在常用的中草药中，绝大多数无明显的毒性及副作用，但也不是没有不良反应。因此，服中药也应当注意安全。
1.注意药物的毒性 有些中草药有一定的毒性，有的甚至有剧毒，如水银、红砒石、白砒石、斑蝥等。一些生药的毒性也比较大，如生附子、生川乌、生草乌、巴豆、马钱子等。这些药物经过炮制毒性虽可大大降低，但药量过大时仍可出现副作用，甚至中毒或死亡。
2.注意药物的副作用 还有一些中草药有副作用，尤其是服药量大、用药时间长及敏感体质者更易发生。如甘草可能出现低钾血症、血压上升、浮肿等；人参可引起不眠、高血压、浮肿、鼻出血、软便；黄连、桔梗、川芎、石膏、当归等可引起胃部不适、食欲下降等；细辛可引起出汗、恶心、呕吐、不安、面红、颈强、呼吸紧迫等；萝芙木引起口干、鼻塞、头昏、嗜睡、心跳减慢、腹胀等；桃仁、牡丹皮、红花、牛膝，巴豆、大戟、水蛭、虻虫等可引起孕妇流产。中药汤剂也能引起副作用，如黄连解毒汤、温清饮、桔梗汤、五虎汤、四物汤、小青龙汤、当归芍药散、麻杏石甘汤等可引起胃部不适、食欲下降的副作用；三物黄芩汤、柴胡清甘汤、八味地黄丸、六味汤等可引起下利、腹痛的副作用。
3.注意药物的过敏反应 有的中药可引起过敏反应，如银翘解毒丸服药后两小时左右，可出现胸闷、心慌、头晕、恶心、呕吐、浑身发痒、出风疙瘩，严重者可发生过敏性休克、血压下降、面色苍白、四肢发凉、冷汗淋漓、神志恍惚等。
4.注意药物的配伍 中药的配伍使用也很重要，有的药物配合一起使用可降低毒性及副作用，如白虎汤中的石膏、知母苦寒伤脾胃，加一匙粳米，则可减少副作用；十枣汤中的大枣可制约大戟、甘遂、芫花的毒性；生姜可制约生半夏、生南星的毒性等等，特别应该注意的是中药有十八反，不能放在一起服用。
5.注意药物不良反应 自1998年起，北京、上海、南京等地的一些大医院陆续收治因服中成药而患肾病的患者，其中以服用龙胆泻肝丸者为多。龙胆泻肝丸用于治疗肝胆湿热所致头晕目赤、耳鸣耳聋、胁痛口苦，以及由此所致的湿热带下、痤疮等病症，疗效显著，已有几百年的历史，且很少发生不良反应。经调查发现，龙胆泻肝丸中使用的中药木通是东北马兜铃的干燥藤茎，味苦、性寒、有毒性，其茎叶含马兜铃酸，对肾脏有较强毒性，可损害肾小管功能，导致肾衰竭，叫马兜铃酸肾病。目前，国家中医药管理局及药品监督管理局已决定禁止使用关木通，并将龙胆泻肝丸归为处方药。另外，据知含有马兜铃酸的药用植物还有细辛、青木香、马兜铃等。
总之，中药也有一定的毒性和副作用，服用时亦需遵医嘱，谨慎为宜。