切诺基投产后，美方动作频频不断。先是换掉与中方配合良好的总经理查特顿，没过几个月，美方要求再换总经理，美方的动作引起中方不满。吴忠良是董事长，更换总经理必须得到董事长的认可。吴忠良拒绝了美方的要求，但美方坚持己见，不得已，中方提出，让美方推荐的圣皮尔“试用”3个月。美方又提出，要求中方承担美方职员的住宿费。美方的雇员在北京都是在高档宾馆包房，费用高得令人咋舌。中方曾经质问美方：“我们的总理一个月不过几百元人民币，你们在宾馆一天就得几百元，谁承担得起？要住可以，这笔费用，你们自己承担。”作为反建议，中方提出，提高中方职工的生活福利，从所占利润的4%提高到10%。美方再提要求，要求提高组装产量，1986年4000辆，1987年7000辆，1988年10000辆。中方告知，提高产量涉及增加外汇额度，需要政府批准。作为反建议，中方要求美方在这3年内的投资达到2.2亿，美方提出，只有实现美方提出的产量增长数额，美方才能提供1.7亿美元的投资。如同一家人吵架，双方你来我往，互不相让，双方矛盾日渐升温，最终双方大干一场。
矛盾的焦点就在外汇上。北京切诺基的投产是建立在CKD基础上的，国产化率非常低，北汽所做的工作基本上就是组装。组装就得依靠美国发货。CKD组装需要大量外汇。1985年、1986年几年中，大量进口轿车几乎耗尽了国家的外汇储备，面对严峻形势，国务院多次下文，严格控制轿车进口其中也包括进口散件组装轿车。依靠CKD散件组装的北汽也受到严重的影响。
北汽合资公司成立时，政府就要求公司要做到外汇平衡。但由北汽组装的切诺基投产还没多久，切诺基的出售对象是国内用户，产品没有出口，收不到外汇，非但收不到外汇，CKD散件进口还需要大量外汇。这个时候要实现外汇平衡是不现实的，也是无法实现的。
继1985年北京吉普公司首批订货720辆切诺基散件后，按照生产进程，美方陆续将1008套散件发送到码头，准备10月12日装船起运。由于没有外汇额度，北汽此时连散件进口的许可证还没拿到。没拿到进口许可证银行就不发给付款信用证。对于美方而言，银行的付款信用证意味着“货到付款”。没有付款信用证，美方拒绝货物装船发送。不能装船，大宗货物堆放在码头上占用了货位还要付款。货物量太大，再运回来费用太高，不得已，美方只得在码头租用仓库将这批货存放起来，同时催着中方付款。由于美方散件不能及时发货，北汽的供应链中断，隆隆的组装线停顿下来。北汽是合资企业，停断下来，中外双方都着急，员工工资、设备维护、保养都要钱。北汽着急，美方恼火。
1985年11月18日，美国汽车公司中国项目部经理曲莫火速赶到中国来处理，但此时国内经济过热，正在治理整顿，外汇额度问题一时无法解决，着急的曲莫与赵乃林甚至发生争执。曲莫认为中方处理合资企业缺乏诚意，称：中美双方中间有一条深深的裂痕且难以愈合。可以认为，曲莫的观点代表了美国汽车公司的主流看法。
曲莫回国后向美国汽车公司董事会汇报，美国汽车公司董事会几位负责人联名给北京吉普公司发来电传，主要内容为：
北京吉普公司没有履行CKD散件装船计划，违反了双方合作协议；
1986年的CKD计划、数量定不下来，美国汽车公司第五次董事会批准的投资失效；
1985年第四季度的CKD散件不能按期发运，将造成1986年第一季度之后停产；
美国汽车公司董事会单方面做出了停止资本投入，停止技术转让，停止技术培训，撤回在北汽的美国人的决定。这就是所谓“三停一撤”。
控制轿车整车以及散件进口是国家决策，北汽无能为力。美方是合资公司的股东，也是技术与产品的来源，美方的高压给合资公司前景蒙上了浓厚的阴霾。北汽一面向北京市和一机部、中汽公司汇报，争取高层给出解决问题的办法；一方面给美方回电解释：中国政府此时正在编制新的五年计划，希望美方对此能够理解。不要动辄就采取违反双方协议的行为。中国驻美大使也为此事与美国汽车公司做了沟通和解释，表明了中国政府支持合资公司的态度。虽然中国大使代表政府表示了态度，但由于互信程度降低，双方解决问题的进程仍然充满矛盾。
1986年2月19日，美国汽车公司副总裁弗利来到北京与北京吉普公司交涉。双方在长城饭店会谈，中方吴忠良、赵乃林，美方弗利、圣皮尔。整整三个小时，双方几乎没法谈拢。弗利表现出空前的强硬：“我对北京吉普公司的前景非常担忧，我已经算过，XJ明年5月要停产，这对北京吉普公司、对美国汽车公司、对中国、对美国都是一个极为严重的问题，特别是对中国的改革开放政策将会产生极为不利的影响。如果硬要我们停产两年干国产化，那么你们只有另外去找伙伴，我们马上就走。”
尽管中方试图缓和局势，但由于拿不出任何有效的措施与动作，空话打动不了美方。弗利第二天甩手而去。
1986年2月21日，美国汽车公司董事长戴德瓦代单方面向美国媒体宣布，由于中方违反协议给美国方面造成经济损失，美国汽车公司决定，停止与北汽的合作。具体措施为：停止资本投入，停止技术转让，停止技术培训，撤回在北汽的美国人。戴德瓦代具有“政治头脑”，他懂得对中方施压最好的办法就是从政治上下手。他公开宣称：“中国不适合搞合资”。
北汽与美国汽车公司的合作举世皆知，犹如中国对外开放的一个窗口，现在突然“三停一撤”，美国舆论顿时哗然，好事的各大报刊杂志纷纷撰文，标题一个比一个火爆。还有一些美国媒体以此攻击中国的对外开放政策。这就是著名的“吉普风波”。
虽然闹得很凶，但美国汽车公司也并不想就此丢掉好不容易才打开的中国市场，他们不过是想闹一闹以影响中国的政府，然后按照他们的想法来解决问题。
中汽公司是中国汽车工业的总头目，代表政府管理全国的汽车企业。美国人对怎样与中国打交道时有点研究的。他们清楚，中国的企业不过是政府的孩子，孩子总是要听家长的，合资公司出现今天这样的局面，家长是有责任的。美国汽车公司副总裁克莱尔在合资谈判过程中与中汽公司总经理陈祖涛打了不少交道，有点交情。2月28日，克莱尔致电陈祖涛，向他全面阐释了美方的立场，请他介入此事。3月3日，美国驻华使馆一秘希尔约见陈祖涛，表达了美国政府对此事的“关切”。3月4日，美国驻华使馆商务参赞约见中国经贸部外事局局长张歧，再次表达了美国政府希望中方妥善处理的意见。3月14日，北京吉普公司美方总经理圣皮尔给时任中共中央总书记胡耀邦写了一封信：
合资企业在中国是一个新概念，初期时会遇到巨大的挑战。我们是合资企业的先驱者之一，所以首先遇到与合资企业有关的困难。我们失败的结果将对中国现存的和未来的合资企业产生非常消极的作用。中国政府也将难以承受这个合资企业失败给中国正在实行的开放与合资政策所带来的冲击。
经美国汽车公司这样上下一闹腾，“吉普风波”引起了中国最高层的重视。胡耀邦在一份内参上批示：
这件事要从维护我国对外关系的决策和信誉的高度来对待，请经委帮助解决。已合资企业不要轻易使之倒闭。
赵紫阳、李鹏、姚依林、田纪云、谷牧、陈慕华、宋平等中央领导都作了批示。中央决定时任国家经委副主任朱镕基负责处理此事，并成立由中汽总公司总经理陈祖涛、北京市常务副市长张健民、北汽副总经理赵乃林等人组成的工作组，负责与美方谈判。
美国汽车公司将此事政治化的目的达到了。
朱镕基办事大刀阔斧，雷厉风行。5月8日，朱镕基接见前来谈判的美国汽车公司克莱尔。朱镕基说：“中国政府始终支持北京吉普公司，过去是这样，现在还是这样。中国政府从来都是讲究信誉遵守合同的，北京吉普公司当前的困难有客观原因，也有主观原因。客观原因是，在过去的一年多里，中国在经济体制改革方面步子迈得很快，由于经验缺乏，摇晃了一下。也就是说，先是银根放得过松，进口过多。发现问题后，又收紧了银根，压缩了进口。去年我们进口了30多万辆汽车，总值28亿美元，消耗了外汇储备……为了帮助北京吉普公司渡过暂时的困难，政府有关部门将根据情况给予必要的帮助，例如，进口许可证将采取适当灵活的方法。至于主观原因，是你们的经营战略未能适应这种变化，你应该与中国同事们研究调整经营战略。”
朱镕基明确表示了对美方单方面向媒体爆料的不满：“我认为，为了创造良好的气氛，谈判中，我们最好对媒体保持沉默，等我们达成协议后，再共同发布。”
朱镕基与克莱尔谈完后，谈判的任务便落在陈祖涛、张健民、赵乃林等人身上。中美双方就国产化、出口创汇、产品、CKD散件、投资规模等五个问题进行了一场马拉松似的谈判，整整5天5夜连轴转。谈判的焦点集中在1986～1990年头5年切诺基的产量上。美方要求产量起码要达到5万辆，照此计算，需要用汇4.75亿美元，由于外汇的限制和国产化进程等原因，中方不同意安排这么多，双方僵持不下。陈祖涛回忆道：
1986年5月16日，美国财长贝克要访华，国务院总理要接见他；同时姚依林副总理要访美，美国总统布什要接见他。因为北京吉普是中美合资的第一个项目，肯定会成为会谈的话题，而项目目前又存在一些问题，怎样解决这些棘手的问题，成了中美双方都要面临的难题。就在这时，美方代表克莱尔给国务院领导写信，反映合资中的出现的一些具体问题，提出要中方在进出口、外汇等政策上给予优惠条件。国务院领导将信转给副总理谷牧，谷牧将信批给朱镕基，朱镕基找到我，要我负责处理此事。
我和北京市常务副市长张健民、北汽总经理赵乃林共同组成谈判组，和克莱尔展开了艰苦的谈判。国务院对这次谈判非常重视，直接掌握谈判动向，我们每天谈判完了后，都要给谷牧同志写出情况报告，然后根据谷牧同志的意见确定谈判方针。由于北京吉普是我国的第一个合资项目，很多做法都在摸索过程中，美方在谈判中提出要求政策优惠牵涉到我国的外贸、外汇管理等政策，我们也无权表态。只能一边谈，一边汇报，汇报有了结果就接着谈，没有结果就只能拖，非常被动。谈了好久没有结果，最后，克莱尔威胁要退出谈判。当天，朱镕基给我打电话询问谈判的情况，他半开玩笑半认真地说：“老陈呀，谈判要成功，否则我俩乌纱帽都会没有了。”
面临这么大的压力，我们谈判组只有与克莱尔坚持谈下去。有一天，我和克莱尔谈到深夜12点，我们的晚饭都是在谈判桌上吃的。克莱尔再次提出，他要退出谈判，回国报告。此时我的心里也很紧张，因为国务院没有表态，我也很为难。我分析了克莱尔的心理状态，他也承担着沉重的压力，谈判失败了他回国也难以交差。所以在他威胁要回去时我说：“要走你就走吧，我也回家休息。”
克莱尔很生气地离开了，我们立刻向谷牧同志报告了情况。谷牧同志告诉我，经研究，国务院已经同意在相关政策上给予优惠，根据这一优惠政策，北京吉普进口散件的问题就解决了。有了国家的授权，我们终于在克莱尔就要赶往机场之前达成了协议。协议内容大致为：
到1990年，北京吉普公司生产切诺基由美国最初要求的5万辆降为1.25万辆，美方要采取有效的实际行动支持中方加快国产化进程。
由于时间太紧，在他上飞机前，协议已来不及起草和打印。克莱尔就在一张白纸上先签了字。他说：“陈先生，我相信你，我先签字。”此时是1986年5月14日的上午，我立刻将协议情况报告了谷牧同志和朱镕基同志。这场持续了7个月的“吉普风波”终于告一段落。
（陈祖涛、欧阳敏《我的汽车生涯》人民出版社）
经过艰难谈判，双方最终在5月14日下午3点达成协议。协议规定，到1990年，北京吉普公司生产切诺基12500辆，美方承诺将协助中方加快国产化进程。
1986年5月16日，美国财长贝克来华访问，国务院总理赵紫阳接见他，贝克问：“听说我们合资的吉普在中国有一点问题，请问中国政府的态度？”
赵紫阳回答：“我听说了，我们会解决好的。”
同日，姚依林副总理访美，在白宫，美国总统布什接见他。布什说：“我听说吉普在中国有一点麻烦。”
姚依林副总理胸有成竹地回答：“是有点问题，但是我们已经解决了。”
1986年5月23日，中美双方分别在北京和底特律发表新闻公报：
经过讨论，双方原则上同意采取行动，使北京吉普公司能够继续进行切诺基的项目，并加速国产化……
一位美国记者为此专门写了一本书记载此事，名为“吉普风波”。
“吉普风波”虽然以双方都做了有限的让步而结束，但它折射出改革开放之初，中外合资企业的生存环境。作为主要当事人，赵乃林的话真实反映了企业当时的尴尬处境：“最开始合资企业是个孤岛，没人关心你这些事儿……但这样一闹，上上下下都重视，一些相关政策就慢慢出台了。”