（一）区域合作与协调的理论基础
李立华认为可以将区域间的乘数效应作为理论出发点，从而为区域合作中的协调机制提供有效的衡量标准。当前，我国四种主要的区域合作协调发展机制均存在一定的缺陷：东中西合作机制缺乏不同地区间的产业规划、转移和对接等问题，导致中西部地区资源优势并没有转化为现实的经济增长；培育增长极机制在促进经济发展的同时却加剧了地区差距；区域协调机构、协调机制因忽视了地区利益而往往流于形式；梯度机制、开放机制因忽视地区差异而没有形成适当的区域联动发展机制。而区域乘数理论则表明，区域的经济发展应增加输出产品的生产，并提高这种产品竞争力，以此开拓、占领越来越广泛的市场，此外，如果收入的其余部分用来扩大输出基础和非输出基础的生产，那么它的最终收入会以乘数效应增长，即输出及其收入对区域经济增值的大小，取决于输出产品的输出净收入和区域经济的结构机制。可见，我们可以利用区域乘数效应提高所有区域发展的总体效应，区域协调发展机制设计必须是能够对所有区域的总体效应呈现正的状态，从而实现区域发展的增长目标、稳定目标和平衡目标。
（二）区域合作与协调的现实基础
仅有理论的证明是不够的，基于对理论的梳理，潘文卿等测算了我国沿海与内陆地区经济的区域内乘数效应、区域间溢出效应和区域间反馈效应。总体来看，与内陆地区相比，由于沿海地区内部产业间的关联性强于内陆地区，沿海地区有着较强的区域内联系，经济合作的成效最为显著。从区域间的溢出效应看，内陆地区对沿海区的外溢效应高于沿海地区对内陆地区的外溢效应。进而，从区域间的反馈效应来看，内陆地区低于沿海地区，这说明内陆地区的发展极大推动了沿海地区的发展，而沿海地区的发展尚未充分拉动内陆地区的发展，所以这些地区目前仍以自身独立发展为主，与沿海地区的合作动力不足。来自17个不同产业的实证研究表明，产业关联度较低可能是出现这种状况的主要原因，所以解决产业关联度就是解决这一问题的核心。可以考虑从提高内陆地区的产品工艺水平与性能、提高内陆向沿海的交通运输能力、降低运输成本等方面入手。
陈安平则研究了区域经济的互动关系，深入挖掘了区域合作的现实基础。研究首先把全国分为南部沿海、东部沿海、北部沿海、东北、长江中游、黄河中游、西南和西北等八大区，然后以八个区域的产出为变量建立向量自回归VAR模型研究区域经济的互动关系。来自格兰杰因果检验和脉冲响应函数的分析表明，东部沿海、北部沿海、长江中游、黄河中游和西南地区的经济增长产生明显的溢出效应，东北、西北和南部沿海地区的产出增加对其他区域的带动作用不大。因此，促进“长三角”和沿江地区、黄河中游以及京、津、唐地区的经济增长，有利于全国总体经济；推动西北、东北和“珠三角”的发展，仅对这些地区自身有利。
（三）区域合作与协调面临的困境和出路
1.区域合作面临的困境
卓凯等认为，区域合作面临两个根本性的难题：第一，如何跨越现有行政区划的体制性障碍；第二，如何解决不同发展水平的成员参与合作的激励问题。与此相似的是，严汉平等也认为，区域合作道路并非一帆风顺，面临着诸多的困境。具体而言，有四个方面：第一，发展目标一致性与各个区域约束条件差异性的困境，这是区域发展面临的前提约束条件；第二，国家目标与地区目标差异性的困境，不同地区有不同的发展目标，而国家的目标是发展总体经济，二者势必存在分歧；第三，整体发展与区域协调发展战略选择差异性的困境，我国各地区改革的初始条件不同，发展初期从国家获得的支持也不同，从而导致了显著的地区差距，而我国与发达国家也存在着显著差异，所以面临着缩小国内、国际差距的双重任务，二者的发展战略必然存在差异；第四，发展战略多元化从而导致发展重点模糊性的困境，我国实施了西部大开发、东北振兴、中部崛起、东部率先发展的多元化发展战略，然而却导致了发展重点模糊，不利于区域协调与合作。
2.走出困境的制度建设
由于欧盟各加盟国与我国各省区都可以视为一个利益主体，卓凯等认为，为解决我国区域合作中两个体制性难题，可以从欧盟的“跨界治理体系”中寻找一个供参考的政策方案，这有利于构建区域合作的制度基础，健全区域协调互动机制。从欧盟的经验来看，区域合作中，必须构建一个类似于“欧共体”或“欧盟”的“特殊政体”，该政体是超越行政区划的组织机构，它的权力边界必须要超越单一行政区的权力边界，以协调和解决区域合作中跨行政边界的各种难题。这是一种全新的权力再分配模式，有助于提高区域合作的效率和政策的执行力。为了避免区域发展中发生“短板现象”——即个别地区发展缓慢影响了总体经济的发展，区域合作的法律工作必须先行，法治既可以约束政府，限制政府对经济的肆意干预，又可以约束经济人，通过界定和保护产权，使经济主体有序竞争，并通过维护市场环境，促进经济良性发展。可喜的是，目前我国“泛珠三角合作”已初步确立了在各省、区轮流召开行政首长联席会的制度。然而，这仅是一个基于友情或道义的协商会，它无法执行政策制定、执行和监督的职能，对协商结果的执行也没有强制约束力，因而仅有行政首长联席会议还不能构成一个科学的和有效的合作组织体系。严汉平等则进一步细化了操作措施：首先，积极发挥中央政府的作用，用软约束替代硬约束，即把制度创新放在第一位；其次，建立健全区域协调互动机制，包括市场机制、合作机制、互动机制和扶持机制，全方面加强区域间的经济联系和社会联系；再次，依据资源禀赋，明确不同区域的功能定位，在共同建设经济的同时充分利用各地区自身的比较优势，发展特色的区域发展模式；最后，把东部率先发展作为重要基础，把西部大开发作为突破口，因为东部地区加快发展有利于增强国力，更好支持中西部地区的发展，而西部地区发展滞后，影响了全面建设小康社会的步伐，只有加大力度建设西部，才能实现各地区的协调统一和快速发展。
（四）区域合作与协调中的经济一体化问题
衡量区域合作成效的一个重要指标就是区域一体化的发展程度。
1.经济一体化程度加深
基于购买力平价（Purchasing Power Parity，简称PPP）的视角，鄂永健提出地区间价格水平差距及其持续时间长短是衡量国内市场一体化程度的标志，如果价格水平差距是暂时的、持续时间短，则说明中国市场一体化程度高。研究以商品零售价格指数和居民消费价格指数来衡量中国地区间的价格水平差距，并使用面板数据的单位根检验方法对该差距的收敛性进行经验研究。实证分析表明，自1978年改革开放以来，我国各地区间的价格水平差别呈现从发散到收敛、且收敛速度逐渐加快的趋势，这说明市场整合状况越来越好，市场一体化程度越来越高。
2.经济一体化程度呈现出区域差异
与上述结论并不完全相同的是，徐勇等指出经济一体化程度呈现出区域差异。他们认为市场一体化与商业周期的联系是互为因果的关系，与地区贸易流、地区价格差一样，可以用商业周期的地区同步性反映区际市场的一体化程度。研究分别利用距离、规模、樊纲指数、经济结构和贸易密度等作为解释变量对我国跨省份商业周期的同步性进行解释，实证结论显示，我国区域一体化进程呈现出区域差异，尤其是东西部之间可能存在一道明显的“区域分界线”，阻碍了大区域间的经济联系。
3.阻碍经济一体化的原因解析
张毓峰等从劳动空间分工不足的角度对区域一体化发展存在的诸多问题进行了解释，认为深层原因在于市场、组织和政府三种社会协调机制的缺陷，城市区域的非一体化发展问题主要根源在于非一体化制度。从劳动空间分工的市场协调机制来看，我国城市区域内一体化市场制度尚未能成为现实的制度安排。中国的体制改革是从产权制度改革开始的，市场体制改革相对滞后，而地方政府往往为了本区域的利益而制定倾向于本地区经济发展的政策，导致了现实的市场分割。从劳动空间分工的组织协调机制来看，中国城市区域内企业基于利润目标进行跨地区空间组织的自由程度还受到诸多限制。国有企业改革后，中央政府仍保留了少数的特殊企业，对地方国有企业重点进行股份制改造，由于“一股独大”的问题没有得到彻底解决，所以地方政府仍是这些企业的实际控制者。这一方面使得地方国有企业要进行异地投资开办公司或异地采购中间产品等行为会受到地方政府的阻碍；另一方面导致地方国有企业与民营企业之间、地方国有企业与地方国有企业之间要进行兼并和收购等战略性行为困难重重。