骨相学现在并没有宣称自己是一门纯粹的科学。从它现在的发展情况来说，作为一门科学，它由两部分组成，一是生理事实系统和与之对应的心理现象，二是以此及相关现象为依据而推论出心理哲学系统。
骨相学基础或骨相学基本生理部分的主要原理是：
第一，意识的专门器官是大脑。我们无法预测大脑运动的本质和方式，所以只能对其表现形式加以研究。
第二，从本质上讲意识虽然是个小单位，但事实上它的构成大概要有40种不同的机能，无论哪一种机能都是通过大脑的一个特定部位表现出来的。这些部位相互分开，叫作器官。相同的人的机能可能有不同的，不同的人的机能可能也有相同的。
第三，当其他条件全部相同时，大脑越大，大脑的功能越强；大脑空间被显示一种机能所占据的越大，大脑的显示能力越强。
第四，大脑的各部分互相关联，共处一地来执行各种机能。所以，可以按区域或者群组将大脑划分开来，也可以分成器官。根据骨相学的头像图，可以对大脑的这些器官和区域的位置以及界限更好地了解。
第五，每个群组都有集合功能。推动机能在一切活动中发出力量；交际能够令我们同身边的人相处融洽；自私令我们只着眼于我们自身；智力令我们对人和事以及和他们打交道的方式做出明确判断；通过把其他人送交仁慈公正的、使用神圣法律的法庭受审，道德和宗教成为控制其他人的手段。
第六，意识被大脑控制，影响意识的优点和效率的条件是：脑量、大脑纤维质量、大脑各部分的相对大小、身体对大脑的影响。
第七，任何一种机能都很容易被改善或恶化，而且能够被强化、扭曲、忽略或削弱。
第八，创世者就是为了使人更加完美而创造的各种机能，其本身都是好的。所以，人类的灭绝、畸变和任何机能的发育迟缓、新人的产生，都不能包含在改善之内，而是包含每个人所需要的文化进步、人们的和谐相处和人们单独的或一起的友善行为，人们的行为处于从属地位。
除了需要这些图表外，不管在任何地方，要想研究骨相都应当具备一幅骨相学图像，以显示各个器官的确切位置。然后，逐个将它们与真人的头进行比较，那样就会很明显的比较出它们之间的差别。拓宽你的观察面，将头部长窄或高低的人进行一下比较。尽管这些特征所周知，尽量你可能会有所怀疑，但这却会使你接受骨相学的一般原理。
一个符号代表一种器官，在某种情况下，这个符号是恰当的，但在别的某种情况下，可能就会被误解。后面的这个图是根据贪食者、吝啬鬼和打架的男孩进行绘制的。使用它的原因是，它不但能将各个器官的位置表示出来，并且能够将各个器官的自然行为显示出来，这在现实中屡见。