元朝皇帝非常崇尚佛教，他大修寺庙，广赐良田，每次举行佛事，挥霍无度，是造成元朝财政亏空的一项重要原因，明太祖对元朝的经验教训总结和借鉴得最为彻底，但惟独对佛的态度例外。明太祖写过很多诗，其中不少诗与佛教僧侣有关。他还撰写过有关佛教的文章，如《佛教利济说》等，有一首诗名为《不惹庵示僧》，是明太祖当年过太平（今安徽当涂）时，到过不惹庵中，有位僧人问他乡里姓名时，太祖题诗于墙壁之上：“杀尽江南百万兵，腰间宝剑血犹腥。老僧不识英雄汉，只管晓晓问姓名。”
朱元璋登基做皇帝后，曾将不惹庵寺的僧人召至南京，问他们当年写在墙上的诗还有没有，僧人回答说此诗已经没有了。朱元璋气极了，他差点就把僧人给杀掉，幸好僧侣中有个机敏的，忙挥诗一首：“御笔题诗不敢留，留时只恐鬼神愁，尝将法水轻轻洗，犹有余光射斗牛。”明太祖听后，才转怒为喜，高兴起来。
1372年，明太祖诏令征调四方名僧校点《藏经》。后定名为《洪武南藏》。随后，他先后又征调名僧重新注释了不少佛教经典。如《金刚经》、《楞伽经》以及《般若心经》等，其中《金刚经》一卷是他亲自集注的。值得称道的是太祖竟然能默诵《般若心经》和《楞伽经》等经典，还写了一篇《习唐太宗圣教义》的文章，赞扬了玄奘法师译经传法的功德。
洪武初年，明太祖还任命僧侣做朝官。如南京灵谷寺名僧吴印，得到明太祖的赏识，于是命他还俗做官。1376年吴印出任山东布政使，做上了明朝的封疆大吏，还有南京瓦官寺的名僧华克勤，洪武年间明太祖派他出使日本，回国后，也命他还俗为官，后累官为山西布政使。明太祖认为僧人不染红尘，与俗世绝缘，无牵无挂，易为心腹，用他们为耳目，可侦辑臣民的不法行为。故而僧人出身的朝官，都成为他的心腹耳目。这些人中的个别恶人仗势欺人，专横跋扈，诬告大臣，洪武年间不少文武官员被他们中伤而获罪，如山东按察副使张孟兼，就是被吴印告发后而被明太祖处死的。
洪武初年，明太祖还设立了专门管理佛寺和僧人的机构，初期叫善世院，1381年（洪武十四年）改为僧录司。
在外府、州县也分设僧纲司、僧正司、僧会司等机构。
明太祖还下诏在全国范围内给僧尼发放度牒。度牒又叫戒牒，是由官方发给僧尼证明身份的文件。明朝不同于唐宋，唐宋时僧尼要自己花钱购买，而明太祖免费发给，再加上明太祖对佛门的特殊关照，到洪武中期，全国僧侣的人数大增，以致影响了国家的利益，o于是，明太祖命主管佛教文化及僧侣事务的僧录司，设上、中、下三科，考核全国的僧尼，考试不合格的除名，还规定了一些出家为僧尼的限制条文，从而减少了僧尼的数量。加强了对僧尼的管理。
明太祖当过和尚，但他并不是真正的佛门弟子，尽管他与佛门有过一段缘分，只是有着一种特殊的感情，但他骨子里就不相信所谓的超度以及修来世的说法，几十年的戎马生涯，几十个风雨春秋，靠的是个人奋斗，靠的是成千上万生死与共兄弟们的浴血奋战，才创建了明王朝。他认为这才是实实在在的佛天之境。在他看来，老百姓安于田里，有饭吃，有衣穿，快快活活地过日子，这就是他们的佛天之境。
明太祖在给高丽国的信中非常明确地指出：“只听说有佛而已，度死超生，未见过有真的验证，古今因信奉佛教而成就国家的，实在是没有。梁武帝信佛的故事，就是最好的明证。”明太祖认为，梁武帝过度崇佛而造成国家灭亡的教训，要引以为鉴。
明太祖非常精明，他自己不信佛，而又大力提倡，让别人笃诚相信，这就是他高人一筹的地方。“大明”国号的诞生，他本人以明作出世自居正是出自《大阿弥陀经》这部佛门经典。他尊崇佛教，光大其影响，全都是因为佛教可辅助他治国。