参与打捞“大舜”号轮的烟台救捞局“芝罘岛”号工程船进入施救现场。
2000年4月10日，全国打捞精英集会烟台，经过50多个日日夜夜的奋战，6月1日上午8：40，“大舜”号轮徐徐露出海面。“大舜”号轮打捞成功，对事故原因进行最后验证，作出全面的、科学的结论具有关键作用。
由于“大舜”号轮遇难者涉及十几个省、自治区，打捞工作事关社会稳定的大局，国务院“11·24”特大海难事故调查处理领导小组和山东省委、省政府高度重视，对沉船打捞和善后处理涉及的有关工作都作出了明确指示。在打捞工作开始时，国务院“11·24”特大海难事故调查处理领导小组向国务院上报了《关于“大舜”轮打捞工作的报告》，国务院副总理吴邦国同志批示同意了这个报告，确定了打捞和善后处理工作的基本政策，并批转有关省、自治区政府配合做好善后处理工作。在工作的关键环节，国务院事故调查处理领导小组和省委、省政府领导还亲临现场具体指导。
“大舜”号轮打捞工作，从1999年12月即开始召集全国的专家进行研究，在对沉船海域的风浪、海流等水文气象条件全面考察分析的基础上，又从不同角度、各个方面对沉船扳正、起浮进行了充分论证，最终确定了浮吊扳正、浮筒起浮的整体打捞方案。在山东省委、省政府研究同意的基础上，4月5～6日，由韩寓群副省长专程到北京向国务院“11·24”特大海难自2000年4月10日起至6月1日展开“大舜”号轮打捞工作，图右为“大舜”号轮倾覆的船体。事故调查处理领导小组组长、国家经贸委副主任石万鹏和交通部部长黄镇东汇报了“大舜”号轮打捞工作方案，得到了国务院事故调查处理领导小组和交通部的原则同意。这一打捞方案在施工作业中证明是科学的，切实可行的。
这次打捞和善后处理工作总的指导原则是：在国务院“11·24”特大海难事故调查处理领导小组和山东省委、省政府的领导下开展工作，对打捞工作以及沉船发生的车货赔付和善后处理在打捞施工现场“大舜”号轮被扳正。问题，按照国家现行法律和国务院海难事故调查处理领导小组已经确认的政策执行。在具体工作中，坚持把社会稳定放在第一位，从讲政治、讲大局、讲稳定的高度，以对人民高度负责的态度，认真细致地做好打捞和善后处理各项工作，确保打捞和善后处理工作正常、有序、稳妥进行，维护社会稳定。
从“大舜”号轮上被打捞出水的汽车残骸。为了加强对这项工作的领导，山东省政府成立了领导小组，“大舜”号轮打捞工作协调领导小组由山东省委常委、常务副省长韩寓群任组长，副省长林廷生、省长助理臧海强和烟台、威海两市政府和省直交通、公安、宣传、民政、水产、环保等部门的负责同志为成员。省政府决定由省长助理臧海强、省政府秘书长王玉芬以及交通厅副厅长龚学智同志带领省直有关部门的同志常驻烟台。现场指挥工作办公室下设了打捞组、车货赔偿组、现场保卫组、尸体处理组、接待组、善后组6个工作小组。烟台市和牟平区也相应成立了现场工作办公室，协助做好打捞和善后处理工作。现场指挥工作办公室及各工作小组都做到了分工明确，责任落实。
进一步明确了善后处理工作有关政策、标准。经国务院事故调查处理领导小组批准，制定了《“大舜”号轮打捞期间善后工作要点》，进一步明确了车辆货物赔偿、遇难失踪人员遗体处理、遇难者家属及车货主接待、打捞出遇难者遗物处理等方面的政策规定和标准。特别是明确了赔偿标准不变、赔偿政策不变、耐心周到细致做好善后工作的态度不变的“三不变”原则，为这一阶段的善后处理提供了政策依据。
准备了必要的物资和设施。在4月10日前，救捞施工单位检修准备好了参与施工作业的“芝罘岛”号、“沪救捞3”号等船舶，购置了必要的救捞设备。针对打捞过程可能出现遇难者遗体、遗物的问题，有关单位准备了运送遗体的车辆、船只以及遗体袋、遗物袋、担架、遗体服装、骨灰盒等物品。在芝罘区殡仪馆腾出了20个冷冻柜，随时准备存放遇难者遗体。卫生防疫部门还做好了对尸体及打捞现场消毒防疫的准备工作。为了保证打捞现场通信联络畅通，还在牟平养马岛架设了两部高频电台，配备了专线值班电话、夜间照明设备、交通工具等。