韩愈因上《论佛骨表》触犯龙颜，被贬为潮州刺史。他历时近百天，行程八千里，历尽艰辛，到达潮州。
唐代的潮州，是名副其实的边、穷地区，但那时政府没有优惠政策扶持，百姓日子过得相当艰难。韩愈在潮州，勤于政事，忠于职守，不敢以州小地僻而疏忽，也不敢以自己年老体弱而怠惰。他不摆朝廷大员的官架子，一上任，即面询百姓疾苦，关注农业生产，兴修水利，去害除弊，安定百姓生活。潮州北门的“北门堤”即是“自唐韩文公筑”。潮州天灾频繁，韩愈曾先后写下五篇“祭神文”，为百姓祈祷求福。当然，这并非韩愈迷信。其实韩愈对“神”的态度也与孔子大同，即“敬鬼神而远之”。不信其有，也不强辩其无，加上岭南一带有崇敬鬼神的习俗，又淫祀（随便祭祀各种神），遇有灾异，必有祭祀。而地方长官能否亲自参与祭神，乃是百姓判断他是否关心百姓、忠于职守的重要标志，所以韩愈也只好入乡随俗。而特别值得一说的，是韩愈在潮州还进行了一场祭祀鳄鱼的活动。
据《旧唐书·韩愈传》载：“愈至潮阳，既视事，询吏民疾苦，皆曰：郡西湫水有鳄鱼，卵而化，长数丈，食民畜产将尽，以是民贫。”鳄鱼为害一方，百姓因此贫困，理应除之。于是韩愈便顺应民意，并依照当地的风俗，写下了一篇《祭鳄鱼文》，举行了一次祭鳄鱼活动。祭文开头就郑重其事地向鳄鱼讲了一通大道理：“今天子嗣唐位，神圣慈武，四海之外，六合之内，皆抚而有之。”既然天子圣明，天下太平，鳄鱼就不该兴风作浪。接着就历数鳄鱼的罪状：“悍然不安溪潭，据处食民畜熊豕鹿獐以肥其身，以种其子孙，与刺史亢拒（抗拒）争为长雄。”再接着就是劝鳄鱼离开：“鳄鱼有知，其听刺史言，潮之州，大海在其南，鯨鹏之大，虾蟹之细，无不容归，以生以食。鳄鱼朝发而夕至矣。”就是说，大海离此不远，那里有的是生存空间，请你们听刺史的话，到那里去安家。文章的最后就是下逐客令了：
“今与鳄鱼约：尽三日，其率丑类（领着同伙），南徙于海，以避天子之命吏（朝廷命官）。三日不能，至五日；五日不能，至七日；七日不能，是终不肯徙也，是不有刺史、听其言也。不然，则是鳄鱼冥顽不灵，刺史虽有言，不闻不知也。夫傲天子之命吏，不听其言，不徙以避之，与冥顽不灵而为民物害者，皆可杀。刺史则选材枝吏民，操强弓毒矢，以与鳄鱼从事（周周旋，斗争），必尽杀乃止。其无悔！”义正词严，气势凌厉，显然是一篇讨伐鳄鱼的檄文。
而据《旧唐书》本传载：“居数日，愈往视之，令判官秦济炮一豚一羊，投之湫水，咒之……咒之夕，有暴风雷起于湫中。数日，湫水尽涸。徙于旧湫西六十里。自是潮人无鳄患。”
这颇有几分滑稽之感的祭文，这颇带诡异色彩的祭鳄效果，颇为后人所乐道，也时遭人们责难，如王安石就批评韩愈“诡怪以疑民”。其实，这种带迷信色彩的传说可能始于民间，如晚唐张读的《宣室志》卷四“韩愈驱鳄”条就说：“命廷椽（幕僚）以牢醴（祭品）陈于湫之旁，且祝曰……是夕，郡西有风暴雷，声振山郭，夜分霁（天晴）焉。明日，里民视其湫，水已尽。公命使穷其迹，至湫西六十里易地为湫。巨鳄亦随而徙焉。”《旧唐书》大概是采纳了这些传说，可见不是韩愈“诡怪以疑民”，用迷信手段自神，去糊弄老百姓，而是民间出于对韩愈的敬意编出来的故事。
韩愈既不信鬼神，当然也就不会指望写一篇祭文，举行个仪式，鳄鱼就会逃走。真正把鳄鱼驱赶走的，恐怕还是他“硬”的一手，即《祭鳄鱼文》中所说：“选材枝吏民，操强弓毒矢，以与鳄鱼从事”，此外，他筑北门堤，将溪水断绝，恐怕也有一定的作用。
我们揭开“祭祀”的面纱，明了民间带神话色彩的传说，就不难看到这场“滑稽戏”的真相：韩愈出于刺史的职责，出于为民除害的动机，采取有效措施，组织民众，一举消除鳄鱼为患，造福一方。而他所写的这篇《祭鳄鱼文》，大笔濡染，突破程式，文字矫激，情真气盛，不愧为千古传诵之名作。