汉代经学发展到汉、魏之际，已经衰落，它既烦琐又迷信。因此，把儒学从汉代经学形式中解救出来，是魏晋名士所必须解决的理论课题。
在魏晋名士的心目中，当时的局势是“处天地之将闭，平路之将陂（不平），时将大变，世将大革”（王弼语），他们想要寻求一个顺时应变的处世之道，《老子》、《庄子》、《周易》是他们据以发挥议论的思想资料，称为“三玄”。他们不满于汉代经学，便从儒、道两家学说的综合中走向抽象的思辨；他们跳出皓首穷经的圈子，而作玄远的哲学追求；他们鄙视世俗，表现出超然物外的态度，但实质上仍然保持封建名教的传统和对自身利益的重视，他们企图去论证名教和自然的一致。
玄学的第一流派出现于魏正始（公元240～248年）年间，以夏侯玄、何晏、王弼为代表。其思想以论证“无中生有”为主要内容。“正始之音”完成了从汉代经学到魏晋玄学的转变。
与夏侯玄、何晏、王弼同时的另一派人物，以嵇康、阮籍为代表。他们处于司马氏势力已盛，正要夺取曹魏政权的时期。他们两人和山涛、刘伶、阮咸、向秀、王戎，号称“竹林七贤”，实际上是司马氏的反对派。司马氏所标榜的是“名教”，阮籍则痛骂名教，嵇康提出“越名教而任自然”的主张。
玄学的第三个流派发生于魏晋之际，以向秀、郭象为代表。向秀的《庄子注》没有流传下来，只有片断文句保存在张湛的《列子注》中，郭象《庄子注》中的内容，不妨看作是他们两人的思想。他们和何晏、王弼不同，认为“无”不能生“有”。
玄学对理论思维的发展有所贡献。东晋时，玄学与佛学合流，至宋、齐、梁、陈，佛学更继玄学而向前发展；但玄学的余波未灭，直到初唐还有影响，不过在思潮上已不占有重要地位。
魏晋时期，玄学虽风行一时，但反对玄学的各种思潮也不断出现。有些从自然科学出发，如杨泉的《物理论》，发挥了张衡的浑天说和汉代的“气本论”。有些从哲学理论方面批评玄学，裴的《崇有论》和欧阳建的《言尽意论》就是显例。
公元316年，北汉王刘曜攻破长安，西晋愍帝出降。中原豪族流奔江东，又在南方建立了政权，南北朝分裂的局面正式形成。南朝政权极不稳定，外有北朝的威胁，内有豪族地主的争夺，在短短的200多年（公元317～519年）内更换了东晋、宋、齐、梁、陈五个王朝。
与此同时，在黄河流域的封建制社会的基础上，匈奴、鲜卑、羯等北方各族，先后由氏族制跃进到封建制的历史阶段。这一封建化的过程到北魏孝文帝（公元471～499年在位）时就已经大致完成。
南北朝时期仍然流行玄学。这时佛教由于和玄学合流，有了较大的发展。佛教既有宗教思辨哲学，适应士大夫们的胃口，同时它的粗俗教义又受到帝王、贵族、官僚的欢迎。道教是由古老的神仙方术的传统发展而来，这时在佛教的影响下形成了有一定理论和仪式的宗教。不过，南北朝时期，儒家的礼法观念始终在社会上层保持着一定的地位。当时，儒、佛、道并立的局面正在逐步形成。
南朝时期出现了激烈的反佛理论。何承天曾经依据他的天文历算的科学知识，并结合儒家的人文观点进行了三次反佛的理论斗争。从这三次争论中可以看出，由于神不灭论是佛教轮回报应思想的理论基础，于是形神关系和神灭与否的问题便成了当时反佛理论斗争的中心论题。南朝著名的无神论思想家范缜写下了反对神不灭论的重要理论篇章《神灭论》。