水溶性维生素包括维生素C和B族维生素。如果药物使用不当，则可能对水溶性维生素在体内代谢产生很大影响。可用药物对细胞破坏来解释。当药物损伤肠上皮时，吸收能力降低，但不意味着药物引起吸收不良而是对上皮细胞破坏所致。药物影响脂肪及脂溶性维生素吸收，主要是引起消化不良。泻药增加肠蠕动，可降低营养素吸收，但近来也有实验证明，泻药仅改变肠蠕动很少引起吸收不良。
（1）对维生素B1的影响：洋地黄中毒患者血清丙酮酸增加，表明患者对维生素B1需要量增加。大量药用维生素C会影响B族维生素的吸收。
（2）对维生素B2的影响：导致严重腹泻的药物可以降低维生素B2的吸收。
（3）对维生素B6的影响：影响维生素B6缺失的药物，如二甲双胍、苯乙双胍，抗结核药，对氨基水杨酸，胆酸消退药消胆胺，以及氯化钾、氨基糖苷类、头孢菌素类、利尿药、磺胺类等。
（4）对维生素B12的影响。引起维生素B12营养缺乏病的药物包括异烟肼、环丝氨酸及其他抗结核药物，降压药，肼屈嗪，金属螯合物青霉胺等。
（5）对叶酸的影响：10种主要药物拮抗叶酸的吸收或增加叶酸在体内的转换及损失，包括细胞毒素甲氨蝶呤，抗疟药乙氨嘧啶，抗惊厥药如苯妥英钠、苯巴比妥、扑米酮，以及利尿药氨苯蝶啶。已知影响叶酸利用的药物有口服避孕药、抗结核药环丝氨酸、抗炎症药如水杨酰偶氮磺胺嘧啶。
（6）对维生素PP的影响：异烟肼是维生素B6的拮抗药，影响色氨酸转变为维生素PP，故可引起维生素PP缺乏病。6-巯基嘌呤及5-氟尿嘧啶等抗代谢药物也可引起维生素PP缺乏病。
（7）对维生素C的影响：作为大剂量维生素C药片，可破坏食物中B族维生素，故建议不要在进餐时摄入大量维生素C。维生素C在小肠很快吸收，组织饱和时由尿迅速排出。在垂体、肾上腺皮质、黄体、胸腺、肝、脑、卵巢、睾丸、甲状腺、胰、肾、白细胞及血小板中维生素C浓度较高，给促肾上腺皮质激素可致肾上腺含量下降，但对肾上腺类固醇合成并无不利影响，许多药物可致组织维生素C去饱和，包括酒精、食欲抑制剂、抗惊厥药及四环素，其中阿司匹林最重要，可使血小板维生素C含量降低。维生素C缺乏可致维生素C缺乏症。