五二大游行后，中大学生沉浸在悲愤之中。当天晚上，新青社领导小组在上级党组织联络员蒋祖榆的寝室里召开了紧急会议，小结五二这一天的斗争，分析群众的情绪。会上一致认为应该抓住当前时机，扩大政治影响，使运动进一步向纵深发展，并提出三点具体意见：
一、继续罢课，揭露国民党当局镇压学生运动的罪恶行径，坚持游行请愿的五项要求；
二、扩大政治影响，提出反暴行口号，与全国各地学生联合斗争，发起筹建全国学生联合会；
三、医治受伤同学，营救被捕同学，组织五二血案处理机构。新青社领导小组这些意见传达后，新青社员和不少学生不顾一天虽已很疲劳，连夜贴出了一些大字报，抗议政府屠杀学生，并提出严正的要求，表达了不达目的誓不休的决心。
5月21日，五二血案发生后的次日，天低云垂，凄风苦雨，中大校园里气氛凝重，充满着悲怆和愤慨。学生们一早起来，首先想到的不是去上课，而是打听受伤同学的危安，文昌桥宿舍区民主墙上已贴出不少大字报，要求严惩卫戍代司令、首都警察厅长，废止《维持社会秩序临时办法》，坚持增加公费，反对内战。广播里则不断播放兄弟院校和校内各系同学给受伤同学的慰问信，其中，药专的慰问信和金女大声援五二的宣言，特别引人注意。这两个学校一个由于校方阻挠，临时退出了五二游行，另一个则历来“不介入”学运。如今他（她）们在五二鲜血的启示下奋起了，他（她）们的慰问信、声援宣言，说得十分感人肺腑！药专同学说：
“敬爱的同学们！你们负伤了，你们为了争取活命而负伤了，你们作了人民的先锋，说出了人们要说的话，为‘反对内战’而光荣的流血了！杀人的魔王在光天化日之下的堂堂首都，在宪法颁布不久，在民主政府宣告成立以后，在参政大会开幕之时，他们穿着国家制服的军警宪特竟向我们手无寸铁、动机纯正的学生行列，大施屠杀的毒手了！有血性的中国人，谁不同声一哭来抗议这无耻的暴行！”
“我们昨天未能参加这伟大而悲壮的行列，感觉到无穷的惭恨！你们受伤了！被捕了！我们眼睁睁看见的，我们决不退缩，决不离开年轻人的阵营，我们要永远追随着你们前进，誓为你们的后盾！”
金女大同学说：
“我们金陵女子文理学院的同学，一向是生活在平静之中，可是今天，今天我们看见了这血淋淋的事实，听见了受伤同学的呻吟，我们忍不住要哭泣，我们更忍不住要愤怒！”
“现在，我们除了对受损害者表示慰意外，我们决定在五月二十二日罢课一天，表示我们的抗议和声援，我们请求政府”
（一）撤销不合理的《维持社会秩序临时办法》。
（二）保证人民身体自由。
“（三）保证不发生类似事件。”
5月21日下午2时，中大第九次系科代表大会在大礼堂召开，出席代表136人，旁听席挤满了学生。这次大会开得既紧张又悲壮，受伤和已释放的被捕学生报告了挨打和被捕经过，进行了血泪的控诉，激起到会代表和旁听学生极大的愤慨。大会还听取了学生自治会理事会和沪杭区大学代表的报告，讨论了一系列问题并作出决议，大会一直开到午夜才结束。下面是这次大会的原始记录的摘要，从中可以看得很清楚，五二军警宪特的暴行激起了中大学生极度的愤慨。
中大第九次系科代表大会〔记录〕
一、向受难同学致敬。
二、理事会报告，沪杭区大学的代表报告。
三、讨论事项：
（一）组织五二血案处理委员会（无异议通过）。（略）
（二）罢课
医：复课……政〔治系〕三〔年级〕：彻底罢课、游行。表决：赞成复课3票。〔赞成〕继续罢课，115票（〔通过〕继续罢课）……
休会，晚7时复会，出席代表128人，〔大会继续讨论并就下列事项作出决定〕：
（一）〔营救被捕同学〕
电37：对被捕同学，理事会立即要求政府释放被捕同学，不然，全体同学〔去〕与其同〔甘〕苦；经35：不承认法院有权审判〔被捕同学〕。〔代表纷纷要求理事会〕采〔取〕紧急措施。
理事会报告“失踪”同学〔情况〕。
“失踪同学”报告“失踪”经过。
肖主任报告营救“失踪”同学经过。
……响应北大清华所定之“六二”反内战，反饥饿、反暴行〔日〕。
……
（六）惩凶、赔偿问题
决议：要求政府撤销《维持社会秩序临时办法》及取消一切特务组织；严惩主凶张镇、韩文焕、东区警察局长、特务处长及动手打人之帮凶；由治安当局向全体同学道歉；要求政府赔偿一切损失（包括医药费、健康损失费等一切费用）。
检举校奸〔问题〕
……决议，对校奸之处理，由五二血案处理委员会接受同学之〔检举〕，由调查组调查之，交系科代表大会处理之。对报纸上发表荒谬言论者，由理事会登报驳斥，××等并需自行登报改正（104票）。由理事会调查“复课委员会”之真情向同学公布之，该会限期向训导处登记，不然向外公布否认其存在。
同一天上午，金大学生自治会公费请愿执委会宣传部长夏佛生主持召开金大全体学生大会，讨论如何坚持斗争问题。会上，上海晋京请愿代表团王积镛报告了上海学运情况，受到与会同学热烈欢迎。金大三青团头目带领一帮人前来会场捣乱，结果被轰了出去。大会通过决议，要求国民党当局惩凶、赔偿损失、释放被捕同学，废除《维持社会秩序临时办法》，并决定继续罢课，向社会各界进行宣传，开展募捐活动，慰问受伤同学等。
同一天，金女大、剧专等加入京沪苏杭四区16所专科以上学校学生挽救教育危机联合会（简称京沪苏杭四区学联）；这一天中午，剧专召开学生大会，决定继续罢课，不达目的，决不休止。22日，金女大学生罢课。
22日晚，中大举行慰问受伤被捕同学晚会，参加的学生达4000人，把大礼堂挤得满满的，气氛十分热烈，秩序良好。晚会首先由广播员广播了各方慰问函电，同学们均报以热烈掌声。接着，被捕、受伤同学坐上主席台，先后由吴钟渊、娄匡人、赵宏才、白浪、刘统座、罗曼仲报告受难经过，对国民党当局之残暴与愚昧，加以无情揭露，并强调同学团结之重要。最后，吴光锐同学代表学联献花，英士大学向各校献旗，剧专、浙大代表报告该校对五二血案之愤慨情形。节目开始不久，张志乐被释放归来，由他报告经过，同学情绪非常激昂，齐唱《团结就是力量》，声震屋宇，晚会至12时结束。
24日晚，金大举行悲怆晚会，中大、金大、音乐院、剧专、药专学生和浙大、河大、英大、大同代表共1000余人参加。大礼堂四周漫画满壁，正中为一巨幅图画：漫天烽火中，一妇女抱一婴骨，手挽一女孩，呆立道旁，家乡被毁，前途茫茫，而足旁白骨累累，妇女怆然泪下，甚为悲惨。晚会在悲惨、愤怒、慷慨的气氛中进行，有受伤者被捕者的控诉，有各校的相互献旗、朗诵慰问信和宣言，还有合唱、口哨、单人朗诵、合诵《王大娘补缸》和秧歌舞。剧专的《五月又添了一件惨案》以新颖方式朗诵了此次有历史意义的血案。中大秧歌舞描述了解放区和平时期农人安居乐业的情景，轻松活泼，却是对现实有力之讽刺。
五二血案发生后，中大、金大等校广大学生莫不义愤填膺，斗争情绪极为高涨，上面所引《中大第九次系科代表大会〔记录〕》充分反映了这一点。但是，三五天后，学生的情绪却疲沓下来，原来处于中间状态的部分学生自罢课以来终日无所事事，已开始对罢课的“无限期”有些怨言，要求复课的呼声越来越高，校园里越来越冷清，中大《公报》越出越没劲，广播也停了。上海学生从5月23日起，不断遭到逮捕和毒打，《文汇报》《联合晚报》《新民晚报》24日又被查封，南京也不时传言军警宪特要捕人的消息。中大国民党、三青团骨干分子趁机大肆活动，以“首都各界肃奸反暴动大同盟”的名义，给同学信箱塞进油印的《共产党、民盟煽动学潮分析》，从阴暗角落里放冷箭，还到处散布“六二”要进行大屠杀的传说，贴出“请校方解散学生自治会，以绝乱源”等无头告示。因此，中大学生中的恐惧情绪也日益增长。
对同学情绪逐步低落的情况，中大学生自治会（系科代表大会常设委员会和理事会）负责人，并不是没有察觉，但由于他们忙于成立京沪苏杭豫五区学联，忙于学联的名义争取参政会、立法院对学生的同情和支持，所以对同学情绪不高问题注意、研究不够。当然，学生自治会理事会也还是作了不少努力。它就曾通过京沪苏杭豫五区学联于5月25日作出“定本周为扩大宣传周”的决议。中大第十次系科代表大会也把它作为一个重要问题进行了讨论并作出了相应的决议。中大学生在5月28日与兄弟学校一起，组织联合宣传队，在南京市区向市民进行广泛宣传，说明学生为什么吃不饱，五二血案是怎么回事。宣传队往往是先唱歌曲，然后作街头讲演，有的宣传队遇到便衣特务阻挠、破坏，就高呼口号，开车往其他地方进行宣传。扩大宣传周虽有一定的鼓舞士气的作用，但参加宣传队的以进步学生为多，处于中间状态的学生虽也有不少人参加，但从全校人数来说，毕竟是少数，因而并没有解决同学情绪越来越低落的问题。
中大新青社领导小组对同学情绪逐步低落的情况，了解得比较多，但也深感左右为难。颜次青回忆说：
继续罢课、组织‘六二’大游行，显然已不可能，也不合适；但马上复课，新青社员、进步学生等积极分子一时还接受不了，况且中大处在五二血案的中心，又通电响应了北大等校定‘六二’为全国学生总游行日，游行的各项准备工作正在积极进行中。面对这一形势，是进？是退？进，已不可能；退，又如何退？选择什么时机和方式退？我们一度犹豫、迟疑。
5月26、27日，中大第十次系科代表大会开会，讨论“是否休止罢课”、“定‘六二’为反饥饿、反内战、反暴行日”和“扩大宣传周”等问题，议决：关于休止罢课，不考虑；关于“六二”大游行；104票赞成，5票反对。
事实上，上海局于5月24日就已电告中共中央，说：
为巩固战果，争取社会更大同情，教育中间分子，躲过敌人之攻势，避免过早与敌人决战，以便累集力量在决定关头使用。由于群众疲劳需要休息，预备力量（职工）还不能投入战斗，上层配合还不够有力，还须加强（过去我们不管，现我们将自动接收这一工作），全国性组织建立后要加以整理，更因为新的更尖锐更大的斗争将在前面，必需有所准备。因此，趁我声势还浩大，上层分子已有配合，群众情绪还高涨，敌人内部对学潮政策有分歧，还未统一的时候，主动决定暂时停止罢课，一面上课，一面斗争，上罢带弹性斗争策略。
上海局委员、负责青年工作的钱瑛于5月25日前也指示，为了争取广大中间同学和社会同情，要改变“无限期罢课”的策略，并提出“休止罢课，继续斗争”的口号。
5月28日，中大新青社领导小组继续研究当前运动“怎么办”的问题。会上，领导小组成员翁礼巽提出“要复课”，但没有得到领导小组其他成员的响应，领导小组组长颜次青回忆说：“我思想上虽然已认识到继续上街游行，必将遭到屠杀，损失将十分沉重，是不能再硬冲了，但对复课又有犹豫。”颜之所以没有响应，主要是他还没有得到上级党组织的指示，而翁已得到了。当时，党组织与翁、颜两人的联系不是一条线，因此，各自从上级得到指示的时间有差距。29，日颜从蒋祖榆那里得到同样的指示。这样，中大新青社领导小组在29日再次开会时，思想趋于一致，也就作出了如下决断：取消“六二”游行示威，改为召开校内“反饥饿、反内战、反暴行大会”，并立即复课，转变斗争方式，一面上课，一面交涉，坚持请愿要求，保持进攻的姿态，逐步退却，不能是一退千里，消极的退，而是为了巩固胜利成果，保护革命力量的退。这个意见，迅速传达给新青社各级组织和新青社员，特别是战斗在学生自治会第一线的新青社员。
上级指示下达之所以不很快，与当时南京学运上层领导正在调整有关。五二游行不久，上海局把它所领导的中大等校平行线党员（约40名）以及新青社员（约100多名）、新青秘工小组（约几十名）的关系陆续交给了南京市委，卫永清参加了南京市委学委。当时，学运中有两个问题亟待解决：一是如何胜利结束五二运动，也就是解决“无限期罢课”和取消“六二”游行。5月28日，王明远传达了市委的意见，也就是前面谈到的蒋祖榆向颜次青传达的意见。二是整顿组织。市委在学委下面成立了大专分委、男中分委、女中分委，卫永清被任命为学委委员、大专分委书记。6月，中大从四川复员来南京的党员成立了支部（与原临大支部平行），第一任支部书记为罗炳权；金大也成立了支部（原上海市委领导的新生支部与之合并）。
为落实南京市委关于转变斗争方式的指示，中大学生自治会做了艰苦的说服工作。首先，京沪苏杭豫五区学联主席团于30日晚开会。据李明杠回忆，会议分析了形势，研究了对策，统一了如下看法（大意）：运动无休止地罢课并不策略，应该既坚持斗争，回击国民党高压政策，又讲究策略上的灵活性，善于利用国民党上层的矛盾（如立法院内部有人认为对学生运动不能用高压手段，而主张用疏导的办法解决）。在取得局部胜利后，即转变斗争的方式，暂时休止罢课，转入复课斗争。这样做，绝不是斗争的结束，而是坚持了有理、有利、有节的原则，以团结更多的群众，争取更多的社会同情，从而迫使政府作若干让步，为以后发动更大规模斗争作准备。五区学联主席团还作出三项协议，六二不举行全国范围的罢课游行，但各校仍可在校内搞六二“反内战日”活动。由中大起草，以五区学联名义，在6月2日发表《告全国同学书》。六三开始休止罢课。
31日上午9时半，召开了中大第十一次系科代表大会，顺利通过了五区学联的三项协议。
31日，首都卫戍司令部发布中大戒严令，并令严厉执行，还派人交给中大训导长刘庆云一份黑名单，表示要逮捕所列学生40人。训导长在校长吴有训的支持下，当即严正拒绝。经参政会、立法院一些有识之上以及中大校长、训导长等人的奔走，下午5时戒严令被收回，但国民党当局要捕人的威胁并未完全消失。为了防患于未然，经中大新青社领导小组、学生自治会理事会的统一安排，运动中的积极分子尽量作了疏散：有的离开学校在京临时避“风”，有的去上海、苏南暂时躲“雨”。霎时，凄风苦雨夜沉沉，白色恐怖风满楼，中大似有人去楼空之势。但学生自治会以王世德、朱成学、黄鹤祯为首，依然坚守岗位。当然、他们晚上也转移住地，以防万一。