抗菌素是临床上使用较多的一类药物，也是产生不良反应最多的一类药品，为了合理应用，在用这类药品治病时，应注意以下问题。
1.要严格掌握适应症任何一种抗菌素都有相应的抗菌谱，应根据抗菌谱选用相应的抗菌素。如呼吸道感染性疾病多为对青霉素类药敏感的球菌所致，对此应首选青霉素类药或头孢菌素类药，如对以上药物过敏时，可选红霉素类药。对于发病原因不明的病例，不要轻易使用抗菌素。抗菌素对病毒无效，凡因病毒引起的疾病如感冒、流感、麻疹、流行性腮腺炎、肝炎等，应用抗菌素无效。
2.要正确应用 所谓正确应用，就是在感染的特定部位能达到有效浓度，并可维持一定的时间。如阿莫西林每日给药1次达不到有效治疗目的，应采用间隙冲击法给药，即每6小时服药1次，这样才能使药物在血内保持有效治疗的浓度。任何抗菌素都应按疗程应用，最短疗程也在3～4日，否则不能巩固治疗成果，反而会使感染灶复发，并还可造成细菌的抗药性，给治疗带来更多的困难。
3.要注意抗菌素的不良反应 任何一种抗菌素都有不同程度的不良反应，如过敏反应、药疹、药热、胃肠道反应等。为预防发生过敏反应，应用前先询问有无药物过敏史，对青霉素、链霉素这类常易造成过敏性休克的药物，用前应先做皮试，并严格掌握判定皮试阳性的标准。氨基糖苷类抗菌素如庆大霉素等，常可对听神经产生损害，因此在应用这类抗菌素时，一旦出现耳鸣，应立即停药，改用其他抗菌素。还有些抗菌素对肾脏、血液产生不良反应，这都需要在用药过程中进行密切观察，以防受害。对于孕妇和乳母在应用抗菌素时，除以上常见的不良反应外，还应注意某些抗菌素对胎儿和乳儿的不良反应。
4.要严格掌握抗菌素联合应用指征 二联或三联应用抗菌素有严格要求，对混合感染或不明原因的重要感染才可使用，切不可因治病心切而滥用。
5.不要滥用抗菌素 抗菌素有杀灭和抑制细菌等致病微生物生长、繁殖的作用，故对一些细菌感染性疾病有一定疗效。然而，每一种抗菌素都有一定的抗菌范围，即一种抗菌素只是对某类细菌杀灭作用较强，而对其他细菌效果不佳，尤其是对病毒感染无效，即使是广谱抗菌素也不能杀灭所有细菌及病毒等。因此，一遇有发烧便认为是细菌感染，就一定使用抗菌素来治疗，有时一种抗菌素效果不好就使用两种或多种抗菌素的做法是错误的，那样做的结果是病未治好，有时还引起其他疾病。
使用抗菌素引起其他疾病有几种情况，一是抗菌素本身既可治病，也可致病，因为没有一种抗菌素绝对安全而无任何副作用。比如链霉素、卡那霉素、庆大霉素、新霉素等能毒害听神经可引起耳聋；磺胺类药物、庆大霉素、卡那霉素等可损害肾脏，引起蛋白尿、血尿和肾功能减退；氯霉素引起白细胞减少和恶性贫血；雷米封、氨基水杨酸钠、利福平等可损害肝脏；青霉素、链霉素可引起过敏性休克等。二是滥用抗菌素以后，大量杀灭了体内正常存在的细菌，而使另外的一些细菌乘机侵入引起严重疾病，如大量使用氯霉素、四环素等可引起伪膜性肠炎。三是滥用抗菌素后细菌容易产生抗药性，使抗菌素失去作用。