麦迪逊总统遭遇的危机是这样的，在美国内阁中，国务卿和财政部长是两个非常重要的职位，这两个职位的人也经常因为职权或者政见不同而发生一些矛盾。财长和国务卿不和本来在其他任内阁中也常常出现，但麦迪逊内阁中的财政部长加勒廷与国务卿史密斯的矛盾非常激烈，一度让麦迪逊内阁处于危机之中。
不仅在内阁中，其实民主共和党内也出现了反对麦迪逊的声音，这些反对者不停对麦迪逊进行各种攻击。
这个时候，在竞选中败给麦迪逊的门罗站了出来，他利用弗吉尼亚州州长的身份和在民主共和党内的影响，呼吁党内停止对麦迪逊总统的攻击。此外，已经退休的前总统杰斐逊也主动出面，调解麦迪逊和门罗的关系。有此原因，麦迪逊和门罗的关系得以缓和。
这个时候，财政部长加勒廷与国务卿史密斯关系闹的非常僵，加勒廷直接向麦迪逊表示，如果史密斯继续担任国务卿，他将辞职。于是，麦迪逊解除了史密斯的国务卿一职，而让门罗接任。
当时，美国正遇到一个外交难题，那就是与英国的关系问题。1783年英国虽然承认美国独立，但英国对美国的各种压榨并没有停止，它一直竭力想破坏美国日益增强的经济地位，并强行招募美国商船上的水手，排挤美国的海上贸易。
国务卿就是主管外交的，所以门罗上任之初，就遇到了这个大难题。上任伊始，门罗试图通过外交努力来化解这个矛盾，但很快，他就发现英美矛盾积怨很深，和谈不仅不能解决问题，还可能因为违背美国民意，而给麦迪逊总统带来巨大危机。
于是，门罗这个军人出身的国务卿迅速成为了一名鹰派，他明确建议麦迪逊总统通过战争来解决英美关系，这也就导致了1812年英美战争的爆发。
战争之初，美军在战事上不断失利，这给了军人出身的门罗一个表现的机会。1814年英军在马里兰州西海岸登陆，门罗亲率一支侦察部队前往该地区。在得知英军即将挺进华盛顿后，门罗立即命令将国务院所有的文件资料，包括《独立宣言》，全部转移到了弗吉尼亚一个安全的地方。
英军撤离华盛顿后，麦迪逊总统任命门罗为陆军部长兼特区军事指挥官。在对英作战的那段艰难岁月，门罗身兼重任，他正确地运用战略战术，选贤任能，扩充军队，并设法重新鼓舞起将士们的士气。
英美战局很快发生了根本转变，美军迅速走向胜利。许多人都把形势的根本好转归功于门罗的力挽狂澜。
麦迪逊的总统任期即将结束，这一次威望依然很高的前总统杰斐逊公开表示支持门罗担任下一任总统，而现任总统麦迪逊也支持门罗成为自己接班人。有了这两位总统的支持，门罗赢得总统大选的可能性大大增加。此外，因为有英美战争中的表现，年轻的美国民众都非常钦佩门罗。
但这一次门罗也遇到了一个不小的麻烦，那就是他的出生地，即弗吉尼亚。从杰斐逊开始，已经有两任四届总统都是来自弗吉尼亚州，外人把他们的执政称为是“弗吉尼亚王朝”。如果门罗再当选，这个“王朝”还会再继续下去，这让很多地方，尤其影响很大的纽约民众非常不满。
于是，那些不希望“弗吉尼亚王朝”继续下去的民众，支持佐治亚州的威廉·克劳福德成为党内总统候选人。
虽然拥有众多的民众支持，但这个克劳福德却没有公开宣布自己是总统候选人。这不是因为他不想当总统，而是因为他担心一旦败给门罗，以后很可能会失去在门罗的内阁内任高级职务的机会。
尽管克劳福德前怕狼后怕虎，但部分民众依然铁了心地支持他成为民主共和党的总统候选人。在民主共和党的核心会议上，克劳福德赢得了54票，而门罗则赢得了65票，这样一来，门罗就成为了民主共和党的总统候选人。
经过英美战争之后，亲英的联邦党已经日薄西山，门罗赢得民主共和党的选举，实际上也就是赢得了美国总统选举。在当年底进行的总统大选中，门罗以183票对34票的成绩，轻松击败了联邦党的总统候选人，成为下一任美国总统。