如果小儿对牛奶过敏，就应该代之以大豆、酪蛋白水解物或氨基酸为基础的配方食品。1岁内应当小心使用以大豆为基础的配方，因为对以牛奶为基础的配方不耐受的儿童中，有33%～50%不能耐受大豆配方。羊奶不能替代牛奶，因为会与牛奶中的β乳球蛋白发生潜在的交叉反应，并且未强化的羊奶会缺乏叶酸。
强化了维生素和矿物质的婴儿酪蛋白水解物配方可提供钙、磷、维生素D、维生素B12、核黄素及泛酸，这种乳制品能提供营养素，强化了大豆和大米的牛奶饮料是可接受的替代品。全谷类、豆类和坚果类都能提供牛奶中含有的其他营养素。
