本能和智力这个主题，与前面的章节有着紧密的联系。到目前为止，精神学家还不能对两者进行分隔。陈旧的精神哲学体系对精神力量的分类还不是很完美，定义含糊不清，所用术语不合适，对以后的研究没有什么帮助。但颅相学能够对这个问题进行合理的解释。
人类的大脑犹如一个有天窗的房子，而动物的大脑没有带天窗的房子，但却有地下室一层的房子，这些只是一个比方。本能就是大脑基层上的组织的功能，这些组织标示出，就是最低的线下面的部分。
本能主要有视觉、听觉、味觉、嗅觉等，还有感情、生殖、食欲、保密、破坏性、尊老爱幼等，这些对于人和动物都是很普遍的。事实就是这样，人类具有低等动物所具有的器官、感知和特点，但是人类具有的器官和能力，动物却没有。
人类和动物，以及本能和智力的等级的区分，对于颅相学来说，是很容易的事。无论哪一种动物，都有食欲，爱护自己的后代，有视觉、听觉、破坏性、自身保护等本能，有些动物、鸟类和昆虫，如蜜蜂、鸟、河狸，有着很强的建筑功能，它们可以筑坝建巢，生活在里面，繁育后代。但它们所做的一切是没有改进的，沿袭重复，一直都是一个样子；但人类却不同，人类有聪明才智、创新性、机械操作，不断地进行改进和创新。我们可以对棚屋和宫殿作一下比较，以及独木舟和汽船，富兰克林时代的印刷机和今天的印刷机，电报和旗语等都可以作一下比较。不难看出，人类是不断进步的动物，他的作品就可证明一切。动物则没有这种能力，它们的作品都是一成不变的。鸟巢和蜂窝没有什么变化。建筑鸟巢、蜂窝，在地上挖洞，只要有简单地本能就可以了，但发明创造，造船，建工厂，修堡垒，作曲，写作，通信，这些都需要智慧，这是比本能还要高级的东西。它是从大脑的第二层组织中所获取的。
第一和第二条线间的部分代表细心、对比能力、幸福、人性、理想、高尚、构建能力和其他的特点，这些特点都超过了本能。
向上去，就是第三层了，也就是道德和精神器官的位置，这些器官的机能也都超过了智慧，使我们处于精神世界中。它们与习惯、感知是不同的，与能够让我们在地球上生活的其他器官也不相同。它们使人们有了信仰，对神的崇拜。这些器官是动物所没有的，而只有人类才拥有，使人类能够驾驭其他动物。
在我们看来，人性可分为三层：动物性、智力和宗教。人有美好的心灵、善良的本性和动物的本能。人也许会像动物一样死去，也许会像伟大人物一样活着。人活在世上的位置由自身的构造决定着，但来世的位置却决定不了。
我们曾提到过，动物的智力是有着高低之分的。有些动物的构造复杂，更高级一些，它们的本能也是很高级的，但还没有达到完美程度。在同一类动物中，发达程度也是不同的，有的蠢笨，很容易被骗，有的聪明狡猾，有的是领导者，有的是跟随者，从中可以看到，有器官方面的影响。
在人类中也是这样的。有数以万计的人，他们也不比动物高多少。蒲佰·亚历山大就属于这样的人，他的观察能力很强，精神能力欠缺，反应能力不足，大脑的第三层没有完全形成，头颅顶部的空间较小。我们把他的头和奇诺·斯多哥的头作一下比较，很清楚地发现他们之间的差别。表明了他是一位思想家，也是一位道德家。看看他的头顶，第一条线和第二条线间的部分是非长的大。虽然他的精神区域没有现在的教徒的发达，但对哲学家来说，这已是最好的了。在他的身上，有着仁爱、坚强和责任心。虽然他对基督教的理论不予以接受，但他的心窗依然是向着天堂敞开的。
不论是哲学家，还是科学工作者，及其他人，都是依靠着本能和智力来生活的。他们都是追求自由的人，不信仰宗教，也不崇拜神灵，更不愿让心灵的眼睛睁开，对心灵以外的世界也不愿意去看，因而他们被称为是“疑虑的托马斯”，对能够证实他们那些低级感觉的事实也都不加以确认，如味觉、嗅觉、视觉、触觉或听觉等的事实，也许他们感觉不到，这些是很容易被人发现的。精神真理是一种原则，这是感觉不到的，像上帝的品行一样凡人不能够去理解的。如果这些人看到了自己的丑陋和智力的不足时，他们就会变得很迷茫。他们却不能与圣人相比，因为在后者的思想中蕴含着伟大的真理。
人类都有崇敬和敬仰地心灵。无论哪个国家、种族和部落都有自己崇拜的对象。人类生来就是信仰的高级动物。如果得到了基督的教诲，人们就信奉上帝。若是没有得到教诲，人们便会把树木和石头作为敬仰的对象，还有火、月亮、星星、图像、神像等等事物。
然而，动物却不懂这些，也不会崇拜，也不信神，也没有精神。在动物的身上，公平、仁爱、和蔼等这些是不会有的。它们缺少了表达感情的器官和神经。它们的大脑在最下面那条线以下，它们的头盖骨与大猩猩的头盖骨很相像。在动物的身上还有感情的，但这只与和善很相似，是动物的本能，使马和狗对主人友好，使雌性的猴子、鸟或蛇养育后代。理性、宗教和仁慈是通过更高级的器官体现出来的。