波斯王亚达薛西二十年，哈迦利亚的儿子尼希米在宫中做官，他的一个兄弟哈拿尼和几个人从犹大来投奔他。
他们告诉尼希米，那些流亡归回的难民正遭受大难，备受凌辱；耶路撒冷的城墙被拆毁，城门被焚烧。尼希米听说后，坐到地上为他的家园、乡亲而痛哭起来。一连几天，他不吃不喝，为以色列人向耶和华祷告。
尼希米是酒政。这天他为国王斟酒，国王忽然问他；“尼米希，你从来都是笑呵呵的，最近怎么总是愁容满面的，想必是有什么事吧？”尼希米说：
“启禀陛下，仆人实不敢相瞒。我听到我列祖列宗坟墓所在的那座城池被毁，城门也被付之一炬，怎能面无愁容呢？”
国王说：“那你有什么要求，就尽管说吧。”尼希米说；“如我在陛下眼前蒙恩，求陛下差遣我到犹大去，让我重建家园。”亚达薛西同意了，尼希米又请求说：“求你发给我诏书、通知大河西的省长，准我从那里经过，直接到达犹大；求你再下一道诏书，要管理陛下园林的亚萨供给我木料，供修城和我自己的房屋用。”因为上帝与尼希米同在，国王都同意了。
到达耶路撒冷后，尼希米接连三天察看倒塌的城墙和被焚烧的城门，然后对犹大的百姓、祭司、贵族和长官说：“大家看一看吧，我们的耶路撒冷是多么荒凉，连城门都没有，再想一想我们遭的难，难道我们还要继续在耻辱中生活吗？来吧，让我们重建耶路撒冷的城墙，这是神的旨意！”下是，尼希米开始修筑耶路撒冷城，把工程分段包给各家各户，祭司也不例外。
耶路撒冷的百姓齐心协力，都想早一天修好城墙。但是和伦人参巴拉、亚扪人多比雅及阿拉伯人基善却嘲笑他们。当犹太人真要修好城墙时，他们就着急起来，打算合伙攻打耶路撒冷，制造混乱。尼希米看出了这些敌对分子的阴谋，他让犹太人一手做工，一手拿武器，甚至连出去打水都带着武器。他本人和卫兵睡觉也不脱衣服，他还让吹号角的人站在自己身边，以防发生意外。
然而，尼希米所面对的不仅仅是外族的攻击，城内的危机也日趋严重。许多家庭无米下锅，有的人家典当了田地、葡萄园、房子，有的人家卖儿卖女。尼希米看到这一切，非常气愤，他斥责那些做官的犹太人向自己弟兄谋利的行为，劝告他们将敲诈来的田园财物等归还给穷苦的犹大百姓。
以禄月二十五日，经过五十二天艰苦的修建，耶路撒冷城墙终于竣工。尼希米派忠诚的兄弟哈拿尼和哈拿尼雅管理耶路撒冷。
七月初一，以色列人聚集在一处宽阔的地方，请来祭司以斯拉讲解耶和华借摩西传给他们的律法书。第二天，各族的族长、祭司和利未人都聚集在以斯拉那里，研究法律的教训。他们发现：
耶和华借摩西吩咐以色列人，要在七月间住棚，并要在各城和耶路撒冷宣传报告说，当上山，把橄榄树、石榴树、棕树等长势茂盛的树枝取来，搭成棚，人住在里面。于是，耶路撒冷的百姓照着做了。这是从约书亚时代以来，以色列人的第一次住棚节。在节期的第一天到最后一天，以斯拉每天念律法书，以色列众人也守节七天。
这个月的二十四日，以色列人聚集起来禁食。他们身穿麻衣，头上撒上尘土，表示悲伤，开始承认自己和祖上的罪恶，并敬拜上帝。他们发誓，遵循上帝的律法，与上帝立约：不与外族人通婚安息日或其他圣日决不买任何货物和粮食；每逢第七年必不耕种，也不逼讨欠债。
以色列人还自己规定，每人每年捐定量的银子给圣殿，帮助支付圣殿的费用；供应圣殿所需的祭供物品；每年把最先收成的五谷和最先成熟的水果带到圣殿献上；每人要把头胎的儿子带到祭司那里献给上帝；
还要把头生小牛、小绵羊和小山羊献给上帝……
在任期间，尼希米进行了一系列的管理和改革。
他发现管理圣殿库房的祭司以利亚实因私情向多比雅提供圣殿存放供物的房间作为私用时，气愤地把多比雅所有的东西都扔了出去，并下令洁净圣殿房间，把圣殿器具和素祭香料重新放回。
他听说，因为没有得到足够的食物维持生活，圣殿歌手和其他利未人已离开耶路撒冷回乡去，使得圣殿冷落荒凉。于是他斥责有关官员，把利未人召回圣殿，让他们重新工作。以色列人重新把五谷、新酒、橄榄油等十一捐送到圣殿的库房后，他指派一些值得信任的人看管库房，让他们诚实地分配物品给弟兄们。
他看见有的以色列人在安息日榨葡萄汁，还把五谷、酒、葡萄、无花果等物品驮在驴背上，运到耶路撒冷去。他就警告他们不可在安息日作买卖，并下令，每逢安息日的开始，黄昏一到，城门就要关起来，直到安息日过了才能打开。他吩咐利未人先要洁净自己，然后去看守城门，使人民确守安息日为圣日。
他发现许多犹太人娶了亚实突、亚扪、摩押的女子，就责备他们，诅咒他们，打他们，拔他们的头发，叫他们奉上帝的名发誓，不许他们跟外族人通婚。耶何耶大是大祭司以利亚实的儿子，他有一个儿子娶了和伦人参巴拉的女儿，于是他让耶何耶大的儿子离开了耶路撒冷。他洁净了以色列人民，使他们离开一切外族的东西。
他为祭司和利未人制定规矩，使每一个人都知道自己的职责，并且安排好，要人民按期把献祭用的柴以及初熟的五谷和水果带来。
尼希米任犹大省长的十二年中，他和他的弟兄们都没有吃省长的俸禄，没有置买田地，他的仆人也跟百姓一起做工。他知道百姓负担甚重，体谅他们的疾苦。因而犹大省百废俱兴，蒸蒸日上。