，进一步扩张势力，便写信给孙权，要求他送子弟做“质任”。孙权召集群臣共商对策，张昭、秦松等人犹豫不决，周瑜坚决反对送人质。他说：“将军现在继承父兄的基业，拥有六郡的土地和人力，兵精粮足，将士听命，铸山为铜，煮海为盐，境内富饶，人民安康，有何必要去送人质呢？若送人质，定要受制于曹操，最好的待遇也不过是封侯，区区十几个仆从，几辆车，几匹马，哪能与割地称王相比呢？我建议不要急于送人质，从容地观察一下形势再说。”孙权的母亲吴夫人当时也在场，她很赞赏周瑜的意见，并且让孙权把周瑜当做兄长。孙权采纳了周瑜的建议，没有向曹操送人质。
整训军队，择贤任能
孙坚以军功闻达于世，孙策以武力开基，因而江东多精兵良将。孙权继承父兄余烈，时天下仍旧大乱，他自然要多有征伐，以此树立威信。
孙权继命后的第一件事是整顿军队。他要通过视察，把统兵官年龄小、无力带兵的部队合并给有能力带兵的军官。除了重用原来孙策时的文武要员张昭、张纮、周瑜、吕范、董袭、程普、朱治、太史慈等人外，还“招延俊秀，聘求名士”。渡江南下的士人如鲁肃、诸葛瑾、步骘、严畯等都受到优待，委以重任。
孙策时的老臣，如董袭，董袭字元代，扬州会稽郡余姚县人，身长八尺，武力过人。孙策入会稽，董袭迎于高迁亭。孙策见而伟之，即署门下贼曹。从孙策平定山阴宿贼，身斩其渠帅黄龙罗、周勃，还拜别部司马，授兵一千人，旋迁扬武都尉。
孙权意识到招揽人才的重要，开始广招俊秀，聘求名士。孙权的姐夫（即孙策的妹夫）弘咨向孙权推荐诸葛瑾。诸葛瑾字子瑜，祖上原籍徐州琅琊郡诸野县（诸野之葛氏渐成诸葛氏），后世迁至阳都县，他本人少时游学京都，治《毛诗》《尚书》《左氏春秋》等，遭母忧返回家乡，事继母恭谨，因避战乱带眷属来到江东。孙权以诸葛瑾为长史。步骘也在此时入孙权幕府，任主记。步骘字子山，徐州下邳国淮阴县人，单身避乱江东，种瓜自给，夜诵经传，刻苦自学，得以成才。诸葛瑾、步骘后来都成为吴国的重臣，诸葛瑾位至大将军，步骘成为丞相。
武将如从荆州投奔过来的甘宁，经过周瑜、吕蒙推荐，孙权甚为器重，待之如同旧臣。吕蒙字子明，荆州汝南郡富陂县人。其姐夫邓当是孙策的部将，吕蒙就在邓当手下当兵。邓当死后，张昭向孙策推荐由吕蒙接替，拜别部司马。对年轻能干的吴人陆逊，也招到幕府任职，“以兄策女配逊，数访世务”。经过亲自考察和谈话，孙权还赏识了吴县县丞广陵人吕岱，逐渐予以重用。
这时孙权虽尚稚嫩，但一些英雄气质已显露出来。孙策在世时，曾使吕范主财计。孙权有所私求，向吕范索取，吕范一向把自己的命运维系于孙氏政权，所以办事认真，必先请示孙策，不敢专许，弄得孙权很不愉快。孙权出为阳羡长，想要用钱时，吴郡功曹周谷私下给予，然后做假账蒙混，使孙策不知，孙权高兴一时。如今孙权统事，认为吕范忠诚，因而厚见信任；以周谷能欺更簿书，不再任用。这样，六七年间，做到了“国险而民附，贤能为之用”，从而使孙氏在江东的统治稳定下来。
扩张势力
孙权继父业，唯江东地区。而在长江以南的广大地区，很早就有百越与汉族人民共同居住。秦始皇统一中国以后，修筑了从咸阳直接通往会稽的驰道，并谪发内地罪人至江南，加强了南北联系和民族融合。汉武帝几次将东瓯、东越的人民迁徙到江淮之间。
随着秦汉四百年中央集权的加强和社会经济文化的发展，汉越人民之间的民族界限也越来越淡薄。许多沿江和平原地区的人民已基本消除了民族隔阂。孙氏在江东建立政权后，为了与强大的曹操等势力抗争，更加紧对广大山区汉越人民的镇抚。当孙策进入曲阿，驱逐刘繇时，已有军队数万人。他对周瑜说：“吾以此众取吴会，平山越已足，卿还镇丹杨。”说明孙策要彻底平定吴、会两郡，就必须令两郡山区越民纳入其统治之下。孙策死时，因“恐邻县山民或有奸变”，吴郡各县县长甚至不敢离开县城给孙策送葬。
孙权统事之初，就“分部诸将，镇抚山越”。建安八年（203年），孙权“使吕范平鄱阳，程普讨乐安，太史慈领海昏，韩当、周泰、吕蒙等为剧县（山越反抗剧烈之县）令长”，分别镇压山越。另外，会稽南部都尉贺齐也平定了建安（今福建建瓯）、汉兴（今福建浦城）、南平（今福建南平市）的反抗，擒获山中名帅洪明等五人，出兵万人。以后仍不断对山越用兵，虽不能根本解决问题，但毕竟从山民中榨取了一定数量的兵员和物资，从而增强了孙氏政权的力量。
除了山越以外，孙权也镇压了其他的反抗势力。如庐江太守李术，原为孙策所表用，孙策死后，术“不肯事权，而多纳其亡叛”，权命李术送回叛者，术回答说：“有德见归，无德见叛，不应复还。”权进军攻李术，于皖城枭李术首级，徙其部属三万余人。建安九年（204年），孙权弟丹杨太守孙翊为郡都督妫览、郡丞戴员杀死，妫览欲逼娶孙翊妻徐氏。徐氏与孙翊亲信旧将孙高、傅婴共设谋杀妫览、戴员。孙权闻讯，从椒丘赶到丹杨，族诛览、员余党。
之后，孙权进一步扩张势力。其实，孙吴早就图谋攻取荆州，荆州居吴上游。江夏守将黄祖曾射杀孙坚，更成为孙氏讨伐的借口。建安八年（203年），孙权又攻黄祖，正胜利进军之际，“而山寇复动”，因之孙权不得不回军镇压山越。建安十二年（207年），权再次“西征黄祖，虏其人民而还”。次年春，权第三次出击黄祖。祖水军横置两蒙冲，挟守沔口（即夏口），蒙冲上有千人，以弩交射，飞矢雨下。权前锋董袭、凌统各率敢死士百人，人被两铠，乘大船，突入蒙冲内。
董袭用刀切断两绁，蒙冲乃漂流。权军遂得前进，吕蒙在前亲枭黄祖手下水军都督陈就之首。于是将士乘胜，水陆并进，遂屠其城，黄祖逃走，被追及斩首，掳获男女数万口。至此，江东实力迅速强大。