商业秘密是指归属软件企业所有，具有商业价值的、非公开的所有信息。包括企业的技术秘密、经营管理经验和其他关键性信息，具体内容大约包括：企业现有的以及正在开发或构想之中的产品设计、工具模具、制造方法、工艺过程、材料配方、经验公式、试验数据、计算机软件及其算法、设计等方面的信息、资料和图纸、模型、样品、实物；企业现有的以及正在开发之中的质量管理方法、定价方法、销售方法等业务活动内容；企业的业务计划、产品开发计划、财务情况、内部业务规程以及供应商、经销商和客户名单、客户的专门需求、未公开的销售网络等业务活动信息；按照法律和协议，企业对第三方负有保密责任的第三方商业秘密；企业要求职工保密的、同集团有关的其他信息。
那么，如何对商业秘密进行保护呢？首先要做好防范工作，也就是按照《反不正当法》的规定，采取保密措施。第一，要划定保密区域，在保密区域内加强保卫措施。确定管理办法。第二，对企业的重要文件、资料应及时确定其保密级别、加盖保密章，予以存档或销毁，同时应制定出企业的文件管理、借阅、复印、销毁办法以及外发文件的审阅办法。第三，把商业秘密限定在必须了解该秘密的员工以及第三方、合同方范围之内，对职工限制掌握并加强对员工的保密教育。第四，在合同中约定保密义务，包括：在劳动合同或专门的保密合同中，与员工签订书面保密协议，要求员工保守在工作期间接触到的一切企业的商业秘密以及企业承拘保密责任的其他企业的商业秘密。同时应该规定，员工在离开企业后的一定期间内不得对外泄漏其所知的商业秘密，不得从事与企业相竞争的工作，但这必须以企业向员工支付保密及不竞争费用为前提；在对外签订的经济合同中，写明保密条款，要求对方保证不泄漏履行合同时掌握的企业的商业秘密，否则将承担违约和赔偿责任。另外，公司应建立茼业秘密保护制度，并设立监督员，企业领导也应定期检查保密工作。
其次，在商业秘密被侵犯后，应采取法律措施来保护企业的商业秘密。我国《反不正当竞争法》第十条规定：“违反约定或者违反权利人保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其掌握的商业秘密”为侵权行为，将会受到1万到20万元的罚款。因此，在发现商业秘密被侵犯并受到损害时，应及时向人民法院起诉，以维护自己的合法权益。