1950年，蒋介石在台湾自我“加冕”，恢复了“中华民国总统”职务。毛人凤也重新当上了保密局局长。他以为，虽然在南京和重庆的时候，他总要受制于人，如今到了台湾，总算应该苦尽甘来，让他可以舒舒服服地在情报系统的第一把交椅上终老了。只是计划总赶不上变化，就在他自鸣得意的时候，却没有意料到自己正要面对一个实力超强的对手——“太子”蒋经国。
败退台湾后，国民党残余势力面临着几乎失控的社会秩序，强大而有效的特务机关对于他们稳定局面十分重要。1950年3月，蒋介石任命蒋经国为“国防部总政治部主任”，兼任特设的“总统府机要室资料组主任”。蒋经国的官衔虽不高，权力却超越三军将领。它既可以命令“台湾保安司令部”等相关部门执行具体命令，又可以通过对情报特务机关人事任免的备案，掌握全岛特务名单，说它是台湾情报机关的决策指挥机构也毫不夸张。
蒋经国上台之后，面临的就是台湾情报系统已经存在的两股势力：其一是台湾原先最大的情报单位——保安处，它是沿袭日占时期驻军司令部特务机关和抗战时期的“战区第二处”的编制而设立的；其二是以大陆过来的中统和军统系统为班底的保密局。这两股势力的头子分别为彭孟缉和毛人凤。
蒋介石和蒋经国都明白，要整合台湾的情报系统，必须先搬掉这两块石头。为了能让蒋经国尽快上位，蒋介石首先亲自出手劝退了中统的陈立夫，其后授意蒋经国多次在公开场合宣称：“军统、中统两大特工组织合为一家，严加整肃，统一运筹。”
看到蒋经国亲自出马，彭孟缉不敢托大了。一方面，彭孟缉只是一个“台湾省保安中将司令”，当时台湾岛“将星如云”，“上将”、“中将”一抓一大把，所以毫不起眼；另一方面，彭孟缉一直供职于军队，在情报系统没有什么家底，当初，蒋介石也是希望对毛人凤有所制约才将他安插进情报系统的。现在有个更大的官压阵，他当然就要把位子让出来。所以，彭孟缉是完全按“太子”眼色行事，不敢有半点出轨。
但是毛人凤却沉不住气了。谁愿意在春夏辛苦耕耘后，到秋天任他人摘取自己的劳动果实？也许是到了一定年纪，自诩也算是“功臣”了，毛人凤一反常态，自恃有蒋介石做靠山，居然在国民党的中常委会上声称：“情报工作是很专业的东西，不能让外行来领导内行。戴老板生前就说过，军统是10万人的大家庭。要管理好可不容易啊！”这些话当然传到了蒋经国的耳中。
但是蒋经国并不急于反攻。此时他信心满满，正在编织自己的大好前程。在他看来，毛人凤再闹腾，也只是一只秋后的蚂蚱，得意不了几天。有老爸蒋介石撑腰，将来保密局总归是自己的囊中之物。可是很快他就发现，毛人凤对他不仅只是口头的不满，更是处心积虑地在挖陷阱，想要让他身败名裂。
那是发生在1952年美国大选之年的事情。蒋介石希望亲台的共和党能在大选中获胜，便一边暗中向共和党提供竞选经费，一边积极提供不利于民主党政府的“炮弹”。这些勾当，由蒋经国特使毛邦初直接掌管。
毛邦初是蒋经国的表兄弟，因此官运亨通，其时正以空军副总司令的身份驻美，表面上负责购买飞机、油料，实则主持院外游说。毛邦初的办公室有一部直通蒋经国的电台，定期向蒋经国汇报院外游说的进展情况。当时李宗仁也在美国，李、蒋明争暗斗了几十年，积怨甚深。此届美国大选，两人又唱开了对台戏——蒋支持共和党，李则支持民主党。
毛邦初驻美的真实使命，民主党心知肚明，便要李宗仁帮助，把共和党的这个帮手给挖过来。李欣然应允，频频约毛邦初吃饭聊天。毛大大咧咧，从不推辞，全然不知他的身边就有保密局特务，他和李宗仁的所有交往都被记录在案。
不久又发生一个变故：共和党议员诺兰访台，向蒋介石提出一个要求：代为主持台湾空军在美军购。诺兰是国会议员中的亲蒋骨干，蒋介石哪敢冒犯，当即应承下来，指示毛邦初向诺兰移交权力。在美军购可是台湾的一桩肥得流油的大买卖，毛邦初起初不肯撒手，但抗拒“君命”会有什么后果，他也想象得到。
1951年7月，台湾当局急需要4.8万桶的航空汽油付款，却发现毛邦初经手的空军购料款项短少150万美元，台北方面开始调查。8月，国民党当局开始对毛邦初起疑，遂命令毛邦初将采购军机的款项转移给诺兰办理。至此，毛邦初公开抗命，声称他的空军副总司令兼驻美采购代表一职，是由李宗仁代总统任命的，由于李宗仁尚在美国滞留，所以他不接受来自蒋介石的“伪命”，同时把他所保管的包括空军购料外汇以及中国银行外汇全部提走，总数将近5000万美金，并且远走高飞，跑到墨西哥隐居起来。并且一不做二不休，潜逃之前把台湾如何在美国搞院外游说，如何收买共和党议员，以及诺兰等如何向老蒋提供政治情报等内幕一股脑儿给端了出来。传媒大哗，民主党趁势发起反击，提议组建专门机构，就台湾当局是否利用美国的援台专款在国会游说一事进行调查，参议院就此还形成了决议。
毛邦初事件，是蒋经国对美“统战工作”的一个重大败笔。幸灾乐祸的毛人凤赶紧把关于毛邦初事件的详细情报送到蒋介石案头，期望蒋介石能据此查办蒋经国。蒋介石虽然没有如毛人凤所期待的那样真的查办，但还是把蒋经国给扎扎实实地教训了一通，弄得蒋经国好长一段时间抬不起头来。
这件事激起了蒋经国的斗志，他决心要给毛人凤点厉害看看。这时，毛人凤的宿敌，国民党情报老手郑介民向蒋经国献了一计：开办训练班，召训新生及复训保密、内调两局现有干部；在此基础上，将两局人员混编，以打破两局长期以来的半敌对状态，建立现代谍报体制，结束私人割据的局面。
这是对谍报系统的根本改革，也是对毛氏的“独立王国”的根本动摇，非同小可，蒋经国不敢擅自拍板，必须蒋介石点头。而要蒋介石点头，并不是一件容易的事。恰巧这时发生了杜长城案，才使蒋介石不得不认可蒋经国的决策。
杜长城是国民党内一个知名人士，曾在四平战役中立有“战功”。国民党逃离大陆时，杜任国民党“国防部”技术总队队长，负责破坏各种设施，阻滞解放军前进；抵台初期，在“保卫大台湾”的口号下，技术总队又设计出在海水中遇敌自动升起爆炸的多种诡雷，备受毛人凤赞赏。毛人凤有意提携杜长城，想进一步委以重任。
杜长城却非常贪心，当时正值陈诚以解放军渡海作战为假设，在台湾海峡搞了几次“海上大爆破”的军事演习，杜长城利用这个机会，乱造预算，贪污了不少黄金，其中一部分送到毛公馆，孝敬了毛夫人向影心。
在毛人凤纵容下，杜长城还竟然异想天开，打算绑架蒋经国。谁知内情被蒋经国侦知，杜长城和他的亲信多人被捕。军法单位对如此大案不敢审决，将全部涉案名单上呈蒋介石。蒋介石一怒之下，用红笔在呈文正面的名单上打个括号，批示“一律枪决”。杜长城及涉案的另一个毛氏亲信胡凌影没能逃过此劫，成了蒋经国的枪下鬼。
毛人凤一下子损失了两员大将，已经是内里空虚。而工于心计的蒋经国还是不露声色，采取挖墙脚的办法，来了个釜底抽薪。他将保密局二处处长叶翔之拉拢过来，委以重任。这样一来，保密局内的众骨干也纷纷“跳槽”。众叛亲离后，毛人凤就只剩个光杆局长。
但毛人凤也不是省油的灯。他得知蒋经国的行动后，一不做二不休，以蒋介石提倡的“整肃纪律”为由，将叶翔之收受贿赂170根金条的罪证搜齐后，准备亲自呈报给蒋介石。
叶翔之慌了神，哭哭啼啼地找到蒋经国。蒋经国一惊，忙安慰道：“叶处长不用担心，总统那里我去说。这样吧，你来我这里，担任大陆工作处处长。”旋即，他亲自赶往蒋介石处，称：“保密局有个高级特工叶翔之，由于家庭生活困难，收了一点礼，毛人凤便要严办他。我觉得此人是个人才，过去在大陆完成了许多重要任务，又是初犯，且已经退了贿礼，能不能网开一面，让他戴罪立功？”
蒋介石本来就想栽培儿子，今见蒋经国亲自说项，更认定叶翔之可以重用，当即便同意蒋经国的请求。不曾料到，蒋经国手握尚方宝剑前脚刚走，毛人凤随后便把叶翔之的材料送来了。
蒋介石看完材料后却大为生气：“你们到底怎么搞的？叶翔之明明是一个好官员，为什么非要整他？”
毛人凤哪敢置辩，灰溜溜地走了。他再一次领教了蒋经国的厉害，终于明白他自己是斗不过蒋经国的。他有点绝望了。
心灰意冷的毛人凤突然想到了宋美龄。自从“打虎”事件后，宋美龄和蒋经国因为权力之争，已渐生龃龉。她知道蒋经国上台，对宋家人十分不利。而毛人凤的特务系统好歹是一个独立存在的势力，有他存在，多少可以牵制蒋经国的行动。所以宋美龄答应了毛人凤的请求，替他在蒋介石面前说了好话。经过宋美龄的调解，蒋经国总算收回了要搞垮保密局的打算。然而，他和毛人凤却一直保持着紧张的关系。
1954年，蒋介石再次改革情报系统，一方面设立以郑介民为局长的“国家安全局”，撤掉“总统府机要室资料组”，该局直属于蒋经国任副秘书长的“国防安全会议”，由于主席和秘书长都是兼职，蒋经国成为“国家安全局”的实际领导者；另一方面以原保密局为班底分别设立仿照美国“中央情报局”（CIA）模式的“国防部情报局”和仿照美国“联邦调查局”（FBI）模式的“司法行政部调查局”。
此外，像宪兵部队、大陆工作会、海外工作会、驻外武官处等情报机构均定期向“总政治部”及“国家安全会议”报告，接受督导。至此，蒋经国成为全岛超过5万特工人员的“共主”。蒋经国掌握的情报系统，严格执行蒋介石“保密防谍”的旨意，延续了1949年5月以来的“非常戒严”气氛，甚至有过之而无不及。
毛人凤侥幸逃过了被清洗的劫难，却再也无力挽救老牌军统的衰败之势了。蒋经国取代了他成为了台湾的“特工王”。