早在8月14日，龙云在香港接见记者时，就已经表明自己与蒋介石决裂的态度，同时宣布“云南起义”。香港各大报立即以大字标题刊登了“龙云策动云南正式起义”的消息。这条消息冲击了卢汉，也震动了国民党当局。国民党行政院长阎锡山主张即以武力解决云南问题，代总统李宗仁下令指派桂系部队入滇震慑。蒋介石则恐云南落入桂系之手，于8月24日由台湾飞重庆，迭电召卢汉赴重庆。
卢汉担心这次前去就被蒋介石扣留，于是称病不去，一拖再拖。蒋介石特意派侍从室主任俞济时飞昆明，坐催卢汉赴渝，面商“国家安危”。再由西南军政长官公署军政长官张群给卢汉打电话，扬言“中央”将派两个军、60架飞机解决云南问题，如果卢汉不到，后果不堪设想；如果卢汉到重庆，将由张群保证其安全。
在形势的逼迫下，卢汉无奈，于9月6日飞重庆。临行前，卢汉对龙泽汇、安恩溥等心腹人说：“我这次去重庆，吉凶难卜，万一被扣，你们就打电报来要求放人。要求不准，你们就插起红旗，通电起义，不要管我。我走后，军事由龙泽汇负责，政务由安恩溥负责。”看到卢汉心意已决，他的亲信们也就同心协力。卢汉走后，昆明城实行宵禁，部队官兵停止休假外出，高级军政人员集中到昆明五华山省政府内办公。昆明气氛紧张，箭在弦上。
卢汉做好了被捕的准备，一到重庆，即向蒋介石提出辞职。但他没想到蒋介石对他却十分热情，一再表示会全力帮助卢汉解决困难，并且愿意云南问题交给卢汉全权处理，还准许他把保安团扩编为两个军，军费拨发现银100万元，武器、弹药装备陆续补充。然而作为条件，蒋向卢提出三条：一是取消云南省参议会，二是逮捕100多人（附有名单），三是要封几个报馆和学校。
卢汉考虑到如果此时起义，条件尚不成熟，因而答应了蒋介石的要求。
9月8日下午，卢汉回到昆明，暗示共产党人迅速转移。9月9日，在昆明实行大逮捕，由特务头子、军统西南特区区长徐远举率领数十人执行任务，共逮捕数百人之多。经过审讯后，准备枪决的有100多人，其余大多判处3年至20年不等的徒刑。这就是“九九整肃”事件。
军统特务、保密局长毛人凤企图借刀杀人，嫁祸卢汉，乃将处理人员的名单报送卢汉要他立即批准。他连夜驱车驶向卢公馆，向卢汉说：“卢主席，九九整肃的400多名共产党不能再留了，卢主席应该趁热打铁才对。”
“毛局长的意思？”
毛人凤用右手做了砍脖子的姿势。卢汉道：“毛局长，这恐怕做不到，人命关天啊！”
毛人凤道：“你不是答应委员长要制裁吗？”
“哈、哈……”卢汉大笑几声说：“毛局长，我答应对他们进行制裁，并不是要杀他们啊，而且这批人关在监狱中，失去人身自由，这本身也是一种制裁嘛。”
毛人凤在心里骂了一声“他妈的”，表面上却十分镇静：“卢主席是云南省的父母官，生杀大权的事情，当然是卢主席决定。但是委员长的命令也是……”
卢汉叫道：“这我当然有主意，毛局长，你看时间不早了，我内人要休息了。”
毛人凤双目炯炯地盯着卢汉，心中已经起了杀机。
徐远举听说毛人凤要杀卢汉，立即说道：“毛局长，这卢汉可是云南王啊！”
毛人凤怪笑道：“卢汉是云南王，但沈站长的枪法也是很准的！卢汉和沈醉都不是好东西，让他俩火拼好了，我们把这边安排好，抽身去台湾。”
徐远举连称“局长高明”，可是沈醉毕竟是摸爬滚打十几年的弟兄，这样过河拆桥，让人看起来确实有些心寒。
毛人凤好像看出徐远举内心似的，“远举兄，你可不能有妇人之仁，沈醉自从到了云南就老是心怀不满，如果放他一马，他肯定会投奔共产党的！”
徐远举点点头。
毛人凤厉声地说：“召集余程万、李弥在沈醉家里开会。”
此时的昆明已经实行了灯火管制，夜黑漆漆的，看不见任何东西。徐远举和毛人凤驾着车向沈醉家驶去。
沈醉从被窝里被拽出来，他不耐烦地对徐远举说：“远举兄，你安排会议也应该用电话通知嘛！是不是毛局长对我也不信任了？对我也突然袭击。”
牢骚归牢骚，沈醉穿好衣服，从卧室到客厅，看见毛人凤正坐在屋内，望着他一阵阵怪笑。
不一会儿，国民党退守云南的第二十六军军长余程万、第八军军长李弥、副军长彭佐熙等人齐集沈醉家。
毛人凤首先说：“今天我们在沈站长家开个临时会议，有几件事情要通报一下。”
看到众人沉默不语，毛人凤提高了声音：“委员长手令！”
众人立即挺直了身子，只听毛人凤念道：“……经呈报委座核准，将国防部驻云南区专员办公室改为专员公署；国防部云南游击司令部改称为总司令部。晋升沈醉为中将，晋职为云南专员公署主任兼游击总司令。若实在无力据守，昆明可放弃。必须确保的是沟通缅甸与越南的滇西通道……”
“沈兄，祝贺你晋升到中将总司令。”徐远举不无醋意地说。
沈醉明知这是毛人凤下的套，可是这毕竟满足了他升官发财的愿望，但内心的厌恶依然无法压制，遂说：“远举兄如果不去台湾，这公署主任与游击总司令，我让一个给你。”
毛人凤立即说：“徐远举还有更重要的事情，沈醉同志，这是委员长对你的信任，你要积极工作才对。现在，我们来谈一下卢汉的事。”
一直没有发言的李弥是云南人，他早已瞅着云南省主席的位置很久，按照他的想法，只要卢汉这个蒋介石的眼中钉被拔掉，云南省主席的位置就是他的了。想到这，李弥说道：“卢汉的司马昭之心路人皆知，如果不能尽快搞掉他，我们就会深受其害。”
余程万却说道：“我看卢汉不会立即叛变党国，我们要用人不疑才对。”
余程万不同意李弥的看法出乎毛人凤的意外，也令他感到头疼，因为余毕竟掌握云南的主力部队，“余军长这样肯定的口气，想必是有万分的把握。”
余程万站起来踱了两步说：“第一，卢在云南的总兵力和我们第八军、笫二十六军相比，真是小巫见大巫，要投共没有实力是不行的；第二，目前云南尚没有大股共军活动的迹象，虽然有小股的共军游击队，但无法接济卢汉。以卢汉的聪明，他会三思而后行的。”
沈醉立即说道：“我赞成余军长的分析，如果现在对卢下手，万一失败，反而会逼其跳墙，不利党国事业。”
毛人凤看到五人之中已有四人反对制裁卢汉，心中十分不高兴，以他的习惯，他不会立即表明主张，他转过身来看看徐远举。
徐远举会意地站起来说：“余军长的话虽在理，但防人之心不可无，我建议现在应紧急布置刺杀方案。一旦卢汉叛变，或者委座命令杀卢，再布置就来不及了。”
毛人凤接过徐远举的话说：“卢汉不是一个好东西，余军长分析了利害，但不等于卢汉内心不想投共。今天，我拿给他100多个共产党人的名单，卢汉一个都不批准，他不公开杀共产党，就是不想得罪共产党，这是给自己留后路的想法。”
李弥道：“毛局长所言极是，卢汉的历史很不光彩，军阀土匪出身，跟这种人讲道理是毫无用处的。”
见毛人凤和李弥极力主张“制裁”，余程万也不好再说什么。毛人凤对沈醉将军道：“制裁卢汉是蒋总裁的命令，沈站长上次在刺杀杨杰的过程中表现欠佳，我已经在委座面前给你开脱了，这次如果再执行不力，我就没办法向委座交代了。团体纪律你是知道的。”
沈醉明白，如果刺杀卢再像刺杀杨杰一样，毛人凤这个“笑面虎”绝对会向自己张开血盆大口的，现在局势不稳，毛人凤说不定会杀几个高级干部来捍卫团体纪律。他每想到这，就浑身起一层鸡皮疙瘩。
“局座，”沈醉开口道：“对于刺杀卢汉我已经安排了，只等你一声令下，就可以动手了。”
沈醉的方案是，在卢汉住宅附近的翠湖支路8号租下一幢房子，楼上架一挺机枪，随时可以向卢汉的寝室、会客室、餐厅等处扫射。与此同时，把靠近卢家的河口督办王晓峰的住宅作为特务守伏的地点。卢汉的汽车出入拐弯，都要经过这里，特务们可以从容下手。对这个方案，毛人凤基本满意。
布置完任务，东方已经发白，毛人凤打了个呵欠，众人立即起来告辞。毛人凤告知沈醉，一旦卢汉有起义的风吹草动，立刻报告，执行暗杀计划。
两个月后，代总统李宗仁路过昆明去香港，卢汉向李宗仁报告，要求从宽处理这批被捕人员，李宗仁为拉拢卢汉，慨然应允。卢汉立即下令，奉李代总统面谕，整肃时所有被捕人员，罪证不足，准予一律释放。这场风波，乃告结束。为避免生发事端，卢汉命杨文清代理省主席职务，自己称病在家，暗中策划和指挥起义。
当时人民解放军向大西南进军。到11月下旬，贵阳、重庆相继解放。与此同时，边纵在云南相当活跃，控制了很大一部分农村，云南各地要求起义的呼声日益高涨。在这种形势下，卢汉一面停止征兵征粮，制止国民党的特务活动，拒绝国民党政府的国防部、西南军政长官公署等单位移驻昆明，并与边纵加强了联系；另一面又派人到香港、广州与叶剑英联系，请示起义方略。
卢汉利用解放军已迫近云南的形势，将余建勋的七十四军和龙泽汇的九十三军（云南保安团队扩编的两个军）调来昆明及其附近地区，做好起义的准备工作。
就在卢汉紧急开展准备工作的同时，蒋介石对于云南作为反共基地的需要也是越来越强烈。12月，西南军政长官张群来昆明，和驻滇各军军长余程万、李弥、龙泽汇等会合后一起去重庆，听蒋介石面授机宜。卢汉即利用余程万、李弥等离昆时机，抓紧布置，并决定12月9日夜举行起义。
12月9日下午，张群、余程万、李弥等又回到昆明。卢汉将张群单独软禁，并以张群的名义发出通知，邀请国民党中央驻滇军事首脑于当晚在卢汉公馆举行紧急会议。出席会议的有：第八军军长兼第六编练司令部司令李弥、第26军军长余程万、宪兵司令部副司令兼西南宪兵区指挥李楚藩、西南宪兵区指挥区参谋长童鹤岑、空军第5军副司令沈延世、第193师师长石补天、云南绥靖署保防处处长沈醉等。人到齐后，卢汉的警卫营长李青龙率领10多名警卫，扣押了与会全部人员。晚10时整，卢汉在五华山云南省政府主席办公室宣布：“云南起义了！各单位按原计划开始行动！”同时向全国发动云南起义通电，一面五星红旗在五华山上冉冉升起。
而毛人凤安排在卢汉身边的杀手沈醉，此时也已经成为起义军中的一分子了。他不仅没有把屠刀伸向卢汉，而是考虑如何对自己的主子毛人凤反戈一击。