国有资本经营预算资金的收支结算管理指的是国有资本经营预算收入与支出的划转工作，关注的是国有资本经营预算实施过程中预算资金的收缴与使用的规范、安全及有效性的问题。应该说，无论是从坚持政府预算体系的统一性、保证国有资本经营预算资金的规范、安全及有效性出发，还是从提高国有资产管理水平的角度出发，都必须首先坚持国有资产管理与国有资本经营预算资金管理相分离的前提，把国有资本经营预算收支的资金结算纳入到财政现有的收支结算体系内，充分吸纳我国在建立和完善公共财政体制框架方面取得的一系列改革成就，利用好部门预算、国库管理制度、政府采购制度等预算管理制度。同时，按照当前政府预算改革的基本思路，对于这项业务性、操作性很强的工作，应当比照非税收入的管理模式，按照“收支两条线”的基本思路来进行。而且，要积极探索在国有资本经营预算资金的管理中引入绩效评价与监督机制，提高国有资本经营预算资金的使用效益。
预算资金管理的分离在国有资本经营预算资金管理的全过程中，要注意到国资部门所承担的多重职责，一方面该部门是国有资本经营预算的主要编制单位，另一方面国资部门是最理想的国有资本经营预算收入收缴的执收单位，此外该部门还有可能是预算资金的直接用款单位。因此，在国有资本经营预算资金管理中要注意摆正国资部门的位置，体现权力适度分散和互相制衡。首先是要坚持国有资产管理与国有资本经营预算资金管理相分离的前提，即国资部门不应当从事具体的预算资金收支结算管理，不应当直接接触到资金的划拨工作。这是做好国有资本经营预算资金管理的首要原则。
一、国有资本经营预算资金管理要求严格的制度安排作保障
国有资本经营预算是政府预算体系的有机组成部分，涉及一系列利益的再分配和调整，而这些再分配和调整往往是要通过国有资本经营预算资金的收缴和支付来体现出来。所以，这一过程的实施对于国有资本经营预算的整体绩效非常重要，必须要有严格的制度安排为支撑，并以此来保障国有资本经营预算资金管理的规范、安全及有效性，实现国有资本经营预算资金管理的“收支两条线”。
1.保证国有资本经营预算资金管理的规范、安全及有效性
设置和选择国有资本经营预算资金管理的相关制度安排，首先必须满足国有资本经营预算资金管理的规范、安全及有效性。一般来说，国有资本经营预算资金管理包括了收缴管理和支付管理两部分，涵盖了从向缴款人收取国有资本经营预算收入到预算资金支付到用款人再到资金的分配效果评估的全过程。在这个过程，所谓的资金管理水平就是要求确保资金的规范、安全和有效性。在相应的制度安排中要加以约束和规范的具体内容很多，其中在收缴管理中要明确国有资本经营预算收入的收缴部门、国有资本经营预算的账户设置、收入上缴账户的方式和程序、收入收缴的监督等等；在支付管理中要规范支付流程、支付方式、结余资金管理等等。这些制度安排就是要使国有资本经营预算在执行的全过程中，能够按照预算和用款计划，准确、及时、足额地收缴和拨付预算资金并按规范使用，避免瞒报、漏报以及骗取（套取）、滞压、截流、挤占、挪用预算资金的现象发生，而且最终要保证国有资本经营预算资金的分配和使用能够满足实施预算的初始目标。
2.保证国有资本经营预算资金管理的“收支两条线”
在我国政府预算管理中，有关非税收入的管理及改革一直是一个重点。经过若干改革阶段的推进，非税收入的改革成果可以笼统概括为要实行“收支两条线”管理。“收支两条线”的基本涵义是指政府在对财政性资金的管理中，取得收入与发生支出相脱钩，即收入上缴国库或财政专户，支出由财政根据各单位工作任务的需要审核批准，对收入、支出分别进行核定的资金管理。“收支两条线”作为一种财政资金管理模式，在我国已经用于国家税收以及各种专项资金、行政事业性收费、罚没收入等非税收入的资金管理，并取得了增加财政收入、便于公众监督、加强宏观调控等重要作用。深化“收支两条线”管理改革的核心是按照公共管理的要求，将全部财政性收支逐步纳入政府预算管理，不能有游离于政府预算之外、不受社会公众监督的财政性收支。它要解决的主要是公共财政收支的管理范围问题，其本质也是规范政府的活动范围。这项改革，从“收”的角度讲，主要是收缴分离，规范政府预算外收入收缴并减少部门、单位占压政府资金。对那些合法合规的收费收入，不再由部门、单位自收自缴，而是实行收缴分离，纳入政府预算或实行专户管理；从“支”的方面讲，主要是收支脱钩，执收单位上缴的收费和罚没收入不再与其支出安排挂钩。改革的最终目标是编制综合政府预算，逐步淡化和取消预算外收支。作为政府财政资金的一种，财政部早已明确国有资本经营收入是政府非税收入中的一类。实行国有资本经营预算后，并不能因此改变国有资本（经营）收入作为政府公共资源的本质特征。因此，在国有资本经营预算资金管理的制度安排上，应当继续巩固非税收入改革的成果，坚持实行“收支两条线”管理。
3.保证国有资本经营预算资金管理的相对独立
从整体上看，国有资本经营预算是政府预算体系的有机组成；从局部上看，则应该注意到国有资本经营预算资金毕竟和公共财政资金性质不同，在具体的机制设置上还要注意保持国有资本经营预算的独立特征。这种独立性一方面可以防止国有资本经营预算资金和公共财政资金混淆，避免相互间的挤占和挪用；同时也有利于保证国有资本经营预算在预算编制、执行以及后续的绩效评估机制方面的相对独立性。当然，这种独立性必须建立在保持政府预算资金结算体系统一的前提下。
二、国资部门不适合直接从事国有资本经营预算收支结算工作国有资本经营预算和国有资产管理之间存在有很多互为交叉和配合的内容。在国有资本经营预算的编制和执行中，国资部门都是主要的参与部门，但是具体到国有资本经营预算资金的管理上，则不适合由国资部门直接介入相关的国有资本经营预算资金的收支结算工作。
1.国有资产管理无法涵盖国有资本经营预算的全部目标
国有资本经营预算尽管和国有资产管理有着密切的关系，但是它还承担了一部分宏观调控职能，是链接国有资本运营和国有资本发挥宏观调控职能的一个平台、一个重要的切入口。具体在国有资本经营预算资金的收缴和支付中，一端是来自国有企业的利润、股息、红利等等国有资本经营预算收入，而另一端则是多层次、多类型的用款单位。国资部门如果直接从事国有资本经营预算资金的收支活动，去和相关的用款单位发生资金上的往来，那么就必然要有逾越自身职能的可能，而国资部门作为专门的侧重于国有资产保值增值的部门，不适合也不应当介入到其他领域。
2.要规避国资部门的权力集中和加大监督成本
国资部门不适合直接从事国有资本经营预算资金收支结算管理的另一个重要原因是要有意识规避国资部门的权力集中和加大监督成本。当前，我国国有资产管理体制并没有完全理顺，对现行国资部门的定位以及相应的作为还存在争议以及一定的调整空间。无论今后如何发展和变化，有一点是无疑的，即中国不会再打造一个超级集权的、缺乏有效监督的国有资产管理机构。国资部门是国有资本经营预算的主要责任部门，特别是要负责国有资本的收缴、催缴工作，如果再承担具体的资金结算工作，那么就会引发一系列权力集中、监督失控或者是监督成本过高的问题。即使是在保持政府预算资金结算体系统一的前提下，如果由国资部门自行负责国有资本经营预算资金的收支结算工作，那么无疑将大大加强国有资本经营预算的封闭性，导致权力过分集中到国资部门上来。而且，国有资本经营预算收支情况都由国资部门自身来掌握，很难保证相应的时间、数额等预算规划的执行，也难以规避权钱交易等腐败现象的发生。在这种基本格局下，杜绝上述问题的监督成本也将十分高昂。
3.防止国有资产的“体制性流失”
国资部门不适宜直接从事国有资本经营预算资金收支结算的第三个原因是要防止国有资产的“体制性流失”。在我国国有企业改革的30年中，最能牵动民众神经的问题之一就是“国有资产流失”，实施国有资本经营预算管理必须从制度安排上规避所有可能引起国有资产流失的因素。而国有资本运营管理本身是需要支出的，既包括国资部门的日常支出，也包括在国有资本运营管理中可能发生的资产评估、绩效考评、财务审计等其他委托性支出。如果由国资部门自行管理国有资本经营预算资金，那么就有可能在国有资本运营管理收支中夸大和超出支出，把一部分国有资本经营预算收入用于服务于部门利益，从而进一步造成国有资产的“体制性流失”。
4.不利于降低管理成本
国有资本经营预算资金管理需要一定的管理成本支出，包括账户体系的建设和维护、人员的配备和安排、管理信息系统的完善、票据的统一以及相关数据的分析及处理等等，这些都要求投入大量的人力物力。如果由国资部门直接从事国有资本经营预算资金的收支结算工作，从无到有地建设起一套完整的管理体系，显然既需要大的人力物力的投入，同时也要耗费较长的时间，大大提高国有资本经营预算资金的管理成本。
三、建立国资管理、收支结算、审计（监督）相分离的运行机制为了体现国有资本经营预算资金管理的自身要求，实现资金管理的规范、安全及有效性并承袭“收支两条线”的管理思路，在制度安排中要充分体现出权力制衡和监督顺畅的特点，建立起国资管理、收支结算和审计（监督）相分离的运行机制。
1.国有资本经营预算框架下国资管理、收支结算、审计的不同权责实施国有资本经营预算后，国资管理、预算资金的收支结算以及审计监督应该分别发挥各自职能。国资管理主要是负责国有资产的营运和管理，包括履行出资人职责，指导推进国有企业改革和重组；对所监管企业国有资产的保值增值进行监督，加强国有资产的管理工作；推进国有企业的现代企业制度建设，完善公司治理结构；推动国有经济结构和布局的战略性调整等等。而国有资本经营预算资金的收支结算则要专注于资金管理，依托完善的账户设置和信息体系，确保国有资本经营预算收入的及时、足额上缴账户，按照批复的预算及时核拨用款单位所需要的资金等。审计监督的职责则包括事中和事后监督，事中监督要对整个国有资本经营预算资金的收缴、缴库、拨付等过程进行实时监控，及时发现问题；事后监督则是对国有资本经营预算资金进行全面的审计，主要审查是否及时足额办理用款计划支出，是否按批准的预算安排资金，资金是否用在了批准的项目上，有无擅自改变项目，项目支出是否按照计划完成并能够发挥作用，事中监督和管理是否有效，有无拨付不及时、挤占挪用和损失浪费资金等问题。
2.分别确定国资管理、收支结算、审计的责权部门
针对国有资产管理、预算资金的收支结算以及审计监督的不同权责，可以确定相应的责权部门。显然，国资管理应当由国资部门负责。而对于具体的国有资本经营预算资金的收支结算，则适合纳入到财政收支管理体系中来进行规范管理，相应的责权部门就是财政部门。在审计监督环节，按照我国目前的财政监督和财政审计权责设置，事中监督是包含在财政监督（内部监督）体系之中，由财政部门内设的监查机构对预算资金管理进行监控和核查。而事后监督（外部监督）则主要由国家审计机构具体负责，按照我国相关法律规定，审计机关对本级各部门（含直属单位）和下级政府预算的执行情况和决算以及其他财政收支情况，进行审计监督，也应当对国有企业的资产、负债、损益进行审计监督。因此，无论从政府预算体系的角度还是从国有企业收入的角度，国家审计机关都应当负责国有资本经营预算资金管理的审计监督工作。当然，监督不仅仅包含事后监督，审计部门根据实际需要也可以采取随机审计的方式介入到事中监督。