国有资本经营预算作为政府宏观调控的衍生手段，要在宏观调控方面以及促进国有资本经营预算及公共财政预算、社会保障基金预算的统一和平衡方面发挥一定作用。为此，国有资本经营预算的编制是一项多部门参与的工作，具有较强的超部门特征。这种超部门特征在国有资本经营预算的编制程序上也要有所反映，即国有资本经营预算的编制程序既要充分吸纳当前部门预算改革中的经验，同时也要和一般的部门预算有所区别。
一、国有资本经营预算的编制程序要体现超部门特点
从编制程序的角度来体现国有资本经营预算的超部门特点，重点要充分发挥和利用国有资本经营预算信息通道的作用，做好国有资本经营预算编制前的准备工作；其次，还要明确国有资本经营预算草案的编制必须要和国资部门的部门预算相区别，不能把预算单位的收支（主要是支出）和国有资本的收支相混淆。
1.充分利用国有资本经营预算信息通道进行草案编制前的准备工作在编制程序上，国有资本经营预算的超部门特点要通过草案编制前的准备工作来体现。鉴于国有资本经营预算信息通道的建立，因此，这种准备工作应当主要依托信息通道来完成。在国有资本经营预算信息通道的信息协调机构的组织下，要利用国有资本经营预算信息系统，实现信息的汇总与沟通，并且通过国有资本经营预算部门例会制度来完成预算草案编制前的准备工作。这种机制的超部门特点首先体现在多部门的参与上。按照国有资本经营预算的目标定位，参与准备工作的要包括财政、国资、劳动、社保以及国民经济规划等多个部门。其次体现在讨论内容的超部门化上。国有资本经营预算的收支规划从根本上要满足国有资本经营预算作为政府宏观调控衍生手段的目标定位，在具体的收支规划特别是支出规划中要达到国家宏观调控在若干方向的多项目标，而且国有资本经营预算收入本身无法作为充分资源来满足这些不同目标的需要，因此必须由来自不同部门的利益代表进行充分的协商和沟通。
2.国有资本经营预算草案与国资部门预算分别编制
作为国有资产管理的责任部门，国有资产管理工作本身也需要相应的成本性支出。包括维持工作正常运行的工资福利支出，如基本工资、津（补）贴、奖金、住房公积金、福利费、社会保障缴费等等；商品和服务支出，如办公费、印刷费、水电费、邮电费、取暖费、交通费、差旅费等等；另外还有资本性支出，如房屋建筑物购建、办公设备购置、专用设备购置、交通工具购置、信息网络购建等等。此外，随着国有资产管理体制改革的深入，还将产生一些和国有资产管理密切相关的特色性支出，如对外委托审计、资产评估等项费用。在目前的国有资产管理体制下，中央层面的国有资产管理机构是作为政府特设机构存在，上述支出都以部门预算的方式反映出来，并由公共财政统一进行支付和划拨。实施国有资本经营预算后，国资部门负责国有资本经营预算草案的编制，但本部门实际运行管理费用的性质并没有发生变化，不能和国有资本经营预算的收支混淆。相应地，国有资本经营预算草案编制和国资部门的部门预算要分别编制，履行不同的编制程序。
二、完整的国有资本经营预算编制程序应当延展预算的编制周期全面的国有资本经营预算要包括按照相应的法律法规或条例而制定的年度及中长期若干个年度的国有资本收支计划，这种从年度预算延伸到5年或10年的中长期预算的编制周期，有利于保持国家宏观调控战略和国有资产管理政策的一贯性和连续性，有利于最大限度发挥国有资本经营预算的宏观调控作用。因此，完整的国有资本经营预算的编制程序上也应当有利于国有资本中长期预算编制。
1.国有资本中长期预算收支编制的重点
国有资本中长期预算收入规划的重点是在5年度或10年度内国有资本的变现情况，即究竟要对哪些领域和行业的国有资本实现退出及变现，变现所获得的收入规模的测算等等。对于国有资本中长期预算支出来说规划的内容则侧重于实现国有资本管理的宏观目标，促进国有资本经营预算、公共财政预算和社保基金预算三种预算的统一和平衡。因此，在国有资本中长期预算支出中，一部分继续进行资本运作，以保值增值、实现资本回报最大化为目标；另一部分就要转换形态，规划5年或10年内用于弥补公共财政预算缺口和社保基金预算缺口的数额，以满足社会公共需要、防范公共风险。
2.在编制程序上预留国有资本中长期预算的编制环节
国有资本中长期预算和年度预算各有侧重、互为参照。中长期预算既是在政策具有连续性前提下的对国有资本预算收入的预测和规划，具有较强的前瞻性；同时又要给出一定时限内如5年或10年内国有资本预算的支出规划。而年度预算则以国有资本经营收入和支出为主要内容，强调预算年度的国有资产保值增值，并以实现中长期预算为重要参考依据进行编制。在具体的编制程序方面，要预留国有资本中长期预算的编制环节。在操作中，对于国有资本中长期预算可以采取由粗到细、逐步强化其约束力的方式。在国有资本经营预算实施初期，国有资本中长期预算的编制由多个部门参与制订，更侧重国有资本管理的前瞻性、战略性，表现的是对年度国有资本经营预算方向性的约束。随着年度预算的执行，国有资本中长期预算应当以年度预算的执行情况为基础，滚动编制，加强预算规划的可操作性，把对年度预算的方向性约束更为细化。
三、按照“两上两下”的基本程序编制国有资本经营预算草案在多部门完成国有资本经营预算编制的前期准备之后，国有资本经营预算即进入草案编制环节。对此，在基本程序方面可以借鉴部门预算的“两上两下”方法。需要注意的是，和多数部门预算中侧重“支出”有所不同，国有资本经营预算“收入”环节的编制同样重要，同时，在国有资本经营预算编制程序中要加强预测环节，实现编制时间上的充分化、提前化。
1.预算编制按照部门预算编制的基本方法
国有资本经营预算的编制应采取自下而上和自上而下相结合，逐级汇总的原则。在编报方法上，可以适当参照部门预算“两上两下”的办法。在国资部门和企业之间的流程是：首先各个国有企业编制年度收、支的建议数上报国资部门，作为国资部门编制预算的重要参考。国资部门对此建议数进行审核，在执行财政部门的指导性要求和征求政府各部门和企业意见的基础上，编制并下达对该企业的年度预算上缴国有资本经营预算收入的控制数；各个国有企业根据预算控制数编制本企业的年度预算，报送国资委；国资委经过相关程序报送财政部，经过人大批准后批复给国有企业执行。在财政部门和国资部门之间的流程是：首先财政部门要向国资部门下达当年的基本收支要求及指导性指标，国资部门据此和企业收支预算来编制国有资本经营预算初编草案并上报财政部门，财政部门对此进行审核，并提出意见建议，返回国资部门进行修订；国资部门完成修订后再报送财政部门；财政部门进行汇总并提交人大批准，人大批复后再转给国资部门执行。
2.预算编制时间上要尽量提前化
在公共财政预算的编制方面，我国在预算时间安排上的不合理是一个不争的事实。即我国的预算年度采用的是历年制，而我国人民代表大会却在每年的3月前后召开，这两者之间的间隔使得我国的财政在这一时期是在无预算的状况下运行的；而且政府预算经人民代表大会通过后，实际下达到各预算单位往往都是半年以后。可见，每一个预算年度里，我国的财政都有相当长一段时期是在无预算的状况下运行的。实施国有资本经营预算应当尽量规避这一问题。在预算管理制度和相关法律没有做出调整之前，国有资本经营预算在编制程序上主要是要尽量保证时间上的提前化。特别是由于国有资本经营预算前期涉及多部门的协调和沟通，所以务必要预留出足够的时间。
3.做好国有资本经营预算收支指标的测算
保证预算时间的提前化，就必须提高对预算收支的预测能力。为此，在编制下年度的预算之前，国资部门要以上年度预算的执行情况为基础，对本年度预算已经执行的情况进行分析。根据当年预算收支的实际情况，结合经济发展的趋势，参照历年的收支规律，预计后几个月的收支完成情况，初步测算下一年度的收支情况，并汇总为全年预算收支预计数，供编制下年度预算时参考。其次，国资部门可以要求各个国有企业必须根据本企业上一年度预算的完成情况和企业明年的发展规划，确定本企业下一年度的预算收支数额。
四、因地制宜并适当简化地方国有资本经营预算编制程序
对于地方国有资本经营预算来说，国有资本的数量以及质量和中央层面都有很大的差距，相应地国有资本经营预算所能够承担的目标也较为单一。因此，在国有资本经营预算编制中，其程序的设置要依据地方的国有资本管理特点进行并适当简化，降低实施国有资本经营预算的管理成本。
1.因地制宜编制地方国有资本经营预算
按照中共十六大精神，中央政府和地方政府代表分别代表国家履行出资人职责，中央政府和省、市（地）两级地方政府均设立国有资产管理机构。但在实际执行中，地方层面的国有资产管理机制呈现出多样化的特征。是否设置国有资产管理机构、设置几级机构、机构的具体管辖范围都有所不同。国有资产的主要部分是置于地方国资委管理之下，同时也存在较大范围的国有企业采取其他渠道管理和监督。除国有资产管理体制方面的差异外，还存在着各地方经济发展状况以及国有资本质量的差异，因此，各地是否实行国有资本经营预算、赋予国有资本经营预算何种超国有资产管理目标都无法统一要求。在遵守国家相关法律以及国有资产分级管理的大前提下，地方政府有权按照本地实际情况，选择是否实施国有资本经营预算以及实施具有本地特色的国有资本经营预算。
2.适当简化地方国有资本经营预算编制程序
地方级次由于多种原因，其国有企业一般不具备垄断所带来的超额利润，所以在保值增值之外国有资本经营预算所能承载的目标十分有限，最集中的将是弥补国有企业改革成本缺口，国有资本质量更好一些的地方也可能通过国有资本经营预算来解决地方政府一些战略性决策的资金来源。总体上，地方政府所实施的国有资本经营预算不会如中央层面那样复杂，所涉及的利益再分配的数额较小，产生的影响也较小。所以，地方层面的国有资本经营预算要尽量降低实施的成本，包括在国有资本经营预算的编制、执行、监督等各个环节都要切合本地国有资本管理的实际需要。具体在编制主体的选择、编制程序的设置方面，也要合理利用现有资源、适当简化，避免带来过多的国有资本经营预算的费用性成本。