贞观元年（627），李世民对自己的一班小弟论功行赏。房玄龄与长孙无忌、杜如晦、尉迟敬德、王君廓四人并列第二，进爵邢国公，赐实封一千三百户。
淮安王李神通极为不满：“当年举义的时候，我是第一个率军来相会的。而如今，房玄龄、杜如晦这样的刀笔吏居然功居第一，我不服。”
李世民一听，十分不爽，一点儿都没给叔叔留面子：“没错，当年你确实率兵来相助了，但是你并没有亲自参与战斗。窦建德南侵之时，让你专征，结果你全军覆没。刘黑闼造反的时候，你望风而破。人家房玄龄有运筹帷幄、安定社稷的功劳，所以才居第一。”
将军丘师利等人本来也想借机闹事儿，一看李神通都被拍灭了，也全都熄了火。
此后，房玄龄简直就是坐上了火箭，一路飙升。贞观三年（629），摄太子詹事，兼礼部尚书；贞观四年（630），任尚书左仆射，改封魏国公，监修国史；贞观九年（635），加开府仪同三司；贞观十一年（637），代袭宋州刺史，改封梁国公；贞观十三年（639），加太子少师；贞观十五年（641），女儿被选为韩王妃，儿子房遗爱娶了唐太宗的闺女高阳公主；贞观十六年（642），进拜司空；贞观十七年（643），李世民评定凌烟阁二十四功臣，房玄龄位列第五，加太子太傅。
贞观二十三年（649）的时候，房玄龄已经身染重病。他的病情牵动着李世民的心。如果听说房玄龄的病情稍有好转，李世民便“喜见颜色”；如果听说房玄龄的病情又加重了，李世民便“改容凄怆”。
虽到了弥留之际，但房玄龄心中还有一事未了，他不无悲怆地对自己的子女说：“现在，天下大治，国泰民安。只是唯有这东征高句丽一事儿，实在是国家的大患啊。陛下一心要征服高句丽，大臣们都不敢犯颜劝止。我如果再不说的话，死都不能瞑目啊。”于是，房玄龄写下了一生中最后一道奏疏，劝李世民停止征讨高句丽。
李世民对房玄龄的忠诚高度认可：“此人危惙如此，尚能忧我国家。”但他并没有因此而停止与高句丽的战争。
不久之后，房玄龄就去世了，享年七十。李世民废朝三日，追赠房玄龄为太尉、并州都督，谥号为文昭。
房玄龄有三个儿子，长子房遗直，次子房遗爱，三子房遗则。房遗爱的老婆高阳公主是唐代公主中出了名的刺儿头，她屡次挑拨房氏兄弟之间的关系。
高宗永徽年间，高阳公主诬告大哥房遗直“无礼于己”。高宗大怒，就让舅舅长孙无忌调查此事。结果却发现，高阳公主和房遗爱图谋发动宫廷政变。长孙无忌借此机会将隋炀帝的外孙、李世民的三儿子吴王李恪也牵连进来。李恪、房遗爱、高阳公主、薛万彻等全部被杀。
论功劳，杜如晦和房玄龄是一样一样的；但论身体，他却差得不是一点儿半点儿了。老杜仅仅辉煌了不到三年，便病倒了，“表请解职”。李世民“许之，禄赐特依旧”，并“深忧其疾，频遣使存问，名医上药，相望于道”。贞观四年，杜如晦就病死了，时年仅四十六。
李世民伤心欲绝，好长一段时间神经都有些不正常。一次，李世民正在美滋滋地吃西瓜，猛然间想到了杜如晦，当时就没了胃口，居然命人将自己吃剩的半个西瓜送到了杜如晦的灵前。要送你就送个整的，送了半个，还是你自己啃剩下的，你说九泉之下的杜如晦是该吃呢，还是不该吃？
还有一次，李世民赐给房玄龄一条黄银带，并对老房说：“当年，你和杜如晦同心辅佐我，现在到了我回馈你们的时候了，居然只剩下你一个了。”说罢，李世民“泫然流涕”。哭了一会儿，他冷不丁又想起一出：“我听说鬼神都很害怕黄银带。”于是，他便让房玄龄将另一条黄银带送到杜如晦的坟头上。列位，你说他也不想想，杜如晦现在不就是个鬼吗，你送他黄银带，让他收还是不收呢？
不过，死得早也有死得早的好处。杜如晦的早亡换来了李世民的“终始恩遇”，连史家都说“未之有焉”。
杜如晦有两个儿子，长曰杜构，次曰杜荷。杜老二是个不安分的人。本来呢，他娶了李世民的闺女城阳公主，赐爵襄阳郡公，小子过得非常滋润。但是，他偏偏参与了太子李承乾的叛乱，结果被杀。杜老大倒是个老实人，但架不住摊了这么个弟弟，被流放到了岭表，后来就死在了那里。
有句老话怎么说来着。对，虎父多败儿。