边疆地区是我国少数民族聚居的地区，朱元璋登基之后，为了稳定边疆地区，他总结了历代王朝治理少数民族地区的经验，制定了威德兼施，以德为主的民族政策，促进了边疆地区的治理与开发，这是朱元璋巩固明王朝的一项重要措施。明王朝建立之初，全国尚未统一。朱元璋在统一战争和治理边疆少数民族地区的过程中，一般来说，他侧重于政治上的恩抚，即“以德怀之”，尽可能地避免使用武力，只有当某些少数民族的上层分子拒绝附和或发动叛乱时，朱元璋才兵临城下，“以威服之”。朱元璋对投降的原元朝官吏，不记前嫌，量才选用，委以官职，如脱因授以廉州知府；忽哥赤任命为工部右侍郎；安童授以刑部尚书；答禄与权开始时被推荐为秦王府纪善，后升任为衙史，累官至翰林修撰。对于投降的蒙古牧民，朱元璋采取了“因俗而治”的方针，深得牧民的拥护；洪武初年，朱元璋把他早年处理湖广少数民族问题时提出的“因其俗而治之”的原则推广到全国各少数民族地区，1370年，朱元璋驳回了中书省关于要把蒙古牧民迁置内地的奏请，指示：胡人所居，习于苦寒，今迁之内地，是去寒凉而即炎热，失其本性，反易为乱，不若顺而抚之，使其归就边地，择水草而牧，各得其所，自然安顺。1387年，纳哈出归降后，朱元璋敕谕冯胜，让他将纳哈出的部众安排在原地居住，使他们顺水草以便牧放，择膏腴之地以屯种，除此之外，朱元璋还在蒙古族聚居的地区，设立羁縻性质的卫所，用此法加强对北部蒙古族的管理。在统一南方的过程中，朱元璋非常重视安抚各族人民，南方的湖广、四川、贵州、云南、广东、广西、福建、台湾等地区的苗、瑶、壮、黎、高山、土家、彝、布依、白、傣、纳西、僳僳、回、佤、独龙等族，虽然归降的时间不一样，但朱元璋始终主张尊重南方各族的生活习惯，让他们留居原地，并保留各族原有的行政体制，实行土司制度。明朝统一南方后，重新调整了行省的管辖地区，建立了布政使司，下辖府、州、县，又立都指挥使司，下设卫所。在少数民族聚居的地区采取了土官世袭制度，即土司制度。朱元璋清楚地看到，土司官全为世袭，有着较强的割据性，一方面要利用他们管理边疆，同时必须要加强对他们的控制，朱元璋除了在边疆的要冲之地设置卫所，派驻军队外，还要在汉族和少数民族杂居、交通方便的地区，任命由朝廷随时可以撤换的流官与土官参用，实行土流合治。
这种办法限制了土官的特权，削弱了土司的势力，从而加强了中央对边疆地区的管辖。为了安定边疆，朱元璋还向云南大规模的移民垦荒，开发云南。1383年（洪武十六年），他任命义子西平侯沐英镇守云南，沐英上疏请示，说：“云南土地广阔，但是荒芜居多，请求批准卫所军士开垦荒地。”朱元璋非常高兴，立即采纳了沐英的建议。并布置大量移民和军队赴云南屯种。如1384年，（洪武十七年），“移中原大姓以实云南”，1387年（洪武二十年）十月，朱元璋令湖广常德、辰州二府，“百姓民三丁以上出一丁，去云南屯种”1389年（洪武二十二年），沐英人京朝见后返回云南，又带走大批江南、江西百姓人滇，安置在临安、曲靖等郡县屯种。朱元璋重视加强中央政府与西藏的政治经济联系，尤其重视发展汉藏传统的茶马互市贸易，明朝初年，统一全国的战役仍在进行，前线大量缺马，用茶叶换取马匹，这是明王朝军事上的需要，川陕地区是汉藏茶马贸易的集中地，明朝政府在那里设立茶马司负责管理。总之，边疆地区自然条件比较恶劣，生产水平普遍落后于中原地区，各族人民的生活也比较贫穷，朱元璋体恤民情，对边疆广大少数民族采取了轻徭薄赋，与民休息的政策，具体来说表现在：朱元璋曾多次下令减免边疆少数民族的赋役，除此之外，朱元璋还大力开发边疆，采取了许多有效措施，推动边疆地区经济文化的发展。一是在少数民族地区设立学校，创办教育。1382年，明军刚一平定云南，就下令边疆凡有条件的，要陆续开办儒学，第二年，云南在靠近边疆内地的各府、州、县都建立了不少学校。二是兴修水利，修筑驿道，建设边疆。朱元璋在处理边疆少数民族问题上是成功的，他的威德兼施，以德为主的政策也是得体的。当然他作为大明王朝的开国皇帝也有他自身无法克服的缺陷，他不可能摆脱大汉族主义的羁绊，尽管如此，在当时的历史条件下，朱元璋所奉行的民族政策是开明的，积极可取的。他那种不记前嫌、因地制宜、因俗而治以及怀柔恩抚的政策，在封建社会也是难能可贵的。应该说他在洪武年间制定的一系列民族政策，缓和了民族间的矛盾，加强了各民族之间的往来和融合，促进了边疆地区与中原的经济文化交流，对巩固祖国的统一，对边疆地区的发展建设以及民族间的大团结都做出了较大的贡献。