第二款是关于割地的问题。李鸿章据理申述说：泰西各国交兵，没有将已据之地全行请让者。伊藤回答说：西方的成例对日本无用，“不能以它们的例子来为中国服务”。李鸿章问：“台湾全岛，日军还没有侵占，为什么强行要中国割让？”伊藤回答说：“这是彼此定约商让之事，不论兵力到不到。”李鸿章语气强硬：“我不肯让，又将如何？”伊藤说：“如果一定要限于兵力所到，日军要占山东及东北各省，你们将全让吗？”李鸿章指出：“这是日本新创的办法。西方国家就不一样，难道你们不怕贻笑西方国家吗？”伊藤又以黑龙江一带如何让与俄国来诘难，李鸿章由于缺乏思想准备，竟然以荒唐的理由作回答：“中国以前所给俄国之地，实在是人烟稀少，十分荒凉，而台湾则已建立了行省，人口稠密，不能相比。”伊藤立即用讥讽的词语说：“尺寸之土，都是王家之地，怎么能够分荒凉与繁盛？”李鸿章不再与伊藤争执下去，明确表示：“总之，我讲了三大点，2亿两赔款，数目太大，一定要请再减；驻在营口的贵军请立即撤退；割让台湾之事不必再提。”伊藤又说：“这样的话，我们两人意见不合。我将改定约款交给你阅看，所减只能如此，时间太仓促，不必多说。照办固然好，不能照办就算驳回了。”李鸿章：“不许我驳了吗？”伊藤又用进行战争相威胁：“你驳只管驳，但我的主意不能稍有改变。现在广岛有60余只船，运输量为2万吨。兵粮齐备，所以没有出发，是因为有停战协定的缘故。”李鸿章最后重申：“赔款还须减5000万，台湾不能相让。”伊藤说：“这样的话，我们立即出兵台湾！”李鸿章无可奈何地哀求说：“我们两国比邻，不必这样决裂，总须和好。”并答应在三天之内，请示清政府再对割地、赔款等事做出答复。
4月12日，李鸿章接到由总理衙门转来光绪皇帝的指示：赔款再与日本磋磨减少，割地允割台湾的一半，而牛庄、营口在所必争。“倘事至无可再商的地步，应由该大臣一面电告，一面即与定约。”同一天，李鸿章致电总理衙门，伊藤越逼越紧，声称如再商改约款，即照和约决裂、此约中止的办法去做。14日，李鸿章接到光绪的最终指示：“原来希望争得一分有一分之益，如果实在不能再商议，就遵前旨与之定约。”在当天，李鸿章与伊藤作了最后一次谈判，除辽东割地、划界、赔款利息及占地军费稍有更动之外，其余照日方条款办理。
4月17日，李鸿章与伊藤分别代表中日两国政府在《马关条约》上签字。这个条约共计11款，其主要内容是：1.中国承认朝鲜独立自主；2.中国将辽东半岛、台湾全岛及所有附属各岛屿、澎湖列岛割让给日本；3.中国赔偿日本军费库平银2亿两，分八次交清；4.中国开放沙市、重庆、苏州、杭州为商埠，日本船只可以沿内河驶入以上各口岸；5.日本臣民可以在中国各通商口岸设厂制造工业品，并可以免征一切杂税。
《马关条约》是一个丧权辱国的条约。它大大加深了中国的半殖民地化和民族危机。条约规定了巨额战争赔款，加上后来所谓“赎还”辽东半岛的款项，总共2.3亿两，相当于清政府全年财政收入的三倍。清政府在财源枯竭的情况下，除了进一步搜刮人民外，只得向列强大肆举借附有苛刻政治条件的贷款，为列强进一步加强对中国的控制和掠夺提供了条件。条约允许日本在华直接投资设厂，西方列强援引“利益均沾”的特权，同样享有这项权利。甲午战争后，列强争先恐后地到中国开设工矿企业或修筑铁路，直接掠夺中国的原料和廉价劳动力，致使尚未成长的中国民族工商业遭受巨大的打击。新的通商口岸的开放和内河行船特权的掠取，使得各国可以深入长江流域广阔地区，直接掠夺中国内地丰富的资源和倾销商品，从而加深了中国经济的半殖民地化。条约规定割让台湾及辽东半岛等地，不但使中国失去了大片战略要地，而且使中国数百万台湾同胞，长期处于日本殖民统治的深重灾难之中。
很显然，《马关条约》对中国社会产生的严重影响是空前的。从鸦片战争、英法联军之役以及伊犁条约等历次大小赔款，总数不到5000万两，这次却超过四倍以上，割地面积又大，远远超过《南京条约》对香港一隅的割让。而允许日本在通商口岸从事工业品制造，且又为西方列强援引为最惠国待遇共享，更是对中国民族经济的严重损害。就连李鸿章本人也深深体会到了这一点。自条约画押之后他忍泪含悲，匆匆登上轮船于4月18日启程返国。20日回到天津后，他就在《奏中日会议和约已成折》中说：我在马关与日本人谈判，“正是事机棘手之际，力争于骄悍不屈之廷，既不免毁伤残年之遗体，又不能稍敛强敌之贪心。”在夜深人静的时候考虑这个问题，真是“愧惧之情交织在一起。”我最感到内疚的是：“赔款数目比原来有所减少，还有2亿两；奉天以南虽退出几处，而辽东半岛营口等处没有争回来。”进而，台湾兵事并未涉及，日本人垂涎已久，必定要强行占领。他很清楚地认识到，日本得到中国的赔款和土地，“如虎添翼”，中国“后患不堪设想。”从而，他“深切盼望”清廷“振奋励志于上，内外臣工齐心协力，及早变法求才，自强克敌”。
饮鸩止渴
甲午战争期间，清政府因战费需要，借过四笔外债，总数达4千余万两，仗没打赢，钱却花完了。根据《马关条约》，中国要赔款2亿两，第一年即须付1亿两，又为省去利息，必须于三年内筹足全数。而《马关条约》签字后六天，德、俄、法三国干涉日本割取我辽东半岛，迫之交还我国；但又须支付还辽的“酬报费”库平银3000万两给日本。
在甲午战争以前，清政府的财政，原已十分困难，据统计，这时每年收入为88909000两，每年支出也相差无几，要在国内自行筹划这笔庞大款项，是根本不可能的事。因此，为了缴付此项赔款，清政府只好向资本主义国家筹借外债。清朝政府既急于借债，资本主义又急于放债，于是分别在1895年签订了“俄法借款”，1896年签订了“英德借款”，1895年又签订了“英德续借款。”
这三笔大借款，总计3亿两，加上利息共计6亿多两，它不仅严重地破坏了清政府的财政，而且沉重地压在中国人民头上，吮吸中国劳动人民血汗达数十年之久。“俄法借款”，俄款部分十月革命后取消，法款部分到1931年才全部还清。第一次英德借款，到1932年始将本利全部清偿完毕；英德续借款，直到1938年，即抗日战争开始后第二年，还有3666650镑没有偿完。这三笔大借款，是资本主义金融资本的侵略性的政治借款，与过去清政府在甲午战前和战时的外债有别，主要表现在：
第一，“俄法借款”，以中国海关收入税项及存票为抵押，关税收入有首先担保归还之义务。附款又规定，如果中国不能如期付还本利时，由俄法银团代为继续付给，但中国应另许俄国以别项进款加保；至于另商加保之事，“应由两国大臣在北京办理。”这已超出金融保证范围，而另含政治意义。合同第四条又规定：“中国政府决定不以任何名义，任何利益，关于中国境内税收之行政及管理事项，让与任何一国。假若中国政府对于列强中之任何一国，给以此种利益，则此种利益，俄国亦应参与。”就是说，中国应该允准沙俄，不许他国干涉中国财政的监督或行政；如果他国获得这种干预权，沙俄也要参加。暗中指的是英国掌握中的中国海关，反映了俄法集团和英国独占中国海关利益的矛盾。当中国海关收入能按期付还借款本息时，似乎没有问题；如果不能，俄法便可借口干涉。这样，俄法资本主义就以金融资本渗透到清朝封建政府，并以此为契机，胁迫清朝政府许可沙俄南下我国东北，许可法国从越南伸张势力侵入我国两广、云南诸省。这样，“俄法之交既合，俄包中国之北，法裹中国之南”，“俄法借款”成为俄国入侵我国东北、法国入侵我国西南的号角。
第二，“英德借款”合同第七款规定：“此次借款未付还时，中国总理海关事务应照今办理之法办理。”要求中国海关制度，在借款未清偿以前，按照现状，不作任何之改变，亦即保证英国人担任中国海关总税务司的现行组织不变更，保持英国已攫得的中国海关行政权。显然，英国想阻挠俄法集团对中国财政的控制，并抓紧对中国海关权利的控制。“英德续借款”以关税收入为担保，其不足额加以苏州货厘80万两，淞沪货厘120万两，九江货厘20万两，浙东货厘100万两，宜昌盐厘并加价100万两，鄂岸盐厘50万两，皖岸盐厘30万两，共为500万两作抵，把厘金也置于海关管理之下。还规定如果上项各种收入不能清还洋款时，总税务司得要求另提其他可靠的凑足。同时，迫使中国许可英人把持总税务司职位，监督和控制中国很重要的一部分财政行政权，而且期限达45年之久，使半殖民地的中国在资本主义的枷锁下长期不能自拔。
第三，甲午战争赔款的最后1亿两，应于1898年5月8日以前交付。清政府于1891年6月，命李鸿章着手办理借款。这时，资本主义对中国的威胁日甚，清政府的财政濒临破产，当借款交涉在资本主义的条件愈增愈多、无法议定时，德国强占了胶州湾，俄国强占了旅顺、大连。清政府再度交涉借款，李鸿章主借俄款，张荫桓主借英款。沙俄提出借款条件：
一、沙俄借款建筑并管理满洲及中国北部之铁路；
二、中国海关总税务司的职位空缺时，中国应聘一俄人担任；
三、以海关税收为担保，不足时以地税、厘金为抵押。
英国提出类似条件，加上长江流域不割让与他国和开放大连、南宁、湘潭为商港，外国商品在各商埠免纳厘金等条。俄法集团旨在使沙俄巩固其在华东北、华北的势力，部分控制财政，并夺取久握在英人手中的海关行政权；英国旨在基本上控制中国财政，巩固和扩大其势力范围，进一步垄断中国贸易。双方针锋相对的条件使清朝官僚感到棘手。总理各国事务衙门只好说中国政府决定不向两国借贷，自己另筹办法。然而，日本赔款付偿期限日近，英国又不肯罢休，说什么中国向外国私家银行举借时，英商银行必需分得一份权利，否则“中英邦交即将受严重的损害。”英国还提出要求：
一、辟南宁、湘潭为商埠；
二、许英国汽船自由行驶于中国内河；
三、中国声明长江流域不割让他国，以保证英国贸易利益，其理由是“补偿”拒绝英国借款的损失。
清政府答以不能承认“补偿”，英国又以“不惜诉诸武力”相威胁，清政府在武力威胁下，答应了后面两项。英资本主义以威胁手段达到目的，兜揽借款，“英德续借款”订立，共1600万镑，年利四厘五，折扣八三。借款按八三折交付，即借债百两，仅得83两，一转移间又要损失83万镑计算，即须支付手续费20万余镑，再加借款以镑价计算，历年所受镑亏之损失，更无法预计。所以，这种外债，不仅给予资本主义政治上的特权，即经济上的压榨也是前所未有。
1893年至1898年，这五年内，清政府所借甲午战费和赔款借款（钱路借款尚不在内），合计即达库平银3亿5千余万两，比甲午战前所借总额，超过6.6倍，除付日赔款外，都消耗到折扣、佣金、利息、贪污、军费、政费上。海关税本是政府收入的大宗，战后抵押赔款，政费必须另寻财源，财政危机日甚，更无力进行经济建设了。
财政支绌，“罗掘已空”
《马关条约》签订，清朝政府为了筹偿赔款，除举借洋款偿赔外，又命户部“妥筹办法”，“通盘筹划。”
本来，依照旧的传统办法，每逢政府财政困难或有特殊需要而政府难于筹划时，便以“捐输”（捐官，实即卖官）或报效（实即强制富商出钱）等方法来筹款。甲午战后，清政府急于筹款，除增加旧税，如加征钱粮地丁银一两增加七分，漕米一石加银一钱，耗羡每两加一钱征收外，户部又拟出“核扣中外俸廉、裁汰各营兵勇，加抽土药厘税，提扣放款减平”等项办法。
所谓“核扣中外俸廉”，就是京官及外省文武大小官员，应将1895年的“养廉”核扣三成，归军需动用。到1896年，又因甘肃、青海回民起义，“一切征兵募勇，需款不赀”，于是继续核扣一年。1896年11月，仍因“部库艰窘”，又命于1897年凡“京官应得俸银：文职自五品以下，武职自四品以下，仍照全数开支。其文职四品以上，武职三品以上，照案再行核扣三成。外官应得养廉，文职自府经历县丞以下，武职自都司、守备以下，仍照全数开支；其文职州县以上，武将参将、游击以上，照案再行核扣三成。并京俸外廉均拟再行接扣一年，汇总奏咨存候拨用”，大约“每年核扣，数逾百万”。那么，三年中从“核扣中外俸廉”一项所筹款项，预计约有300万两之谱。
所谓“裁汰各营兵勇”，就是裁汰绿营七成，勇营三成。这时，“综计各省兵勇尚有80余万人，岁需饷银共30余万两。”这样，每年从“裁汰各营兵勇”一项，户部认为可以筹出1000余万两。
所谓“加抽土药厘税”是这样的：本来每年各省土药（鸦片）厘税数约一百数十万两，“其中胥役之包庇，商贾之偷漏，官吏之侵渔，种种弊端，更仆难数，朝廷徒受开禁之名，赋税未获征收之实。”1897年6月，户部又根据英国人总税务司赫德所拟“办法”，将中国出产土药“出色”的吉林、四川、云南、江苏四省由海关税务司兼理，设立总局，“每担百斤征银60两”，以“一成开支局用经费，六成留归本省，专备拨还续借洋债，其余三成尽数报部。”据当时统计，“土药出产，各省总计33.4万担，若厘税并征，每担60两，岁得银2000万两。”即较原有土药税收，增加10倍以上。
所谓“提扣放款减平”，就是发放经费及薪饷时，“库平一两，内核扣减平十六分为京平一两”，“现在旗绿各营兵饷、马乾员役薪粮等款，每年约需库平银一千四五百万两，若每两减平六分，一年节省银八九十万两。”
根据上述四项“筹款办法”，清政府认为除其他剥削收入外，每年可以增加3000余万两。
此外，清朝统治阶级又采用了其他“筹款”办法：
一、各地土产加厘加税，如闽茶每百斤除原来的起运税、运销税及厘银一两三钱三分六厘外，再增加军饷银六钱二分八厘，每百斤税厘共达一两九钱六分四厘之巨。又如淮盐、粤盐、川盐每斤分别厘二文至四文。山西省酒一斤征钱三文、烟一斤征钱五文、绵烟一斤征十文。御史易俊甚至主张，“倘一连四季，记功大卡长收至10万两以上，中卡长收至5000两以上，小卡长收至2000两以上者，即准分别酌保升阶。”
二、当铺税银由每年5两增加至每年50两。据统计，当时共有当铺7000余座，可得3000余万两。
三、折漕运。1894年对江苏扬州、山东曹州等地糟粮，准由当地同知监兑；1894年南漕改由海运，1896年冬，准王文韶奏，苏漕一律改为海运。
四、添设通商口岸，以“增加商税。”
五、广开捐官例（实即卖官），除“新海防捐外，如盐捐、当捐、房捐、殷富捐、息借民款，皆许奖叙实官，并许移奖亲族”，以致“趋之若鹜”“人浮于事。”
其他，未经议准的还有：一、1898年，黑龙江副都统景祺奏请设“铺税”“药牙。”所谓“铺税”，就是命各店按间纳税，以深广一丈为一间，每间岁征铺税银自500文至300文为率，以300文为下等，400文为中等，500文为上等；所谓“药牙”，就是土药、洋药，一律分设牙行，“请领部帖”。当户部请各省议复时，陕西巡抚魏光焘以“暂缓开办”为词首先反对，未曾举行。二、1896年，江苏补用道程仪洛拟上印花税条议，请将所有账单，一律应照赔印花，至1900年始推行。
从上述，可以看出清朝政府在甲午战后，是用尽方法“筹款”的，也就是说是用尽方法进行搜刮的。然而，当这些“办法”交各省地方督抚议行时，却遭到了各种阻力。
一种是消极应付，表现在款项的解缴不力和裁兵的借词推托。例如1895年底，户部奏准饬各省上缴京饷800万两，1896年7月10日前先解缴一半，但是截至7月10日止，尚有542万两未解，即仅收到先缴半数的百分之六十四，其中有的省份分文未解。1896年冬和1897年春，部奏准饬各省上缴京饷800万两，限于1897年6月29日前解到一半，但是截至7月上旬，共有487万两未解，即仅收到先缴半数的百分之八十一，有的省份“解不及半暨丝毫未解。”
又如对于裁冗员令下不久，江苏巡抚舒翘即谓“实属裁无可裁，并无可并。”此后虽经户部一再催促，各省仍旧“所裁兵勇，寥寥无几”，只是“敷衍塞责，有名无实。”
另一种态度是，当新的“筹款办法”交地方督抚议复时，随即有人公开反对。如上述黑龙江副都统景祺提请专设铺税药牙，即遭陕西巡抚魏光焘反对。又如闽浙总督边宝泉对于闽茶、闽糖及盐斤加厘以为“一再加捐军饷，势难复加”。又如边疆地区的陕西、甘肃、新疆、广西等省，对于扣廉三成，有请将“微员末秩”请准免扣的。
这些地方督抚都是大地主阶级的代表者，有的还经营高利贷或商业，他们说的是“体恤商艰”“民脂已尽”，实际是为了怕侵犯他们自己的利益，惟恐“筹款办法”对自己有“窒碍。”如裁兵节饷，不能着力施行，陕西巡抚魏光焘就是想保持自己的湘军实力。清政府“裁兵”的真正目的，也是“务当精选训练，镇抚地方。”所以在命各省裁兵的同时，还命董福祥练兵三十营，以镇压西北回民起义。他们是不可能真正“体恤商艰”“体恤民隐”的。