秦灭六国的第三个战略目标是燕国。
荆轲刺秦王是秦灭燕国过程中的一支悲壮的插曲。
公元前230年，秦军攻入韩都，俘虏韩王安，接着又发兵攻赵，兵临易水，对燕国构成直接的严重威胁，燕国危在旦夕。
危亡关头，燕太子丹派荆轲入秦刺杀秦王政，于是引出了一段荆轲刺秦王的悲壮故事。
燕太子丹年少时曾在赵都邯郸充当人质，而秦王政出生于邯郸，二人当年曾是少年时代的好友。待嬴政在秦国即王位后，太子丹又到秦都咸阳充当人质。秦王政对昔日在赵国时的少年好友不大礼貌。太子丹请秦王允许他回国，秦王政却说：“待乌鸦头上生出白毛，马头上生角的时候，便答应你回国。”太子丹于是心中怨恨不已，便暗中逃离秦国。回到燕国后，太子丹一心想向秦王政报仇。可是，燕国国小力弱，而秦国日夜出兵于山东，兵临燕国，太子丹于急难之中向自己的师傅鞠武求教。鞠武向太子丹献计，被太子丹认为是“旷日弥久”。于是，鞠武便把太子丹引见给田光先生。当太子丹向田光“以图国事”时，田光向太子丹推荐荆轲堪任大事。
荆轲是卫国人，人称庆卿。来到燕国后，人们又称他为荆卿。荆卿喜好读书击剑，不被卫君见用，便游于邯郸，又经邯郸来到燕国都城。在燕都，荆轲与狗屠以及善于击筑（筑是类似琴的一种乐器）的高渐离交游，饮酒击筑，高歌于市中，旁若无人。这位饮酒于市井的荆轲，为人深沉而喜好读书，在各诸侯国所交游的人，皆为名流豪杰及德高望重之人。来到燕国后，不久便与处士田光结为好友。田光知荆轲心怀大志，非等闲之辈，所以太子丹以“燕秦不两立”向田光讨教时，田光便说自身已经年老无能，但自己的好友荆轲却不会使太子丹失望。
太子丹闻言后高兴地问道：“可否通过先生结交荆卿？”
“可以。”田光答道。
于是田光先生起身告辞说：“请允许我事先告知荆卿。”
太子丹送田光至家门，别时告诫田光说：“适才所言乃国家大事，万望先生不要泄露于外人。”
“是的。”田光俯首而笑着回答。
田光曲背弯腰地往见荆卿，对他说：“光与先生相友善，燕都中无人不知。今日太子丹以‘燕秦誓不两立’的机密大事向我求助，无奈我已年老无能，愿先生留意于此事。光私下自认为不是外人，因此把足下推荐给太子丹，愿足下亲自前往太子丹宫中走上一遭，便会知道是怎么回事了。”
“遵命照办。”荆轲回答说。
“我听人说，有贤德的人行事，应不至于引起他人怀疑。今日分别时太子丹告诫田光说：‘刚才所言乃国家大事，万望先生不要泄露于外人’，这是太子丹对我田光不信任啊！一个人的行为使人有所怀疑，说明他并非是有节操的侠义之人。”
田光向荆轲谈及太子丹的有所怀疑，其目的是想用自杀来激励荆轲，使他下定决心，誓死为太子丹向秦国报仇。于是，田光又接着向荆轲说道：“愿您快快到太子丹那里去，就说田光已自刎而死，用来表明我不会将此事泄露于外人。”田光话音刚落，便自刎而死于荆轲面前。
荆轲见田光以死明志，便十分悲痛地立即前往见太子丹，告知田光已自刎而死，而且把田光嘱托的话转告太子丹。太子丹闻知后十分激动，心中对田光的壮烈行为钦佩不已，明白了田光自杀的用意。于是，太子丹再拜而跪，膝行向前，痛哭流涕。过了一会儿，太子丹才强抑悲痛地开口说道：“丹之所以告诫田先生勿泄于外人，是因为想要成就机密大事。今天田先生用一死来表明不会对他人言及此事，真是出乎丹的意料！”
当荆轲坐定后，太子丹避席向荆轲叩头说道：“田先生不以丹为不才，使我有幸在您的面前，敢于有所求助，这真是上天哀怜燕国，不使其无依无靠啊。今天秦王政有贪利之心，而欲望又无法满足。如不占有天下土地，称王于天下，他的意愿就不会满足。而今秦已俘虏韩王，占有韩国全部土地。又发兵南下伐楚，北上兵临赵国，王翦率数十万大军进至漳（今河北省南部）、邺（今河北磁县南）一线，而李信出兵于太原（今山西中部）、云中（今内蒙土默特一带）。赵国无力抵挡秦军，必定称臣降秦。赵称臣于秦，祸患必定降至燕国。燕国弱小，数年来困于抵御外敌，今日动员全国的兵力也不足以抵挡秦军。各诸侯国又都畏惧秦国，不敢联合抗秦。以丹私下的愚计，认为真能得到天下的勇士，使其出使秦国，用重利向秦人炫示。秦王政贪利，势必愿意接受。如能在咸阳宫中劫持秦王，逼他全部退还侵占的诸侯土地，像当年曹刿用匕首逼迫齐桓公退还侵占的鲁国土地那样，那就太好了；如果秦王政不答应退还侵占的诸侯土地，便可当即将他刺死。秦国的大将都统兵在外，闻知国内有乱，必定君臣相疑。这时各诸侯国乘机联合攻秦，秦国必破无疑，这便是丹的最大心愿，只是一时找不到可以堪任这一重大使命的人，望荆卿留意于此事。”
荆轲心里明白太子丹的意图是想让自己肩负起这一使命，便推辞说：“这是国家的大事，臣才能低下，恐不足以担负此任。”
太子丹见荆轲谦让，便抓住时机，当即向荆轲叩头，再三地恳请荆轲不要推辞，荆轲终于答应此事。因而，太子丹尊荆轲为上卿，居于上舍，每日以酒肉宴席进献，时常又另献珍馐，有车骑、美女供荆轲任意驱使，尽量满足他的一切意愿。
荆轲在宫中已久，仍未有前往秦国行刺的意向。
公元前228年，秦将王翦已攻破赵国，俘虏赵王，占有赵国国土，北上进兵，抵达燕国的南部边界，太子丹深为恐惧，便向荆轲说：“秦兵早晚之间便会渡过易水，我想能长久地如此侍奉足下，怎能做得到啊！”
荆轲明白太子丹是在督促自己入秦行刺，便说道：“太子不提及此事，我也正想向您禀告。今天得不到信物而前往，秦王会相信并接见使者吗？臣听说秦王政以黄金千斤、食邑万家来悬赏樊将军的人头。如果诚能得到樊将军的头与督亢（燕国易水流域最为富庶的地区）地图，献给秦王，秦王必定高兴并接见臣，臣便可以乘机刺杀秦王。”
太子丹听荆轲说要用樊于期的人头作为拜见秦王时的见面礼，感到很为难。他说：“樊将军在危难之际投奔于丹，丹不忍心以一己之私而伤害长者的诚意，愿先生还是另想别的办法吧！”
荆轲知道太子丹不会忍心以樊将军人头作见面礼，便私下拜见樊于期，向他说道：“将军对秦王的仇怨可谓太深了，您的父母及宗族都惨遭他的杀害。现听说秦王用千金与万家悬赏您的人头，您将如何对付？”
樊于期闻言后仰天长叹，流涕说道：“于期每每念及亲人被害，常痛于骨髓，只是想不出什么报仇的办法！”
“今有一办法可以解除燕国的祸患，同时为将军报仇，您看怎样？”
樊于期见报仇有望，急忙向前问道：“有什么办法？”
荆轲说：“愿得将军的人头，用来献给秦王，秦于必定高兴而接见臣。这时，臣便可以用左手把住他的衣袖，右手以匕首刺入他的胸膛。如此，将军之仇可报，燕国亦可免遭秦祸。不知将军意下如何？”
樊于期闻听后立即脱去一边衣袖，露出半边肩膀，扼腕向前说道：“先生所言，正是臣日夜切齿之恨，今日愿听从先生的见教！”樊于期话音刚落，便自刎而死。
太子丹闻知樊于期为报秦仇而自杀，便驱车急驰前往，伏尸痛哭，极尽悲哀。然而死者不可复生，便将樊于期的人头用匣子封装起来，以备进献。
太子丹已得到樊将军人头，便寻求天下最锋利的匕首，很快便用万金购得赵国徐夫人的匕首，使工匠用毒药浸泡，用试于人，只要划破一点皮肤并见到丝缕之血，即便死去。于是，荆轲整理行装，不日启程。当时，燕国有一名叫秦舞阳的勇士，十三岁时便杀过人，人们都不敢正视他。于是选定秦舞阳作为荆轲入秦时的副使。荆轲临行前想同故友见上一面，而这位故友因路远迟迟没有到来。行装已经整理完毕，荆轲为等待故友而未能立即启程。太子丹见此情景，怀疑荆轲是不是有所反悔。
荆轲见太子丹怀疑自己临行前动摇，感到莫大的耻辱，便怒叱太子丹说：“哪里用得着太子另有派遣！臣如果怕死，怎能手提一匕首入不测之强秦？臣之所以有所逗留，是为了等待故友，以便行前见上一面。太子以臣行动迟缓，请立即告辞诀别！”
荆轲言罢立即从宫中出发。此时已是公元前227年的秋季，秦派王翦、辛胜攻燕、代，在易水以西打败燕、代联军，在形势万分危机之中，荆轲启程入秦。
太子丹及宾客中知道这一机密的，都身穿白衣白冠前往送行。到达易水河畔时，先举行祭祀路神的仪式。礼毕，荆轲便取道准备登程。这时，荆轲的好友高渐离为他击筑，荆轲伴随着筑声而引吭高歌。当曲调转至高亢的“变徵之声”时，送行的人无不在悲壮的乐曲中“垂泪涕泣”。荆轲面对秋风，高歌道：风萧萧兮易水寒，壮士一去兮不复还！接着，乐曲又转为羽调，送行的人无不随之瞪大眼睛，怒发冲冠。
于是，荆轲毅然登车而去，始终没有回头向送行的人们告别。
荆轲到达秦都咸阳，将千金重礼送给秦王的宠臣中庶子蒙嘉，请求蒙嘉事先向秦王政通报。蒙嘉向秦王进言说：“燕王诚恐怖于大王的神威，不敢兴兵抵拒秦军，愿举国称臣，像诸侯侍奉天子那样，以燕国为秦的郡县，得以奉守先王的宗庙。燕王因恐惧大王而不敢前来亲自陈述此意，谨斩樊于期之头，献燕国督亢地图，函封后，燕王拜送于宫庭，派使臣报知大王，请大王下达命令。”
秦王政闻知燕王斩樊于期人头并献上督亢地图，甘愿降秦称臣，十分高兴。秦王政认为，诸侯如能效法燕王降秦，秦军可减少伤亡，有利于加速他歼灭六国的大业。秦王政这个想法并不错，但他确实是有些忘乎所以了。
秦王政下令择日，设接待外宾的隆重九宾之礼，令百官皆身穿朝服，他要亲自在咸阳宫殿中接见燕国使者。
届日，荆轲手捧樊于期人头匣，秦舞阳手捧地图盒，依次入殿觐见秦王。
大殿之下，通道旁站立着一排排手持铁戟的高大卫士，个个威风无比，气氛森严。只见荆轲徐步缓行，神态自若地走至殿前，而随行的秦舞阳毕竟年轻，哪里见过这般场面，神态不免有些失常，两侧的秦国群臣似乎发现了这一点，感到有些奇怪。
荆轲从秦臣的神态上发现出了什么问题，回首望见秦舞阳那副紧张而恐惧的神态，立即明白了秦臣为何有异常反应，便机智而自然地笑望秦舞阳并随即向秦王道歉说：“北方藩属蛮夷人的乡野之子，未曾拜见过天子尊颜，因而有些畏惧，愿大王稍事宽容，使其得以完成使命。”
过于兴奋的秦王政，未能从秦舞阳的变态中有所警觉，在荆轲道歉后，便对荆轲说：“取舞阳所持地图。”
荆轲从舞阳手中接过地图，双手捧图献上。秦王接过地图，在几上展图观看。图卷打开后，现出一把锋刃匕首，秦王顿时被惊呆了。刹那间，早有准备的荆轲眼疾手快，立即跃上前去，左手把住秦王衣袖，右手同时操起匕首直刺秦王。在匕首尚未至身之际，秦王政惊起，抽身后退，因衣袖断绝而脱身。惊恐万分的秦王本能地拔剑自卫，无奈剑与鞘套得很紧，未能及时将宝剑拔出鞘来。荆轲追逐秦王，秦王环柱奔走，而殿上的群臣全都被这突发的惊险场面吓得失去常态。
按秦朝法律，群臣在殿上侍奉君王，不得手持兵器；诸郎中（皇帝侍卫人员）手持兵器，皆站立于殿下，除非有诏令不得上殿。紧急时刻，手持兵器的郎中们万分着急，但是谁也不敢贸然上殿。因此，荆轲得以在殿上追逐秦王。秦王惶恐着急，徒手与荆轲搏击。当时，秦王的侍医夏无且急中生智，以其手持的药箱向荆轲击去，荆轲躲过。秦王环柱奔走，不知如何抵御是好。秦王身佩长剑，不易拔出，这时他的侍臣们大声向秦王呼喊提醒：“大王把宝剑推到背后！”秦王把剑推至背后，这才将宝剑从鞘中拔了出来，并向荆轲击去，砍断荆轲左股。荆轲受伤瘫倒，手掷匕首向秦王击去，匕首击中铜柱，未能击中秦王。秦王再次向前以剑击轲，荆轲身受八处创伤，自知不能成功，便倚柱大笑，伸出两腿坐在殿上骂道：“今日事未能成，是因为想活着劫持你，得到归还土地的契约以回报太子的缘故。”
于是，秦王左右的侍臣向前杀死荆轲。荆轲已死，秦王政却好久不能恢复常态。
事后论功行赏，君臣有功及有过者都受到不同的赏赐与处分，独赏给侍臣夏无且黄金二百镒（古时二十两为一镒），并且说道：“无且爱我，是你用药箱掷击荆轲的啊！”
顺我者昌，逆我者亡。对于那些反抗自己的人，秦王从来不手软，他立刻下令前线秦军大举进攻燕国。
秦王的复仇行动立竿见影。王翦和辛胜指挥的秦军于当年在易水之西大破燕、代联军，很快占领了燕都蓟城（今北京市）。燕王喜和太子丹慌慌张张地退保辽东郡（郡治在今辽宁辽阳市），秦将军李信领兵紧追不舍。为摆脱困境，代王嘉建议燕王喜杀太子丹媚秦王，以退秦国之兵。燕王喜走投无路，只好派人杀死藏在衍水（在辽东郡）一带的太子丹，欲将其头献与秦王。然而秦军根本不予理睬，李信继续麾师猛攻。秦王政二十五年（公元前222年）在辽东生擒燕王喜。随即回师攻代，将盘踞此地达六年之久的代王嘉俘虏。至此，燕、赵彻底灭亡。在此之前，秦王在已占领的燕地重建和新设了渔阳（郡治在今北京密云县西南）、右北平（郡治在今天津蓟县）、辽西（郡治在今辽宁义县西）、上谷（郡治在今河北怀来东南）和广阳（郡治在今北京城区西南）等五郡，此后又重建了代郡和辽东郡，对这一片广大地区行使有效的政治统治和行政管理。
然而，秦王的复仇行动还未彻底结束。公元前221年，秦王已立号为皇帝，下令尽逐燕太子丹及荆轲之客。荆轲的好朋友高渐离改名换姓，隐藏在宋子县（治所在今河北赵县东北），给人家做庸上。有一天，他听到主人堂上传出击筑的乐声，不禁为之留连。筑是古代的一种击弦乐器，形状像琴但比琴大，类似今天的筝，以竹击弦，故名筑。高渐离是击筑的高手，在堂外听到入迷之处，便赞一声好，听到不佳之处，便又说这里为什么不好。主人的仆人听到了，跑去告诉主人，主人便召高渐离进堂上击筑。高渐离遂将自己珍藏的筑自匣中取出，又换上自己最好的衣服，容光焕发地走入堂内，举座皆惊，不敢踞坐，待之以上宾之礼。渐离坐好后，从容击筑而歌，高亢激越，座中客皆为之动容，涕泪双流。
高渐离的名声就这样传开了。秦始皇知道了，便召见了他。有人向秦皇报告：这就是高渐离。秦始皇爱惜他的音乐天分，便赦免了他的死罪，将其双眼弄瞎，使其不致于为害自己。而后令其击筑，秦始皇听了，大为赞赏。时间长了，秦始皇的警惕之心逐渐放松下来，座位移得近了些，高渐离感觉到了，便将一大块铅放在筑中，等到再为秦皇击筑时，便举起筑向他砸下去，可惜没有击中。秦皇遂杀掉高渐离。经过这次遇险，秦皇终身不再亲近六国之人。